세금

세무조사 때 뒤늦게 낸 매입세금계산서도 매입세액공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 제때 받아 둔 세금계산서라면 세무서가 경정할 때 경정기관의 확인을 거쳐 제출하면 공제됩니다. 다만 매입처별 세금계산서합계표를 내지 않은 것으로 보아 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 붙습니다. 조사 전에 경정청구나 수정신고로 넣으면 이 가산세는 붙지 않습니다.

네, 제때 받아 둔 세금계산서라면 세무서가 경정할 때 경정기관의 확인을 거쳐 제출하면 공제됩니다. 다만 매입처별 세금계산서합계표를 내지 않은 것으로 보아 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 붙습니다. 조사 전에 경정청구나 수정신고로 넣으면 이 가산세는 붙지 않습니다.

신고 때 빠뜨린 매입세액은 원래 공제되지 않나요?

원칙적으로는 공제되지 않습니다. 부가가치세법은 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 않은 매입세액을 공제하지 않는 매입세액으로 정하고 있습니다. 세금계산서를 받아 두었더라도 신고 때 합계표에 넣지 않으면 공제 대상에서 빠집니다.

이 원칙에는 예외가 다섯 가지 있습니다. 수정신고서와 함께 합계표를 낸 경우, 경정청구서와 함께 내어 경정된 경우, 기한후신고서와 함께 낸 경우가 앞의 세 가지입니다. 합계표의 등록번호나 공급가액이 착오로 틀렸지만 세금계산서로 거래가 확인되는 경우가 넷째입니다. 마지막이 세무서가 경정할 때 세금계산서를 경정기관 확인을 거쳐 제출하는 경우입니다.

다섯 가지 모두 매입세액 공제를 허용합니다. 차이는 가산세에서 납니다. 앞의 네 가지는 매입처별 합계표 관련 가산세를 적용하지 않습니다. 마지막 경정 단계 제출만 0.5퍼센트 가산세가 남습니다.

전자세금계산서는 사정이 조금 다릅니다. 과세기간 마지막 날의 다음 달 11일까지 국세청에 전송된 전자세금계산서가 있습니다. 이런 전자세금계산서는 합계표 제출 자체를 생략할 수 있습니다. 이런 매입분을 신고서에서만 빠뜨렸다면 합계표 미제출 가산세는 매길 수 없다고 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없습니다. 다만 제출 의무가 없는데 미제출을 이유로 가산세를 매기는 것은 문언에 맞지 않습니다. 경정 단계 공제로 보아 0.5퍼센트를 매길 수 있다는 반론은 있습니다. 종이 세금계산서나 전송이 늦은 전자세금계산서는 앞의 원칙이 그대로 적용됩니다.

세무조사 중에 내면 어떻게 처리되나요?

세무조사 결과로 세무서가 과세표준과 세액을 경정할 때 세금계산서를 제출하면 됩니다. 경정기관이 그 세금계산서를 확인하는 절차를 거쳐야 합니다. 확인을 받으면 매입세액을 공제한 금액으로 경정합니다. 제출은 조사 기간 중이나 결과 통지 전에 하는 것이 일반적이며, 원본과 거래 증빙을 함께 내야 확인이 빠릅니다.

예를 들어 조사에서 매출 누락 2억원이 드러나 매출세액 2,000만원이 추가되었다고 해 보겠습니다. 같은 기간 신고에서 빠뜨린 매입세금계산서 공급가액 8,000만원이 있었습니다. 이를 경정 단계에서 내면 매입세액 800만원이 공제되고 가산세 40만원이 붙습니다. 추가 세액이 2,000만원에서 1,200만원으로 줄어드는 셈입니다.

신용카드매출전표나 현금영수증으로 받은 매입분도 마찬가지입니다. 경정기관 확인을 거쳐 제출하면 공제되고 공급가액의 0.5퍼센트 가산세가 붙습니다. 조사 대응 단계에서 누락 매입 자료를 함께 찾는 것이 추징세액을 줄이는 출발점입니다. 매출 누락이 실제 거래였다면 그 거래에 들어간 원가 매입도 함께 찾아볼 필요가 있습니다.

조사 전에 직접 바로잡으면 무엇이 다른가요?

가산세 부담이 줄어듭니다. 수정신고서나 경정청구서와 함께 합계표를 내면 매입처별 합계표 가산세가 붙지 않습니다. 매입세액만 빠뜨린 경우라면 경정청구로 환급을 받을 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 할 수 있습니다.

매출 누락과 매입 누락이 함께 있으면 수정신고로 정리합니다. 이때 과소신고 가산세는 법정신고기한이 지난 뒤 언제 수정신고했는지에 따라 감면됩니다. 1개월 안이면 90퍼센트, 6개월 안이면 50퍼센트, 2년 안이면 10퍼센트까지 줄어듭니다. 다만 세무서가 경정할 것을 미리 알고 낸 수정신고는 감면되지 않습니다.

세금계산서 자체를 늦게 받았다면 어떻게 되나요?

여기까지는 세금계산서를 제때 받아 두고 신고만 빠뜨린 경우의 이야기입니다. 세금계산서 자체를 공급시기가 지나 받았다면 별도 요건을 봐야 합니다. 공급시기가 속한 과세기간의 확정신고기한까지 받았다면 공제됩니다.

확정신고기한이 지난 뒤 받았다면 그 다음 날부터 1년 안이어야 합니다. 그리고 수정신고나 경정청구서와 함께 내거나, 세무서가 거래를 확인해 결정·경정해야 합니다. 1년이 지난 뒤 받은 세금계산서는 조사 단계에서 내도 공제되지 않습니다. 이 부분은 「세금계산서를 확정신고기한이 지나서 받았다면 매입세액공제를 받을 수 있나요?」에서 자세히 다뤘습니다.

누락 매입세금계산서 대응 순서

• 누락분 추출 - 홈택스 매입 전자세금계산서 목록과 신고한 합계표를 과세기간별로 대조합니다.
• 수취 시점 확인 - 누락분마다 공급시기와 수취일을 적어 확정신고기한 안에 받은 것인지 나눕니다.
• 조사 전 정리 - 조사 통지 전이면 경정청구나 수정신고로 합계표를 함께 냅니다.
• 조사 중 제출 - 조사 중이면 누락 세금계산서 원본을 정리해 경정기관 확인을 요청합니다.
• 가산세 검토 - 경정 결과의 가산세가 법정 범위인지, 이중으로 매겨지지 않았는지 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세금계산서를 언제 받았는지와 어느 단계에서 제출하는지에 따라 공제 여부와 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 세무조사에서 누락 매입세액을 반영하는 경정 대응과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서가 누락 매입세액을 스스로 공제해 주지는 않나요?
  시행령 제74조 제5호는 사업자가 세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 제출하는 경우를 정하고 있습니다. 납세자가 자료를 내야 공제가 반영된다고 보는 것이 안전합니다.
• 경정청구로 매입세액을 넣으면 가산세가 전혀 없나요?
  매입처별 합계표 관련 가산세는 붙지 않습니다. 다만 세금계산서를 공급시기 뒤에 받은 경우라면 지연수취에 따른 0.5퍼센트 가산세가 따로 문제 될 수 있습니다.
• 조사 결과 통지 뒤에도 매입세금계산서를 낼 수 있나요?
  경정이 확정되기 전이면 제출해 반영을 요청할 수 있습니다. 경정된 뒤라면 과세전적부심사나 불복 절차에서 누락 매입세액을 주장하게 됩니다. 수취 시점 요건은 같습니다.
• 예정신고 때 빠뜨린 매입세액은 확정신고 때 넣으면 되나요?
  네, 같은 과세기간의 확정신고 때 넣을 수 있습니다. 예정신고 누락분은 확정신고 때 합계표를 제출하는 것이 허용되므로 매입세액 공제에 문제가 없습니다.
• 경정청구 기한은 언제까지인가요?
  법정신고기한이 지난 뒤 5년 이내입니다. 부가가치세 제1기 확정신고분이라면 7. 25.이 법정신고기한이므로 그 다음 날부터 5년을 계산합니다. 2026년 제1기분은 2031. 7. 25.까지입니다.
• 매출 누락이 없고 매입만 빠뜨렸는데 조사 대상이 될 수 있나요?
  매입만 빠뜨리면 납부할 세액이 늘어난 상태라 그 자체로 조사 사유가 되기는 어렵습니다. 경정청구로 환급을 구하면 세무서가 거래 사실을 확인하는 절차는 거칠 수 있습니다.

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