세금

자본잠식 계열사의 신주를 액면가에 인수하면 고가매입으로 부인되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

아니요, 신주를 시가보다 비싸게 인수했다는 이유만으로 고가매입으로 부인할 수는 없습니다. 대법원은 신주 인수는 자산 매입이 아니라 자본거래이므로 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용할 수 없다고 보았습니다. 다만 고가 인수로 이익을 본 다른 주주가 특수관계인이면 제8호 나목으로 부인될 수 있습니다.

아니요, 신주를 시가보다 비싸게 인수했다는 이유만으로 고가매입으로 부인할 수는 없습니다. 대법원은 신주 인수는 자산 매입이 아니라 자본거래이므로 시행령 제88조 제1항 제1호를 적용할 수 없다고 보았습니다. 다만 고가 인수로 이익을 본 다른 주주가 특수관계인이면 제8호 나목으로 부인될 수 있습니다.

신주를 비싸게 인수했는데 왜 고가매입이 아닌가요?

신주 인수는 발행회사의 자본을 늘리는 자본거래이기 때문입니다. 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두23488 판결은 이 점을 분명히 했습니다. 주주인 법인이 특수관계인인 다른 법인의 신주를 시가보다 높게 인수해도 「자산을 시가보다 높은 가액으로 매입하는 경우」로 볼 수 없다고 했습니다. 그에 준하는 경우로 보아 제9호를 적용할 수도 없다고 했습니다.

근거는 법령의 체계입니다. 시행령은 자본거래로 인한 이익 분여를 제8호에서 따로 정하고 있습니다. 법인세법은 자본거래로 인한 순자산 증감을 익금이나 손금에 넣지 않는 구조를 두고 있습니다. 그래서 신주의 고가 인수는 제8호 나목의 요건을 갖춘 경우에만 부인할 수 있다는 것입니다.

그 사건에서 회사는 특수관계 회사의 신주를 시가보다 높은 액면가로 인수했습니다. 세무서는 제1호 고가매입으로 과세했지만, 대법원은 처분을 취소한 원심을 유지했습니다. 판결 당시 조문은 구 시행령이지만, 현행 제88조 제1항도 제1호와 제8호 나목을 같은 구조로 두고 있습니다.

그럼 언제 부인되나요?

고가 인수로 이익을 본 다른 주주가 특수관계인일 때입니다. 시행령 제88조 제1항 제8호 나목은 증자에서 신주를 시가보다 높게 인수한 경우를 정합니다. 그로써 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 준 경우입니다. 인수한 회사가 소액주주가 아니어야 하고, 이익을 받은 쪽도 그 회사의 특수관계인이어야 합니다.

서울고등법원 2014. 11. 19. 선고 2013누29928 판결도 같은 기준을 적용했습니다. 금융회사가 자본잠식 상태인 특수관계 레미콘업체들의 신주를 액면가로 사실상 인수한 사안입니다. 법원은 제1호 고가매입에 해당하지 않고, 이익을 받은 다른 주주가 특수관계인이라는 자료도 없다며 부인을 받아들이지 않았습니다. 세무서의 상고는 대법원 2015. 5. 14. 선고 2014두15450 판결로 기각됐습니다.

결국 계열사 증자 참여에서 따질 것은 그 회사의 주주 구성입니다. 대표 가족이나 다른 계열사가 주주로 있으면 고가 인수 이익이 그들에게 돌아가는 구조가 됩니다. 반대로 특수관계 없는 투자자만 주주라면 그 이익을 이유로 부인되지 않습니다.

다른 회사를 거쳐 출자해도 같나요?

판결 사안의 금융회사는 기업구조조정조합에 출자하고, 그 조합이 레미콘업체 주식을 사들이는 방식을 썼습니다. 세무서는 조합이 도관에 불과해 회사가 시가 0원인 주식을 직접 산 것이라고 주장했습니다. 원심은 이 주장을 받아들이지 않았고, 대법원도 원심 판단을 수긍했습니다.

원심이 든 사정은 이렇습니다. 주식 가치가 0원이 된 것은 취득 뒤 그룹 구조조정과 1대 0 합병비율 때문으로 볼 여지가 충분했습니다. 레미콘업체들은 증자 뒤 부채가 줄어 순이익을 냈으므로 출자가 합리성이 전혀 없다고 볼 수도 없었습니다.

세무서는 출자의 실질이 회수하지 못한 대여금이라고도 주장했습니다. 대법원은 대출이 특수관계가 생기기 전에 이루어졌고 주된 수익사업으로 한 정상 대출이라는 원심 판단을 유지했습니다. 그래서 업무무관 가지급금의 대손으로 보아 손금을 부인할 수 없다고 했습니다.

제8호 나목으로 부인되면 세금은 어떻게 되나요?

분여한 이익이 익금에 들어가고, 그 금액은 신주 취득가액에서도 빠집니다. 익금 계산은 상속세 및 증여세법의 증자 이익 규정을 준용합니다. 시가초과액은 주식 취득가액에 포함하지 않으므로 나중에 주식을 팔 때 손실로 다시 공제받지 못합니다.

이익을 받은 주주가 개인이라 증여세가 과세되는 금액은 기타 사외유출로 처분됩니다. 제8호에는 자산 거래에 두는 3억원·5% 기준이 없습니다. 증자 규모가 작아도 특수관계 주주 구성이 있으면 검토해야 합니다.

계열사 증자 참여 대응 순서

• 주주 구성 확인 - 발행회사의 다른 주주 가운데 대표 가족이나 계열사 등 특수관계인이 있는지 확인합니다.
• 신주 시가 평가 - 증자 당시 신주의 시가를 평가해 인수가액과의 차이를 계산합니다.
• 참여 이유 기록 - 채권 회수, 거래 유지 등 회사가 증자에 참여하는 이유를 이사회 의사록에 남깁니다.
• 처분 사유 대응 - 세무서가 제1호 고가매입으로 과세했다면 자본거래 법리로 다툽니다.
• 사후 관리 - 이후 합병이나 감자로 주식 가치가 사라지면 손실 귀속 사업연도를 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 발행회사의 주주 구성과 신주 시가, 증자 참여 경위에 따라 부당행위 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 계열회사 증자·출자 거래의 부당행위계산 부인 검토와 법인세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이미 발행된 계열사 주식을 다른 주주에게서 비싸게 사면 어떻게 되나요?
  기존 주식 매입은 자본거래가 아니라 자산 매입입니다. 특수관계인에게서 시가보다 비싸게 샀다면 제1호 고가매입으로 부인될 수 있습니다. 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상이어야 합니다.
• 계열사 대여금을 출자전환할 때도 같은 기준인가요?
  출자전환도 채권으로 신주를 인수하는 증자이므로 제8호 나목의 요건을 따집니다. 회사의 손해를 줄이려는 합리적 판단이었다면 부인되지 않은 대법원 판결도 있습니다.
• 신주를 비싸게 인수한 손실은 언제 손금이 되나요?
  주식을 처분하거나 가치가 확정적으로 사라진 사업연도의 문제로 다뤄집니다. 판결 사안에서는 1대 0 합병으로 주식이 사라진 사업연도의 손금 산입이 인정됐습니다.
• 발행회사 주주가 우리 회사 하나뿐이면 문제가 없나요?
  다른 주주가 없으면 고가 인수로 이익을 받는 특수관계 주주도 없습니다. 이 경우 제8호 나목의 요건을 갖추기 어렵습니다. 다만 증자 전후 주주 구성을 함께 확인하십시오.
• 공정거래법상 부당지원으로 볼 수도 있나요?
  세법상 부당행위 판단과 공정거래법상 부당지원 판단은 기준이 다릅니다. 한쪽 결론이 다른 쪽에 그대로 이어지지 않으므로 각각의 기준으로 검토해야 합니다.
• 실권주를 특수관계 회사가 비싸게 인수하면 누가 과세되나요?
  고가로 인수한 법인이 특수관계인인 다른 주주에게 이익을 준 것이면 인수한 법인에 제8호 나목이 적용될 수 있습니다. 이익을 받은 주주에게는 별도 과세 문제가 생길 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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