양도소득세

임대의무기간 절반을 채우고 자진말소하면 거주주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대한 뒤 자진말소했거나 의무기간이 끝나 자동말소됐다면 말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 거주주택 비과세 특례를 적용합니다. 소득세법 시행령 제155조 제23항이 말소일부터 5년 안에 거주주택을 팔면 된다고 정합니다. 지금은 임대주택이 자진말소 대상 유형이었는지와 말소일부터 확인하십시오.

의무임대기간을 다 못 채우고 등록이 말소됐다고 해서 거주주택 비과세를 포기할 필요는 없습니다. 법이 정한 방식으로 말소됐다면 말소일에 임대기간을 채운 것으로 봅니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2019년 수도권 아파트 한 채를 사서 구청과 세무서에 8년 장기일반민간임대주택으로 등록했습니다. 5년째 임대하던 2024년 임차인 동의를 받아 등록 말소를 신청했고, 2026년 가을 살던 집을 팔려다 임대기간 8년을 못 채웠으니 비과세가 안 된다는 말을 들었습니다. 확인해 보니 임대의무기간의 절반인 4년 이상을 임대한 뒤 신청말소한 경우라 말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 보았고, 말소일부터 5년 안인 2026년 매도는 특례 대상이었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

의무임대기간 전에 등록이 말소되면 임대요건을 못 채운 건가요?

아니요, 임대의무기간의 2분의 1 이상을 임대한 뒤 임대사업자가 신청해 말소됐거나 임대의무기간이 끝나 자동으로 말소됐다면, 등록이 말소된 날 임대기간요건을 갖춘 장기임대주택으로 봅니다. 이 상태에서 말소일부터 5년 안에 거주주택을 팔면 거주주택 비과세 특례를 적용합니다.

• 신청말소(자진말소) - 민간임대주택법 제6조 제1항 제11호에 따라 임대의무기간 안에 말소를 신청한 경우로, 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대했을 것
• 자동말소 - 민간임대주택법 제6조 제5항에 따라 임대의무기간이 끝난 날 등록이 말소된 경우
• 거주주택 양도기한 - 말소일부터 5년 이내(2채 이상이면 최초 말소일부터)

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」(2026. 10. 1. 시행) 원문으로 확인한 내용입니다. 제23항은 말소 뒤 계속 임대나 임대료 증액 제한을 따로 요건으로 적지 않지만, 말소 뒤 임대 상태를 바꿀 계획이라면 거주주택을 팔기 전에 확인해 두는 편이 안전합니다.

어떤 임대주택이 자진말소 대상인가요?

자진말소와 자동말소는 2020. 8. 18. 민간임대주택법 개정으로 폐지된 유형에만 인정됩니다. 종전 단기민간임대주택(임대의무기간 4년)과 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택(8년)이 여기에 해당합니다.

아파트가 아닌 장기일반민간임대주택은 자진말소 대상이 아니므로 이 의제 규정을 쓸 수 없습니다. 이런 주택을 의무기간 전에 다른 방법으로 말소하면 임대기간요건을 채우지 못한 것으로 볼 수 있으므로 말소 전에 등록 유형부터 확인해 두어야 합니다. 임대차계약이 남아 있을 때 자진말소를 신청하려면 임차인의 동의도 필요합니다.

2분의 1은 어떻게 계산하나요?

2분의 1은 민간임대주택법상 임대의무기간을 기준으로 계산하므로, 종전 단기민간임대주택은 2년, 종전 아파트 장기일반민간임대주택은 4년 이상 임대했어야 합니다. 임대의무기간은 매입임대주택이면 구청 임대사업자 등록일부터, 등록 뒤 임대를 시작했으면 실제 임대개시일부터 셉니다.

세무서 사업자등록이 늦었더라도 2분의 1 판단은 구청 기준 임대의무기간으로 합니다. 다만 등록 뒤 한참 지나 임차인이 들어왔다면 그 입주일부터 세어야 하므로 계약서상 임대개시일을 함께 확인합니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 9. 30. 개정 시행령은 아파트 임대주택에 새로 양도기한 요건을 두면서, 말소된 임대주택으로 거주주택 특례를 받을 때는 그 양도기한 요건을 적용하지 않는다고 명시했습니다. 말소된 아파트 임대주택을 아직 팔지 않았더라도 거주주택은 말소일부터 5년 안에 팔면 됩니다.

개정 시행령은 아파트 장기일반·단기 매입임대주택이 중과배제 등을 받으려면 원칙적으로 2027. 12. 31.까지 양도하도록 기한을 정했습니다. 그러나 제155조 제23항 괄호에서 이 기한 요건(제167조의3 제1항 제2호 가목2)·라목8)·마목4))을 적용하지 않는다고 정해, 거주주택 특례와는 분리했습니다.

임대주택 말소 후 거주주택 비과세 대응 순서

• 말소 사유 확인 - 구청에서 등록말소 사실증명을 떼어 자진말소인지 자동말소인지, 말소일이 언제인지 확인합니다.
• 2분의 1 계산 - 자진말소라면 구청 임대의무기간 기준으로 2분의 1 이상 임대했는지 임대차계약서로 대조합니다.
• 5년 기한 계산 - 임대주택이 2채 이상이면 가장 먼저 말소된 날부터 5년이 되는 날을 거주주택 매도 마감일로 적어 둡니다.
• 특례적용신고서 제출 - 거주주택을 판 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득과세표준 신고서와 주택임대사업자의 거주주택 1세대 1주택 특례적용신고서를 냅니다.
• 부인 시 대응 - 임대기간 미충족을 이유로 과세예고통지를 받으면 과세전적부심사를, 납부고지서를 받으면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 등록 유형 변경 이력이 있거나 말소 경위가 불분명하면 말소 서류를 놓고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 임대주택 등록말소와 거주주택 특례를 둘러싼 양도소득세 과세전적부심사, 심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 아파트가 아닌 장기일반 임대주택도 자진말소되나요?
  민간임대주택법상 임대의무기간 내 자진말소는 종전 단기민간임대주택과 종전 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택에만 허용됩니다. 아파트가 아닌 장기일반민간임대주택은 이 방식으로 말소할 수 없어 말소일 의제 규정도 쓸 수 없습니다.
• 자진말소에 임차인 동의가 꼭 필요한가요?
  말소를 신청할 때 체결된 임대차계약이 있으면 임차인의 동의가 있어야 신청할 수 있습니다. 공실 상태에서 신청한다면 동의 문제는 생기지 않지만, 2분의 1 이상 임대 요건은 그대로 갖추어야 합니다.
• 말소 뒤 임대주택을 비워 두어도 되나요?
  말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 보므로 말소 뒤 5년 안에 거주주택을 파는 경우라면 제23항이 말소 뒤 계속 임대나 임대료 증액 제한을 따로 요건으로 적지 않습니다. 다만 이를 직접 정한 조문은 없으므로 말소 뒤 공실이나 직접 사용을 계획한다면 매도 전에 확인하고, 주택 수와 다른 세목 판단은 따로 봅니다.
• 임대주택이 2채면 5년은 언제부터인가요?
  장기임대주택을 2호 이상 임대하는 경우에는 가장 먼저 등록이 말소되는 장기임대주택의 말소일부터 5년을 셉니다. 나중에 말소된 주택을 기준으로 계산하면 기한을 넘길 수 있으니 말소 이력을 모두 확인합니다.
• 거주주택을 먼저 팔고 나중에 자진말소해도 되나요?
  거주주택 특례를 받은 뒤 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대한 상태에서 자진말소했다면 말소일에 임대기간요건을 갖춘 것으로 보아 추징하지 않습니다. 다만 그 사이 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘었다면 추징 대상이 될 수 있습니다.
• 말소된 아파트를 2027년 뒤에 팔면 특례가 깨지나요?
  2026. 10. 1. 시행 개정으로 생긴 아파트 임대주택 양도기한 요건은 말소된 임대주택으로 거주주택 특례를 받을 때 적용하지 않는다고 제155조 제23항이 정합니다. 거주주택을 말소일부터 5년 안에 판다면 그 기한 때문에 특례가 깨지지는 않습니다.
• 비과세가 부인되면 어떻게 다투나요?
  과세예고통지를 받았다면 통지일부터 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 등록말소 사실증명과 임대차계약서로 말소 사유와 임대기간을 증명합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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