양도소득세

임대주택이 자동말소된 뒤 임대료를 올려도 양도세 중과를 피할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 임대의무기간이 끝나 등록이 자동말소된 장기임대주택은 말소 뒤 임대를 하지 않거나 임대료를 5% 넘게 올리거나 세무서 사업자등록을 폐업해도 양도 시 중과세율이 적용되지 않습니다. 국세청은 2022년 3월 회신에서 자동말소 주택은 임대의무기간이 끝난 날 임대기간요건을 갖춘 것으로 보므로 그 뒤 요건은 묻지 않는다고 보았습니다. 다만 2026년 9월 30일 개정으로 아파트는 2027년 12월 31일까지 양도해야 하므로 지금은 양도기한부터 확인해 두십시오.

자동말소 뒤에 임대료 5% 상한을 지키거나 세무서 사업자등록을 유지할 필요는 없습니다. 말소 뒤 세입자를 내보내고 비워 두어도 중과배제에는 영향이 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2012년에 산 아파트 한 채와 2013년에 산 아파트 한 채, 2016년에 산 아파트 한 채를 갖고 있습니다. 이 중 2013년에 산 아파트를 2018년 2월 단기민간임대주택(4년)으로 구청과 세무서에 등록해 임대했고, 임대의무기간이 끝난 2022년 2월 등록이 자동으로 말소됐습니다. 말소 뒤에도 세입자는 그대로 살고 있는데 2024년 갱신 때 보증금을 7% 올렸고, 세무서 사업자등록은 2023년에 폐업 처리했습니다. A씨는 2026년 11월 이 아파트를 팔 때 조정대상지역 3주택 중과세율을 피할 수 있는지, 2027년 말까지 꼭 팔아야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 자동말소 뒤 임대요건을 안 지킨 경우를 어떻게 해석했나요?

임대의무기간이 끝나 등록이 자동말소된 장기임대주택은 말소 뒤 양도일까지 임대요건을 지키지 않더라도 양도 시 중과세율을 적용하지 않는다고 보았습니다. 국세청은 2022년 3월 30일 서면질의 회신(서면-2022-법규재산-0208)에서, 2018년 1월 단기임대주택으로 등록해 2022년 1월 자동말소된 아파트를 양도하려는 질의자에게 말소 뒤 양도일까지 임대하고 있지 않거나, 임대료 증액상한 5%를 지키지 않거나, 세무서 사업자등록을 유지하지 않더라도 소득세법 제104조 제7항의 중과세율을 적용하지 않는다고 답했습니다. 시행령이 자동말소되는 주택은 임대의무기간이 끝난 날 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다고 정하고 있으므로, 그 뒤의 임대 상태는 요건과 무관하다는 취지입니다. 이 회신은 2020년 7월 10일 이전에 등록해 민간임대주택에 관한 특별법 개정 부칙의 적용을 받는 주택을 전제로 하므로, 그 뒤 등록한 주택이나 자진말소한 주택은 결론이 달라질 수 있습니다.

회신 이후 자동말소 주택의 중과배제는 어떻게 바뀌었나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제167조의3은 자동말소된 주택을 임대의무기간이 끝난 날 임대기간요건을 갖춘 것으로 보는 단서를 그대로 두고 있지만, 2026년 9월 30일 개정으로 아파트 매입임대주택에는 양도기한이 붙었습니다. 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트와 단기민간임대주택 중 아파트는 제11항에 따른 기한까지 양도해야 장기임대주택으로 보고, 그 기한은 2027년 12월 31일입니다. 다만 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택은 등록 말소일부터 1년이 되는 날, 2027년 1월 1일 이후 새로 조정대상지역으로 지정된 지역의 주택은 공고일부터 1년이 되는 날, 재건축 조합설립인가나 재개발 관리처분계획인가가 있는 주택은 이전고시일부터 1년이 되는 날과 2027년 12월 31일 중 늦은 날까지입니다. 회신 당시에는 없던 기한이고 개정 시행령 부칙에 별도 적용례가 없어 2026년 10월 1일 이후 양도분부터 적용되므로, 자동말소된 아파트를 계속 보유할 계획이라면 일정을 다시 잡아야 합니다.

다주택자 중과를 한시적으로 배제하던 규정도 끝났습니다. 보유기간 2년 이상인 주택을 2026년 5월 9일까지 양도하는 경우와 그 날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 뒤 4개월(일부 지역 6개월) 안에 양도하는 경우까지만 중과가 배제되고, 그 뒤 양도분은 조정대상지역이면 중과 대상입니다. 자동말소된 장기임대주택은 한시 배제와 별개로 장기임대주택 자체가 중과 대상에서 빠지므로, 위 양도기한 안에 팔면 2026년 5월 10일 이후 양도라도 중과되지 않습니다.

• 말소 전 요건 - 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 했고, 임대개시일 당시 기준시가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하이며, 임대의무기간 중 임대료 증가율 5% 이하여야 합니다.
• 말소 후 - 임대 여부, 임대료 인상, 세무서 사업자등록 유지는 묻지 않습니다.
• 양도기한 - 아파트는 2027년 12월 31일 또는 그보다 늦은 위 각 기한까지 양도해야 합니다.
• 중과 여부 - 기한 안에 양도하면 조정대상지역 3주택이라도 기본세율과 장기보유특별공제가 적용됩니다.

자동말소 임대주택 양도 대응 순서

• 등록 시점 확인 - 임대사업자등록증과 세무서 사업자등록 서류로 2018년 3월 31일 이전 등록인지, 2020년 7월 10일 이전 등록인지 확인합니다.
• 말소 전 요건 확인 - 임대개시일 당시 기준시가와 임대의무기간 중 임대료 인상률 5% 이하를 계약서로 확인합니다. 말소 뒤 인상분은 보지 않습니다.
• 양도기한 계산 - 2027년 12월 31일과 말소일부터 1년, 정비사업 이전고시일부터 1년 중 자기 주택에 맞는 기한을 정합니다.
• 주택 수 정리 - 남은 주택이 조정대상지역에 있는지 확인하고, 장기임대주택을 뺀 주택 수로 중과 여부를 다시 셉니다.
• 신고 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고하면서 장기임대주택 임대차계약서 사본과 임차인 주민등록표 등본을 함께 냅니다. 중과로 고지되면 90일 안에 심판청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 자진말소했거나 2020년 7월 11일 이후 등록한 주택, 재건축이 진행 중인 아파트는 등록증·건축물대장·조합 인가 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 장기임대주택 중과배제 부인과 다주택 중과세율 적용을 둘러싼 양도소득세 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 자동말소 뒤 세입자를 내보내고 비워 둬도 되나요?
  됩니다. 국세청은 2022년 3월 회신에서 자동말소 뒤 양도일까지 임대하고 있지 않더라도 중과세율을 적용하지 않는다고 보았습니다. 시행령이 자동말소 주택을 임대의무기간이 끝난 날 임대기간요건을 갖춘 것으로 보기 때문입니다. 다만 아파트는 2027년 12월 31일 등 양도기한 안에 팔아야 합니다.
• 자동말소된 아파트는 언제까지 팔아야 하나요?
  2026년 9월 30일 개정으로 종전 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택 중 아파트는 2027년 12월 31일까지 양도해야 장기임대주택으로 봅니다. 임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나면 말소일부터 1년, 정비사업 대상이면 이전고시일부터 1년이 되는 날과 2027년 12월 31일 중 늦은 날까지입니다.
• 다주택 중과 한시 배제는 지금도 되나요?
  2026년 5월 9일까지 양도분과 그 날까지 매매계약을 맺고 계약금을 받은 뒤 4개월(일부 지역 6개월) 안에 양도하는 분까지만 배제됩니다. 그 뒤 양도하는 조정대상지역 주택은 중과 대상이지만, 자동말소된 장기임대주택은 한시 배제와 별개로 중과에서 빠집니다.
• 자진말소한 경우도 같은가요?
  다릅니다. 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 임대사업자가 스스로 말소 신청해 등록이 말소된 경우에는 말소 뒤 1년 안에 양도하는 주택만 중과에서 빠지고, 임대기간요건 외의 다른 요건은 갖추어야 합니다. 자동말소보다 양도기한이 짧으므로 말소일을 먼저 확인해야 합니다.
• 말소 전에 보증금을 5% 넘게 올린 적이 있으면 어떻게 되나요?
  임대의무기간 중 임대료 증가율이 5%를 넘으면 장기임대주택 요건 자체를 갖추지 못해 중과배제가 되지 않습니다. 회신이 묻지 않는 것은 말소 뒤의 인상이고, 말소 전 인상은 그대로 요건입니다. 보증금과 월세를 서로 바꾼 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법의 전환 기준으로 계산합니다.
• 2주택인데 하나가 자동말소 임대주택이면 중과되나요?
  1세대 2주택 중과 판정에서도 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택은 제외되므로, 양도기한 안에 자동말소 주택을 팔면 중과되지 않습니다. 남은 한 채는 장기임대주택을 뺀 1주택으로 보아 비과세 요건을 따질 수 있습니다.
• 중과세율로 고지되면 어떻게 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기합니다. 등록증·임대차계약서·말소 통지서로 말소 전 요건 충족과 양도기한 준수를 입증하면 기본세율과 장기보유특별공제로 바로잡을 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차이고, 심판에서 지면 90일 안에 행정소송을 제기합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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