법인세·소득세

지주회사를 세우며 주식과 제조 사업부문을 함께 분할해도 적격분할인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 지주회사를 세우는 분할에서 지배주주로 보유하던 주식과 관련 자산·부채, 제조 사업부문 자산·부채를 함께 승계하면 적격분할의 독립사업부문·포괄승계 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 국세청은 대응이 불분명한 공동차입금을 함께 넘겨도 포괄승계 요건 위반이 아니라고 회신했습니다. 지금은 넘길 주식이 지배주주등으로서 보유한 주식인지와 차입금 내역부터 정리하십시오.

주식과 사업부문을 한 회사로 함께 넘긴다고 해서 적격분할 요건이 깨지는 것은 아닙니다. 지주회사를 세우는 분할에서는 지배목적 주식과 제조 사업부문을 동시에 승계해도 포괄승계로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 소재 제조, 화학, 투자 사업을 함께 하면서 몇 해 전 금융기관 대출로 계열회사 지분을 사들였습니다. 2026년 A법인은 소재 제조 부문만 남기고 화학 제조 부문과 투자 부문, 계열회사 지분을 인적분할로 신설법인에 넘겨 공정거래법상 지주회사로 신고할 계획을 세웠습니다. 지분 취득 대출은 그동안 여러 차례 차환되어 지금 남은 대출이 어느 주식과 대응하는지 분명하지 않았습니다. 담당자는 주식과 제조 부문을 한꺼번에 넘겨도 적격분할이 되는지, 대응이 불분명한 대출을 넘겨도 되는지를 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

주식과 제조 사업부문을 함께 넘겨도 적격분할이 되나요?

네, 공정거래법상 지주회사를 세우는 분할에서 지배주주로 보유하던 주식과 관련 자산·부채, 제조 사업부문의 자산·부채를 함께 승계하면 독립된 사업부문 분할과 포괄승계 요건을 모두 갖춘 것으로 봅니다.

시행령은 분할하는 사업부문이 주식을 승계하면 원칙적으로 포괄승계로 보지 않습니다. 사업부문을 쪼개는 척하면서 주식만 옮기는 것을 막기 위한 규정입니다. 다만 지주회사를 세우는 사업부문이 지배주주등으로서 보유한 주식을 넘기는 경우처럼 시행령 제82조의2 제3항 각 호에 해당하면 이 제한이 적용되지 않습니다.

국세청은 이 예외를 지주회사 설립을 위한 주식 승계를 허용하는 의미로 읽었습니다. 주식과 관계없는 제조 사업부문의 자산·부채까지 승계를 막는 규정으로 볼 수는 없다는 것입니다. 지주회사 설립을 돕는 예외를 두면서 함께 넘어가는 제조 부문 때문에 요건 위반으로 보는 것은 입법 취지와 맞지 않는다는 설명입니다.

국세청은 이 사례를 어떻게 해석했나요?

국세청은 지주사업부문과 제조사업부문을 동시에 분할해 지주회사를 세우면서 지배주주 주식과 관련 자산·부채, 제조사업부문 자산·부채를 포괄승계하면 적격분할의 독립사업부문·포괄승계 요건을 충족한다고 회신했습니다(사전-2017-법령해석법인-0185, 2017. 4. 27.). 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」 제82조의2 제3항·제5항도 같은 구조입니다.

같은 회신은 분할 사업부문에 직접 사용되지 않은 공동차입금을 신설법인이 승계해도 포괄승계로 본다고 했습니다. 다만 대출이 공동차입금에 해당하는지는 사실판단 사항이라고 덧붙였습니다. 회신은 주식 승계 외 다른 적격분할 요건은 모두 갖추었다는 가정 위에서 나온 것이어서, 사업 기간이나 주식 배정 요건이 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

대응이 불분명한 차입금을 넘겨도 되나요?

넘겨도 포괄승계 요건 위반이 아닙니다. 포괄승계 요건은 사업에 필요한 자산·부채를 덜 넘기는 것을 규제할 뿐, 분할법인의 자산·부채 일부를 더 넘기는 것을 막는 규정은 없다는 것이 국세청의 일관된 입장입니다.

시행령은 분할하는 사업부문에 직접 사용되지 않은 공동의 차입금을 승계하지 않아도 되는 예외 부채로 정합니다. 예외는 넘기지 않아도 된다는 뜻이므로, 이를 넘긴다고 요건이 깨지지는 않습니다.

다만 주식 취득 대출을 오래 차환하면서 상환된 부분과 남은 부분이 뒤섞였다면, 그 대출이 어느 주식에 대응하는지 설명할 자료를 만들어 두어야 합니다. 대응이 분명한 대출이면 주식과 함께 넘기는 것이 자연스럽고, 대응이 불분명하면 공동차입금으로 정리하는 근거가 필요합니다.

지주회사 전환 분할에서 함께 확인할 요건은 무엇인가요?

주식 승계 예외 외에도 사업 기간, 분할대가, 사업 계속, 근로자 승계 요건을 모두 갖추어야 양도손익 과세를 미룰 수 있습니다. 하나라도 빠지면 분할법인 자산을 시가로 양도한 것으로 보아 과세될 수 있습니다.

• 사업 기간 - 분할등기일 현재 5년 이상 사업을 계속한 내국법인이어야 합니다.
• 분할대가와 보유 - 분할대가 전액이 주식이고 지배주주등이 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 보유해야 합니다.
• 사업 계속 - 신설법인이 그 사업연도 종료일까지 승계 사업을 계속해야 합니다.
• 근로자 승계 - 분할등기일 1개월 전 근로자의 100분의 80 이상을 승계하고 유지해야 합니다.

주식만으로 이루어진 사업부문을 나눌 때는 지배주주등으로서 보유하는 주식과 관련 자산·부채만 승계해야 한다는 단서도 있습니다. 이번 사례처럼 제조 부문을 함께 넘기는 구조는 이 단서와 구별되므로, 분할계획서에 사업부문 구성을 분명히 적어 두어야 합니다.

지주회사 전환 분할 대응 순서

• 사업부문 구성 확정 - 신설법인으로 넘길 주식, 제조 부문, 투자 부문을 구분하고 각 부문의 자산·부채를 목록으로 만듭니다.
• 주식 성격 확인 - 넘길 주식이 지배주주등으로서 보유한 주식인지, 지주회사 신고 요건과 맞는지 확인합니다.
• 차입금 대응 정리 - 주식 취득 대출의 차환·상환 내역을 따라가 대응 관계를 표로 정리합니다.
• 적격 요건 일괄 점검 - 사업 기간, 주식 배정과 보유, 사업 계속, 근로자 승계를 사업연도 종료일까지 관리합니다.
• 신고와 사후관리 - 분할등기일이 속하는 사업연도 신고 때 「분할과세특례 신청서」를 내고, 이후 세무조사에서 요건이 다투어지면 결과통지 단계에서 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 주식 보유 구조와 차입금 내역은 회사마다 달라 분할계획서와 금융거래 자료를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 지주회사 전환과 분할 과세특례를 둘러싼 법인세 부과처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 분할로 주식을 넘기면 원칙적으로 왜 문제인가요?
  시행령은 분할하는 사업부문이 주식등을 승계하면 포괄승계로 보지 않는 것을 원칙으로 합니다. 사업은 그대로 두고 주식만 옮겨 과세를 미루는 것을 막기 위한 규정이며, 지주회사 설립 등 정해진 경우에만 예외가 인정됩니다.
• 주식만 따로 떼어 지주회사를 세워도 되나요?
  주식과 관련 자산·부채만으로 이루어진 사업부문도 지주회사를 세우는 경우에는 독립된 사업부문 분할로 봅니다. 다만 이때는 지배주주등으로서 보유하는 주식과 그 관련 자산·부채만 승계해야 합니다.
• 분할로 필요한 것보다 자산을 더 넘기면 문제인가요?
  국세청은 포괄승계 요건이 자산·부채를 덜 넘기는 것을 규제할 뿐 더 넘기는 것을 제한하지 않는다고 봅니다. 다만 더 넘긴 자산 때문에 부동산 비율이나 주식 승계 제한에 걸리지 않는지는 따로 확인해야 합니다.
• 공동차입금인지는 누가 판단하나요?
  공동차입금 해당 여부는 국세청도 사실판단 사항으로 봅니다. 대출 목적, 차환 내역, 상환 순서, 담보 관계를 자료로 정리해 두면 세무조사에서 공동차입금이라는 점을 설명하기 쉬워집니다.
• 적격분할이 아니면 어떤 세금이 나오나요?
  적격분할이 아니면 분할법인이 자산을 신설법인에 시가로 양도한 것으로 보아 양도손익을 분할등기일이 속하는 사업연도 소득에 넣습니다. 인적분할에서는 주주에게 의제배당 과세 문제도 함께 생길 수 있습니다.
• 분할 뒤 지주회사 신고를 늦게 하면 어떻게 되나요?
  공정거래법상 지주회사 신고 시기와 세법상 적격 요건은 별개로 판단되므로, 분할 당시 지주회사를 세우는 사업부문이라는 사실을 분할계획서와 이사회 결의로 남겨 두는 것이 좋습니다. 신고가 늦어진 사정이 있다면 경위를 기록해 두십시오.
• 분할 뒤 주식을 팔면 혜택이 사라지나요?
  지배주주등이 분할등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 받은 주식을 보유해야 적격분할이 됩니다. 그 뒤 일정 기간 안에 주식을 처분하거나 사업을 폐지하면 사후관리로 과세이연 금액이 익금에 들어갈 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 회사를 인적분할할 때 대주주가 받는 새 회사 주식도 20% 할증해 의제배당을 계산하나요?
• 물적분할로 생긴 지 5년이 안 된 회사가 다시 분할하면 적격분할이 안 되나요?
• 증자·감자·합병 때 주식이 움직이면 국세청은 무엇을 확인하나요? 과세유형별 점검표

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기