세금

적격합병 후 2년 안에 승계 사업을 접으면 어떤 세금이 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

합병법인이 미뤄 둔 양도차익과 공제받은 승계결손금이 한꺼번에 익금에 들어가고, 승계한 감면·세액공제액도 추징됩니다. 기간은 합병등기일이 속한 사업연도의 다음 사업연도부터 2년입니다. 승계 자산의 절반 이상을 처분하거나 쓰지 않으면 사업 폐지로 봅니다. 파산 등 부득이한 사유는 예외입니다.

합병법인이 미뤄 둔 양도차익과 공제받은 승계결손금이 한꺼번에 익금에 들어가고, 승계한 감면·세액공제액도 추징됩니다. 기간은 합병등기일이 속한 사업연도의 다음 사업연도부터 2년입니다. 승계 자산의 절반 이상을 처분하거나 쓰지 않으면 사업 폐지로 봅니다. 파산 등 부득이한 사유는 예외입니다.

사후관리 기간은 정확히 언제까지인가요?

합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년입니다. 예를 들어 12월 결산법인이 2025. 6. 30. 합병등기를 했다면 2026. 1. 1.부터 2027. 12. 31.까지가 기간입니다. 합병등기일부터 따지면 실제로는 2년 6개월 정도가 됩니다.

사후관리 사유는 세 가지입니다. 첫째는 승계받은 사업을 폐지하는 경우입니다. 둘째는 피합병법인의 지배주주 등이 합병 대가로 받은 주식을 처분하는 경우입니다. 셋째는 근로자 수가 기준 아래로 떨어지는 경우입니다. 고용 요건만은 기간이 3년이고 기준은 합병등기일 1개월 전 두 회사 근로자 수 합계의 80%입니다.

합병 당시 적격합병 요건을 갖췄더라도 이 기간 안의 행동으로 과세특례가 사후에 깨질 수 있습니다. 그래서 합병 뒤 구조조정 계획은 사후관리 기간을 기준으로 짜야 합니다. 비핵심 자산 매각, 중복 공장 정리, 인력 재배치는 대부분 이 기간에 몰립니다. 각 결정이 어느 사유에 걸리는지 미리 대조해야 합니다. 이사회 안건에 사후관리 검토 결과를 함께 올려 두면 나중에 경위를 설명하기도 쉽습니다.

어느 정도면 승계 사업을 폐지했다고 보나요?

승계받은 자산가액의 2분의 1 이상을 처분하거나 사업에 사용하지 않으면 폐지로 봅니다. 여기서 자산가액은 유형자산, 무형자산, 투자자산의 가액입니다. 매출이 계속 나더라도 공장이나 설비를 절반 이상 팔면 이 기준에 걸릴 수 있습니다. 반대로 자산을 그대로 두고 업종 일부를 바꾸는 정도라면 이 기준만으로는 폐지로 보기 어렵습니다. 비율은 승계 당시 자산가액을 기준으로 계산하므로 승계 명세를 보관해 두어야 합니다.

예외도 있습니다. 피합병법인이 보유하던 합병법인 주식을 넘겨받아 자기주식으로 소각하는 경우입니다. 이때는 그 주식을 빼고 나머지 승계 자산을 기준으로 판정합니다. 승계 자산이 합병법인 주식뿐이라면 사업을 계속하는 것으로 봅니다.

부득이한 사유가 있으면 사업 폐지라도 추징하지 않습니다. 합병법인이 파산해 승계 자산을 처분한 경우가 대표적입니다. 다시 적격합병, 적격분할, 적격물적분할, 적격현물출자로 사업을 넘긴 경우도 포함됩니다. 기업개선계획 약정에 따른 처분과 회생절차에서 법원 허가를 받은 처분도 예외입니다.

적격분할 예외는 현행 시행령 기준입니다. 2009년 개정 전 법령이 적용된 사안에서는 결론이 달랐습니다. 합병으로 넘겨받은 자산을 분할로 다시 넘긴 것을 과세이연 종료 사유인 사업의 폐지로 본 원심 판단을 대법원이 수긍했습니다. 오래전 합병의 과세이연이 남아 있다면 적용 법령부터 확인해야 합니다.

사후관리를 위반하면 세금은 얼마나 나오나요?

합병 때 장부가액으로 넘겨받으며 미뤄 둔 차익이 한꺼번에 익금이 됩니다. 합병법인은 승계 자산을 시가로 계상하고 장부가액과의 차이를 자산조정계정으로 잡아 둡니다. 위반 사유가 생기면 그 잔액 합계가 0보다 클 때 전액을 익금에 산입합니다.

예를 들어 피합병법인 토지의 장부가액이 10억원, 합병 당시 시가가 30억원이라면 자산조정계정은 20억원입니다. 2년 안에 사업을 폐지하면 20억원이 그 사업연도 익금이 됩니다. 승계받은 결손금 중 이미 공제한 금액이 5억원이라면 그 5억원도 함께 익금에 들어갑니다.

여기에 승계받아 공제한 감면과 세액공제액을 그 사업연도 법인세에 더해 납부하고, 이후로는 적용받지 못합니다. 합병매수차익이나 합병매수차손이 있었다면 사유 발생 연도부터 합병등기일 후 5년까지 월할로 나누어 처리합니다.

사후관리 기간이 끝나도 미뤄 둔 차익이 사라지지는 않습니다. 건물·설비처럼 감가상각하는 자산의 자산조정계정은 매년 감가상각비와 상계되며 줄어듭니다. 토지처럼 감가상각하지 않는 자산은 그 자산을 처분하는 사업연도에 잔액 전액이 익금이 됩니다. 기간이 지난 뒤 판 승계 토지에도 합병 때 미뤄 둔 차익이 과세된다는 뜻입니다.

주주가 받은 합병 주식을 팔아도 사후관리 위반인가요?

피합병법인의 지배주주 등이 합병으로 받은 주식을 처분하면 위반 사유가 됩니다. 다만 4촌 혈족, 지분 1% 미만이면서 지분가액 10억원 미만인 주주 등은 이 판정 대상에서 빠집니다.

처분 비율에도 기준이 있습니다. 해당 주주들이 받은 전체 주식의 2분의 1 미만을 처분했다면 부득이한 사유로 봅니다. 사망이나 파산, 적격 구조조정, 회생절차에서의 처분도 예외입니다. 지배주주가 합병 뒤 주식을 증여하려 한다면 이 비율과 기간을 먼저 확인해야 합니다.

적격합병 사후관리 대응 순서

• 기간 계산 - 합병등기일이 속한 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년, 고용은 3년의 종료일을 확정합니다.
• 승계 자산 목록화 - 유형·무형·투자자산별 승계 가액과 자산조정계정 잔액을 정리합니다.
• 처분 계획 점검 - 구조조정이나 자산 매각이 2분의 1 기준을 넘는지 미리 계산합니다.
• 주주 처분 관리 - 지배주주 등의 주식 처분, 증여 계획을 사후관리 기간과 맞춰 조정합니다.
• 부득이한 사유 검토 - 회생, 기업개선약정, 적격 구조조정 등 예외에 해당하는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 승계 자산의 처분 비율과 주주 구성에 따라 추징 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 합병 전후 구조조정의 법인세 사후관리 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 승계 자산을 다른 계열사에 적격분할로 넘겨도 위반인가요?
  적격분할, 적격물적분할, 적격현물출자로 사업을 넘긴 경우는 부득이한 사유로 보아 추징하지 않습니다. 다만 넘긴 뒤의 구조에서 다시 사후관리 요건을 따져야 합니다.
• 근로자 수 기준에는 임원과 일용직도 들어가나요?
  아니요, 임원, 일용근로자, 계약기간 6개월 미만 근로자 등은 근로자 수에서 빠집니다. 근로기준법에 따라 근로계약을 맺은 내국인 근로자를 기준으로 셉니다.
• 자산조정계정 합계가 마이너스이면 어떻게 되나요?
  합계가 0보다 작으면 없는 것으로 보아 자산조정계정에서 익금에 산입할 금액은 없습니다. 다만 승계결손금 공제액과 감면·세액공제 추징은 따로 적용됩니다.
• 자산조정계정 명세서는 언제 제출하나요?
  자산조정계정을 계상한 합병법인은 법인세 과세표준 신고 때 명세서를 함께 제출해야 합니다. 이 명세가 있어야 사후관리 위반 시 익금 산입액을 정확히 계산할 수 있습니다.
• 적격합병으로 보는 소규모 합병도 사후관리를 받나요?
  법인세법 제44조 제3항에 따라 적격합병으로 보는 경우는 이 사후관리 규정에서 제외됩니다. 해당 여부는 합병 당시의 요건과 사실관계로 판단합니다.
• 회생절차 중에 승계 자산을 팔면 추징되나요?
  회생절차에서 법원의 허가를 받아 승계 자산을 처분한 경우는 부득이한 사유로 보아 추징하지 않습니다. 허가 없이 처분했다면 예외에 해당하지 않을 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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