양도소득세

임대등록이 자동말소된 아파트를 팔면 8년 임대 50% 공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 2020년 12월 31일 이전에 등록한 장기일반민간임대주택이 임대의무기간 종료로 자동말소된 경우 2023년 2월 28일 이후 양도해도 개정 전 규정에 따라 8년 임대 50% 장기보유특별공제를 적용할 수 있습니다. 국세청은 2025년 9월 29일 회신에서 부칙 경과조치로 종전 법과 종전 시행령이 함께 적용된다고 보았습니다. 지금은 임대사업자 등록증에서 장기일반 변경 신고일이 2020년 7월 11일 전인지 확인해 두십시오.

등록이 자동으로 말소됐다고 해서 그동안 쌓은 임대 실적이 사라지는 것은 아닙니다. 아파트 장기일반민간임대주택은 임대의무기간이 끝나면 법에 따라 말소되는데, 세법은 그 경우 8년을 채운 것으로 보도록 만들어져 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2017년 10월 아파트를 사서 2018년 5월 단기민간임대주택으로 등록했고, 2020년 4월 장기일반민간임대주택으로 변경 신고했습니다. 2026년 5월 임대의무기간이 끝나 등록이 자동말소되었고, 2026년 9월 아파트를 팔았습니다. 양도차익은 4억원이고 그중 기준시가로 안분한 임대기간 중 양도차익은 2억 8,000만원입니다. A씨는 8년 임대 특례가 2022년 말 법 개정으로 없어졌다고 들었는데, 자기처럼 그 전에 등록한 사람도 50% 공제를 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 자동말소된 장기일반민간임대주택의 특례 적용을 어떻게 해석했나요?

2020년 12월 31일 이전에 등록한 장기일반민간임대주택이 임대의무기간 종료로 자동말소된 경우, 2023년 2월 28일 이후에 양도하더라도 개정 전 조세특례제한법 제97조의3과 개정 전 시행령 제97조의3 제2항을 적용할 수 있다고 보았습니다. 국세청은 2025년 9월 29일 사전답변(사전-2025-법규재산-0869)에서, 단기임대주택으로 등록한 아파트를 2020년 7월 11일 전에 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 뒤 등록이 자동말소된 사안에 대해 이렇게 답했습니다. 2022년 12월 31일 법 개정으로 8년 임대 요건과 50% 공제율은 조문에서 빠졌지만, 부칙 경과조치가 시행 전에 등록한 주택은 종전 규정에 따르도록 정했기 때문입니다. 시행령도 2023년 2월 28일 개정으로 자동말소 주택을 8년 등록·임대한 것으로 보는 조항이 삭제됐지만, 종전 법이 적용되는 주택에는 종전 시행령이 함께 적용된다는 취지입니다. 이 회신은 2020년 7월 11일 전에 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 사실관계를 전제로 하므로, 2020년 7월 11일 이후에 변경 신고했거나 임대료 증액 제한을 어긴 경우에는 결론이 달라집니다.

종전 규정은 장기일반민간임대주택을 8년 이상 계속 임대한 뒤 양도하면 임대기간 중 양도차익에 50% 공제율을, 10년 이상이면 70% 공제율을 적용했습니다. 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 임대의무기간 종료로 등록 말소되면 8년 동안 등록·임대한 것으로 보았으므로, 실제 임대가 8년에 조금 못 미쳐도 50% 공제를 받을 수 있습니다.

지금 등록하는 임대주택은 어떤 요건으로 특례를 받나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「조세특례제한법」은 민간건설임대주택으로서 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택을 2027년 12월 31일까지 등록하고 10년 이상 계속 임대한 뒤 양도하는 경우에만 임대기간 중 양도차익에 70% 공제율을 적용합니다. 8년 임대·50% 공제는 없고, 매입임대주택은 대상에서 빠졌습니다. 2020년 7월 11일 이후 단기임대를 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택도 제외됩니다. 임대보증금·임대료 증가율 5% 이하, 국민주택규모 이하, 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하 요건은 그대로입니다.

• 종전 규정 적용 대상 - 2022년 12월 31일 법 개정 시행 전에 등록한 공공지원·장기일반민간임대주택. 8년 임대 50%, 10년 임대 70%.
• 현행 규정 적용 대상 - 개정 후 등록한 민간건설임대주택. 10년 임대 70%만.
• 자동말소 아파트 - 종전 규정 대상이면 말소 시 8년 등록·임대로 간주. 현행 시행령에는 이 간주 조항이 없음.

50% 공제는 양도차익 전체에 적용되나요?

아닙니다. 임대기간 중 발생한 양도차익에만 적용되고, 그 금액은 기준시가로 안분해 계산합니다. 전체 양도차익에 임대기간 마지막 날 기준시가와 임대 개시일 기준시가의 차이를 양도일 기준시가와 취득일 기준시가의 차이로 나눈 비율을 곱합니다. 단기임대에서 장기일반으로 변경 신고한 경우 임대 개시일은 민간임대주택에 관한 특별법 시행령이 정하는 변경 시점부터입니다. 위 사례처럼 양도차익 4억원 중 임대기간 안분 양도차익이 2억 8,000만원이면 그 50%인 1억 4,000만원이 특례 공제액이고, 나머지 1억 2,000만원은 일반 장기보유특별공제율로 계산합니다.

임대료 증액 제한은 종전 규정에서도 요건입니다. 임대차계약 또는 약정한 증액 뒤 1년 안에는 증액을 청구하지 못하고, 증가율은 5%를 넘지 못합니다. 등록 기간 중 한 번이라도 이 기준을 넘긴 계약이 있으면 특례 전체가 부인될 수 있으므로 임대차계약서를 전부 모아 확인해야 합니다.

자동말소 임대주택 양도소득세 대응 순서

• 등록 이력 확인 - 임대사업자 등록증과 변경 신고 서류로 최초 등록일, 장기일반 변경 신고일이 2020년 7월 11일 전인지, 자동말소일을 확인합니다.
• 종전 규정 해당 여부 - 등록일이 2022년 12월 31일 개정 시행 전이면 부칙 제38조로 종전 규정이 적용됩니다.
• 임대료 증액 점검 - 등록 기간의 임대차계약서를 날짜순으로 놓고 증가율 5%와 1년 내 증액 금지를 지켰는지 봅니다.
• 안분 계산 - 취득일·임대 개시일·임대 종료일·양도일의 기준시가를 조회해 임대기간 중 양도차익을 계산합니다.
• 신고와 경정청구 - 예정신고에 과세특례적용신청서를 함께 내고, 이미 일반 공제율로 신고했다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 2020년 7월 11일 이후 변경 신고했거나 자진말소한 경우, 거주주택 비과세 특례와 겹치는 경우에는 등록증과 임대차계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 양도소득세 과세특례 부인에 따른 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자동말소는 무엇이고 언제 되나요?
  종전 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택과 단기민간임대주택은 임대의무기간이 끝난 날 등록이 법에 따라 말소됩니다. 임대사업자가 신청하지 않아도 말소되므로 자동말소라고 부릅니다. 말소 뒤에도 이미 맺은 임대차계약 기간이 끝날 때까지는 임차인에 대해 임대사업자로 봅니다.
• 8년 임대 50% 공제는 폐지되지 않았나요?
  조문에서는 빠졌지만 경과조치로 살아 있습니다. 2022년 12월 31일 개정으로 10년 임대 70% 공제만 남았으나, 부칙 제38조는 시행 전에 등록한 공공지원·장기일반민간임대주택은 종전 규정에 따르도록 정했습니다. 국세청도 2025년 9월 29일 회신에서 2020년 12월 31일 이전 등록분에 종전 규정이 적용된다고 보았습니다.
• 실제 임대가 8년에 못 미쳐도 되나요?
  종전 시행령은 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이 임대의무기간 종료로 등록 말소되면 8년 동안 등록·임대한 것으로 보았습니다. 따라서 종전 규정 적용 대상인 아파트가 자동말소되면 실제 임대기간이 8년에 조금 못 미쳐도 8년 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 임대료 증액 제한 등 다른 요건은 따로 갖춰야 합니다.
• 2020년 7월 11일 이후 장기로 바꿨으면요?
  특례 대상에서 제외됩니다. 종전 규정과 현행 규정 모두 2020년 7월 11일 이후 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 괄호에서 명시적으로 뺐습니다. 변경 신고일이 2020년 7월 10일까지인지 임대사업자 등록 변경 서류로 확인해야 합니다.
• 임대기간 중 양도차익은 어떻게 계산하나요?
  전체 양도차익에 임대기간 마지막 날 기준시가에서 임대 개시일 기준시가를 뺀 금액을, 양도일 기준시가에서 취득일 기준시가를 뺀 금액으로 나눈 비율을 곱합니다. 양도차익 4억원에 비율이 70%이면 2억 8,000만원이 임대기간 중 양도차익이고 그 50%인 1억 4,000만원이 특례 공제액입니다.
• 임대료를 한 번 5% 넘게 올렸으면 어떻게 되나요?
  임대보증금 또는 임대료 증가율 5% 이하와 1년 내 증액 금지는 특례의 요건이므로, 등록 기간 중 이를 어긴 계약이 있으면 과세관청은 특례 적용을 부인합니다. 보증금과 월세를 서로 전환한 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항의 기준으로 계산하므로 전환 계산서를 먼저 확인해야 합니다.
• 이미 일반 공제율로 신고했는데 돌려받을 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 과세특례적용신청서와 임대사업자 등록증, 임대차계약서를 붙여 종전 규정 적용 대상임을 소명합니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결정하거나 거부 통지를 해야 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구로 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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