불복·환급

제척기간 3개월 전이라며 과세전적부심사 없이 양도세를 고지하면 위법인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 세무서가 정당한 사유 없이 과세를 미루다 제척기간 만료 3개월 안에 과세예고통지를 하고 과세전적부심사 기회 없이 양도세를 고지했다면 위법합니다. 대법원 2025두33014 판결은 부득이하게 제척기간이 임박했다는 사정을 과세관청이 증명해야 한다고 보았습니다. 지금은 과세예고통지일과 고지일, 세무서가 과세자료를 받은 날을 확인해 두십시오.

제척기간 만료가 3개월 안으로 다가왔다는 세무서 설명을 그대로 받아들일 필요는 없습니다. 그렇게 된 데 세무서 책임이 없다는 점은 세무서가 증명해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 2020년 3층짜리 다가구주택을 통째로 팔고 1세대 1주택 비과세로 처리했습니다. 세무서는 2024년 9월 다른 세무서로부터 옥상 공간도 주택으로 쓰였다는 과세자료를 넘겨받았지만 아무 조사 없이 시간을 보냈습니다. 그러다 2025년 5월에야 부과제척기간이 3개월도 남지 않았다며 과세예고통지를 보냈고, D씨가 과세전적부심사를 준비하는 사이 1주일 만에 양도소득세 1억 2,000만원을 고지했습니다. D씨는 의견을 낼 기회도 없이 세금이 나왔다며 처분을 다투려고 합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

제척기간이 3개월도 안 남았다며 과세전적부심사를 생략할 수 있나요?

세무서가 정당한 사유 없이 과세를 미루다가 제척기간 만료 직전에 과세예고통지를 했다면 과세전적부심사를 생략할 수 없고, 그대로 한 과세처분은 절차상 하자로 위법합니다. 대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결은 이런 처분을 취소한 원심을 유지했습니다.

국세기본법은 과세예고통지를 하는 날부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하이면 과세전적부심사 규정을 적용하지 않는다고 정합니다. 그러나 대법원은 이 예외를 쓰려면 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 만료일이 임박했고 그래서 심사를 거칠 시간이 없었다는 정당한 사유가 추가로 인정되어야 한다고 보았습니다.

위 사건 세무서는 2021. 8. 3. 과세자료를 넘겨받고도 2022. 5. 2.까지 아무 조사나 검토를 하지 않았고, 과세예고통지 1주일 만에 양도소득세를 고지했습니다. 법원은 늦어질 수밖에 없었던 사정이 증명되지 않았다고 판단했습니다.

과세예고통지 없이 세금을 고지하면 처분은 어떻게 되나요?

법령상 과세예고통지 대상인데 통지를 하지 않거나, 통지 후 과세전적부심사 청구나 결정 전에 과세처분을 했다면 그 처분은 위법합니다. 대법원은 이를 처분의 효력을 부정할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자로 봅니다.

2026. 10. 4. 기준 현행 「국세기본법」은 납부고지하려는 세액이 100만원 이상인 경우 등에 과세예고통지를 하도록 정합니다. 과세전적부심사는 위법한 처분뿐 아니라 부당한 처분도 심사 대상으로 삼아, 고지 뒤 소송보다 다툴 수 있는 범위가 넓습니다.

제척기간 임박의 정당한 사유는 누가 증명하나요?

세무서가 증명해야 합니다. 같은 판결은 제척기간 만료가 3개월 안이라는 사정만으로는 부족하고, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이하게 임박하게 됐다는 사정을 과세관청이 증명해야 한다고 판단했습니다.

과세예고통지만 늦게 하면 언제든 과세전적부심사를 피할 수 있다고 보면, 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 달리게 된다는 것이 이유입니다. 그래서 과세자료를 언제 받았는지, 그 뒤 어떤 조사를 했는지가 재판의 중심 쟁점이 됩니다. 국세의 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년입니다.

옥상을 주택으로 썼다는 이유로 다가구주택 비과세가 깨지나요?

옥상 부분이 양도 당시 실제로 주택으로 쓰이지 않았다면 주택 층수에 넣지 않습니다. 위 사건에서 법원은 옥상이 주택으로 쓰였다고 볼 수 없다며 건물 전체를 3층 이하 다가구주택으로 보고 1세대 1주택 비과세 특례 대상이라고 판단했고, 대법원도 이를 유지했습니다.

다가구주택은 원칙적으로 독립 거주 부분을 각각 하나의 주택으로 보지만, 구획별로 나누지 않고 하나의 매매단위로 양도하면 전체를 하나의 주택으로 봅니다.

과세전적부심사 생략 양도세 고지 대응 순서

• 통지일 확인 - 과세예고통지를 받은 날과 고지서를 받은 날 사이 기간을 적습니다. 과세전적부심사 기회가 실제로 있었는지 보는 출발점입니다.
• 제척기간 계산 - 해당 세목의 부과제척기간 만료일을 계산합니다. 통지일부터 만료일까지 3개월 이하인지 확인합니다.
• 지연 경위 요청 - 세무서가 과세자료를 언제 받았고 그 뒤 무엇을 했는지 정보공개청구나 소송 중 석명으로 확인합니다. 지연에 정당한 사유가 없으면 처분이 위법해집니다.
• 실체 쟁점 정리 - 옥상이나 지하 공간의 실제 용도, 매매단위 등 비과세 요건 자료를 함께 모읍니다. 절차와 실체를 같이 다투는 편이 안전합니다.
• 불복 청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등을 냅니다. 이 기간을 넘기면 절차 하자가 있어도 다투기 어렵습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조세범 처벌법 위반으로 고발되거나 수시부과 사유가 있는 사안이라면 과세전적부심사 제외 사유가 달라 통지서와 조사 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부과처분 취소소송과 과세전적부심사 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세예고통지를 받으면 언제까지 의견을 낼 수 있나요?
  통지를 받은 날부터 30일 안에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 국세기본법 제81조의15 제2항이 정한 기간입니다. 청구를 받은 기관은 같은 조 제4항에 따라 청구를 받은 날부터 30일 안에 결과를 통지해야 하고, 그 전에 고지하면 절차 하자가 됩니다.
• 과세예고통지 1주일 만에 고지하면 위법인가요?
  제척기간 임박 같은 법정 예외 사유가 없다면 위법합니다. 30일의 과세전적부심사 청구기간을 주지 않고 고지했기 때문입니다. 제척기간 만료가 3개월 안이라는 예외를 들더라도, 대법원 2025두33014 판결에 따라 세무서 귀책 없이 부득이하게 임박했다는 사정을 세무서가 증명해야 합니다.
• 과세전적부심사를 생략할 수 있는 다른 경우도 있나요?
  있습니다. 국세기본법 제81조의15 제3항은 납부기한 전 징수나 수시부과 사유가 있는 경우, 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우, 제척기간 만료까지 3개월 이하인 경우, 대통령령으로 정하는 경우를 들고 있습니다. 해당 사유가 실제로 있었는지는 통지서와 조사 기록으로 따져야 합니다.
• 절차 하자로 취소되면 세금을 다시 매길 수 있나요?
  부과제척기간이 남아 있다면 세무서가 과세예고통지와 과세전적부심사 절차를 제대로 거쳐 다시 과세할 가능성이 있습니다. 국세기본법 제26조의2 제1항에 따라 부과제척기간은 원칙적으로 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이므로, 취소 판결 시점에 남은 기간이 있는지 계산해 실체 쟁점도 함께 준비해 두는 편이 안전합니다.
• 다가구주택을 통째로 팔면 1주택으로 보나요?
  구획된 부분별로 나누지 않고 하나의 매매단위로 양도하면 전체를 하나의 주택으로 봅니다. 소득세법 시행령 제155조 제15항의 내용입니다. 다만 옥상이나 지하 공간을 주택으로 써서 다가구주택 요건을 벗어나는지가 다투어질 수 있으므로, 양도 당시 실제 용도를 사진과 임대 기록으로 남겨 두어야 합니다.
• 고지서를 받은 뒤에는 어디에 불복하나요?
  처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원 심판청구나 국세청 심사청구를 할 수 있습니다. 국세기본법 제68조 제1항이 심판청구 기간을 정하고 있습니다. 국세 처분에 대한 행정소송은 원칙적으로 이 심판청구나 심사청구를 거친 뒤에 낼 수 있으므로 기한을 먼저 관리해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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