취득세·보유세

법인 땅의 지목을 바꿨는데 공사비 증빙이 없으면 취득세는 무엇으로 매기나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

2026. 1. 1.부터는 법인도 지목변경에 든 비용을 확인할 수 없으면 지목변경 전후 시가표준액 차액을 과세표준으로 합니다. 다만 이는 예외이므로 공사비·부담금·용역비를 증빙으로 증명하면 원칙대로 실제 든 비용이 과세표준입니다. 세율은 1천분의 20이고, 지목이 사실상 바뀐 날부터 60일 안에 신고해야 합니다.

밭이나 임야를 공장용지·대지로 바꿔 땅값이 오르면, 땅을 새로 사지 않았어도 그 증가분을 취득으로 보아 취득세를 냅니다. 과세표준은 원칙적으로 지목을 바꾸는 데 실제로 든 비용입니다. 2026. 1. 1.부터는 법인도 그 비용을 확인할 수 없으면 시가표준액 차액으로 과세표준을 정하도록 조문이 바뀌었습니다. 공사비 증빙을 제대로 남기지 않은 법인이라면 실제 비용보다 큰 금액으로 과세될 수 있으니, 신고 전에 무엇으로 증명할지부터 정리합니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 2023년에 산 밭 4,000㎡에 공장을 지으려고 2026년 초부터 성토와 옹벽 공사를 했고, 2026. 5. 20. 공장용지로 지목변경 등록을 마쳤습니다. 공사는 대표가 아는 업체에 맡기며 일부를 현금으로 치렀고, 그 업체는 공사 직후 폐업해 세금계산서가 절반만 남았습니다. 구청은 2026. 6. 24. 사실상 들인 비용을 확인할 수 없다며 지목변경 전후 시가표준액 차액 5억원을 과세표준으로 하겠다고 안내했습니다. B사는 실제로 쓴 돈은 2억원 남짓인데 그 금액으로 신고할 수 없는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

땅의 지목을 바꾸면 왜 취득세를 또 내나요?

토지의 지목을 사실상 변경해 가액이 증가하면 취득으로 봅니다. 지목변경으로 늘어난 가치에 대해 따로 매기는 취득세이므로, 땅을 살 때 낸 취득세와는 별개입니다. 세율은 중과기준세율인 1천분의 20이고, 과밀억제권역 안의 본점이나 공장 신설·증설처럼 제13조 제1항에 해당하면 그 100분의 300을 적용합니다.

취득일은 공부상 지목변경을 마친 날만이 아닙니다. 성토를 끝내고 공장용지로 쓸 수 있게 된 날이 더 빠르면 그날이 취득일이 되고, 지목변경 전에 일부를 먼저 썼다면 그 부분은 사용일에 취득한 것으로 봅니다. 신고기한 60일도 이날부터 셉니다. 기한까지 신고하지 않으면 납부할 세액의 100분의 20인 무신고가산세와 납부지연가산세가 붙으므로, 공사가 끝나 갈 무렵 취득일부터 확인해 두는 편이 좋습니다.

지목변경 취득세 과세표준은 원래 무엇인가요?

지목을 사실상 변경한 경우 취득 당시가액은 그 변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상취득가격입니다. 사실상취득가격에는 공사비 같은 직접비용 외에 농지보전부담금·대체산림자원조성비처럼 관계 법령에 따라 의무적으로 내는 비용, 용역비, 건설자금 차입 이자 등이 들어갑니다.

대법원은 택지를 조성하며 낸 하수도원인자부담금 같은 기반시설 부담금과 도로·하천 공사비를 지목변경에 든 비용으로 보아 과세표준에 넣은 처분을 유지했습니다. 옛 조문 아래 판결이지만, 지목변경에 필요해서 쓴 돈이면 넓게 포함된다는 점을 보여 줍니다. 반대로 이주비나 지장물 보상금처럼 별개 권리에 대한 보상 성격의 비용과 부가가치세는 빠집니다.

2026년부터 비용을 확인할 수 없는 법인은 어떻게 계산하나요?

개정 전 조문은 사실상취득가격을 확인할 수 없을 때 시가표준액으로 계산하는 방식을 법인이 아닌 자에게만 정해 두었습니다. 2025. 12. 31. 개정되어 2026. 1. 1. 시행된 현행 조문은 토지 지목변경이면 법인과 개인을 가리지 않고, 사실상취득가격을 확인할 수 없을 때 시가표준액으로 계산하도록 했습니다. 차량·기계장비 용도변경은 지금도 법인이 아닌 자에게만 이 방식이 적용됩니다.

계산은 지목이 사실상 변경된 때를 기준으로, 변경 후 토지의 시가표준액에서 변경 전 지목의 개별공시지가를 뺍니다. 변경 후 시가표준액은 개별공시지가의 공시기준일이 지목변경 취득일 전이면 시장·군수·구청장이 토지가격비준표로 산정한 가액을 씁니다. 사례에서 변경 후 12억원, 변경 전 7억원이면 과세표준은 5억원, 취득세 본세는 1천분의 20인 1,000만원입니다. 2026. 1. 1. 전에 지목이 바뀐 땅은 그때의 조문으로 따져 볼 수 있습니다.

실제 들인 비용이 더 적다면 그 금액으로 신고할 수 있나요?

할 수 있습니다. 시가표준액 방식은 사실상취득가격을 확인할 수 없는 경우에만 쓰는 예외이므로, 실제 비용을 증명하면 원칙대로 그 금액이 과세표준입니다. 다만 납세자가 고르는 방식이 아니어서, 증명하지 못한 부분은 시가표준액으로 계산될 수 있습니다.

증명은 공사도급계약서, 세금계산서, 계좌 이체 내역, 공사 일지와 사진을 맞춰 하는 것이 기본입니다. 현금으로 준 부분은 인출 내역과 영수증, 업체 대표의 확인서를 모으고, 폐업한 업체라도 국세청에 신고된 매출 자료를 확인할 수 있는지 봅니다. 반대로 시가표준액 차액이 실제 비용보다 적다면 굳이 비용을 다 모을 이유는 없으니, 두 금액을 먼저 계산해 봅니다. 사례의 B사라면 증빙이 남은 1억원 남짓과 현금 지급분 자료를 합쳐 어디까지 증명되는지가 결론을 가릅니다.

법인 지목변경 취득세 대응 순서

• 취득일 확인 - 성토 완료일, 사용 시작일, 공부상 변경일 중 빠른 날을 찾고 60일 신고기한을 계산합니다.
• 비용 집계 - 공사비, 부담금, 용역비, 차입 이자를 항목별로 모으고 증빙이 없는 금액을 따로 표시합니다.
• 두 방식 비교 - 사실상취득가격과 시가표준액 차액을 함께 계산해 차이를 봅니다.
• 신고 - 증명된 비용으로 신고하고, 증빙 목록을 신고서에 붙입니다.
• 경정청구·불복 - 이미 시가표준액으로 냈다면 5년 안에 경정청구를, 고지를 받았다면 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지목이 사실상 바뀐 날이 언제인지와 공사비를 어느 범위까지 증명할 수 있는지에 따라 과세표준이 달라집니다. 법무법인 윤성은 법인 토지의 지목변경 취득세 신고 검토와 경정청구, 이의신청·심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 지목만 바꿨는데 취득세를 또 내나요?
  토지의 지목을 사실상 변경해 가액이 늘면 취득으로 보아 취득세를 냅니다. 땅을 살 때 낸 취득세와 별개이고, 세율은 중과기준세율인 1천분의 20입니다. 과밀억제권역 공장 신설 등은 중과됩니다.
• 지목변경 취득세 신고는 언제까지 하나요?
  취득일부터 60일 안에 신고·납부합니다. 취득일은 지목이 사실상 변경된 날과 공부상 변경된 날 중 빠른 날이고, 그 전에 먼저 사용한 부분은 사용일이 취득일입니다. 공부 정리를 기다리다 기한을 넘기는 일이 많습니다.
• 과세표준에는 어떤 비용이 들어가나요?
  지목변경으로 증가한 가액에 해당하는 사실상취득가격입니다. 공사비 외에 농지보전부담금 같은 법정 부담금, 용역비, 건설자금 이자도 들어가고, 대법원은 기반시설 부담금과 공사비도 포함된다고 보았습니다.
• 법인인데 공사비 증빙이 없으면 어떻게 되나요?
  2026. 1. 1.부터는 법인도 토지 지목변경의 사실상취득가격을 확인할 수 없으면 지목변경 전후 시가표준액 차액을 과세표준으로 합니다. 개정 전에는 이 방식이 법인이 아닌 자에게만 정해져 있었습니다.
• 실제 비용이 적으면 그걸로 신고할 수 있나요?
  증명할 수 있다면 가능합니다. 시가표준액 방식은 사실상취득가격을 확인할 수 없을 때의 예외이므로, 계약서·세금계산서·이체 내역으로 실제 비용을 증명하면 그 금액이 과세표준입니다. 증명하지 못한 부분만 남는 문제가 됩니다.
• 이미 시가표준액으로 낸 세금은 돌려받을 수 있나요?
  실제 비용을 증명할 자료가 있다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 부과 고지를 받았다면 통지받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다. 두 기한은 따로 셉니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 부동산 많은 회사 주식을 사서 과점주주가 되면 취득세는 장부가액 기준인가요?
• 밭을 대지로 바꾸는 지목변경 신청이 반려되면 소송으로 다툴 수 있나요?
• 두 필지에 건물을 짓고 한 필지만 지목을 바꿨다면 개발부담금 면적은 어떻게 보나요?
• 발전소와 함께 만든 수로터널 공사비도 취득세 과세표준인가요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기