양도소득세

임대주택이 자동말소된 뒤 새집을 사고 살던 집을 팔면 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 자동말소된 장기임대주택과 거주주택을 가진 세대가 새집을 산 뒤 거주주택을 팔면, 말소일부터 5년 안이고 새집 취득일부터 3년(조정대상지역끼리는 2년) 안이면 1세대 1주택 비과세를 받을 수 있습니다. 국세청은 거주주택 특례와 일시적 2주택 특례를 겹쳐 적용할 수 있다고 회신했습니다. 지금은 임대등록 말소일과 새집 잔금일, 두 날짜부터 적어 두어야 합니다.

새집을 사기 전에 임대주택을 먼저 정리할 필요는 없습니다. 말소된 임대주택은 5년 동안 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보므로, 그대로 두고 거주주택의 양도 시점만 맞추면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019년 6월 서울 소재 빌라를 사서 구청에 단기민간임대주택으로, 세무서에 주택임대사업자로 등록했습니다. 2020년 12월 경기 소재 아파트를 사서 2021년 6월부터 2년 넘게 살았고, 2023년 2월 같은 시에 아파트를 한 채 더 샀습니다. 2023년 7월 빌라의 임대의무기간 4년이 끝나 임대등록이 자동말소됐고, A씨는 2023년 12월 살던 아파트를 팔았습니다. 임대주택이 말소된 상태에서 새집까지 있으니 세 채가 되는데, 살던 아파트에 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

자동말소된 임대주택과 새집이 있어도 거주주택 비과세가 되나요?

네, 됩니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 임대의무기간이 끝나 자동말소된 장기임대주택을 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도하는 경우에 한해 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 봅니다. 장기임대주택과 거주주택만 있으면 거주주택을 1세대 1주택으로 보아 비과세를 판단하는데, 여기에 새집이 더해지면 거주주택과 새집 사이에 일시적 2주택 요건을 따로 봅니다. 두 특례의 요건을 모두 갖추면 세 채를 가진 상태에서도 거주주택은 1세대 1주택으로 보아 비과세 요건을 판단합니다.

• 장기임대주택 - 2020년 7월 10일 이전에 임대사업자등록을 신청한 주택으로, 말소 전까지 임대료 증가율 5% 이하 등 요건을 지켰어야 합니다.
• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다.
• 말소 후 기한 - 임대등록 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도해야 합니다.
• 새집과의 관계 - 거주주택 취득일부터 1년 이상 지난 뒤 새집을 사고, 새집 취득일부터 3년(조정대상지역끼리는 2년) 안에 거주주택을 팔아야 합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 거주주택 특례와 일시적 2주택 특례를 겹쳐 적용할 수 있다고 회신했습니다. 사전-2023-법규재산-0879(2024. 3. 19.)에서 질의자는 2019년 6월 단기임대로 등록한 A주택, 2020년 12월 사서 2년 넘게 산 B주택, 2023년 2월 산 C주택을 차례로 가지고 있었고, 2023년 7월 A주택의 임대등록이 자동말소된 뒤 2023년 12월 B주택을 팔았습니다. 국세청은 A주택의 등록이 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항에 따라 말소된 경우, 말소일부터 5년 안이면서 C주택 취득일부터 3년 안에 B주택을 양도하면 1세대 1주택으로 보아 비과세 규정을 적용한다고 답했습니다. 회신 제목 그대로 자동말소된 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례를 중복 적용한 결론입니다.

회신 당시에는 거주주택 특례를 생애 한 차례만 받을 수 있다는 단서가 있어 회신문에도 그 문구가 붙었는데, 이 단서는 2025. 2. 28. 시행령 개정으로 삭제되어 현행 조문에는 없습니다. 개정 부칙은 이 삭제를 2025. 2. 28. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용하도록 정했습니다. 이 회신은 A주택이 말소 전까지 장기임대주택 요건을 모두 갖추었고 B주택이 2년 이상 거주한 주택이라는 사실관계를 전제로 한 사전답변이므로, 말소 전에 임대료를 5% 넘게 올렸거나 거주기간이 모자라면 결론이 달라집니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

일시적 2주택의 종전주택 처분기한이 둘로 나뉘었습니다. 2026. 9. 30. 개정된 시행령은 새집을 산 날 현재 종전주택이 조정대상지역에 있고 새집도 조정대상지역에 있으면 2년, 그 밖에는 3년 안에 종전주택을 팔도록 정했습니다. 조정대상지역 공고일 이전에 새집을 샀거나 매매계약을 맺고 계약금을 준 사실이 증명되면 3년이 그대로 적용됩니다. 개정 규정은 2026년 8월 4일 이후 조정대상지역 새집을 취득하고 2026년 10월 1일 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 적용되며, 부칙 제2조 제2항 각 호에 해당하면 종전 규정인 3년을 따릅니다. 회신 사안처럼 2023년에 새집을 산 경우에는 3년 기한이 그대로입니다. 양도·취득 당시 조정대상지역인지는 국토교통부 공고로 확인합니다.

같은 개정으로 아파트를 임대하던 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택에는 중과배제를 받기 위한 양도기한이 생겼지만, 거주주택 특례를 판단할 때는 그 기한을 보지 않습니다.

두 기한 중 어느 것이 먼저 끝나는지 어떻게 세나요?

말소일부터 5년과 새집 취득일부터 3년(또는 2년) 중 먼저 끝나는 날이 실제 처분기한입니다. 회신 사안에서는 말소일 2023년 7월부터 5년이면 2028년 7월, 새집 취득일 2023년 2월부터 3년이면 2026년 2월이므로 2026년 2월 전에 팔아야 했고, 질의자는 2023년 12월에 팔아 두 기한을 모두 지켰습니다. 임대주택이 두 채 이상이면 5년은 가장 먼저 말소된 주택의 말소일부터 셉니다. 거주주택에 거주한 2년은 보유기간 중 기간이면 되고, 말소 전후를 가리지 않습니다.

자동말소 임대주택 거주주택 일시적 2주택 대응 순서

• 날짜 정리 - 임대주택 등록 신청일·말소일, 거주주택 취득일·전입일·전출일, 새집 계약일·잔금일을 날짜순으로 적습니다. 거주주택 취득 뒤 1년이 지나 새집을 샀는지부터 확인합니다.
• 임대주택 요건 점검 - 2020년 7월 10일 이전 등록 신청인지, 임대개시일 당시 기준시가가 6억원(수도권 밖 3억원) 이하였는지, 임대의무기간 중 임대료 인상률이 5% 이하였는지 임대차계약서로 확인합니다.
• 처분기한 계산 - 말소일부터 5년, 새집 취득일부터 3년(조정대상지역끼리 2026년 8월 4일 이후 취득이면 2년) 중 먼저 오는 날 전에 잔금일을 잡습니다.
• 신고 서류 준비 - 예정신고 때 거주주택 특례 신고서, 임대주택 임대차계약서 사본, 임차인 주민등록표 등본, 거주주택의 주민등록표 등본을 냅니다.
• 부인 시 대응 - 두 특례의 중복 적용이 부인되어 고지되면 90일 안에 심판청구로, 신고 뒤 요건을 입증하게 되면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택이 두 채 이상이거나 자진말소한 경우, 거주주택을 임대로 돌린 적이 있는 경우, 새집이 분양권이나 입주권인 경우에는 등록증·임대차계약서·주민등록 초본을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 거주주택 특례와 일시적 2주택 특례 부인에 따른 양도소득세 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 말소된 임대주택은 주택 수에 들어가나요?
  거주주택 특례를 판단할 때는 들어가지 않습니다. 자동말소되거나 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대하고 자진말소한 장기임대주택은 말소일부터 5년 안에 거주주택을 양도하는 경우에 한해 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 보므로, 그 기간에는 거주주택과 새집 두 채만 놓고 일시적 2주택 요건을 봅니다. 5년이 지나면 이 효과가 사라집니다.
• 거주주택 특례는 평생 한 번만 받을 수 있나요?
  지금은 그렇지 않습니다. 장기임대주택을 보유한 세대는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한한다는 단서가 있었지만, 2025. 2. 28. 시행령 개정으로 삭제되어 현행 제155조 제20항에는 없고, 개정 부칙에 따라 2025. 2. 28. 이후 양도분부터 적용됩니다. 다만 전에 거주주택 특례를 받은 뒤 다시 거주주택을 양도하는 경우에는 직전거주주택 양도일 후의 기간분에 대해서만 비과세를 적용합니다.
• 새집을 먼저 사고 임대주택이 말소되면 순서가 문제 되나요?
  회신 사안도 새집을 2023년 2월에 사고 임대주택이 2023년 7월에 말소된 경우였고, 국세청은 이 사실관계에서 말소일부터 5년, 새집 취득일부터 3년 안에 거주주택을 양도하면 1세대 1주택으로 보아 비과세 규정을 적용한다고 답했습니다. 새집 취득일부터 3년(조정대상지역끼리는 2년)과 말소일부터 5년을 각각 세어 둘 다 안에서 거주주택을 양도하면 됩니다.
• 거주주택 2년 거주는 언제까지 채워야 하나요?
  거주주택은 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이면 되고, 양도일까지 채우면 됩니다. 전에 거주주택 특례를 받은 적이 있는 직전거주주택보유주택이라면 사업자등록과 임대사업자 등록을 한 날 이후의 거주기간만 셉니다. 주민등록표 등본의 전입·전출일로 확인하며, 실제 거주와 주민등록이 다르면 공과금 내역 같은 자료로 보충합니다.
• 임대주택이 아파트면 2027년까지 팔아야 하나요?
  거주주택 특례만 보면 아닙니다. 2026. 9. 30. 개정으로 아파트 장기일반민간임대주택과 단기민간임대주택에 중과배제를 위한 양도기한이 생겼지만, 제155조 제23항은 거주주택 특례를 판단할 때 그 기한 요건을 적용하지 않는다고 정했습니다. 말소된 임대아파트를 나중에 팔 때 중과 여부는 별도로 따져야 합니다.
• 비과세 신고에 어떤 서류를 내야 하나요?
  거주주택을 양도한 과세기간의 과세표준신고서와 거주주택 특례 신고서에 장기임대주택의 임대차계약서 사본, 임차인의 주민등록표 등본 등 시행령이 정한 서류를 붙여 관할 세무서에 냅니다. 비과세라도 예정신고 기한인 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 내 두면 뒤에 특례가 부인될 때 요건을 갖추었다는 기록이 됩니다.
• 중복 적용이 부인돼 고지서가 오면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 스스로 과세로 신고했다가 요건을 갖춘 사실을 뒤늦게 확인했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 어느 쪽이든 말소일·취득일·양도일을 증명하는 등록 말소 통지서와 매매계약서가 핵심 자료가 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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