세무조사

자녀 법인을 세우라는 세무 컨설팅, 세무조사 대상 선정에는 어떤 영향이 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

자녀 법인을 세우는 것 자체는 세무조사 선정 사유가 아니지만, 자본금 출처, 부모 사업장과의 매출 이동, 특수관계인 거래, 부모 자금 대여가 주주 명세와 각종 신고자료에 남아 국세청 분석에서 서로 연결됩니다. 이 흔적들이 신고와 맞지 않으면 자금출처·증여세·소득세 조사의 계기가 됩니다. 실행 전에 각 단계가 어떤 신고자료에 찍히는지와 자녀 법인이 실제로 하는 일부터 점검하십시오.

자녀 명의 법인을 활용하는 구조는 상속·증여 계획이나 사업 승계 방법으로 자주 제안되고, 요건을 갖추어 실행하면 합법적인 선택지가 될 수 있습니다. 다만 어떤 구조든 국세청은 형식보다 돈과 거래가 실제로 어떻게 움직였는지를 신고자료로 확인합니다. 이 글은 개별 세목의 과세 계산보다, 거래 흐름의 변화가 조사 대상 선정 단계에서 어떻게 드러나는지에 집중합니다. 세목별 계산은 본문에 적은 기존 가이드에서 이어서 확인할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 20년 넘게 개인사업자로 산업용 자재 도매업을 해 왔습니다. 세무 컨설팅을 받고 28세 아들 명의로 법인을 세우면서 자본금 1억원은 G씨가 아들 계좌로 보내 납입했고, 오래 거래하던 큰 거래처 두 곳의 매출을 다음 해부터 아들 법인으로 옮겼습니다. 아들 법인의 운영자금이 모자라 G씨가 3억원을 빌려주었지만 차용증만 쓰고 이자는 받지 않았습니다. 2년 뒤 G씨에게 종합소득세 세무조사 사전통지가 오고, 아들에게는 법인 자본금과 관련한 자금출처 해명안내가 왔습니다. G씨는 컨설팅대로 했을 뿐인데 무엇이 문제였는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자녀 법인을 세우면 국세청 자료에는 무엇이 남나요?

법인을 세우면 설립등기일부터 2개월 안에 법인 설립신고를 하면서 주주 명세서를 내야 하고, 이후 주주가 바뀌면 해마다 법인세 신고 때 주식등변동상황명세서를 냅니다. 자녀가 지배주주인 법인의 출현 자체가 국세청 전산에 기록되고, 자녀의 나이와 소득, 출자 금액이 함께 남습니다.

거래가 시작되면 자료는 더 늘어납니다. 부모 사업장의 매출처가 자녀 법인으로 바뀌면 세금계산서 발행자가 바뀐 기록이 남고, 부모 사업장의 매출 감소와 자녀 법인의 매출 증가가 같은 거래처를 두고 동시에 나타납니다. 법인은 해마다 특수관계인과 거래한 내용을 명세서로 내야 하므로, 부모 회사와 자녀 법인 사이 거래도 그대로 신고됩니다.

국세청은 신고자료, 공시자료, 언론보도, 탈세제보를 수집·분석해 비정기 조사 대상을 고르고, 개별 납세자 분석에서는 부동산·금융자산 변동, 기업자금 유출, 채무 대위변제 같은 혐의를 계기로 듭니다. 자녀 법인 구조는 이 여러 자료가 한 가족 안에서 동시에 움직이기 때문에 연결해서 보기 쉽습니다.

자녀 법인 자본금은 왜 자금출처 분석에 걸리나요?

자녀가 법인에 출자한 돈은 자금출처 분석에서 주식 취득, 즉 돈이 나간 항목으로 잡힙니다. 자녀의 신고 소득이나 신고한 증여가 출자금에 못 미치면 그 차이가 부족액으로 계산됩니다. 국세청은 연소자 가운데 금융자산이나 주식을 많이 가진 사람, 소득에 비해 주식을 많이 가진 근로소득자를 대표적인 분석 유형으로 듭니다. 이 분석 유형은 추후 변동될 수 있습니다.

부모가 보낸 돈으로 자본금을 냈다면 증여로 신고하거나, 빌린 돈이라면 차용 관계를 갖춰야 합니다. 신고하지 않은 가족 간 현금 이전은 국세청 계산표에서 원천으로 잡히지 않으므로, 자본금 규모가 크면 자금출처 해명안내나 조사로 이어질 수 있습니다. 자녀가 부모에게 자본금을 빌릴 때의 이자 문제는 「자녀 법인 자본금을 부모에게 빌리면 이자는 얼마로 해야 하나요?」에서 다룹니다.

현행 상속세 및 증여세 사무처리규정은 자금출처조사 대상자가 배우자나 직계존비속에게서 증여받은 혐의가 있으면 증여자로 의심되는 사람도 함께 선정할 수 있게 합니다. 자녀의 자본금 문제가 부모의 다른 거래까지 들여다보는 계기가 될 수 있다는 뜻입니다.

부모 거래처를 자녀 법인으로 옮기면 무엇을 비교하나요?

거래처 이전에서 국세청이 비교하는 것은 이전 전후의 가격과 자녀 법인이 실제로 하는 일입니다. 부모 회사가 자녀 법인과 시가와 다른 값으로 거래해 법인세 부담을 줄였다면 부당행위계산으로 시가에 맞춰 소득을 다시 계산합니다. 부모 회사가 직접 사던 물건을 자녀 법인을 거쳐 비싸게 사는 구조는 대표적인 검토 대상입니다.

자녀 법인 쪽에서는 증여세 규정이 함께 검토됩니다. 자녀 등 지배주주 일가가 지분 30% 이상을 가진 법인이 부모 쪽 특수관계인과 현저히 유리한 조건으로 거래하면 특정법인 증여의제가, 부모 회사가 일감을 몰아주면 일감몰아주기 증여의제가, 부모 회사가 하던 사업 자체를 넘겨주면 사업기회 제공 증여의제가 문제 됩니다. 요건과 계산은 각각 다르므로 기존 가이드 「부모 회사가 일감을 자녀 법인에 몰아주면 자녀에게 증여세가 나오나요?」와 「부모 회사와 거래처 사이에 자녀 법인을 끼워 넣으면 어떤 세금 문제가 생기나요?」에서 확인하십시오.

부모가 개인사업자라면 법인 쪽 규정과 별개로 부모 본인의 소득세 문제가 남습니다. 오래 거래하던 거래처 매출이 한꺼번에 자녀 법인으로 옮겨 가고 부모 사업장의 매출만 줄었다면, 부모의 종합소득세 신고 성실도 분석이나 비정기 조사에서 그 이유를 묻게 됩니다. 앞의 사례처럼 부모에 대한 소득세 조사와 자녀에 대한 자금출처 확인이 함께 오는 이유가 여기에 있습니다. 부모가 개인사업을 아예 접고 같은 장소, 같은 직원, 같은 거래처로 자녀 법인이 영업을 이어 간다면 사업을 넘긴 대가를 받았는지, 거래처 관계 같은 무형의 가치를 무상으로 넘긴 것은 아닌지도 함께 묻게 됩니다. 폐업 신고와 자녀 법인 사업자등록이 같은 시기에 이루어지면 그 연결은 전산에서 바로 보입니다.

부모가 자녀 법인에 돈을 빌려주면 어떻게 보이나요?

부모가 자녀 법인에 돈을 무이자나 낮은 이자로 빌려주면 자녀 법인은 그만큼 이자를 아끼는 이익을 얻습니다. 자녀 등이 지분 30% 이상을 가진 법인이 지배주주의 특수관계인에게서 재산이나 용역을 무상이나 현저히 낮은 대가로 제공받으면, 그 법인의 이익에 자녀의 지분율을 곱한 금액을 자녀가 증여받은 것으로 보는 규정이 있습니다. 대여금 규모가 크고 기간이 길수록 이 계산이 문제 됩니다.

부모가 법인을 운영하고 그 법인이 자녀 법인에 돈을 빌려주면 부모 회사 쪽에서 인정이자를 계산해 법인세를 다시 매길 수 있습니다. 반대로 자녀 법인이 부모에게 돈을 내주고 회수하지 않으면 자녀 법인의 가지급금이 되어 자녀 법인과 부모에게 각각 세금 문제가 생깁니다. 어느 방향이든 자금 대여는 계약서, 실제 이자 지급, 상환 기록이 함께 있어야 거래로 인정받습니다.

부모가 자녀 법인의 빚을 대신 갚거나 보증을 서서 대출을 받게 하는 경우도 자료에 남습니다. 국세청은 채무 대위변제를 개별 분석의 계기로 들고, 자금출처 분석은 부채 상환을 돈이 나간 항목으로 잡습니다. 부모가 갚은 빚만큼 자녀 쪽에 원천이 없으면 그 차이가 부족액이 됩니다.

실제 사업자가 부모로 보이면 어떻게 되나요?

자녀가 명목상 대표와 주주일 뿐 실제 영업과 의사결정, 자금 관리를 부모가 계속한다면 세무서는 자녀 법인의 소득이 실제로는 부모에게 귀속된다고 볼 수 있습니다. 국세기본법은 소득이나 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 실제 귀속자가 따로 있으면 실제 귀속자에게 과세하고, 제3자를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받으려 한 거래는 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 본다고 정합니다.

조사에서는 자녀 법인 직원이 누구의 지시를 받는지, 거래처와 협상하고 계약서에 서명하는 사람이 누구인지, 법인 통장과 인감을 누가 관리하는지, 자녀가 다른 직장에 다니고 있지는 않은지를 확인합니다. 자녀가 실제로 일하고 의사결정을 한다는 기록이 없으면 구조 전체가 부모의 사업으로 다시 계산될 수 있으므로, 실제 운영 기록이 이 구조의 가장 중요한 증빙입니다. 실질과세 쟁점은 「자녀를 대표로 세운 법인, 세무서가 실제 사업자를 부모로 보면 어떻게 되나요?」에서 이어서 다룹니다.

조사가 시작되면 가족 전체가 함께 조사받나요?

가족이라는 이유만으로 함께 조사받지는 않지만, 거래나 특수관계로 연결된 사람에게 조사 사유와 관련된 혐의가 있으면 관련인으로 함께 선정될 수 있습니다. 조사사무처리규정은 출자·거래·특수관계로 연결된 관련인을 지방국세청장 승인을 받아 동시에 조사할 수 있게 하고, 국세청은 관련인을 주조사대상자의 선정 사유와 관련성이 있을 때만 선정하도록 정합니다. 국세청 기준으로는 자금출처조사 대상자가 지배주주인 법인이 법인세 조사 대상으로 선정되어 있으면 두 조사를 함께 시작하는 것이 원칙입니다. 이 선정 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

자녀 법인 구조에서 조사가 시작되면 요구 자료도 넓어집니다. 자녀 쪽에는 자본금 납입 자금의 출처, 가족관계증명서, 금융자산 잔액과 운용 내역을, 법인 쪽에는 주주명부와 설립 당시 납입 증명, 거래처별 매출 명세, 특수관계인 거래 명세, 대여금 계약서와 이자 지급 내역을, 부모 쪽에는 사업장 매출 변동 경위와 거래처 이전 사유를 묻는 식입니다. 조사 통지서에 적힌 세목과 과세기간을 벗어난 자료 요구라면 범위 확대 통지가 있었는지 확인하고, 없다면 요구 내용과 날짜를 기록해 두십시오.

컨설팅 제안을 실행하기 전에 무엇을 점검해야 하나요?

실행 전 점검의 핵심은 각 단계가 어떤 신고자료에 남는지와 그 자료끼리 맞는지입니다. 자본금은 누구 돈으로 내고 증여세 신고를 할 것인지, 거래처를 옮긴다면 자녀 법인이 재고·물류·영업 같은 실제 기능을 맡는지, 가격은 부모 사업장이 직접 거래하던 수준과 같은지, 자금 대여는 이자와 상환 조건을 실제로 지킬 수 있는지를 하나씩 확인합니다.

제안서에 세금이 줄어드는 효과만 있고 각 단계의 신고 방법이 없다면 그 부분을 따로 물어야 합니다. 실행 과정의 계약서, 이사회 의사록, 자금 이체 기록, 컨설팅 자문 내용은 그대로 보관해 두는 것이 좋습니다. 나중에 조사를 받게 되면 거래 당시 왜 그렇게 했는지를 보여 주는 자료는 이것뿐입니다. 거래 흐름을 이미 바꿨다면, 신고가 빠진 부분은 해명안내나 조사 통지 전에 기한 후 신고나 수정신고로 바로잡는 편이 가산세 부담이 적습니다.

자녀 법인 설립 전 점검 대응 순서

• 거래 흐름 표 만들기 - 자본금, 거래처 이전, 자금 대여, 사업 양도를 단계별로 적고 돈의 출발점과 도착점을 표시합니다. 각 단계가 남기는 신고서를 옆 칸에 적습니다.
• 자본금 출처 정리 - 자녀 본인 소득으로 낼 수 있는 금액과 부모 지원액을 나누고, 지원액은 증여 신고나 차용 계약으로 정리합니다.
• 거래 조건 점검 - 부모 사업장과 자녀 법인 사이 가격이 종전 직접 거래 가격이나 독립 거래처와 같은 수준인지 확인합니다. 자녀 법인이 맡을 실제 기능을 문서로 정합니다.
• 운영 실체 기록 - 자녀가 계약 협상, 결재, 인사를 직접 하는 기록을 남기고 법인 통장과 인감 관리도 자녀가 맡습니다.
• 이미 실행했다면 신고 점검 - 빠진 증여 신고나 특수관계인 거래 명세를 확인하고 해명안내 전에 바로잡습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 각 구조의 과세 여부와 금액은 두 사업체의 규모, 지분율, 거래 조건에 따라 달라지므로 실제 자료를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 가족 법인 거래 구조의 세무 검토와 세무조사 대응, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자녀 법인을 세우면 바로 세무조사 대상이 되나요?
  법인 설립 자체는 세무조사 선정 사유가 아닙니다. 다만 설립 신고의 주주 명세와 자본금 납입, 이후 거래 내역이 국세청 자료에 남아, 자본금 출처나 부모 사업장과의 거래가 설명되지 않으면 해명안내나 조사로 이어질 수 있습니다.
• 자녀 법인 자본금을 부모가 대 주면 증여세를 내야 하나요?
  부모가 자녀에게 출자 자금을 준 것이면 증여로 신고해야 하고, 빌려준 것이라면 차용 계약과 이자 지급, 상환 기록을 갖춰야 합니다. 어느 쪽도 정리되지 않으면 자금출처 분석에서 원천이 없는 출자로 나타납니다.
• 부모 사업장 거래처를 자녀 법인으로 옮기면 안 되나요?
  거래처를 옮기는 것 자체가 금지되지는 않지만, 자녀 법인이 실제 기능을 맡고 가격이 시가 수준이어야 합니다. 부모 회사가 사업을 통째로 넘기면 사업기회 제공, 일감을 몰아주면 일감몰아주기 증여의제 요건을 함께 따져 보아야 합니다.
• 부모가 자녀 법인에 무이자로 빌려줘도 되나요?
  자녀 등이 지분 30% 이상을 가진 법인이 지배주주의 특수관계인에게서 무상이나 현저히 낮은 대가로 이익을 얻으면 그 이익에 지분율을 곱한 금액이 자녀의 증여로 의제될 수 있습니다. 대여 규모와 기간을 기준으로 미리 계산해 보십시오.
• 특수관계인 거래 명세서는 꼭 내야 하나요?
  내국법인은 사업연도마다 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 관할 세무서장에게 내야 합니다. 부모 회사와 자녀 법인이 특수관계라면 두 회사 모두 제출 대상인지 확인하고, 명세서 내용과 실제 거래가 맞는지 점검하십시오.
• 자녀가 다른 회사에 다니면서 대표를 맡아도 되나요?
  겸직 자체가 바로 문제 되지는 않지만, 자녀가 실제로 경영에 참여하지 않고 부모가 모든 결정을 한다면 세무서는 실제 사업자를 부모로 볼 수 있습니다. 자녀의 결재·계약·인사 기록이 실질을 보여 주는 핵심 자료입니다.
• 이미 컨설팅대로 실행했는데 지금 할 수 있는 것은?
  빠진 증여 신고, 특수관계인 거래 명세, 대여금 이자 정산 같은 후속 신고를 먼저 확인하고, 해명안내나 조사 통지 전에 기한 후 신고나 수정신고로 바로잡는 것이 좋습니다. 통지를 받은 뒤 하는 신고는 가산세 감면을 받기 어렵습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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