양도소득세

임대등록했다 자진말소한 1주택, 안 살았어도 장특공제 80% 표를 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 임대사업자 등록 이력으로 비과세 거주요건이 면제된 1주택이라도 보유기간 중 2년 이상 거주하지 않았다면 12억원 초과 부분에 장기보유특별공제 표 2(최대 80%)를 적용할 수 없고 표 1(최대 30%)을 적용합니다. 소득세법 시행령 제159조의4는 표 2 대상을 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 1세대1주택으로 정합니다. 지금은 주민등록초본으로 이 집에 실제 산 기간부터 합산해 보십시오.

비과세를 받을 수 있는지와 장기보유특별공제를 몇 % 받는지는 따로 판단합니다. 비과세가 된다고 해서 공제율까지 높은 표가 적용된다고 볼 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

K씨는 2016년 10월 아파트 한 채를 사서 바로 세를 놓았고, 2018년 5월 단기민간임대주택으로 임대사업자 등록을 했습니다. 2021년 9월 등록을 자진말소한 뒤에도 같은 임차인에게 계속 세를 주었고, K씨 가족은 직장 근처 전셋집에서 살아 이 아파트에 들어가 산 적이 없습니다. 2026년 4월 이 아파트를 17억원에 팔기로 하고, 12억원을 넘는 부분에 1세대1주택 장기보유특별공제율 표 2를 적용할 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

거주하지 않은 1주택도 장기보유특별공제 표 2를 받나요?

아니요, 1세대1주택이라도 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 장기보유특별공제 표 2를 적용하고, 2년 미만이면 일반 공제율인 표 1을 적용합니다. 비과세 거주요건이 면제된 주택이라도 표 2의 거주요건은 따로 갖춰야 합니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제95조 제2항 단서는 대통령령으로 정하는 1세대1주택에 표 2를 적용하고, 「소득세법 시행령」 제159조의4는 그 1세대1주택을 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것으로 정합니다.

비과세 거주요건과 표 2 거주요건은 어떻게 다른가요?

비과세 거주요건은 취득 시기와 조정대상지역 여부, 임대사업자 등록 이력에 따라 면제되는 경우가 있지만, 표 2의 거주요건 2년에는 이런 면제 규정이 없습니다. 그래서 비과세는 받으면서 공제율은 표 1이 되는 경우가 생깁니다.

• 2017. 8. 2. 이전 취득 주택 - 비과세 판단에 2년 거주요건을 적용하지 않는 종전 규정을 따릅니다.
• 2019. 12. 16. 이전 임대 등록 후 자진말소 - 일정 요건을 갖추면 비과세 거주요건이 적용되지 않습니다.
• 표 2 적용 - 위 두 경우에도 보유기간 중 실제 거주기간 2년 이상이 있어야 합니다.

K씨는 2016년 10월에 취득했으므로 비과세 거주요건은 적용되지 않을 수 있습니다. 그러나 한 번도 살지 않았으므로 12억원 초과 부분에는 표 1을 적용합니다.

공제율 차이는 얼마나 되나요?

9년 넘게 보유했지만 거주하지 않은 주택은 표 1에 따라 양도차익의 18%를 공제합니다. 표 2를 적용할 수 있었다면 보유기간분만 36%이고 거주기간분이 더해져 최대 80%까지 올라갑니다.

예를 들어 12억원을 넘는 부분에 해당하는 양도차익이 3억원이라면 표 1로 5천4백만원을 공제합니다. 보유기간분 표 2 공제율 36%를 적용했다면 1억8백만원이 되어, 공제액 차이 5천4백만원만큼 과세표준이 늘어납니다.

거주하지 않고도 표 2를 받는 길은 없나요?

상생임대주택 요건을 갖추면 장기보유특별공제 표 2를 적용할 때 거주기간 제한을 받지 않습니다. 직전 임대차계약 대비 임대료 인상률 5% 이하의 상생임대차계약을 2021. 12. 20.부터 2026. 12. 31.까지 맺고 2년 이상 임대해야 합니다.

2026. 10. 1.부터는 상생임대차계약의 임대기간이 끝난 날부터 1년과 2029. 12. 31. 중 빠른 날까지 팔아야 하고, 2026. 12. 31. 이전에 임대기간이 끝나면 2027. 12. 31.까지 팔아야 합니다.

미거주 고가주택 장특공 대응 순서

• 거주 이력 확인 - 주민등록초본으로 보유기간 중 이 집에 실제 거주한 기간을 합산합니다. 2년 미만이면 표 1을 전제로 계산합니다.
• 비과세 요건 확인 - 취득일, 취득 당시 조정대상지역 여부, 임대 등록·말소 이력으로 비과세 거주요건 적용 여부를 따로 정리합니다.
• 상생임대 검토 - 임대차계약서로 직전 계약과 상생임대차계약의 인상률, 임대기간, 양도기한을 확인하고 해당하면 상생임대주택에 대한 특례적용신고서를 함께 냅니다.
• 신고 - 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 2개월 안에 예정신고합니다. 표 2로 이미 신고했다면 과세표준수정신고서로 수정신고합니다.
• 불복 검토 - 실제 거주한 기간이 있는데 표 1로 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공동명의나 상속주택처럼 거주기간을 누구 기준으로 셀지 문제 되는 경우는 등기와 주민등록 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대1주택 비과세와 장기보유특별공제를 둘러싼 양도소득세 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 거주기간 2년은 연속으로 살아야 하나요?
  표 2의 거주요건은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인지로 판단하므로 여러 번 나눠 산 기간도 합산할 수 있습니다. 주민등록초본의 전입일과 전출일로 실제 거주 기간을 계산해 합칩니다.
• 2년 이상 3년 미만 살았으면 공제율은요?
  보유기간 3년 이상이고 거주기간 2년 이상 3년 미만이면 표 2에서 거주기간분 8%를 적용합니다. 보유기간분 공제율에 이 8%를 더해 계산하고, 거주기간이 늘수록 공제율도 올라갑니다.
• 표 1 공제율은 최대 몇 %인가요?
  표 1은 보유기간 3년 이상부터 6%로 시작해 1년마다 2%씩 늘어 15년 이상이면 30%입니다. 9년 이상 10년 미만 보유한 주택은 18%를 적용하고, 거주기간에 따른 가산은 없습니다.
• 상생임대주택이면 안 살아도 표 2가 되나요?
  상생임대주택 요건을 갖추면 장기보유특별공제 표 2를 적용할 때 거주기간 제한을 받지 않습니다. 2026. 10. 1.부터는 임대기간 종료일부터 1년과 2029. 12. 31. 중 빠른 날까지 팔아야 합니다.
• 2017년 8월 2일 전에 산 집은 거주요건이 없나요?
  2017. 8. 2. 이전에 취득한 주택은 1세대1주택 비과세 판단에서 2년 거주요건을 적용하지 않는 종전 규정을 따릅니다. 그러나 이 부칙은 비과세 요건에 관한 것이어서 장기보유특별공제 표 2의 거주요건에는 적용되지 않습니다.
• 표 2로 이미 신고했다면 어떻게 하나요?
  세무서가 경정해 통지하기 전에 과세표준수정신고서를 내고 차액을 납부합니다. 법정신고기한이 지난 뒤 빨리 수정신고할수록 과소신고가산세 감면 폭이 커지며, 1개월 이내면 90%를 감면받습니다.
• 실제로 살았는데 표 1로 고지되면요?
  보유기간 중 2년 이상 거주했는데도 표 1로 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 주민등록 외에 관리비·공과금 납부 내역 같은 실제 거주 자료를 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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