부가가치세

공사 하자로 소송 중인데 시공사가 세금계산서를 안 주면 어떻게 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

공사금액을 정해 계약하고 사용승인까지 받았다면 하자·지체상금 소송이 진행 중이어도 건설용역 공급시기는 사용승인일이고, 시공사가 세금계산서를 주지 않으면 건축주가 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있습니다. 거래사실 확인 신청은 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 안에 해야 합니다. 지금은 사용승인일과 신청 마감일부터 확인하십시오.

시공사와 하자·지체상금 소송이 끝날 때까지 세금계산서를 기다릴 필요는 없습니다. 공사가 끝나고 사용승인까지 받았다면 공급시기는 이미 왔고, 시공사가 발급하지 않으면 건축주가 세무서 확인을 받아 직접 발행할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 부동산 임대업을 하려고 2024년 4월 단층 상가주택 신축공사를 공사비 1억 3,400만원(부가가치세 포함)에 맡겼고, 공사 중 추가공사 계약도 맺었습니다. 계약서에는 계약 시, 바닥 타설 시, 판넬공사 완료 시, 준공 후 15일 안에 나누어 지급한다고 적었지만 실제로는 기성 확인 없이 수시로 돈을 보냈습니다. 2025년 4월 사용승인을 받은 직후 F씨는 공사 지연에 따른 지체상금, 미시공 부분과 하자보수 비용을 청구하는 소송을 냈고, 시공사는 지금까지 세금계산서를 한 장도 발급하지 않았습니다. F씨는 소송이 끝나야 공급시기가 오는지, 매입세액을 어떻게 공제받을지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

하자·지체상금 소송이 있어도 공급시기는 사용승인일인가요?

네, 공사금액을 정해 계약했고 공사가 끝나 사용승인까지 받았다면, 그 뒤 지체상금이나 하자보수를 두고 소송이 벌어져도 건설용역의 공급시기는 역무제공이 완료된 사용승인일입니다. 이런 다툼은 공급가액 자체가 아니라 손해배상에 관한 것이기 때문입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」은 용역의 공급시기를 역무의 제공이 완료되는 때로 정하고, 완료일이 분명하지 않으면 사용승인일을 완료일로 봅니다. 공급시기를 판결 때로 미루는 규정은 역무제공이 끝났는데도 공급가액이 확정되지 않은 경우에만 적용됩니다.

• 판결 때로 미뤄지는 경우 - 처음부터 공사금액을 정하지 않았거나, 공사원가 다툼으로 총공사금액 자체가 정해지지 않은 경우입니다.
• 사용승인일이 공급시기인 경우 - 계약금액이 정해진 상태에서 지체상금, 하자보수비, 미시공 부분 손해배상을 다투는 경우입니다.

기성 단계별로 주기로 한 계약인데 완성도기준지급이 아닌가요?

계약서에 공사 진행 단계별로 대금을 주기로 적었더라도, 실제로 기성을 청구하거나 확인하는 절차 없이 수시로 돈을 보냈다면 완성도기준지급조건부 거래로 보기 어렵습니다. 이때는 대가를 받기로 한 때가 아니라 역무제공이 완료된 때가 공급시기입니다.

완성도기준지급조건부로 인정되면 각 기성금을 받기로 한 날마다 공급시기가 오고, 완료일 이후 받기로 한 대가는 완료일이 공급시기가 됩니다. 어느 쪽인지에 따라 매입자발행세금계산서의 신청 마감일도 달라지므로, 기성청구서나 기성확인서가 실제로 오갔는지부터 확인합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 공사금액을 확정해 계약하고 공사를 마쳤으나 공사지연과 하자를 두고 소송이 진행 중이면 공급시기는 역무의 제공이 완료된 때(사용승인일)이고, 건설업자가 세금계산서를 발급하지 않으면 발주자가 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다고 회신했습니다(사전-2018-법령해석부가-0542, 2018. 9. 27.).

국세청은 소장과 준비서면의 청구 내용이 지체상금, 건축주가 직접 보완한 공사비, 미시공 부분, 하자보수비 손해배상이어서 계약으로 정한 공급가액 자체를 다투는 것이 아니라고 보았습니다. 이 회신은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서, 공사원가나 추가공사 대금 자체를 다툰다면 결론이 달라질 수 있습니다.

매입자발행세금계산서는 언제까지 어떻게 신청하나요?

공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내에 거래사실확인신청서에 거래 증빙을 붙여 자기 관할 세무서장에게 확인을 신청해야 합니다. 거래 한 건의 공급대가가 5만원 이상이어야 신청할 수 있습니다.

원 회신 당시 신청기한은 3개월이었고 2019. 2. 12. 개정으로 6개월이 되었으며, 2024. 2. 29. 개정 시행령 시행 이후 신청하는 분부터 1년이 적용됩니다.

신청을 받으면 공급자 관할 세무서장이 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실을 확인해 통지합니다. 거래사실의 존재와 내용은 신청인이 증명해야 하므로 계약서, 계좌이체 내역, 공사 사진, 사용승인서를 함께 냅니다. 확인 통지를 받으면 세무서가 확인한 거래일자를 작성일자로 매입자발행세금계산서를 발행하고, 신고나 경정청구 때 매입자발행세금계산서합계표를 내면 매입세액을 공제받습니다.

매입세액을 전부 공제받을 수 있나요?

과세사업에 쓰는 부분만 공제되고, 주택 임대처럼 부가가치세가 면제되는 사업에 쓰는 부분의 매입세액은 공제되지 않습니다. 상가와 주택이 함께 있는 건물이면 면적 등 기준으로 나누어 계산합니다.

실제로 낸 공사비 중 일부를 아직 주지 않았더라도, 매입자발행세금계산서는 확인된 거래 금액 기준으로 발행합니다. 소송에서 지체상금이나 손해배상을 받게 되더라도 그 금액은 공사비 공급가액을 줄이는 것이 아니어서 이미 발행한 세금계산서를 고칠 사유가 되지 않습니다.

매입자발행세금계산서 대응 순서

• 공급시기 확정 - 사용승인일과 실제 완료일, 기성 확인 절차가 있었는지를 정리해 공급시기를 확정합니다.
• 신청기한 관리 - 공급시기가 속하는 과세기간 종료일부터 1년 안에 거래사실확인신청서를 냅니다. 소송 결과를 기다리다 기한을 넘기면 확인이 거부됩니다.
• 증빙 준비 - 도급계약서, 추가공사 계약서, 이체 내역, 사용승인서, 현장 사진으로 거래 금액을 증명합니다.
• 공제 신고 - 확인 통지 뒤 매입자발행세금계산서합계표를 붙여 신고하고, 해당 과세기간 신고가 끝났다면 과세표준 및 세액의 경정청구서로 공제받습니다.
• 거부 시 대응 - 확인 거부나 공제 부인 처분을 받으면 90일 안에 조세심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소송에서 다투는 금액이 공사대금 자체인지 손해배상인지는 소장과 준비서면을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 건설공사 분쟁과 연결된 매입세액공제·경정청구와 부가가치세 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 매입자발행세금계산서는 누구나 발행할 수 있나요?
  재화나 용역을 공급받은 자가 신청하고, 공급자는 세금계산서 발급의무가 있는 사업자여야 합니다. 공급자가 미등록 사업자나 거래 당시 휴·폐업자였던 것이 명백하면 확인이 거부되므로 거래 당시 사업자 상태를 확인해 두십시오.
• 신청기한 1년은 언제부터 계산하나요?
  공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 계산합니다. 사용승인일이 4월이면 그 과세기간은 6월 30일에 끝나므로 다음 해 6월 30일까지 신청해야 합니다. 2024. 2. 29. 개정 시행령 시행 전 신청분은 6개월 기준입니다.
• 공사비를 다 주지 않았는데도 발행할 수 있나요?
  공급시기가 지났고 거래 사실이 확인되면 대금을 전부 주지 않았더라도 확인 신청을 할 수 있습니다. 다만 거래 금액을 증명해야 하므로 계약서상 공사금액과 지급·미지급 내역을 함께 정리해 내야 합니다.
• 시공사가 폐업하면 어떻게 되나요?
  공급자가 부도·폐업하거나 소재불명·연락두절인 경우에도 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있습니다. 다만 거래 당시 이미 휴·폐업 상태였던 사업자와 거래한 것이 명백하면 확인이 거부됩니다.
• 지체상금을 받으면 세금계산서를 고쳐야 하나요?
  지체상금이나 하자보수 손해배상금은 공사비 공급가액을 줄이는 대가 조정이 아니라 손해배상이므로, 받았다는 이유만으로 공사비 세금계산서를 수정할 사유가 되지 않습니다. 공사대금 자체를 감액하기로 합의했다면 따로 검토합니다.
• 확인 결과는 언제 나오나요?
  공급자 관할 세무서장은 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실을 확인해 통지해야 합니다. 공급자 부도나 일시 부재 같은 사유가 있으면 20일 이내에서 연장될 수 있고, 결과는 신청인 관할 세무서를 거쳐 통지됩니다.
• 이미 신고가 끝난 과세기간이면 어떻게 공제받나요?
  확인 통지를 받은 뒤 매입자발행세금계산서합계표를 붙여 경정청구를 하면 공급시기가 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제받을 수 있습니다. 경정청구는 법정신고기한부터 5년 안에 해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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