세금

신고서에 안 잡힌 결손금도 나중에 이월결손금으로 공제받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 그대로는 공제받을 수 없습니다. 이월결손금은 신고하거나 세무서가 결정·경정한 과세표준, 또는 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 공제됩니다. 대법원은 경정청구를 했더라면 인정됐을 결손금도 실제로 경정되지 않았다면 공제 대상이 아니라고 보았습니다.

아니요, 그대로는 공제받을 수 없습니다. 이월결손금은 신고하거나 세무서가 결정·경정한 과세표준, 또는 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 공제됩니다. 대법원은 경정청구를 했더라면 인정됐을 결손금도 실제로 경정되지 않았다면 공제 대상이 아니라고 보았습니다.

이월결손금은 어떤 결손금만 공제되나요?

법인세법은 이월결손금 공제 대상을 두 요건으로 정합니다. 각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 생긴 결손금이어야 합니다. 그리고 신고·결정·경정·수정신고된 과세표준에 포함된 결손금이어야 합니다.

두 번째 요건은 2009. 12. 31. 법인세법 개정으로 들어왔습니다. 그 전에는 실제로 발생한 결손금이면 신고 여부와 관계없이 공제를 다툴 여지가 있었습니다. 개정 후에는 확정 절차를 거친 결손금만 공제됩니다. 대법원은 그 취지를 법적 안정성을 위해 공제 범위를 줄인 것으로 설명합니다.

공제 한도도 따로 있습니다. 일반 법인은 각 사업연도 소득의 80%까지만 이월결손금을 공제합니다. 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 소득 전액까지 공제합니다. 한도 때문에 남은 금액은 15년 기간 안에서 다음 사업연도로 넘어갑니다.

15년 공제기간은 2020. 1. 1. 이후 개시한 사업연도에 생긴 결손금부터 적용됩니다. 그 전 사업연도의 결손금은 종전 규정을 따릅니다. 2009. 1. 1.부터 2019. 12. 31.까지 개시한 사업연도의 결손금은 10년입니다. 오래된 결손금을 공제할 때는 발생 연도별로 남은 기간을 따로 계산해야 합니다.

결국 장부상 적자와 세무상 이월결손금은 같은 금액이 아닐 수 있습니다. 회계상 손실이 컸어도 신고서 세무조정에서 손금으로 잡지 않았다면 그 부분은 결손금에 포함되지 않습니다. 이 차이를 매년 결손금 관리 명세로 대조해 두어야 이익이 난 해에 공제 범위를 두고 다투지 않습니다.

경정청구를 했으면 인정됐을 결손금은 왜 안 되나요?

법조문이 실제로 신고·경정된 결손금으로 한정하고 있기 때문입니다. 대법원 사안에서 회사는 세무조사 뒤 다른 사업연도 법인세를 다투면서 결손금이 더 있었다고 주장했습니다. 2008·2012 사업연도에 실제 결손금이 더 생겼으니 공제해 달라는 것이었습니다.

대법원은 이 주장을 받아들이지 않았습니다. 그 결손금은 신고하거나 결정·경정된 과세표준에 포함된 결손금이 아니라는 이유였습니다. 적법한 경정청구를 했다면 세무서가 경정해야 했을 금액이라도 마찬가지라고 했습니다.

따라서 결손금이 실제보다 적게 신고됐다면 그 사업연도에 대해 경정청구를 해 두어야 합니다. 경정청구로 결손금이 늘어나도록 경정되면 그 금액이 이월결손금 요건을 갖추게 됩니다. 뒤 사업연도 소송에서 한꺼번에 주장하려는 방식은 통하기 어렵습니다.

세무서가 결손금을 줄였다면 언제 다투어야 하나요?

결손금 감액경정 통지를 받은 단계에서 다투어야 합니다. 대법원은 그 단계에서 다투지 않으면 뒤 사업연도 법인세에서 감액경정이 잘못됐다고 주장할 수 없다고 봅니다. 과세관청이 경정한 결손금 외에 더 공제할 결손금이 있다는 주장도 같습니다.

그래서 대법원은 결손금 감액경정 자체를 항고소송의 대상이 되는 처분으로 봅니다. 납부할 세액이 생기지 않아도 그 통지를 받은 날부터 불복기간이 진행됩니다. 2017두63788 사건은 특수관계인 매출채권의 지연회수 이자를 익금에 넣어 여러 해 결손금을 줄인 사안이었습니다.

예외는 세무서가 통지 절차를 지키지 않은 경우입니다. 법인세법은 과세표준을 결정·경정하면 법인에 알리도록 정하고 있습니다. 대법원은 통지가 없어 불복 기회가 보장되지 않았다면 뒤 사업연도 불복에서 다툴 수 있다고 했습니다. 이 부분은 「결손금 감액경정 통지를 못 받았는데 나중에 다툴 수 있나요?」에서 자세히 다루었습니다.

과소 신고한 결손금은 어떻게 바로잡나요?

결손금이 생긴 사업연도를 대상으로 경정청구를 합니다. 국세기본법은 신고한 결손금액이 세법에 따라 신고해야 할 금액에 미치지 못할 때 경정청구를 허용합니다. 기한은 그 사업연도의 법정신고기한이 지난 후 5년입니다.

세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 경정할 이유가 없다고 알려야 합니다. 거부되면 그 거부처분에 불복할 수 있습니다. 경정청구 단계에서 결손금 계산표와 증빙을 갖추어 두면 뒤 사업연도에 그대로 활용할 수 있습니다.

회사가 15년 동안 결손금을 안고 가는 경우가 많습니다. 결손이 난 해의 장부를 오래 보관해 두어야 하는 이유가 여기에 있습니다. 세무조정계산서와 손금 증빙이 없으면 경정청구를 해도 결손금 증가를 인정받기 어렵습니다.

누락 결손금 확정과 이월공제 대응 순서

• 결손 연도 확인 - 결손금이 실제보다 적게 신고된 사업연도와 금액을 특정합니다.
• 기한 계산 - 그 사업연도 법정신고기한 후 5년이 지나지 않았는지 확인합니다.
• 경정청구 - 결손금 증가를 구하는 경정청구를 내고 계산표와 증빙을 붙입니다.
• 결과 대응 - 거부되면 그 처분에 불복하고, 경정되면 뒤 사업연도 공제에 반영합니다.
• 감액 통지 점검 - 세무서가 결손금을 줄인 통지를 받았다면 그 단계에서 바로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결손 연도의 경정청구 기한과 통지 여부에 따라 공제 가능성이 달라집니다. 법무법인 윤성은 결손금 경정청구와 법인세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 결손 연도 경정청구 기한이 이미 지났다면 방법이 없나요?
  통상의 경정청구는 법정신고기한 후 5년이 지나면 할 수 없습니다. 판결 등 후발적 사유가 생긴 경우라면 그 사유를 안 날부터 3개월 안에 경정청구를 할 수 있는지 따로 검토해야 합니다.
• 수정신고로 결손금을 늘릴 수도 있나요?
  수정신고는 원래 세액을 늘리거나 결손금을 줄일 때 쓰는 절차입니다. 결손금을 늘리려면 경정청구를 해야 합니다. 법인세법도 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금을 공제 대상으로 봅니다.
• 이월결손금은 몇 년까지 공제되나요?
  각 사업연도 개시일 전 15년 이내에 개시한 사업연도에서 생긴 결손금이 대상입니다. 오래된 결손금은 발생 시점에 따라 적용 기간이 다를 수 있어 연도별로 확인해야 합니다.
• 소득이 있는 해에 이월결손금을 전부 공제받을 수 있나요?
  일반 법인은 그 사업연도 소득의 80%까지만 공제됩니다. 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 소득 전액까지 공제할 수 있습니다. 공제하지 못한 금액은 다음 해로 넘어갑니다.
• 세무서가 결손금을 줄였는데 낼 세금이 없으면 통지가 안 오나요?
  납부할 세액이 없어도 결정·경정 내용을 알려야 합니다. 통지를 받지 못해 다툴 기회가 없었다면 뒤 사업연도 불복에서 그 감액경정의 위법을 주장할 여지가 있습니다.
• 결손금 경정청구가 거부되면 언제까지 다투어야 하나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 세무서가 2개월 안에 답하지 않으면 그 기간이 지난 날부터 불복할 수 있습니다.
• 결손금을 소급공제로 환급받은 경우에도 같은가요?
  중소기업 결손금 소급공제는 별도 절차입니다. 환급 뒤 세무서 경정으로 결손금이 줄면 과다 환급세액에 이자상당액을 더해 징수합니다. 두 제도를 함께 계산해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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