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부가세 신고 때 빠뜨린 카드·현금영수증 매입세액, 경정청구로 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신


신고 때 빠뜨린 신용카드·현금영수증 매입세액은 법정신고기한 후 5년 안에 수령명세서를 붙여 경정청구하면 가산세 없이 공제받을 수 있습니다. 홈택스에서 선택불공제로 분류된 매입이나 소득공제용 현금영수증도 사업에 쓴 것이면 대상입니다. 세무서 경정 때 내면 0.5% 가산세가 붙습니다.

기한

부가가치세 신고 때 빠뜨린 매입세액은 그 과세기간의 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 세무서는 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 그때까지 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지 전이라도 불복할 수 있습니다.

사업용 카드로 결제했는데 홈택스에서 「선택불공제」로 분류되어 빼고 신고했거나, 현금영수증을 소득공제용으로 받아 매입세액에 넣지 못한 경우가 적지 않습니다. 이런 매입세액은 실제 사업에 쓴 것이라면 신고가 끝난 뒤에도 경정청구로 돌려받을 수 있고, 5년 안의 과세기간이라면 여러 기를 한꺼번에 청구할 수도 있습니다. 다만 세무서가 먼저 경정할 때 내면 가산세가 붙으므로 시기가 중요합니다.

이런 상담이 많습니다

카페를 운영하는 일반과세자 E씨는 2025년 제2기 부가가치세를 신고하면서 사업용 신용카드로 결제한 대형마트 식자재 1,540만원과 배달용 화물밴 주유비 660만원을 신고에서 뺐습니다. 홈택스에서 「선택불공제」로 분류되어 있었기 때문입니다. 원두 거래처에서 소득공제용으로 받은 현금영수증 330만원도 빠졌습니다. 2026. 9. 이 사실을 안 E씨는 지금이라도 돌려받을 수 있는지, 불이익은 없는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

카드·현금영수증 매입세액은 어떤 요건으로 공제되나요?

일반과세자에게서 부가가치세가 따로 구분된 신용카드매출전표나 지출증빙용 현금영수증을 받으면 세금계산서가 없어도 매입세액공제를 받을 수 있습니다. 신용카드매출전표등 수령명세서를 내고 증빙을 보관해야 하며, 홈택스에 사업용 신용카드를 등록했더라도 수령명세서에 합계액은 적어 내야 합니다.

카드·현금영수증 매입의 공제 여부
거래 유형공제 여부근거
일반과세자에게 사업용으로 결제 (핵심 행)공제(수령명세서 제출)제46조 제3항
목욕·이발·미용, 여객운송(전세버스 제외), 입장권불공제시행령 제88조 제5항
영수증만 발급하는 간이과세자불공제시행령 제88조 제5항
업무무관·기업업무추진비불공제제39조 제1항 제4호·제6호
비영업용 승용차 구입·유지불공제(화물차 등은 공제)제39조 제1항 제5호

홈택스 선택불공제 분류와 관계없이 실제 용도로 판단합니다.

출처 - 부가가치세법 제39조 제1항, 제46조 제3항, 같은 법 시행령 제88조 제5항

다만 목욕·이발·미용업, 전세버스를 뺀 여객운송업, 입장권을 발행하는 사업 등과의 거래나 영수증만 발급할 수 있는 간이과세자와의 거래는 카드로 결제해도 공제되지 않습니다. 업무와 관련 없는 지출, 기업업무추진비, 비영업용 승용차 관련 매입세액도 결제 수단과 관계없이 공제되지 않습니다.

「선택불공제」로 분류된 매입도 공제받을 수 있나요?

홈택스의 「당연불공제」는 간이과세자나 면세사업자와의 거래처럼 법상 공제가 안 되는 거래입니다. 「선택불공제」는 숙박업, 주유소, 골프연습장처럼 업무무관이나 접대와 관련될 수 있는 업종으로 일단 분류해 둔 것일 뿐입니다. 국세청도 선택불공제로 분류되었더라도 실제 사업에 쓴 것이면 공제로 바꿔 공제받을 수 있다고 봅니다.

스스로 점검해 보기

해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.

  1. 홈택스에서 선택불공제로 분류된 매입을 그대로 빼고 신고했나요?

    실제 사업에 쓴 것이면 경정청구 대상입니다.

    부가가치세법 제46조 제3항

  2. 사업 경비를 소득공제용 현금영수증으로 받은 적이 있나요?

    지출증빙용으로 바꾼 뒤 경정청구에 반영합니다.

    부가가치세법 제46조 제3항

  3. 빠뜨린 과세기간의 신고기한이 지난 지 5년이 안 되었나요?

    경정청구를 할 수 있습니다.

    국세기본법 제45조의2 제1항

  4. 세무서에서 조사나 경정 연락을 이미 받았나요?

    그 과정에서 공제받으면 0.5% 가산세가 붙을 수 있어 대응을 검토합니다.

    부가가치세법 제60조 제5항 제1호

E씨의 화물밴은 개별소비세가 붙는 승용차가 아니므로 주유비 매입세액이 공제 대상이고, 식자재도 카페 영업에 쓴 것이면 공제됩니다. 다만 공제로 바꾼 매입은 사업 관련성을 증명할 책임이 사업자에게 돌아오므로 차량등록증, 메뉴와 식자재 구매 내역 같은 자료를 함께 남겨 두어야 합니다.

소득공제용으로 받은 현금영수증도 되나요?

현금영수증을 소득공제용으로 받았더라도 홈택스에서 사업자 지출증빙용으로 용도를 바꾸면 매입세액공제를 받을 수 있다는 것이 국세청 입장입니다. 바꾼 뒤 수령명세서에 적어 경정청구에 함께 내면 됩니다. 공급자가 공제 제외 업종이거나 영수증만 발급하는 간이과세자가 아닌지는 따로 확인해야 하고, 가족 생활비로 쓴 금액이 섞여 있다면 그 부분은 빼야 합니다.

경정청구로 내는 것과 세무서 경정 때 내는 것은 무엇이 다른가요?

신고 때 빠뜨린 카드 매입세액은 경정청구서와 함께 수령명세서를 내 세무서가 경정하면 공제됩니다. 이 경우에는 가산세가 없습니다. E씨는 2,530만원 가운데 부가가치세 230만원을 돌려받을 수 있습니다.

빠뜨린 카드·현금영수증 매입세액

단위 원

빠뜨린 카드·현금영수증 매입세액 (단위 원)
선택불공제 식자재(부가세 포함)15,400,000
더하기화물밴 주유비(부가세 포함)6,600,000
더하기소득공제용 현금영수증(부가세 포함)3,300,000
합계합계25,300,000
곱하기10/11010/110
합계경정청구로 돌려받을 매입세액2,300,000

세무서 경정 때 내면 공급가액 2,300만원의 0.5%인 11만 5천원이 가산세입니다.

단순 예시 계산

누락 매입세액을 언제 내느냐

먼저 경정청구

(유리)가산세 없이 공제

  • 수령명세서를 경정청구서에 첨부
  • 법정신고기한 후 5년 안

세무서 경정 과정에서 제출

(불리)공제되지만 0.5% 가산세

  • 경정기관 확인을 거쳐 제출
  • 공급가액의 0.5% 가산

출처 - 부가가치세법 제60조 제5항, 같은 법 시행령 제74조 제2호·제5호, 제108조 제4항

매출 누락처럼 세금을 더 내야 하는 사정이 함께 있다면 수정신고서에 수령명세서를 붙여 빠진 매입세액을 함께 반영할 수도 있습니다. 기한 후 신고를 하는 경우에도 같습니다. 이때도 사업자가 스스로 낸 것이므로 0.5% 가산세는 붙지 않습니다.

반면 경정청구 없이 있다가 세무서가 조사나 경정을 하는 과정에서 카드 전표를 확인받아 공제받으면, 그 공급가액의 0.5%가 가산세로 붙습니다. 수령명세서에 공급가액을 실제보다 많이 적었을 때도 과다 기재분의 0.5%가 가산세입니다.

세무서가 경정청구를 받아들이지 않으면요?

세무서는 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 이유가 없다는 뜻을 알려야 합니다. 거부 통지를 받으면 그날부터 90일 안에 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나로 다툴 수 있습니다. 2개월 안에 아무 통지가 없으면 2개월이 되는 날의 다음 날부터 통지를 기다리지 않고 불복할 수 있습니다.

거부 사유는 대개 업무 관련성이 증명되지 않았다는 것입니다. 이때는 지출 날짜와 장소, 사업 내용의 연결을 자료로 다시 정리해 내는 것이 핵심이고, 사적 사용분이 섞여 있다면 그 부분을 먼저 빼 청구 금액을 정리하는 편이 설득력이 있습니다.

카드 매입세액 경정청구 대응 순서

  • 누락분 추리기 - 홈택스 사업용 카드·현금영수증 매입 내역에서 신고에 넣지 않은 건을 뽑습니다.
  • 공제 여부 분류 - 공급자 업종·과세유형과 업무 관련성으로 공제 대상만 골라 증빙을 붙입니다.
  • 용도 변경 - 소득공제용 현금영수증은 지출증빙용으로 바꿉니다.
  • 경정청구서 제출 - 수령명세서와 함께 법정신고기한 후 5년 안에 관할 세무서에 냅니다.
  • 결과 확인과 불복 - 2개월 안에 통지가 없거나 거부되면 심판청구 등 불복을 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공급자의 업종과 과세유형, 지출의 업무 관련성을 어떻게 증명하느냐에 따라 공제 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 경정청구, 매입세액 불공제 처분 대응, 경정청구 거부에 대한 조세심판 청구를 수행합니다.

실무상 착안점

홈택스의 선택불공제는 업종 분류일 뿐 공제 여부를 정한 것이 아닙니다. 그대로 두고 신고하는 경우가 많아 해마다 쌓이면 금액이 커지므로, 지난 5년치를 한꺼번에 점검해 볼 만합니다.

반대로 공제로 바꾼 매입은 세무서가 업무 관련성을 물을 수 있습니다. 주유비라면 차량 종류, 숙박비라면 출장 목적처럼 지출마다 설명할 자료를 경정청구 전에 준비해 두는 편이 안전합니다.

같은 매입세액이라도 경정청구로 내면 가산세가 없고, 세무서 경정 과정에서 내면 0.5%가 붙습니다. 누락을 알았다면 세무서 연락을 기다리지 말고 먼저 청구하십시오.

— 허진영 변호사 · 세금

관련 수행 이력

법무법인 윤성은 개인사업자와 법인의 부가가치세 경정청구, 매입세액 불공제 처분 대응, 경정청구 거부에 대한 조세심판 청구를 수행해 왔습니다.

  • 부가가치세 경정청구·환급 청구
  • 매입세액 불공제 처분 불복
  • 과세자료 해명·소명서 대응
  • 가산세 부과처분 이의신청·심판청구

이 상황에서 자주 묻는 것

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출처

2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.


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