취득세·보유세

재건축 끝난 뒤 대체주택을 계속 가지면 종부세는 2주택인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 재건축 아파트가 완성된 뒤 6월 1일 현재 대체주택을 함께 갖고 있으면 종합부동산세는 2주택으로 계산됩니다. 양도소득세에는 완성 후 3년 안에 대체주택을 팔면 비과세하는 특례가 있지만, 종합부동산세법 제8조 제4항에는 재건축 대체주택 특례가 없기 때문입니다. 지금은 준공 후 처음 오는 6월 1일이 언제인지부터 확인하십시오.

양도소득세에서 대체주택은 완성 후 3년 안에만 팔면 된다고 들었다고 해서 종합부동산세에는 그런 유예기간이 없습니다. 종합부동산세는 매년 6월 1일 현재 보유 상태로 따로 계산합니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 2014년에 산 아파트가 재건축에 들어가자 2022년 7월 근처 아파트 한 채를 사서 가족과 살았습니다. 재건축 아파트는 2024년 12월 준공되었고 G씨 가족은 2025년 1월 새 아파트로 이사했습니다. 완성 후 3년 안에만 팔면 양도소득세가 비과세된다는 말을 듣고 살던 대체주택은 천천히 팔기로 했는데, 2025년 11월 두 채를 합산한 종합부동산세 납부고지서를 받았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

종부세에도 재건축 대체주택 특례가 있나요?

아니요, 종합부동산세법에는 재건축이나 재개발 기간에 거주하려고 산 대체주택을 1세대1주택으로 보아 주는 특례가 없습니다. 재건축 아파트가 완성된 뒤 6월 1일 현재 대체주택을 함께 갖고 있으면 2주택으로 계산됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「종합부동산세법」은 2주택 이상이어도 1세대1주택자로 보는 경우를 네 가지로 정합니다. 1주택과 다른 주택의 부속토지, 대체취득으로 인한 일시적 2주택, 1주택과 상속주택, 1주택과 지방 저가주택이 그것이고, 재건축 대체주택은 들어 있지 않습니다.

일시적 2주택 특례는 1세대1주택자가 기존 집을 팔기 전에 새 집을 대체취득한 경우에 적용됩니다. 재건축 아파트는 원래 갖고 있던 집이 다시 지어진 것이고, 대체주택은 그 뒤에 산 집이어서 이 특례의 구조와 맞지 않습니다. 이 부분은 사실관계에 따라 다툼이 생길 수 있으므로 특례 신청 여부는 따로 검토합니다.

양도소득세 대체주택 비과세와는 무엇이 다른가요?

양도소득세는 재건축 사업시행인가일 이후 대체주택을 사서 1년 이상 살고, 새 아파트 완성 후 3년 안에 이사해 1년 이상 살면서 대체주택을 완성 전 또는 완성 후 3년 안에 팔면 1세대1주택으로 보아 비과세합니다. 종합부동산세는 이런 유예기간 없이 해마다 6월 1일의 보유 상태로만 계산합니다.

• 양도소득세 - 대체주택 비과세 특례가 있고, 완성 후 3년 안에 팔면 됩니다.
• 종합부동산세 - 대체주택 특례가 없고, 준공 후 첫 6월 1일부터 2주택입니다.
• 판단 시점 - 양도소득세는 양도일, 종합부동산세는 매년 6월 1일입니다.

그래서 양도소득세 비과세만 보고 완성 후 3년까지 대체주택을 갖고 있으면, 그 사이 맞는 6월 1일마다 종합부동산세는 2주택으로 계산됩니다. 사례에서는 2025년 6월 1일이 그 첫날이었습니다.

2주택으로 계산되면 무엇이 달라지나요?

2주택으로 계산되면 1세대1주택자의 기본공제 12억원 대신 9억원만 공제되고, 고령자·장기보유 세액공제도 받을 수 없습니다. 두 채의 공시가격 합계가 9억원을 넘으면 넘는 부분에 공정시장가액비율을 곱해 과세표준을 계산합니다.

재건축 전부터 오래 보유해 온 1주택자라면 장기보유 세액공제와 고령자 세액공제를 합쳐 산출세액의 100분의 80까지 공제받고 있었을 수 있습니다. 2주택이 되는 해에는 이 공제가 모두 빠지므로 세액 차이가 큽니다.

지금 무엇을 해야 하나요?

다음 6월 1일 전에 대체주택 잔금을 받으면 그해부터 다시 1세대1주택자로 계산될 수 있습니다. 매도 시점은 양도소득세 대체주택 비과세 요건을 함께 갖추는지까지 보고 정합니다.

매도 시점을 정할 때는 잔금일이 6월 1일 전인지, 새 아파트로 세대 전원이 이사했는지, 대체주택에서 1년 이상 살았는지를 함께 확인합니다. 이미 받은 고지서는 6월 1일 현재 보유 상태로 정해진 것이어서 다투기 어렵고, 공시가격이나 세대 판단에 다른 잘못이 있을 때만 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

재건축 대체주택 종부세 대응 순서

• 준공일 확인 - 재건축 아파트의 사용승인일이나 준공일과 그 뒤 처음 오는 6월 1일을 확인합니다.
• 양도세 요건 확인 - 사업시행인가일 이후 대체주택 취득, 1년 이상 거주, 완성 후 3년 안 이사와 1년 거주 요건을 점검합니다.
• 매도 일정 결정 - 대체주택 잔금일을 다음 6월 1일 전으로 잡는 방안과 그 뒤로 미루는 방안의 종합부동산세 차이를 비교합니다.
• 양도 신고 - 대체주택을 팔면 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 신고합니다.
• 고지서 대조 - 11월 말 받은 고지서의 주택 목록과 공제가 6월 1일 현재 보유 상태와 맞는지 확인하고, 잘못이 있으면 90일 안 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 대체주택과 재건축 아파트의 명의가 서로 다른 세대원이거나 공동명의인 경우에는 등기와 세대 구성을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 재건축·재개발 주택의 양도소득세와 종합부동산세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재건축 공사 중에는 종부세가 어떻게 계산되나요?
  기존 주택이 실제로 철거되어 멸실된 뒤라면 그 집은 주택분 재산세 과세대상이 아니어서 대체주택 한 채만 가진 것으로 계산될 수 있습니다. 철거 전이면 두 채가 됩니다. 공사 기간 중 6월 1일마다 철거 여부를 확인합니다.
• 대체주택을 6월 1일에 팔면 어떻게 되나요?
  6월 1일 당일까지 잔금을 받으면 그날 매수인이 사실상 소유자가 되므로 그해 종합부동산세에서 대체주택은 빠집니다. 잔금일이 6월 2일 이후면 매도인에게 그해 2주택으로 계산되므로 계약서의 잔금일을 먼저 확인합니다.
• 종부세 일시적 2주택 특례를 신청할 수 없나요?
  일시적 2주택 특례는 1세대1주택자가 기존 집을 팔기 전에 새 집을 대체취득한 경우를 위한 것입니다. 재건축 아파트는 원래 집이 다시 지어진 것이어서 구조가 맞지 않으므로, 신청 전에 사실관계를 따로 검토합니다.
• 양도세 대체주택 비과세 요건은 무엇인가요?
  사업시행인가일 이후 대체주택을 사서 1년 이상 살고, 새 아파트 완성 후 3년 안에 세대 전원이 이사해 1년 이상 계속 살며, 대체주택을 완성 전 또는 완성 후 3년 안에 팔아야 합니다. 부득이한 사유가 있으면 일부 예외가 있습니다.
• 대체주택 명의가 배우자면 다른가요?
  종합부동산세는 사람별로 과세하므로 재건축 아파트와 대체주택의 명의가 다르면 각자 1주택씩 가진 것으로 계산됩니다. 다만 1세대1주택자 특례는 세대원 중 1명만 주택을 가져야 하므로 12억원 공제는 받지 못할 수 있습니다.
• 2주택 고지를 받았는데 다툴 수 있나요?
  6월 1일 현재 두 채를 가졌다면 고지 자체를 다투기는 어렵습니다. 공시가격, 세대 구성, 철거 여부 판단 등에 잘못이 있을 때 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다.
• 대체주택을 팔면 양도세 신고는 언제 하나요?
  대체주택 비과세 요건을 갖췄더라도 양도가액이 12억원을 넘으면 과세되는 부분이 생기므로, 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다. 비과세 요건 충족 여부도 이때 함께 정리합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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