세금

세무서가 몇 년을 미루다 제척기간 직전에 세금을 매겼다면 무엇으로 다투나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

세무서가 스스로 과세를 미루다 제척기간 직전에 고지했다면 과세전적부심사 기회를 빼앗은 절차 하자로 다툴 수 있습니다. 늦어진 데 정당한 사유가 있었다는 점은 세무서가 증명해야 합니다. 납세자가 세무서의 잘못을 모두 입증할 필요는 없습니다. 신고일부터 고지일까지의 날짜와 연락 기록을 모아 두면 됩니다.

세무서가 스스로 과세를 미루다 제척기간 직전에 고지했다면 과세전적부심사 기회를 빼앗은 절차 하자로 다툴 수 있습니다. 늦어진 데 정당한 사유가 있었다는 점은 세무서가 증명해야 합니다. 납세자가 세무서의 잘못을 모두 입증할 필요는 없습니다. 신고일부터 고지일까지의 날짜와 연락 기록을 모아 두면 됩니다.

제척기간이 3개월도 안 남았다면 적부심 없이 고지해도 되나요?

그 사정만으로는 과세전적부심사를 건너뛸 수 없습니다. 국세기본법은 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하이면 과세전적부심사를 적용하지 않는다고 정합니다. 그러나 대법원은 세무서가 정당한 사유 없이 과세를 장기간 미뤄 이 상황을 만들었다면 예외가 아니라고 보았습니다.

대법원 2025. 12. 11. 선고 2025두34403 판결은 남양주세무서장의 양도소득세 처분 사건입니다. 원심은 3개월 이하이기만 하면 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 보았습니다. 세무서의 귀책사유는 따질 필요가 없다는 판단이었습니다. 대법원은 이 판단에 법리 오해와 심리 미진이 있다며 원심판결을 파기환송했습니다. 세무서 귀책 없이 부득이하게 기간이 임박했는지 심리했어야 한다는 것입니다. 이 사건의 최종 결론은 환송 후 법원이 정합니다.

같은 판단 기준은 대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결에서 먼저 나왔습니다. 정당한 사유를 과세관청이 증명해야 한다는 점도 두 판결이 같습니다. 그 사건은 「제척기간 3개월 전이라며 과세전적부심사 없이 양도세를 고지하면 위법인가요?」에서 다뤘습니다.

세무서가 생략한 것이 과세예고통지라면 다투는 방법이 다른가요?

네, 예고통지 자체를 생략했다면 3개월 예외 조문을 들 수 없어 원칙적으로 위법합니다. 대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두51700 판결의 결론입니다. 이 사건은 종중이 2014 사업연도 법인세 부과처분을 다툰 사안입니다. 세무서는 제척기간 임박을 이유로 예고통지를 생략했습니다.

대법원은 3개월 예외 조문이 「과세예고통지를 하는 날」을 기준으로 삼아 통지를 전제한다고 보았습니다. 관세법이 같은 경우 통지 생략을 명문으로 허용하는 것과 대조된다는 점도 들었습니다. 원심은 세무서가 과세를 장기간 미뤄 스스로 기간 임박을 초래했다며 처분을 취소했습니다. 대법원은 이 판단을 수긍해 세무서장의 상고를 기각했습니다.

판결은 2020. 12. 29. 개정 전 국세기본법을 적용했지만 현행 조문도 같은 구조입니다. 다만 세무서 귀책 없이 부득이하게 기간이 매우 임박했다면 달리 볼 수 있습니다. 이 특별한 사정도 세무서가 증명해야 합니다. 예고통지 생략의 일반 기준은 「제척기간이 임박하면 과세예고통지 없이 세금을 고지해도 되나요?」에서 설명했습니다.

세무서가 과세를 미뤘다는 것은 무엇으로 보여 주나요?

세무서가 과세자료를 받은 날부터 통지까지 무엇을 했는지가 핵심입니다. 그 경위는 세무서가 증명할 몫입니다. 그래도 납세자가 날짜를 정리해 두어야 세무서 주장을 반박할 수 있습니다.

2025두33014 판결의 원심은 세무서가 과세자료를 2021. 8. 3. 이관받은 점을 보았습니다. 과세예고통지는 2022. 5. 2.에야 했습니다. 그 사이 과세 여부를 검토하거나 조사한 증거가 없었고, 더 조사할 것도 남아 있지 않았습니다. 세무서는 예고통지 1주일 만에 처분했습니다. 원심은 정당한 사유가 증명되지 않았다고 보았고 대법원은 이를 수긍했습니다.

납세자 쪽에서는 신고일, 첫 소명 요청일, 예고통지일, 고지일을 나란히 적어 둡니다. 소명 요청에 곧바로 답했다면 그 회신 기록도 남깁니다. 지연이 납세자 쪽 사정 때문이 아니었다는 점이 드러납니다. 제척기간은 신고기한 다음 날부터 셉니다. 상속세·증여세가 아닌 국세는 신고했다면 원칙적으로 5년, 신고하지 않았다면 7년입니다. 부정행위가 있었다면 10년입니다.

절차 위법으로 취소되면 세금 문제는 끝나나요?

끝난다고 보기 어렵습니다. 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결이 이 점을 밝혔습니다. 과세전적부심사 기회를 주지 않은 하자로 처분이 취소돼도 하자를 보완한 재처분은 원칙적으로 허용된다는 것입니다. 그 사건은 신고하지 않은 2016년 제2기 부가가치세 처분이 이의신청에서 취소된 경우였습니다. 세무서는 적부심 기회를 준 뒤 2024. 1. 8. 다시 고지했습니다. 대법원은 재처분을 적법하다고 본 원심을 수긍해 납세자의 상고를 기각했습니다. 다만 부과제척기간이 지나 과세권을 행사할 수 없으면 재처분도 할 수 없습니다.

제척기간 직전에 고지된 사건은 취소될 무렵 본래 제척기간이 이미 지났을 가능성이 큽니다. 그때는 결정이나 판결이 확정된 날부터 1년 안에 할 수 있는 특례가 쟁점이 됩니다. 대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결은 이 특례로 할 수 있는 처분을 좁게 보았습니다. 결정·판결에 따른 경정이나 그에 부수하는 처분만 할 수 있다는 것입니다. 2006년 개정 전 조항을 해석한 판결입니다. 특례의 범위는 「심판청구에서 이긴 뒤 1년 안에 다시 나온 고지서, 제척기간이 지났는데도 유효한가요?」에서 설명했습니다. 절차를 보완한 재고지가 이 범위에 드는지 함께 따져야 합니다.

제척기간 임박 고지 대응 순서

• 날짜표 작성 - 신고일, 세무서 첫 연락일, 과세예고통지일, 고지일, 제척기간 만료일을 한 줄로 정리합니다.
• 생략 대상 구분 - 세무서가 생략한 것이 과세예고통지인지 과세전적부심사인지 통지서와 고지서로 확인합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 절차 하자와 세액 자체의 위법을 함께 주장합니다.
• 행정소송 - 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내고, 정당한 사유의 증명을 세무서 몫으로 다툽니다.
• 재처분 대비 - 취소되더라도 재처분이 나올 수 있으므로 세액에 관한 증빙을 미리 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서의 과세자료 처리 경위와 제척기간 계산에 따라 다툼의 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 제척기간 임박을 이유로 한 처분에 대한 조세심판청구와 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 제척기간 3개월은 어느 날을 기준으로 세나요?
  세무조사 결과 통지나 과세예고통지를 하는 날이 기준입니다. 그날부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인지를 봅니다. 고지일이 기준은 아니므로 통지서에 적힌 날짜를 먼저 확인하십시오.
• 세무조사 결과 통지를 받은 경우에도 같은 기준이 적용되나요?
  같은 논리로 다툴 수 있다고 볼 수 있습니다. 현행 국세기본법은 세무조사 결과 통지에도 같은 3개월 예외를 둡니다. 대법원 판결들은 과세예고통지 사안이었지만 같은 조문을 해석한 것입니다.
• 심판청구를 하면 고지된 세금을 내지 않아도 되나요?
  아니요, 심판청구를 해도 처분의 집행은 원칙적으로 멈추지 않습니다. 중대한 손해를 막을 긴급한 필요가 있으면 재결청이 집행정지를 결정할 수 있습니다. 납부 여부는 압류 위험까지 보고 정합니다.
• 절차 하자만 먼저 주장하고 세액은 나중에 다퉈도 되나요?
  불복기간 안에 함께 주장하는 편이 낫습니다. 절차 하자로 취소돼도 하자를 보완한 재처분은 원칙적으로 허용됩니다. 그때 세액을 다시 다투려면 처음부터 증빙을 준비해 두어야 합니다.
• 상고심에서 처음으로 절차 하자를 주장할 수 있나요?
  어렵습니다. 2020두51181 판결은 납세자가 상고심에서 처음 낸 조사 범위 확대 미통지 주장을 적법한 상고이유로 보지 않았습니다. 과세전적부심사 생략 같은 절차 주장은 1심과 항소심에서 내 두어야 합니다.
• 신고를 하지 않았다면 제척기간은 몇 년인가요?
  법정신고기한까지 과세표준신고서를 내지 않았다면 원칙적으로 7년입니다. 신고했다면 5년, 부정행위로 포탈했다면 10년입니다. 상속세와 증여세는 10년 또는 15년으로 따로 정합니다.
• 세무서가 정당한 사유를 증명하지 못하면 처분은 어떻게 되나요?
  과세전적부심사 기회를 박탈한 절차 하자가 있는 위법한 처분이 됩니다. 2025두33014 판결은 정당한 사유가 증명되지 않았다며 처분을 위법하다고 본 원심을 수긍했습니다. 구체적 결론은 사건마다 법원이 정합니다.

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• 제척기간 3개월 전이라며 과세전적부심사 없이 양도세를 고지하면 위법인가요?
• 제척기간이 임박하면 과세예고통지 없이 세금을 고지해도 되나요?
• 과세전적부심사 기회 없이 나온 세금이 취소되면 다시 부과할 수 있나요?
• 심판청구에서 이긴 뒤 1년 안에 다시 나온 고지서, 제척기간이 지났는데도 유효한가요?
• 제척기간이 임박했다며 과세전적부심사 없이 취득세를 매겼는데 다툴 수 있나요?
• 과세예고통지나 과세전적부심사 기회 없이 나온 세금, 무효인가요?

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