세금

두 해 이상 잘못이 있다며 이미 조사받은 연도를 다시 조사하면 다툴 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 다툴 수 있지만 세무서가 두 가지를 갖추면 같은 연도 재조사도 적법합니다. 하나의 원인으로 여러 해에 잘못이 생겼고, 재조사를 시작할 때 뒷받침할 자료가 있어야 합니다. 대법원은 협약에서 비롯된 비용 사안에서 두 요건을 인정해 납세자 상고를 기각했습니다. 해마다 같은 잘못이 있었다는 설명만으로 단념할 일은 없습니다.

네, 다툴 수 있지만 세무서가 두 가지를 갖추면 같은 연도 재조사도 적법합니다. 하나의 원인으로 여러 해에 잘못이 생겼고, 재조사를 시작할 때 뒷받침할 자료가 있어야 합니다. 대법원은 협약에서 비롯된 비용 사안에서 두 요건을 인정해 납세자 상고를 기각했습니다. 해마다 같은 잘못이 있었다는 설명만으로 단념할 일은 없습니다.

여러 해에 걸친 잘못이면 이미 조사받은 연도도 다시 조사할 수 있나요?

하나의 원인으로 여러 과세기간에 걸쳐 세액 산정의 오류나 누락이 생긴 경우에만 다시 조사할 수 있습니다. 국세기본법은 같은 세목과 같은 과세기간의 재조사를 원칙적으로 금지합니다. 예외의 하나가 「2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우」입니다. 대법원은 다른 해에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 그해에도 단순히 되풀이된 때는 여기에 해당하지 않는다고 했습니다.

해당하는 경우는 두 갈래입니다. 하나는 완결적인 하나의 행위 때문에 같은 잘못이 여러 해 자동으로 반복되는 경우입니다. 다른 하나는 하나의 행위로 잘못의 원칙이 정해지고, 그 뒤 해마다 예정된 후속조치로 구체화되는 경우입니다. 대법원 2014두6562 판결이 뒤의 예입니다. 회사 이사회가 창업주에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 성과상여금을 주기로 결의했습니다. 액수는 해마다 주주총회와 이사회에서 정했습니다. 대법원은 처음 결의가 5년간 지급의 원인이 됐다고 보아 예외에 해당할 여지가 있다고 했습니다.

이미 조사받은 연도의 재조사를 적법하다고 본 사건은 어떤 사안인가요?

회사가 한 협약에서 비롯된 비용을 해마다 같은 방식으로 손금 처리한 사안이었고, 납세자가 졌습니다. 회사는 2003. 12. 31. 지방자치단체 등과 폐석회 처리 협약을 맺었습니다. 그 뒤 2007 사업연도 법인세를 신고하면서 폐석회 처리공사 비용을 통상 비용으로 손금 처리했습니다. 2009년 세무조사는 2004·2005 사업연도 통합조사였습니다. 그 결과통지에는 2004~2008 사업연도 항목이 적출됐지만 이 비용에는 조치가 없었습니다. 2013년 조사는 2009·2010 사업연도로 시작했다가 범위확대 통지로 2007·2008 사업연도까지 넓어졌습니다. 세무서는 이 비용을 토지의 자본적 지출로 보고 2007 사업연도 법인세 약 46억 9천만원(가산세 포함) 등을 고지했습니다.

대법원은 원심 이유 설시가 다소 미흡하다면서도, 직접 이유를 들어 2007 사업연도 조사를 적법하다고 보았습니다. 회사가 협약 무렵 이미 비용을 손금 처리하기로 예정했던 것으로 보인다고 했습니다. 협약, 충당금 설정, 해마다의 비용 지출이 함께 하나의 원인이 됐다는 것입니다. 또 과세관청이 2009년 조사 뒤 끝난 1단계 매립공사를 알게 됐다고 보았습니다. 공장 부지 감정평가서 등 구체적 자료를 확보해 2007 사업연도 조사를 개시했다고 판단했습니다. 비용이 자본적 지출이라는 원심 판단도 유지돼 상고는 기각됐습니다.

세무서가 조사를 시작할 때 자료가 있었는지는 어떻게 다투나요?

재조사 예외 사유는 재조사를 시작할 때 갖춰져 있어야 하므로, 그때 세무서가 무엇을 근거로 삼았는지가 쟁점입니다. 대법원은 예외 사유를 뒷받침할 만한 구체적인 자료로 재조사를 개시한 경우에 비로소 적법하다고 했습니다. 그 연도의 재조사를 시작한 뒤에야 확보한 자료만으로 예외를 채우기는 어렵다고 볼 수 있습니다. 다른 연도를 조사하다 범위를 넓혀 들어갔다면 넓힐 때 자료가 있었는지가 기준이 된다고 볼 수 있습니다. 2014두6562 판결은 세무서가 구체적 자료로 조사를 시작했는지 더 심리하라며 원심을 파기환송했습니다.

다툴 지점은 앞선 조사의 자료와 이번 조사의 근거를 맞대어 보는 것입니다. 2017두50492 사건에서 대법원은 앞선 조사 때 회사가 낸 요구자료 현황에 감정평가서가 없었다는 사실을 짚었습니다. 다른 예외 사유인 명백한 탈루 자료에 관해서는 종전 조사에서 이미 조사된 자료는 포함되지 않는다는 판결이 있습니다. 세무서가 내세운 근거가 앞선 조사 때 이미 낸 자료라면 이 점을 다툴 수 있습니다.

예외가 인정되지 않으면 그 재조사에 기초한 처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법합니다. 재조사로 얻은 자료를 과세 근거로 삼지 않았더라도 같습니다. 이 결론의 범위는 「같은 세목·같은 연도를 또 세무조사했다면 그 과세처분은 취소되나요?」에서 설명했습니다.

조사 범위를 넓힌다는 통지를 받았다면 재조사 문제는 사라지나요?

아니요, 조사 범위 확대 요건과 재조사 예외 사유는 따로 갖춰야 합니다. 국세기본법은 조사 중 범위 확대를 원칙적으로 막고, 시행령이 정한 경우에만 문서로 통지해 넓히게 합니다. 시행령이 드는 경우의 하나는 조사대상 연도의 특정 항목에 명백한 탈루 혐의나 세법 적용 착오가 있는 경우입니다. 같은 항목이 다른 과세기간에도 있어 같은 문제가 의심되면 그 항목을 조사할 수 있습니다. 넓혀 들어간 해가 이미 조사받은 해라면 재조사 예외도 갖춰야 합니다. 2017두50492 사건에서도 범위확대 통지로 2007 사업연도가 포함됐습니다. 대법원은 재조사 예외에 해당하는지를 따로 판단했습니다.

앞선 조사가 국세기본법이 정한 부분조사였다면 그 조사에 포함되지 않은 부분은 다시 조사할 수 있습니다. 이 경우는 「특정 항목만 부분조사를 받았는데, 같은 해 다른 항목을 또 조사받을 수 있나요?」에서 다뤘습니다. 앞선 조사가 통합조사였다면 세무서는 재조사 예외 사유를 따로 갖춰야 합니다.

재조사 예외 다툼 대응 순서

• 조사 이력 대조 - 앞선 조사와 이번 조사의 사전통지서, 범위확대 통지서, 결과통지서를 모아 세목·과세기간이 겹치는 부분을 표시합니다.
• 앞선 제출 자료 정리 - 앞선 조사 때 낸 요구자료 목록과 문답서를 확보합니다. 세무서가 이번에 내세우는 자료가 그때 이미 제출된 것인지 대조합니다.
• 원인 행위 분석 - 여러 해의 처리가 하나의 결의나 계약에서 나왔는지, 해마다 따로 판단한 것인지 의사록과 결재 문서로 정리합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 재조사 위법과 실체 쟁점을 함께 주장합니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내고, 조사 개시의 근거 자료를 밝히라고 요구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 잘못의 원인과 조사 개시 당시 자료에 따라 재조사의 적법성이 달라집니다. 법무법인 윤성은 중복 세무조사를 다투는 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재조사 예외 사유는 누가 증명해야 하나요?
  과세관청이 뒷받침해야 한다고 볼 수 있습니다. 대법원은 과세관청이 예외 사유를 뒷받침할 구체적 자료로 재조사를 개시한 경우에 비로소 적법하다고 했습니다. 납세자는 그런 자료가 없었거나 이미 낸 자료라는 점을 다툽니다.
• 조사 도중에 새 자료가 나오면 그때부터 예외가 되나요?
  그 연도의 재조사를 시작한 뒤에 찾아낸 자료만으로는 예외가 되기 어렵다고 볼 수 있습니다. 대법원은 예외 사유가 재조사 개시 당시에 갖춰져야 한다고 했습니다. 다른 연도를 조사하다 범위를 넓혔다면 넓힐 때 자료가 있었는지를 봅니다.
• 국세청 내부 감사에서 지적됐다는 이유로 다시 조사할 수 있나요?
  감사 지적만으로 재조사가 허용된다고 보기는 어렵습니다. 대법원은 국세청 내부감사 결과에 따라 재조사를 지시한 사안에서 예외에 해당하지 않는다고 보았습니다. 종전 조사에서 이미 조사된 자료는 명백한 탈루 자료에 들지 않는다고 했습니다.
• 재조사가 위법하면 다른 연도 세금도 함께 취소되나요?
  재조사 금지는 같은 세목·같은 과세기간 단위로 따집니다. 처음 조사받는 연도의 처분에는 이 사유가 그대로 적용되지 않습니다. 2017두50492 사건에서도 재조사 여부가 문제 된 것은 2007 사업연도 조사였습니다.
• 심판청구에서 재조사 결정이 나면 세무서는 무엇이든 다시 조사할 수 있나요?
  아니요, 재조사 결정에 따른 조사는 결정서 주문에 적힌 범위로 한정됩니다. 그 범위를 넘어 같은 세목·과세기간을 조사하려면 다른 예외 사유가 있어야 합니다.
• 사전통지서의 조사 사유가 막연하게 적혀 있다면요?
  세무서는 원칙적으로 조사 시작 20일 전에 조사대상 세목, 조사기간, 조사 사유를 알려야 합니다. 통지서의 사유는 개시 당시 근거를 보여 주는 첫 자료입니다. 기재가 막연하다면 통지서 원본을 그대로 보관해 두십시오.
• 조세범칙조사로 다시 조사해도 재조사 금지가 적용되나요?
  적용됩니다. 국세기본법은 세무조사에 조세범칙조사를 포함한다고 정합니다. 다만 시행령은 조세범칙행위 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우를 재조사 예외로 둡니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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