세금

매입자발행세금계산서는 거래 후 언제까지 신청해야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

매입자발행세금계산서는 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 날부터 1년 안에 거래사실 확인을 신청해야 합니다. 2026. 3. 공급분이라면 제1기 종료일 6. 30.부터 1년인 2027. 6. 30.까지입니다. 거래 건당 공급대가가 5만원 이상이어야 하고, 거래사실은 신청인이 입증해야 합니다.

매입자발행세금계산서는 공급시기가 속한 과세기간이 끝난 날부터 1년 안에 거래사실 확인을 신청해야 합니다. 2026. 3. 공급분이라면 제1기 종료일 6. 30.부터 1년인 2027. 6. 30.까지입니다. 거래 건당 공급대가가 5만원 이상이어야 하고, 거래사실은 신청인이 입증해야 합니다.

공급자가 세금계산서를 안 주면 매입자가 직접 발행할 수 있나요?

네, 세무서의 거래사실 확인을 받으면 매입자가 직접 세금계산서를 발행할 수 있습니다. 공급자가 세금계산서 발급의무가 있는 사업자인데 발급시기에 발급하지 않은 경우가 대상입니다. 세금계산서를 발급해야 하는 간이과세자도 공급자가 될 수 있습니다.

공급자가 부도나 폐업했거나 계약이 해제·변경되었는데 수정세금계산서를 발급하지 않은 경우도 포함됩니다. 2024. 2. 29. 시행령 개정으로 사유가 더 명시되었습니다. 공급자가 소재불명이거나 연락이 끊긴 경우가 하나입니다. 휴업 등으로 세금계산서를 받기 곤란하다고 국세청장이 인정하는 경우가 다른 하나입니다.

이렇게 발행한 세금계산서의 부가가치세액은 공제받을 수 있는 매입세액으로 봅니다. 공급자 관할 세무서는 같은 금액을 공급자의 매출로 보아 과세하게 되므로 국가 세수에는 손실이 생기지 않습니다. 이 점이 심판례에서 매입자 쪽 주장을 받아들이는 근거로 쓰이기도 합니다.

신청 기한은 정확히 언제까지인가요?

공급시기가 속하는 과세기간의 종료일부터 1년 이내입니다. 일반과세자의 과세기간은 1. 1.부터 6. 30.까지, 7. 1.부터 12. 31.까지입니다. 그래서 상반기 공급분은 다음 해 6. 30.까지, 하반기 공급분은 다음 해 12. 31.까지 신청하면 됩니다.

기한 판단의 출발점은 공급시기입니다. 공사 용역은 완성도나 기성고에 따라 공급시기가 여러 번 생기므로 각 기성분마다 기한이 따로 돌아갑니다. 계약 해지로 공사가 중단되었다면 해지 시점까지의 기성분 공급시기를 먼저 정리해야 합니다.

신청이 기한을 넘긴 것이 명백하면 세무서는 내용을 보지 않고 확인을 거부합니다. 거래 당시 공급자가 미등록 사업자이거나 휴·폐업자였던 것이 명백한 경우도 같습니다. 기한이 애매하다면 서둘러 신청하고 공급시기에 관한 주장은 신청서에 함께 적는 것이 안전합니다. 기한을 넘기면 나중에 판결로 대금이 확정되더라도 이 제도는 쓸 수 없습니다.

어떤 경우에 거래사실 확인이 거부되나요?

거래사실과 공급가액을 객관적 자료로 입증하지 못하면 거부됩니다. 입증책임은 신청인에게 있다고 시행령이 명시하고 있습니다.

조세심판원 2019. 1. 7. 조심 2018중3532 결정은 거부를 유지했습니다. 하도급 골조공사가 중단된 뒤 원도급자가 미지급 공사대금을 일방적으로 확정해 신청한 사안입니다. 기성고를 확인하거나 당사자가 합의한 사실이 없어 공급가액을 확정할 수 없다는 이유였습니다.

반면 조세심판원 2025. 12. 19. 조심 2025전3947 결정은 거부처분을 취소했습니다. 펜션 조성공사 도급계약을 해제하고 공사대금 반환소송을 냈다가 화해권고결정으로 끝난 사안입니다. 심판원은 공사가 상당 부분 진행되어 용역 공급이 있었다고 보았습니다. 법원 결정이 서로 채권·채무가 없음을 확인한 만큼 지급액에 손해배상금이 섞였다고 보기도 어렵다고 했습니다.

두 결정을 가른 것은 공급가액을 확정할 자료입니다. 기성 확인서, 당사자 합의서, 확정된 판결이나 화해 내용이 있으면 확인받을 가능성이 높아집니다.

확인을 받은 뒤에는 어떻게 공제받나요?

공급자 관할 세무서는 신청일의 다음 달 말일까지 거래사실을 확인해 통지합니다. 공급자의 부도나 일시 부재 같은 사유가 있으면 20일 이내에서 연장될 수 있습니다. 확인 통지를 받으면 세무서가 확인한 거래일자를 작성일자로 매입자발행세금계산서를 발행합니다. 신청인과 공급자가 통지를 받은 때에 공급자에게 교부한 것으로 봅니다.

공제는 공급시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 받습니다. 예정신고나 확정신고 때 매입자발행세금계산서합계표를 내거나, 이미 신고가 끝난 과세기간이면 경정청구를 하면서 합계표를 냅니다. 2026. 3. 공급분을 2027. 5.에 확인받았다면 2026년 제1기 부가가치세에 대한 경정청구로 공제받는 구조입니다. 경정청구에는 법정신고기한이 지난 후 5년 이내라는 기한이 따로 있습니다. 다만 확인 통지 직후 청구하므로 보통 문제 되지 않습니다.

매입자발행세금계산서 대응 순서

• 공급시기 정리 - 거래별 공급시기와 그 과세기간 종료일을 표로 정리합니다.
• 기한 계산 - 과세기간 종료일부터 1년이 되는 날을 확인합니다.
• 입증자료 준비 - 계약서, 대금 지급 내역, 기성 확인서, 합의서나 판결문을 모읍니다.
• 확인 신청 - 거래사실확인신청서에 자료를 붙여 신청인 관할 세무서에 냅니다.
• 공제 신고 - 확인 통지 뒤 신고나 경정청구 때 합계표를 내 공제받습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공급시기와 공급가액을 입증할 자료에 따라 확인 여부와 공제 시기가 달라집니다. 법무법인 윤성은 매입자발행세금계산서 거래사실 확인 신청과 거부처분에 대한 조세심판을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 거래 건당 금액이 5만원 미만이면 신청할 수 없나요?
  네, 거래사실 확인 신청 대상은 거래 건당 공급대가가 5만원 이상인 거래입니다. 소액 거래 여러 건을 임의로 합쳐 한 건으로 만들 수는 없고, 실제 거래 단위로 판단합니다.
• 공급자가 이미 폐업했어도 신청할 수 있나요?
  거래 뒤에 폐업한 경우라면 신청할 수 있습니다. 다만 거래 당시에 이미 휴업이나 폐업 상태였던 것이 명백하면 확인이 거부되므로 거래 당시 등록 상태를 먼저 확인해야 합니다.
• 공급자가 거래 사실을 부인하면 어떻게 되나요?
  입증책임이 신청인에게 있으므로 계약서, 대금 지급 내역, 작업 결과물 같은 객관적 자료로 거래를 입증해야 합니다. 공급자의 부인만으로 거부되지는 않습니다.
• 거래사실 확인 거부에 불복할 수 있나요?
  네, 거부 통지는 불복 대상이 되는 처분으로 다뤄지고 있습니다. 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판을 청구할 수 있고, 실제로 거부가 취소된 사례도 있습니다.
• 매입자발행세금계산서를 받으면 공급자에게도 영향이 있나요?
  공급자는 세금계산서를 발급하지 않은 것이므로 그 공급가액은 매출로 과세되고 미발급 가산세 문제가 생길 수 있습니다. 매입자가 교부한 것으로 보는 시점에 공급자도 통지를 받습니다.
• 사업양수도 거래에도 매입자발행세금계산서를 쓸 수 있나요?
  포괄적 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않으므로 세금계산서 발급 대상이 아닙니다. 그래서 매입자발행세금계산서 확인도 거부될 수 있으며, 사업양도 해당 여부가 먼저 쟁점이 됩니다.

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