양도소득세

조정대상지역 지정 전에 계약금을 냈고 잔금은 지정 뒤에 냈다면 2년 거주해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 조정대상지역 공고일 이전에 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 증빙으로 확인되고 그날 세대가 무주택이었다면 잔금을 지정 뒤에 치렀어도 1세대1주택 비과세에 2년 거주요건이 붙지 않습니다. 근거는 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호입니다. 지금은 계약서 작성일과 계약금 이체일이 공고일보다 앞서는지부터 확인하십시오.

잔금을 조정대상지역 공고 뒤에 치렀다는 이유만으로 2년 거주요건이 붙지는 않습니다. 공고 전에 맺은 계약과 그 계약금이 언제, 누구 계좌로 나갔는지가 판단 기준입니다.

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A씨 부부는 집이 없는 상태에서 2025년 가을 아파트 매매계약을 맺고 계약금 6천만원을 매도인 계좌로 보냈습니다. 계약 열흘 뒤 그 지역이 조정대상지역으로 지정·공고됐고, 잔금은 공고 뒤인 2025년 12월에 치르고 등기했습니다. 직장 때문에 그 집에는 들어가 살지 못하고 전세를 주었는데, 2년 보유 뒤 팔면 거주요건 때문에 비과세가 안 되는지 걱정했습니다. 상담에서는 계약금 지급일 현재 세대 전원이 무주택이었는지, 계약서와 이체내역이 공고일 이전 날짜로 남아 있는지부터 확인했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조정대상지역 지정 전에 계약하고 잔금은 지정 뒤에 냈다면 2년 거주해야 하나요?

아니요, 공고일 이전에 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사실이 증빙으로 확인되고 그날 세대가 무주택이었다면 잔금을 지정 뒤에 치렀어도 2년 거주요건은 적용되지 않습니다. 이 경우 보유기간 2년만 채우면 1세대1주택 비과세 요건을 갖출 수 있습니다.

원래 거주요건이 붙는지는 취득 당시 조정대상지역이었는지로 정합니다. 취득 시기는 원칙적으로 잔금을 청산한 날이므로, 잔금일이 공고 뒤라면 일단은 조정대상지역에서 취득한 주택이 됩니다.

시행령은 이 원칙에 예외를 하나 두었습니다. 계약은 지정 전에 끝냈는데 잔금 날짜 때문에 규제를 받게 되는 무주택 실수요자를 보호하려는 규정입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 단서는 이 경우 거주기간의 제한을 받지 않는다고 정합니다.

거주요건 면제를 받으려면 어떤 요건을 모두 갖춰야 하나요?

다섯 가지를 모두 갖춰야 하며 하나라도 빠지면 일반 원칙대로 2년 거주가 필요합니다. 특히 계약금 지급일 현재 무주택 요건은 본인이 아니라 세대 전체를 기준으로 봅니다.

• 거주자 - 계약 당시 국내에 주소를 두었거나 183일 이상 거소를 둔 거주자여야 합니다.
• 공고일 이전 계약 - 조정대상지역 지정 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결해야 합니다. 공고 당일 계약도 「이전」에 들어갑니다.
• 계약금 지급 - 공고일 이전에 계약금을 지급한 사실이 계좌이체 내역, 영수증 같은 증빙서류로 확인돼야 합니다.
• 세대 무주택 - 계약금 지급일 현재 그 거주자가 속한 1세대가 주택을 보유하지 않아야 합니다.
• 양도일 현재 1주택 - 팔 때 1세대가 국내에 그 주택 1채만 보유하고, 보유기간 2년을 채워야 합니다.

계약금을 나눠 냈거나 가계약금만 보냈다면 어떻게 되나요?

계약금은 공고일 이전에 지급한 사실이 확인돼야 하므로, 공고일 뒤에 나머지 계약금을 낸 경우는 면제 요건을 갖췄다고 보기 어렵습니다. 규정 문언이 「계약금을 지급한 사실」을 요구하기 때문에 가계약금만 보내고 정식 계약서와 계약금 잔액은 공고 뒤에 처리했다면 거주요건이 붙을 가능성이 큽니다.

따라서 계약서 작성일, 계약금 이체일, 공고일을 한 줄에 놓고 비교해야 합니다. 현금으로 계약금을 건넸다면 매도인 영수증과 출금 기록, 중개대상물 확인·설명서를 함께 보관해 두어야 나중에 해명할 수 있습니다.

거주요건이 면제돼도 장기보유특별공제는 거주기간을 따지나요?

네, 비과세 거주요건 면제와 장기보유특별공제 거주기간은 별개입니다. 양도가액이 12억원을 넘어 일부 과세되는 경우 1세대1주택 장기보유특별공제(보유·거주 각 연 4%)를 받으려면 보유기간 중 거주기간 2년 이상이 따로 필요합니다.

거주하지 않았다면 12억원 초과 부분에는 일반 장기보유특별공제가 적용됩니다. 비싼 집일수록 거주 여부에 따라 세액 차이가 커지므로 매도 전에 두 방식으로 각각 계산해 보아야 합니다.

조정대상지역 공고 전 계약 거주요건 대응 순서

• 공고일 확인 - 국토교통부 조정대상지역 지정 공고문에서 해당 시·군·구의 공고일을 확인합니다. 계약일과 같은 날이어도 요건에 들어갑니다.
• 증빙 정리 - 매매계약서, 계약금 이체내역, 계약금 지급일 현재 세대 전원의 주택 보유 현황(등기부 등)을 한 묶음으로 보관합니다.
• 예정신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 신고하면서 비과세 근거를 적습니다.
• 수정신고·경정청구 - 비과세로 신고했다가 요건이 빠진 것을 알면 과세표준수정신고서를, 요건을 갖췄는데 세금을 냈다면 결정(경정)청구서를 법정신고기한부터 5년 안에 냅니다.
• 불복 - 비과세 배제로 납부고지서를 받으면 90일 안에 조세심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약금 분납이나 세대 구성 변동이 있으면 계약서와 이체내역, 주민등록 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 배제 처분에 대한 경정청구와 조세심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조정대상지역 공고 당일에 계약해도 면제되나요?
  네, 규정은 공고가 있은 날 「이전」에 계약하고 계약금을 지급한 경우라고 정하므로 공고 당일 계약과 계약금 지급도 포함됩니다. 다만 계약금 이체가 다음 날로 넘어갔다면 요건을 갖추지 못하므로 이체 시각까지 확인해 두는 것이 좋습니다.
• 계약금을 현금으로 줬는데 인정받을 수 있나요?
  현금이라도 계약금을 지급한 사실이 증빙서류로 확인되면 인정될 수 있습니다. 매도인이 써 준 영수증, 같은 날 출금한 통장 기록, 중개사무소의 계약 관련 서류를 함께 갖춰 두어야 하며, 증빙이 약하면 계좌이체 거래보다 다툼이 생기기 쉽습니다.
• 계약 당시 부모님과 같은 세대였다면 어떻게 되나요?
  계약금 지급일 현재 같은 세대인 부모님이 주택을 가지고 있었다면 무주택 세대 요건을 갖추지 못해 거주요건 면제를 받을 수 없습니다. 세대 판단은 계약금 지급일 기준이므로 그 뒤에 세대를 분리해도 결론은 달라지지 않습니다.
• 면제받으면 보유기간 2년도 필요 없나요?
  아니요. 이 규정이 없애 주는 것은 거주기간 제한뿐이고, 보유기간 2년은 그대로 채워야 1세대1주택 비과세를 받을 수 있습니다. 보유기간은 취득일인 잔금청산일부터 양도일까지로 계산합니다.
• 분양권 계약도 같은 기준이 적용되나요?
  분양계약도 공고일 이전에 계약하고 계약금을 낸 사실이 확인되고 그날 세대가 무주택이었다면 같은 기준으로 판단합니다. 다만 분양권은 완공 후 잔금일에 주택을 취득하므로 보유기간은 그날부터 셉니다.
• 양도가액이 12억원을 넘으면 어떻게 되나요?
  12억원 이하 부분은 비과세되고 넘는 부분만 과세됩니다. 이때 1세대1주택 장기보유특별공제를 받으려면 보유기간 중 2년 이상 거주가 필요하므로, 거주하지 않았다면 일반 장기보유특별공제가 적용됩니다.
• 이미 세금을 내고 신고했다면 돌려받을 수 있나요?
  면제 요건을 갖췄는데 과세로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 계약서와 계약금 이체내역, 계약금 지급일 당시 세대 구성을 확인할 서류를 함께 내야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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