양도소득세

거주주택 비과세를 받은 뒤 임대주택을 의무기간 전에 팔면 추징되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 임대주택의 의무임대기간을 채우기 전에 거주주택을 비과세로 판 뒤 그 임대주택을 기간 전에 팔면 이미 받은 거주주택 비과세 세액을 다시 신고·납부해야 합니다. 소득세법 시행령 제155조 제22항은 임대기간 요건을 갖추지 못하게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 차액을 내도록 정합니다. 지금은 임대주택 등록증에서 등록 신청일과 의무임대기간 종료일부터 확인하십시오.

거주주택 비과세를 먼저 받았다고 해서 임대주택을 끝까지 붙잡아 두어야만 하는 것은 아닙니다. 다만 의무임대기간 전에 처분하면 그 대가가 무엇인지 계산해 보고 결정해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

I씨 부부는 2018년에 산 아파트에 살면서, 2021년 3월 다세대주택 한 세대를 사서 10년 장기일반민간임대주택으로 등록하고 세무서에 사업자등록도 했습니다. 2023년 가을 살던 아파트를 거주주택 특례로 비과세 신고하고 팔았습니다. 2025년 가을 세입자가 나간 뒤 수리비 부담이 커지자 임대한 지 4년 7개월 된 다세대주택을 팔았는데, 그 뒤에야 아파트 비과세 세액을 다시 신고해야 한다는 말을 들었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

거주주택 비과세 뒤 임대주택을 일찍 팔면 추징되나요?

네, 임대주택의 의무임대기간을 채우기 전에 거주주택을 비과세로 판 뒤 그 임대주택을 기간 전에 팔면, 이미 받은 거주주택 비과세 세액을 다시 내야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 임대기간 요건을 채우기 전에도 거주주택 특례를 먼저 쓸 수 있게 하되, 이후 요건을 채우지 못하면 차액을 신고·납부하도록 정합니다.

사례의 다세대주택은 2020. 8. 18. 이후 등록한 비아파트 장기일반민간임대주택이라 10년을 임대해야 합니다. 4년 7개월 만에 팔았으므로 임대기간 요건을 갖추지 못하게 된 것이고, 그 사유가 생긴 날은 다세대주택을 판 날입니다.

추징되는 세액은 어떻게 계산하나요?

추징세액은 거주주택을 팔 당시 임대주택을 장기임대주택으로 보지 않았다면 냈을 세액에서 그때 실제로 낸 세액을 뺀 금액입니다. 비과세로 0원을 냈다면 특례 없이 다시 계산한 양도소득세 전액이 됩니다.

특례 없이 계산하면 거주주택 양도 당시 세대가 주택 두 채를 가진 것으로 보게 됩니다. 이때 다른 비과세 특례, 예를 들어 일시적 2주택 요건이 따로 맞는지도 함께 검토할 가치가 있습니다. 2개월 기한을 넘기면 무신고가산세와 납부지연가산세가 더해집니다.

일찍 팔아도 추징되지 않는 경우가 있나요?

수용처럼 법이 정한 부득이한 사유로 임대하지 못하게 된 경우에는 계속 임대한 것으로 봅니다. 재건축·재개발·리모델링 기간 일부도 임대하지 않은 기간에서 뺍니다. 그러나 스스로 매도한 경우는 이 예외에 들어가지 않습니다.

• 수용 등 부득이한 사유 - 계속 임대한 것으로 봄
• 재건축·재개발 - 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지 제외
• 리모델링 - 사업계획 승인일 또는 허가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지 제외
• 자동말소·자진말소 - 법 개정으로 말소된 종전 단기임대·아파트 장기임대 등에만 해당

등록 말소 특례는 2020. 8. 18. 법 개정 전에 등록한 단기임대나 아파트 장기일반임대처럼 법 개정으로 말소된 주택에 한정됩니다. 그 뒤 등록한 비아파트 장기일반임대는 의무기간 전 매도나 말소에 이런 보호가 없습니다.

거주주택 특례는 몇 번까지 받을 수 있나요?

2025. 2. 28. 시행 개정 시행령에서 장기임대주택이 있을 때 거주주택 특례를 생애 한 차례만 받도록 하던 문구가 삭제되었습니다. 다만 직전 거주주택을 판 뒤 다시 거주주택을 팔면 직전 양도일 이후 기간분에 대해서만 비과세를 적용합니다.

이 개정 규정은 2025. 2. 28. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다. 그 전에 거주주택 특례를 한 번 받고 2025. 2. 28. 전에 다른 거주주택을 판 경우에는 개정 전 규정에 따라 판단합니다.

횟수 제한이 풀렸다고 사후관리가 느슨해진 것은 아닙니다. 특례를 받을 때마다 임대주택의 임대기간과 임대료 증가율 요건은 그대로 유지되어야 합니다.

거주주택 비과세 사후관리 대응 순서

• 의무기간 확인 - 임대사업자 등록증으로 등록 신청일과 유형을 보고 의무임대기간 종료일을 계산합니다.
• 처분 전 비교 - 임대주택을 지금 팔 때의 추징세액과, 의무기간을 채운 뒤 팔 때의 세액을 비교합니다.
• 기한 내 신고 - 의무기간 전에 팔았다면 판 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 차액을 신고·납부합니다.
• 기한을 놓쳤다면 - 기한 후 신고로 무신고가산세 감면을 받고, 세무서 고지가 오면 고지서 내용과 계산을 확인합니다.
• 다툼 - 수용·재건축 같은 예외 사유가 있었다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택이 여러 채이거나 등록 시기와 유형이 서로 다르면 주택별로 의무기간과 예외를 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 사후관리와 거주주택 비과세 추징을 둘러싼 양도소득세 신고 검토와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대주택을 다른 임대사업자에게 팔아도 추징되나요?
  거주주택 특례의 임대기간은 그 1세대가 임대한 기간으로 판단하므로, 매수인이 임대사업을 이어받더라도 내가 의무기간을 채우지 못했다면 추징 사유가 될 수 있습니다. 매도 전에 매수인 승계로 기간이 인정되는지 별도로 확인하십시오.
• 임대주택이 6개월 비어 있어도 추징되나요?
  임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘으면 임대기간 요건을 채우지 못한 것으로 보아 추징 사유가 됩니다. 세입자가 나간 날과 새 계약 입주일 사이 기간을 기록해 두십시오.
• 임대료를 5% 넘게 올리면 어떻게 되나요?
  거주주택 특례의 장기임대주택은 임대보증금이나 임대료 증가율이 100분의 5를 넘지 않아야 합니다. 증액 청구는 계약이나 직전 증액 뒤 1년 안에는 할 수 없으므로 변경 계약서와 증액 시점을 함께 확인해야 합니다.
• 2개월 안에 신고를 못 하면 어떻게 되나요?
  기한이 지나도 기한 후 신고를 할 수 있고, 1개월 안에 하면 무신고가산세의 100분의 50을 감면받습니다. 세무서가 결정해 고지하기 전에 신고하는 편이 부담이 적고, 납부지연가산세도 하루 단위로 늘어나므로 서두르는 것이 좋습니다.
• 추징되면 거주주택 양도 당시 다른 특례로 비과세될 수 있나요?
  특례 없이 다시 계산할 때 거주주택 양도 당시의 사실관계로 일시적 2주택 같은 다른 비과세 요건이 맞으면 그 규정을 적용할 수 있는지 검토할 여지가 있습니다. 취득·양도일을 다시 대조해 보십시오.
• 재건축으로 임대를 못 한 기간도 문제가 되나요?
  재건축·재개발 사업이면 관리처분계획 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지는 임대하지 않은 기간에 넣지 않습니다. 인가일과 준공일을 확인할 수 있는 공문을 보관해 두고, 이 기간을 뺀 나머지 공실 기간이 6개월을 넘는지 계산해 보십시오.
• 세무서 고지를 받고 다툴 수 있는 기한은요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 수용·재건축처럼 계속 임대한 것으로 볼 사유가 있었다면 그 자료를 청구서에 붙이십시오. 이의신청은 거치지 않아도 되는 선택 절차입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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