양도소득세

자동말소된 임대주택을 장기로 재등록하고 10년 전에 팔면 중과되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 2018년 3월 31일까지 등록한 단기임대주택이 자동말소된 뒤 장기일반민간임대주택으로 재등록했다가 의무기간 10년을 못 채우고 팔아도 다주택자 양도세 중과는 적용되지 않습니다. 자동말소된 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보기 때문이고, 국세청도 같은 취지로 답했습니다. 지금은 말소 전 임대료 증가율과 임대개시일 기준시가, 그리고 민간임대주택법상 양도 제한부터 확인해야 합니다.

재등록한 장기일반민간임대주택의 의무기간 10년을 채워야 중과를 피할 수 있다고 생각할 필요는 없습니다. 중과 배제는 자동말소된 처음 등록 때 이미 갖춘 것으로 보기 때문에, 재등록 뒤의 기간은 양도소득세 중과 판단에 영향을 주지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

G씨는 2014년 산 아파트에 살면서, 2017년 6월 산 다세대주택 한 채를 단기민간임대주택(4년)으로 구청과 세무서에 등록해 세를 놓았습니다. 2021년 6월 임대의무기간이 끝나 등록이 자동으로 말소되자 G씨는 2021년 8월 같은 집을 장기일반민간임대주택(10년)으로 다시 등록했습니다. 그런데 사정이 생겨 2026년 12월 이 다세대주택을 팔게 되었고, 재등록한 임대의무기간 10년을 채우지 못해 중과세율이 적용되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

재등록 뒤 10년을 못 채웠는데 왜 중과가 빠지나요?

자동말소된 단기임대주택은 말소된 날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보므로, 그 뒤 장기일반민간임대주택으로 재등록했다가 10년을 못 채우고 팔아도 다주택자 중과세율이 적용되지 않습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 2018년 3월 31일까지 등록해 5년 이상 임대하는 장기임대주택을 중과 제외 주택으로 두고, 이 주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 임대의무기간이 끝난 날 등록이 말소되면 그날 임대기간 요건을 갖춘 것으로 봅니다. 따라서 위 사례의 다세대주택은 2021년 6월 자동말소로 이미 장기임대주택 요건을 갖췄고, 재등록은 이 판단을 바꾸지 않습니다.

• 2018년 3월 31일까지 등록 - 처음 단기임대 등록이 이 날 이전이어야 함
• 자동말소 - 임대의무기간 종료일에 등록 말소
• 간주 효과 - 말소일에 5년 임대기간 요건 충족으로 봄
• 양도 시 - 2주택·3주택 중과 제외, 기본세율

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

단기임대주택이 자동말소되어 장기일반임대주택으로 재등록한 뒤 임대기간을 채우지 못한 상태에서 팔아도 중과 배제를 적용할 수 있다고 답했습니다. 국세청 부동산납세과의 「사례로 풀어보는 양도소득세 월간 질의 TOP 100」(2022) 사례 67은, 2017년 1월 단기임대(4년)로 등록한 주택이 2021년 1월 자동말소된 뒤 2021년 2월 장기일반임대로 재등록하고 2024년 2월 팔려는 사안에서 기본세율을 적용한다고 정리하며, 같은 취지의 기획재정부 해석을 근거로 들었습니다. 기획재정부는 재산세제과-861(2022. 8. 1.)에서 단기민간임대주택이 임대의무기간 외 나머지 요건을 갖춘 상태로 자동말소된 뒤 2020. 8. 18. 이후 장기일반민간임대주택으로 재등록해 임대기간을 채우지 못하고 팔아도 중과배제를 적용할 수 있다고 답했고, 국세청도 같은 사안의 사전답변(사전-2021-법규재산-0909, 2022. 8. 10.)에서 이 해석을 따랐습니다. 함께 실린 국세청 서면-2022-법규재산-0208(2022. 3. 30.) 회신은 자동말소된 장기임대주택은 말소 뒤 양도일까지 시행령의 임대 요건대로 임대하지 않더라도 중과세율을 적용하지 않는다고 보았습니다. 이 해석들은 2020년 7월 10일 전에 등록해 자동말소된 주택을 전제로 하므로, 자진말소했거나 처음부터 장기로 등록한 주택이면 결론이 달라질 수 있습니다.

말소 전에는 어떤 요건을 갖췄어야 하나요?

말소 전 임대기간 동안의 요건은 그대로 갖춰야 합니다. 시행령은 임대기간 요건만 간주할 뿐, 임대개시일 당시 주택과 부수토지의 기준시가 합계액이 6억원(수도권 밖 3억원) 이하일 것, 임대료와 보증금 증가율이 5% 이하일 것, 2018년 3월 31일까지 사업자등록과 임대사업자 등록을 마쳤을 것은 따로 요구합니다. 임대료 증액 청구는 계약이나 증액 후 1년 안에는 할 수 없습니다. 아파트는 사정이 다릅니다. 아파트 단기임대와 종전 장기임대 아파트는 장기일반민간임대주택으로 다시 등록할 수 없고, 2026. 9. 30. 개정으로 2027년 12월 31일(임대의무기간이 2027년 1월 1일 이후 끝나는 주택은 말소일부터 1년이 되는 날 등 더 늦은 날)까지 양도해야 중과 제외가 유지됩니다.

세금과 별개로 임대의무기간 중 팔아도 되나요?

세금과 별개로, 재등록한 장기일반민간임대주택은 임대의무기간 중에 마음대로 팔 수 없습니다. 「민간임대주택에 관한 특별법」은 임대사업자가 임대의무기간 동안 계속 임대해야 하고 그 기간이 지나지 않으면 양도할 수 없다고 정합니다. 의무기간 중 자진말소를 신청할 수 있는 주택은 종전 단기민간임대주택과 종전 장기일반 아파트로 한정되므로, 재등록한 다세대주택은 다른 임대사업자에게 임대사업자 지위와 함께 넘기는 방식을 먼저 검토해야 합니다. 허가 없이 임대사업자가 아닌 사람에게 넘기면 3천만원 이하의 과태료 대상이 됩니다. 양도소득세 중과는 피하더라도 과태료 문제가 남을 수 있으므로 매수인 조건을 계약 전에 정해야 합니다.

자동말소 후 재등록 임대주택 양도 대응 순서

• 처음 등록 시점 확인 - 임대사업자 등록증과 세무서 사업자등록으로 첫 단기임대 등록이 2018년 3월 31일 이전인지 확인합니다.
• 말소 전 요건 점검 - 임대개시일 당시 기준시가와 말소 전까지 임대료 증가율 5% 이하를 임대차계약서로 확인합니다.
• 말소 사유 확인 - 등록 말소가 임대의무기간 종료에 따른 자동말소인지, 자진말소인지 구청 말소 통지로 확인합니다.
• 매수인 조건 정리 - 재등록 의무기간 중이면 다른 임대사업자에게 넘기는지, 과태료 위험이 있는지 계약 전에 따집니다.
• 신고와 불복 - 장기임대주택 신청서와 서류를 붙여 기본세율로 신고하고, 중과로 고지되면 90일 안에 심판청구를, 중과로 잘못 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재등록 뒤 임대료를 5% 넘게 올렸거나 거주주택 비과세 특례를 함께 받으려는 경우에는 등록증·임대차계약서·말소 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 장기임대주택 중과배제 부인과 다주택 중과세율 적용을 둘러싼 양도소득세 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 재등록 뒤 임대료를 올리면 중과되나요?
  양도소득세 중과 배제는 자동말소 전 임대기간의 요건으로 판단하므로, 재등록 뒤 임대료 인상은 원칙적으로 이 판단에 영향을 주지 않습니다. 다만 재등록한 임대주택은 민간임대주택법상 임대료 증액 제한을 따로 지켜야 하고, 위반하면 과태료 문제가 생깁니다.
• 자진말소한 경우도 같나요?
  자진말소는 다릅니다. 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 자진말소했다면 등록 말소 이후 1년 안에 양도해야 중과 배제를 받습니다. 자동말소처럼 기한 없이 간주되는 것이 아니므로 말소일부터 1년을 넘기지 않도록 일정을 잡아야 합니다.
• 아파트도 재등록할 수 있나요?
  아니요, 아파트(도시형 생활주택 제외)를 임대하는 민간매입임대주택은 지금 장기일반민간임대주택으로 등록할 수 없습니다. 자동말소된 아파트는 재등록 없이 장기임대주택으로 보되, 2027년 12월 31일 등 시행령이 정한 기한까지 양도해야 중과 제외가 유지됩니다.
• 2018년 4월 이후 등록했으면 어떻게 되나요?
  단기임대 등록이 2018년 4월 1일 이후라면 5년 임대 장기임대주택 요건을 갖추지 못해, 자동말소되더라도 이 간주 규정으로 중과를 피하기 어렵습니다. 이 경우 장기일반민간임대주택 10년 요건 등 다른 목의 요건을 갖췄는지 따로 따져야 합니다.
• 의무기간 중에 팔면 과태료가 나오나요?
  재등록한 장기일반민간임대주택을 시장·군수·구청장의 허가 없이 임대의무기간 중에 임대사업자가 아닌 사람에게 넘기면 3천만원 이하의 과태료 대상입니다. 다른 임대사업자에게 임대사업자 지위와 함께 넘기는 경우에는 양도신고를 해야 합니다.
• 중과 배제를 받으려면 무엇을 내나요?
  양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고서와 함께 장기임대주택 신청서, 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록표 등본을 내야 합니다. 임차인 등본은 주민등록 전입세대 열람내역으로 대신할 수 있습니다. 세무서는 등기부와 임대사업자등록증을 행정정보로 확인합니다.
• 중과로 고지되면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 첫 등록일, 자동말소일, 말소 전 임대료 증가율을 서류로 입증해 장기임대주택에 해당함을 다툽니다. 중과로 직접 신고했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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