양도소득세

조합원입주권 두 개를 갖고 있다가 하나를 팔면 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 조합원입주권 두 개를 보유한 상태에서 하나를 양도하면 1세대 1주택 비과세를 받을 수 없습니다. 국세청은 2024년 5월 27일 회신에서 새로 산 주택이 입주권 양도일 전에 관리처분계획인가로 조합원입주권이 된 사안에 대해 양도일 현재 입주권 2개를 보유한 것이므로 소득세법 제89조 제1항 제4호의 비과세가 적용되지 않는다고 보았습니다. 지금은 양도일 현재 보유한 것이 주택인지 입주권인지를 관리처분계획인가일과 잔금일을 놓고 확인해 두십시오.

입주권을 판 뒤에 새 주택을 사거나, 새 주택의 관리처분계획인가 전에 입주권을 팔았다면 비과세를 검토할 여지가 있습니다. 순서가 이미 정해진 뒤에 계약서 날짜를 바꾸는 방법은 없으므로 잔금일과 인가일을 그대로 놓고 요건을 따집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 9월 서울의 재건축 대상 주택을 샀고, 2019년 9월 관리처분계획인가로 그 주택은 A입주권이 되었습니다. 2025년 1월 27일 다른 재개발구역의 B주택을 사는 계약을 맺었고, 1월 29일에는 A입주권을 파는 계약을 맺었습니다. 1월 30일 B주택 잔금을 치렀는데 같은 날 그 구역의 관리처분계획인가가 나서 B주택도 B입주권이 되었습니다. A씨는 2월 말 A입주권을 양도하면서, B주택을 취득한 날부터 3년 안에 A입주권을 판 것이니 1주택과 1입주권 보유자로 비과세가 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 입주권 두 개 중 하나를 양도한 경우를 어떻게 해석했나요?

조합원입주권을 2개 보유하다가 1개를 양도하면 소득세법 제89조 제1항 제4호의 비과세가 적용되지 않는다고 보았습니다. 국세청은 사전-2024-법규재산-0115(2024. 5. 27.) 사전답변에서, 새로 취득한 주택이 입주권 양도 전에 관리처분계획인가로 조합원입주권으로 바뀐 사안은 양도일 현재 1입주권과 1주택을 보유한 경우가 아니라 입주권 2개를 보유한 경우라고 답했습니다. 제4호 나목은 양도일 현재 1조합원입주권 외에 1주택을 보유한 경우로서 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도할 것을 요건으로 하는데, 새 주택이 양도일에 이미 입주권이 되어 있으면 이 요건을 채울 수 없다는 취지입니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 새 주택의 관리처분계획인가가 입주권 양도일 뒤에 났거나 새 주택을 입주권 양도 뒤에 샀다면 결론이 달라질 수 있습니다.

조합원입주권은 관리처분계획인가로 취득한 입주자로 선정된 지위이므로, 회신 사안처럼 새 주택의 잔금일과 관리처분계획인가일이 같은 날이었어도 입주권 양도일 현재 그 주택은 이미 입주권으로 바뀌어 있어 주택으로 보지 않았습니다.

조합원입주권 비과세는 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법」은 입주권 비과세를 두 경우로 한정합니다. 입주권 1개를 보유한 1세대가 관리처분계획인가일(인가 전 철거 시 철거일) 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 갖춘 기존주택을 소유했어야 하고, 양도일 현재 다른 주택이나 분양권이 없거나(가목), 1주택을 보유하더라도 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도해야(나목) 합니다. 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 그 부분은 과세됩니다.

• 가목 - 양도일 현재 다른 주택도 분양권도 없을 것
• 나목 - 양도일 현재 1주택만 더 있고 그 주택 취득일부터 3년 이내 양도. 분양권이 있으면 적용되지 않습니다
• 3년을 넘긴 경우 - 한국자산관리공사 매각 의뢰, 경매 신청, 공매 진행 등 시행령이 정한 사유에 한해 인정
• 입주권 2개 - 어느 쪽에도 해당하지 않아 비과세 불가

주택과 입주권을 함께 가진 경우 주택을 팔면 어떻게 되나요?

1세대가 주택과 조합원입주권을 보유하다가 주택을 양도하면 원칙적으로 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않습니다. 다만 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 입주권을 취득하고 입주권 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하면 1세대 1주택으로 봅니다. 3년이 지나 양도하더라도 신축주택 완성 후 3년 이내에 세대전원이 이사해 1년 이상 거주하고, 완성 전 또는 완성 후 3년 이내에 종전주택을 양도하면 비과세가 됩니다. 재개발·재건축 기간 동안 살기 위해 사업시행인가일 이후 취득한 대체주택도 1년 이상 거주 등 요건을 갖추면 비과세 대상입니다.

입주권 2개를 가진 사안은 이 특례와도 무관합니다. 주택이 아니라 입주권을 양도한 것이고, 양도일 현재 주택이 없기 때문입니다.

조합원입주권 양도 비과세 대응 순서

• 양도일 현재 보유 자산 확정 - 입주권 양도일(잔금일) 기준으로 다른 부동산이 주택인지 입주권인지 분양권인지 관리처분계획인가 고시일로 확인합니다.
• 순서 조정 검토 - 아직 계약 전이라면 입주권을 먼저 팔고 새 주택을 사거나, 새 구역의 관리처분계획인가 전에 입주권 양도를 마치는 일정을 잡습니다.
• 기존주택 요건 확인 - 관리처분계획인가일 현재 기존주택이 보유 2년(조정대상지역은 거주 2년)을 갖췄는지 봅니다.
• 예정신고 - 비과세가 안 되면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고합니다. 입주권의 장기보유특별공제는 인가 전 토지·건물분 양도차익에만 적용됩니다.
• 불복 검토 - 비과세 신고 뒤 세무서가 과세하면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 관리처분계획인가일과 잔금일이 하루 이틀 차이로 엇갈리거나 인가 전에 기존주택이 철거된 사안은 고시문과 등기부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 조합원입주권 양도소득세 비과세 부인에 따른 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 새 주택 인가가 입주권 양도 뒤에 났으면 비과세가 되나요?
  가능성이 있습니다. 양도일 현재 새로 산 집이 아직 주택이고 그 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 입주권을 양도했다면 제4호 나목 요건에 해당합니다. 다만 입주권의 기존주택이 관리처분계획인가일 현재 비과세 요건을 갖췄어야 하고, 분양권을 함께 보유하고 있으면 적용되지 않습니다.
• 입주권을 팔 때 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?
  비과세 요건을 갖춘 입주권이라도 양도 당시 실지거래가액이 12억원을 넘으면 그 초과 부분에 양도소득세가 과세됩니다. 이때 양도차익과 장기보유특별공제는 시행령이 정한 방법으로 안분해 계산합니다.
• 입주권도 장기보유특별공제를 받나요?
  조합원으로서 취득한 입주권은 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익에 한해 표1의 보유기간별 공제율을 적용합니다. 다른 조합원에게서 산 승계 입주권은 공제 대상이 아닙니다. 인가 이후 발생한 프리미엄 부분은 공제되지 않습니다.
• 주택과 입주권을 갖고 주택을 팔면 비과세가 되나요?
  종전주택을 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 입주권을 취득하고, 입주권 취득일부터 3년 이내에 종전주택을 양도하면 1세대 1주택으로 보아 비과세 요건을 적용합니다. 3년이 지났더라도 신축주택 완성 후 3년 이내 전입해 1년 이상 거주하고 완성 전후 3년 이내에 양도하면 적용됩니다.
• 재건축 기간에 살려고 산 집도 비과세가 되나요?
  사업시행인가일 이후 대체주택을 취득해 1년 이상 거주하고, 신축주택 완성 후 3년 이내에 세대전원이 이사해 1년 이상 거주하며, 완성 전 또는 완성 후 3년 이내에 대체주택을 양도하면 1세대 1주택으로 봅니다. 이 경우 보유기간과 거주기간 제한은 적용되지 않습니다.
• 3년 안에 입주권을 못 팔았으면 끝인가요?
  한국자산관리공사에 매각을 의뢰했거나 법원에 경매를 신청했거나 공매가 진행 중인 경우 등 시행령이 정한 사유가 3년이 되는 날 현재 있으면 3년을 넘겨 양도해도 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 단순히 매수인을 못 찾은 사정은 사유가 아닙니다.
• 비과세로 신고했는데 과세 통지가 오면요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해야 다툴 수 있습니다. 관리처분계획인가 고시일과 잔금일을 증명하는 고시문과 등기부가 쟁점 자료입니다. 심판에서 기각되면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다.

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