양도소득세

말소된 임대주택을 먼저 팔았다면 남은 집은 말소 5년이 지나도 비과세인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 등록이 말소된 임대주택을 먼저 팔아 거주주택 한 채만 남았다면 장기임대주택 특례가 아니라 일반 1세대1주택 요건으로 판단하므로, 말소일부터 5년이 지났더라도 2년 보유(취득 당시 조정대상지역이면 2년 거주)를 갖췄다면 비과세를 받을 수 있습니다. 2022년 5월 10일 이후 양도분부터는 남은 1주택의 보유기간을 새로 세지 않아 원래 취득일부터 계산합니다. 지금은 양도일 현재 세대가 가진 주택과 권리가 거주주택 하나뿐인지 먼저 확인하십시오.

등록이 말소된 날부터 5년이 지났다고 해서 남은 거주주택의 비과세를 포기할 필요는 없습니다. 임대주택을 먼저 팔아 집이 한 채만 남았다면 5년 기한은 더 이상 문제 되지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2015년에 산 아파트에 가족과 살면서 2016년 다른 아파트 한 채를 단기민간임대주택으로 등록해 임대했습니다. 이 임대주택은 2020년 가을 임대의무기간이 끝나 등록이 자동으로 말소됐고, I씨는 2024년 이 임대주택을 양도소득세를 내고 팔았습니다. 2026년 11월 살던 아파트를 팔려는데, 말소일부터 5년이 지났으니 비과세가 안 되는 것인지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

말소일부터 5년이 지나면 거주주택 비과세가 안 되나요?

아니요, 등록이 말소된 임대주택을 먼저 팔아 거주주택 한 채만 남은 상태에서 팔면 장기임대주택 거주주택 특례가 아니라 일반 1세대1주택 요건으로 판단하므로, 말소일부터 5년이 지났더라도 2년 보유(취득 당시 조정대상지역이면 2년 거주)를 갖췄다면 비과세를 받을 수 있습니다.

말소일 이후 5년 이내 양도라는 기한은 장기임대주택을 계속 보유한 채 거주주택을 팔 때 쓰는 특례 조건입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 자동말소 등으로 등록이 말소된 장기임대주택을 보유한 1세대가 말소 이후 5년 안에 거주주택을 팔면 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 거주주택 특례를 적용합니다.

임대주택을 이미 팔았다면 양도일 현재 국내에 1주택만 남으므로 이 특례를 빌릴 이유가 없습니다. 이때는 제154조 제1항의 일반 요건만 봅니다. 장기임대주택의 등록 유지나 임대료 증가율 100분의 5 요건처럼 거주주택 특례에 붙는 조건도 따지지 않습니다.

임대주택을 판 날부터 다시 2년을 보유해야 하나요?

아니요, 2022. 5. 10. 이후 양도하는 주택부터는 다른 주택을 처분한 뒤 남은 1주택의 보유기간을 처분일부터 새로 세는 규정이 없어졌습니다. 그래서 남은 거주주택은 원래 취득일부터 보유기간을 계산하고, 이미 2년 이상 보유했다면 임대주택을 판 직후에 팔아도 됩니다.

2022. 5. 31. 개정 전에는 2주택 이상을 가진 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분하면 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산했습니다. 개정 규정은 2022. 5. 10. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용하고, 그 전에 양도한 경우에는 종전 규정을 따릅니다.

거주요건은 어떻게 보나요?

일반 요건으로 판단하므로 거주주택을 취득할 당시 그 지역이 조정대상지역이었는지에 따라 달라집니다. 조정대상지역에서 취득했다면 보유기간 중 세대 전원이 2년 이상 거주해야 하고, 비조정대상지역에서 취득했다면 2년 보유만으로 판단합니다.

거주주택 특례를 받을 때는 취득 시기와 관계없이 거주주택에서 2년 이상 살아야 했지만, 일반 요건으로 넘어오면 이 요건은 취득 당시 조정대상지역 주택에만 남습니다. 사례의 아파트는 2015년 취득이라 그 당시 지정 여부를 공고로 확인합니다.

임대주택을 남겨 둔 채 판다면요?

반대로 말소된 임대주택을 아직 보유한 채 거주주택을 먼저 판다면 말소일 이후 5년 안에 팔아야 거주주택 특례를 받습니다. 장기임대주택을 2호 이상 임대했다면 최초로 등록이 말소된 날부터 5년을 셉니다. 기한을 넘겼다면 임대주택을 먼저 처분하는 순서를 검토합니다.

말소 임대주택 거주주택 양도 대응 순서

• 말소일 확인 - 임대사업자 등록 말소 통지서나 등록사항 확인서로 말소일과 말소 사유(자동말소, 자진말소)를 확인합니다.
• 보유 주택 정리 - 양도일 현재 세대가 보유한 주택·분양권·조합원입주권을 모두 적고 거주주택만 남는지 확인합니다.
• 양도 순서 결정 - 말소일부터 5년 안이면 거주주택 특례를, 5년이 지났다면 임대주택 선양도 뒤 일반 요건을 검토합니다.
• 신고 - 과세되는 임대주택은 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 예정신고하고, 거주주택은 12억원 초과분이 있으면 따로 신고합니다.
• 사후 대응 - 비과세 대상인데 세금을 냈다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를, 고지를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택을 여러 채 보유했거나 거주주택을 임대주택으로 등록한 이력이 있으면 등록·말소 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택과 거주주택 특례를 둘러싼 양도소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대주택을 증여로 정리해도 같은가요?
  임대주택을 별도 세대인 자녀 등에게 증여해 양도일 현재 거주주택 한 채만 남았다면 일반 1세대1주택 요건으로 판단합니다. 다만 같은 세대원에게 증여하면 세대 전체 주택 수가 줄지 않으므로 효과가 없습니다. 증여에는 증여세가 따로 생깁니다.
• 2022년 4월에 거주주택을 팔았다면 어떻게 되나요?
  2022. 5. 10. 전에 양도했다면 종전 규정이 적용되어, 다른 주택을 모두 처분한 뒤 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 새로 셉니다. 임대주택 양도일부터 2년이 지나지 않았다면 비과세 요건을 다시 따져야 합니다.
• 자진말소한 임대주택도 같은가요?
  임대주택을 먼저 팔아 거주주택만 남았다면 말소 사유와 관계없이 일반 요건으로 판단합니다. 임대주택을 보유한 채 거주주택을 팔 때만 말소 사유가 중요하며, 자진말소는 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 경우에 5년 특례가 적용됩니다.
• 임대주택이 두 채면 5년은 언제부터인가요?
  장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 최초로 등록이 말소되는 장기임대주택의 말소일부터 5년을 셉니다. 임대주택을 모두 처분하기 전에는 이 기한 안에 거주주택을 팔아야 특례를 받습니다.
• 거주주택이 12억원을 넘으면요?
  일반 1세대1주택이라도 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다. 이때 보유기간 중 2년 이상 거주했다면 보유·거주기간별 장기보유특별공제를 받으므로 거주 기록을 정리해 둡니다.
• 이미 과세로 신고하고 세금을 냈다면요?
  일반 1세대1주택 요건을 갖췄는데 과세로 신고해 세금을 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 양도일 현재 보유 주택이 한 채였다는 등기 자료와 보유기간 계산을 함께 냅니다.
• 비과세를 부인당해 고지를 받으면요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 거주주택 특례의 5년 기한이 아니라 일반 요건이 적용된다는 점을 양도 순서와 등기 자료로 설명하는 것이 중심입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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