양도소득세

지방에 있는 기준시가 3억원 이하 집을 팔면 다주택 중과가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 수도권·광역시·특별자치시 밖에 있고 양도 당시 기준시가가 3억원 이하인 주택은 조정대상지역에 있더라도 다주택자 양도세 중과 대상이 아닙니다. 이 주택은 중과 여부를 판단할 주택 수를 셀 때도 빠지므로 다른 집의 세율에도 영향을 줍니다. 지금은 각 주택의 소재지와 양도 시점의 공시가격부터 확인해야 합니다.

지방 저가주택을 먼저 처분해야 다른 집의 중과를 피할 수 있다고 생각할 필요는 없습니다. 이 주택은 처음부터 주택 수 계산에서 빠지므로, 남겨 두어도 다른 집의 중과 판단에 영향을 주지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

D씨는 서울에 아파트 한 채, 수도권 밖 도 지역의 시에 아파트 두 채를 가지고 있습니다. 지방 아파트 중 하나는 올해 공시된 기준시가가 3억5,000만원이고, 다른 하나는 2억원입니다. 두 채 모두 지금 조정대상지역에 있는데, D씨는 2026년 12월에 둘 중 한 채를 팔 계획이고 3주택자라서 30%p가 더해지는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지방 저가주택은 중과에서 어떻게 빠지나요?

수도권·광역시·특별자치시 밖에 있고 양도 당시 기준시가가 3억원 이하인 주택은 조정대상지역에 있더라도 중과 대상이 아닙니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 3주택 이상 중과와 2주택 중과 양쪽에서 이 주택을 중과 제외 주택으로 정하고 있습니다. 여기서 수도권과 광역시·특별자치시 지역 가운데 광역시에 속한 군, 경기도 등 수도권의 읍·면, 세종특별자치시의 읍·면은 「밖의 지역」으로 취급되므로 그 지역의 3억원 이하 주택도 같은 대우를 받습니다.

• 지역 요건 - 수도권·광역시·특별자치시 밖(광역시의 군, 읍·면 지역 포함)
• 가액 요건 - 주택과 부수토지 기준시가 합계액이 양도 당시 3억원 이하
• 효과 - 그 주택을 팔 때 기본세율, 다른 주택의 주택 수 계산에서도 제외

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

기준시가 3억원을 넘는 지방 주택은 중과 대상이고, 3억원 이하인 지방 주택은 조정대상지역에 있어도 중과 대상이 아니라고 답했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022) 사례 64는, 서울 주택 1채와 지방 주택 2채를 보유한 사람이 그중 하나를 2023년 7월에 팔려는 사안을 다뤘습니다. 국세청은 기준시가 3억원 초과 주택은 중과 대상, 3억원 이하 주택은 중과 대상이 아니라고 답하면서, 두 지역이 답변 직후 조정대상지역에서 해제되었으므로 해제 뒤 양도하면 어느 쪽이든 기본세율이라고 덧붙였습니다. 이 답변은 질의 당시 각 주택의 기준시가와 조정대상지역 지정 상태를 전제로 한 것이어서, 양도 시점의 기준시가나 지정 상태가 다르면 결론도 달라집니다.

주택 수를 셀 때도 빠지나요?

네, 3억원 이하 지방 주택은 중과 여부를 판단할 주택 수를 셀 때도 처음부터 넣지 않습니다. 시행령은 1세대 3주택 이상과 1세대 2주택을 판단할 때 이 주택을 주택 수에 산입하지 않는다고 정합니다. 위 사례에서 2억원짜리 지방 아파트를 빼면 D씨는 서울 아파트와 3억5,000만원 지방 아파트, 2주택으로 계산됩니다. 그래서 3억5,000만원 아파트를 팔면 3주택 30%p가 아니라 2주택 20%p가 문제 되고, 2억원 아파트를 팔면 기본세율입니다. 다가구주택은 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 세는 것이 원칙이고, 국세청 사전-2018-법령해석재산-0117(2019. 1. 30.) 회신도 이 방식을 따르되 단독주택으로 보는 단서는 거주자가 선택하는 경우에만 적용한다고 보았습니다.

기준시가 3억원은 언제, 무엇으로 판단하나요?

기준시가 3억원은 지금 팔려는 주택의 양도 당시 공시된 가격으로 판단합니다. 시행령은 「해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시」 3억원을 넘지 않을 것을 요구하므로, 서울 아파트를 팔 때 지방 주택이 주택 수에 들어가는지 볼 때도 서울 아파트 양도 당시의 지방 주택 기준시가를 씁니다. 공동주택은 매년 공시되는 공동주택가격, 단독주택은 개별주택가격이 기준시가가 되고, 부수토지 가격을 포함한 합계액으로 판단합니다. 공시가격이 해마다 바뀌므로 지난해 3억원 이하였던 주택도 올해 넘을 수 있습니다.

다주택자 중과 한시 배제가 2026년 5월 9일 양도분으로 끝났으므로, 지금은 이 지방 저가주택 규정이 중과 판단에서 차지하는 비중이 다시 커졌습니다.

지방 저가주택 보유 다주택자 대응 순서

• 지역 확인 - 각 주택이 수도권·광역시·특별자치시 밖인지, 광역시의 군이나 읍·면에 속하는지 주소로 확인합니다.
• 기준시가 확인 - 양도 예정일 기준으로 공시된 공동주택가격이나 개별주택가격을 조회해 3억원 이하인지 봅니다. 공시일 전후로 가격이 바뀔 수 있습니다.
• 주택 수 재계산 - 3억원 이하 지방 주택, 장기임대주택 등 제외 주택을 빼고 남는 주택 수로 2주택인지 3주택 이상인지 정합니다.
• 양도 순서 검토 - 어느 집을 먼저 파느냐에 따라 중과 여부와 장기보유특별공제가 달라지므로 집별 세액을 비교합니다.
• 신고와 불복 - 기본세율로 신고했는데 세무서가 주택 수를 달리 세어 중과로 고지하면 90일 안에 심판청구를, 중과로 잘못 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 다가구주택이나 공동상속주택이 섞여 있거나 기준시가가 3억원 경계에 걸린 경우에는 건축물대장·공시가격 자료·상속 지분을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 다주택 중과세율과 주택 수 산정을 둘러싼 양도소득세 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 광역시의 군 지역 주택도 해당하나요?
  네, 광역시에 속한 군 지역은 시행령상 광역시 지역에서 제외되므로 그곳의 기준시가 3억원 이하 주택도 중과 제외와 주택 수 불산입 대상입니다. 경기도 등 수도권의 읍·면과 세종특별자치시의 읍·면도 같습니다. 등기부상 주소로 군·읍·면 여부를 확인합니다.
• 3억원은 시세인가요, 공시가격인가요?
  시세가 아니라 기준시가로 판단합니다. 아파트 등 공동주택은 공동주택가격, 단독주택은 개별주택가격이 기준시가이고, 주택과 부수토지 기준시가를 합한 금액이 3억원 이하여야 합니다. 실제 거래가격이 3억원을 넘어도 공시가격이 3억원 이하이면 해당할 수 있습니다.
• 서울 집을 팔 때도 지방 집은 빼고 세나요?
  네, 서울 집을 팔 때 지방 저가주택이 주택 수에 들어가는지 볼 때도 서울 집 양도 당시의 지방 주택 기준시가로 판단합니다. 3억원 이하라면 주택 수에서 빠지므로 서울 집이 1세대 2주택이나 3주택 중과 대상인지 다시 계산합니다.
• 다가구주택은 어떻게 세나요?
  다가구주택은 한 가구가 독립해 살 수 있게 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 셉니다. 단독주택 하나로 보는 단서는 거주자가 선택하는 경우에만 적용됩니다. 국세청도 3억원 이하 주택 판정 때 같은 방식으로 주택 수를 계산한다고 회신했습니다.
• 1세대 1주택 비과세 판단에서도 빠지나요?
  아니요, 이 규정은 다주택자 중과세율을 정할 때의 주택 수 계산입니다. 1세대 1주택 비과세를 판단할 때는 지방 저가주택도 원칙적으로 주택 수에 들어갑니다. 비과세를 받으려면 일시적 2주택 등 별도 특례 요건을 따로 확인해야 합니다.
• 조정대상지역에서 해제되면 어떻게 되나요?
  양도 당시 그 주택이 조정대상지역이 아니라면 기준시가와 관계없이 중과세율이 적용되지 않고 기본세율로 계산합니다. 중과 여부는 양도일 현재 지정 상태로 판단하므로 해제 공고일과 잔금일의 선후를 확인합니다.
• 중과로 고지되면 언제까지 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 주택 수 계산이 잘못됐다는 점을 공시가격 확인서와 등기부로 입증합니다. 신고 단계에서 중과로 잘못 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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