법인세·소득세

손익 없는 자회사를 흡수합병해도 합병 전 며칠분 법인세 신고를 해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 적격합병 과세특례를 받으려면 손익이 없어도 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 1사업연도로 보아 피합병법인의 법인세를 신고해야 합니다. 합병과세특례신청서는 이 신고 때 합병법인과 함께 내는 것이어서 신고 없이 신청서만 낼 수 없습니다. 지금은 합병등기일과 그 달 말일부터 3개월인 신고기한부터 확인하십시오.

손익이 없다고 해서 신고서를 생략할 수 있는 것은 아닙니다. 적격합병 과세특례를 적용받으려면 피합병법인이 이 과세표준 신고를 할 때 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 내야 하기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 2차전지 소재 사업을 하는 회사로, 100% 자회사인 D사를 흡수합병하기로 했습니다. 합병기일은 2026년 1월 1일, 합병등기일은 같은 해 1월 5일로 정했고, D사는 그 닷새 동안 영업 거래를 하지 않았습니다. 재무 담당자는 손익이 없는 닷새짜리 사업연도까지 법인세 신고를 해야 하는지, 적격합병 특례 신청서는 언제 내야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

거래가 없던 며칠도 법인세 신고를 해야 하나요?

네, 적격합병에 따른 양도손익 과세특례를 받으려면 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 1사업연도로 보아 피합병법인의 법인세를 신고해야 합니다. 그 기간에 귀속되는 손익이 없어도 마찬가지입니다.

내국법인이 사업연도 중에 합병으로 해산하면 그 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 해산한 법인의 1사업연도로 봅니다. 그리고 법인세 과세표준 신고 의무는 각 사업연도 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인에도 똑같이 적용됩니다.

사례에서는 2026년 1월 1일부터 1월 5일까지가 D사의 마지막 사업연도이고, 신고기한은 1월 말일부터 3개월인 2026년 4월 30일입니다. 직전 사업연도인 2025년분은 정상 사업연도로 따로 신고합니다.

합병과세특례신청서는 누가 언제 내나요?

피합병법인이 의제사업연도의 법인세를 신고할 때 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 냅니다. 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인 납세지 관할 세무서장에게 함께 냅니다.

적격합병이면 피합병법인 자산의 양도가액을 합병등기일 현재 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있습니다. 그러나 이 특례는 신청을 전제로 하므로, 신고와 신청서 제출을 빠뜨리면 양도손익 과세 여부를 두고 다툼이 생길 수 있습니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」도 신청서 제출 시점을 피합병법인의 과세표준 신고 때로 정하고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 법규법인2012-506(2013. 2. 5.)에서, 내국법인이 완전자회사를 합병해 양도손익이 없는 것으로 하려면 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 1사업연도로 하여 법인세 과세표준과 세액을 신고하고, 그 신고 때 합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 내야 한다고 회신했습니다. 합병법인은 자산조정계정에 관한 명세서를 함께 내야 한다고 보았습니다.

국세청은 직전 사업연도 신고기한에 신청서를 내는 방법은 직전 사업연도가 합병과 무관한 정상 사업연도라 맞지 않고, 의제사업연도 신고 없이 신청서만 내는 방법도 시행령이 과세표준 신고를 전제로 하므로 허용되지 않는다고 설명했습니다. 손익이 없는 의제사업연도는 신고하지 않을 수 있다는 예전 해석이 있었지만, 특례를 받으려면 신고가 필요하다는 것입니다. 질의한 사실관계를 전제로 한 해석이므로 합병 형태가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

완전자회사 합병은 왜 적격합병이 되나요?

내국법인이 발행주식총수를 소유한 완전자회사를 합병하거나, 같은 법인이 100% 소유한 자회사끼리 합병하면 법인세법은 일반 적격합병 요건을 갖추지 않아도 적격합병으로 볼 수 있게 정합니다. 사업 계속, 주식 보유, 근로자 승계 같은 요건을 따로 따지지 않는 것입니다.

다만 적격합병으로 볼 수 있다는 것과 특례를 실제로 적용받는 것은 다른 문제입니다. 특례는 신고와 신청서 제출로 완성되므로, 합병 일정이 잡히면 의제사업연도 결산과 신고 일정을 함께 정해 두어야 합니다.

자회사 흡수합병 의제사업연도 신고 순서

• 일정 확정 - 합병기일과 합병등기일을 정하고, 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월인 신고기한을 계산합니다.
• 의제사업연도 결산 - 사업연도 개시일부터 합병등기일까지의 재무제표를 만들고, 손익이 없어도 세무조정계산서를 준비합니다.
• 신고와 신청 - 피합병법인 명의로 법인세 과세표준 및 세액신고서를 내면서 합병과세특례 신청서를 합병법인과 함께 제출합니다.
• 합병법인 서류 - 합병법인은 자산조정계정명세서를 피합병법인 관할 세무서에 내고, 승계받은 자산·부채의 장부가액을 맞춰 둡니다.
• 누락 대응 - 신청서를 빠뜨렸다면 경위와 적격 요건 충족 자료를 정리해 수정신고나 경정청구를 검토하고, 과세되면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 합병 형태와 일정에 따라 신고 의무와 특례 요건이 달라지므로 합병계약서와 등기부를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병·분할에 따른 법인세 과세 문제와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 합병으로 해산하면 사업연도는 언제 끝나나요?
  사업연도 중에 합병으로 해산하면 그 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 해산한 법인의 1사업연도로 봅니다. 합병기일이 아니라 합병등기일이 기준이므로 두 날짜가 다르면 등기일까지를 계산합니다.
• 소득이 없어도 신고해야 하나요?
  네. 법인세 과세표준 신고 의무는 각 사업연도 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인에도 적용됩니다. 특히 적격합병 과세특례를 받으려면 이 신고 때 신청서를 내야 하므로 신고를 생략하면 안 됩니다.
• 의제사업연도 신고기한은 언제인가요?
  의제사업연도 종료일인 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내입니다. 1월 5일에 합병등기를 했다면 4월 30일까지 신고해야 하며, 성실신고확인서 제출 대상이면 4개월입니다.
• 완전자회사 합병은 요건 없이 적격합병인가요?
  내국법인이 완전자회사를 합병하거나 같은 법인이 100% 소유한 자회사끼리 합병하면 일반 적격합병 요건을 갖추지 않아도 적격합병으로 볼 수 있습니다. 다만 특례를 받으려면 신고와 신청서 제출이 필요합니다.
• 합병법인은 무엇을 내야 하나요?
  합병법인은 피합병법인과 함께 합병과세특례신청서를 내고, 자산조정계정에 관한 명세서를 피합병법인 납세지 관할 세무서장에게 함께 제출합니다. 승계 자산의 장부가액과 시가 차이가 이 명세서에 정리됩니다.
• 적격합병이 아니면 어떻게 과세되나요?
  비적격합병이면 피합병법인이 합병대가와 합병법인이 대신 낸 법인세 등을 양도가액으로 하여 순자산 장부가액과의 차이를 양도손익으로 계산해 피합병법인의 마지막 사업연도 소득에 넣습니다.
• 과세되면 어떻게 다투나요?
  과세예고 통지를 받았다면 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 받은 날부터 90일 이내에 심판청구를 검토합니다. 완전자회사 관계를 보여 주는 주주명부와 신청서 제출 경위가 핵심 자료가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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