부가가치세

면세 개인사업자인데 전자계산서 대신 종이계산서를 끊었다면 가산세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

직전 과세기간 사업장별 총수입금액이 8천만원 이상인 면세 개인사업자는 다음 해 7월 1일부터 전자계산서를 발급해야 하고, 종이로 끊으면 공급가액의 1%가 가산세입니다. 다만 의무 시작 1개월 전까지 세무서 통지를 받지 못했다면 통지 수령 달의 다음다음 달 1일부터 의무가 생기고, 신규 개업자 등 소규모사업자는 가산세가 없습니다.

쌀·잡곡 도매, 도서 납품, 기업 교육처럼 면세 재화나 용역을 다른 사업자에게 공급하는 개인사업자는 계산서를 발급합니다. 매출이 일정 규모를 넘으면 종이 대신 전자계산서를 써야 하는데, 의무가 시작된 줄 모르고 종이로 계속 끊는 경우가 많습니다.

이런 상담이 많습니다

국내산 쌀과 잡곡을 식당과 급식업체에 납품하는 면세 개인사업자 E씨는 2025년 총수입금액이 1억 1,000만원이었습니다. 늘 하던 대로 2026. 7.부터 9.까지 거래처에 종이계산서를 발급했고, 공급가액 합계는 6,000만원이었습니다. 2026. 10. 세무대리인이 7월부터 전자계산서 의무 대상이라고 알려 주자, E씨는 가산세가 얼마나 나오는지, 세무서 안내문을 받은 기억이 없는데도 그런지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

면세 개인사업자는 언제부터 전자계산서를 발급해야 하나요?

직전 과세기간의 사업장별 총수입금액이 8천만원 이상이면 전자계산서 의무 대상입니다. 처음으로 8천만원 이상이 된 과세기간의 다음 과세기간 7월 1일부터 발급해야 하고, 그 뒤 수입이 8천만원 아래로 떨어져도 의무는 계속됩니다.

E씨는 2025년 수입이 처음 8천만원을 넘었으므로 2026. 7. 1.부터 의무가 시작됩니다. 수정신고나 세무서 경정으로 8천만원 이상이 된 경우에는 그 수정신고 등을 한 날이 속하는 과세기간의 다음 과세기간 개시일부터 의무가 생깁니다. 과세 품목도 함께 공급해 전자세금계산서 의무자라면 그 시작일에 맞춰 전자계산서도 발급합니다.

수입금액은 사업장별로 따집니다. 사업장이 두 곳이면 한 곳은 8천만원을 넘어 의무 대상이고 다른 곳은 아닐 수 있으므로, 사업장 현황신고서의 사업장별 수입금액을 먼저 확인합니다.

종이계산서를 끊으면 가산세는 얼마인가요?

전자계산서 의무자가 종이계산서를 발급하면 공급가액의 1%가 가산세입니다. 아예 발급하지 않으면 2%이고, 발급시기를 놓쳤더라도 공급한 과세기간의 다음 연도 1. 25.까지 발급하면 1%입니다. 이 가산세는 종합소득 산출세액이 없어도 부과됩니다.

전자계산서를 발급하고 전송만 늦었다면 다음 연도 1. 25.까지 전송하면 공급가액의 0.3%, 그때까지도 전송하지 않으면 0.5%입니다. E씨의 경우 종이 발급분 6,000만원의 1%인 60만원이 문제 됩니다. 10월 거래부터 바로 전자계산서로 바꾸면 가산세 대상은 이미 종이로 발급한 7월부터 9월까지로 한정됩니다. 종이로 발급한 것은 발급 자체를 하지 않은 것과 달라 2%가 아니라 1%가 적용됩니다.

계산서 관련 가산세는 고의가 아니면 의무위반 종류별로 5천만원(중소기업이 아니면 1억원)이 한도입니다. 종이로 발급한 분은 전자계산서 전송분처럼 합계표 제출이 면제되지 않으므로, 매출처별 계산서합계표를 빠뜨리면 0.5% 가산세가 따로 생길 수 있습니다.

의무 통지를 받지 못했다면 어떻게 되나요?

관할 세무서장은 의무 시작일 1개월 전까지 그 사실을 사업자에게 통지해야 합니다. 그때까지 통지를 받지 못했다면, 통지서를 받은 날이 속하는 달의 다음다음 달 1일부터 의무가 시작됩니다.

전자계산서에도 이 통지 규정이 적용된다는 점은 2026. 2. 27. 시행령 개정으로 명확해졌습니다. E씨가 2026. 6. 1.까지 통지를 받지 못했고 2026. 9. 15. 처음 받았다면 의무는 2026. 11. 1.부터 시작되어, 7월부터 10월까지 종이 발급분에는 1% 가산세를 다툴 수 있습니다.

통지를 받았는지는 홈택스 안내문 수신 내역, 우편 송달 기록으로 확인합니다. 수령 여부를 세무서와 다투게 될 수 있으므로, 받지 못했다면 수령일과 경위를 자료로 남겨 두어야 합니다.

가산세가 붙지 않는 소규모사업자는 누구인가요?

계산서 가산세는 소규모사업자에게는 적용하지 않습니다. 해당 과세기간에 새로 사업을 시작한 사업자, 직전 과세기간 사업소득 수입금액이 4,800만원에 못 미치는 간편장부대상자, 연말정산되는 사업소득만 있는 사업자가 여기에 해당합니다.

전자계산서 의무는 직전 수입 8천만원 이상이 기준이므로 의무 대상자가 이 제외 대상에 들어가는 경우는 드뭅니다. 다만 신규 개업한 해에 발급한 계산서의 누락이나 지연에는 가산세가 붙지 않습니다. 가산세가 없더라도 계산서 발급 의무와 합계표 제출 의무는 그대로 남으므로, 거래처에 계산서는 발급해야 합니다.

전자계산서 가산세 대응 순서

• 의무 시작일 확인 - 직전 연도 사업장별 총수입금액과 수정신고 여부로 의무 시작일을 계산합니다.
• 통지 수령 확인 - 세무서 통지를 언제 받았는지 홈택스와 우편 기록으로 확인합니다.
• 지금부터 전자 발급 - 의무가 시작되었다면 이후 거래는 바로 전자계산서로 발급하고 다음 날까지 전송합니다.
• 종이 발급분 정리 - 이미 종이로 발급한 분은 매출처별 계산서합계표를 기한 안에 제출합니다.
• 가산세 다툼 - 통지 미수령이나 소규모사업자 해당을 근거로 가산세가 부과되면 과세전적부심사나 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 의무 통지를 언제 받았는지와 직전 연도 수입금액 계산에 따라 가산세 대상 기간이 달라집니다. 법무법인 윤성은 면세사업자의 계산서 가산세 검토, 해명자료 작성, 가산세 처분에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세 개인사업자도 전자계산서를 꼭 써야 하나요?
  직전 과세기간 사업장별 총수입금액이 8천만원 이상이면 의무 대상입니다. 처음 8천만원 이상이 된 과세기간의 다음 과세기간 7월 1일부터 발급해야 하고, 이후 수입이 줄어도 의무는 계속됩니다.
• 종이계산서로 끊으면 가산세가 얼마인가요?
  전자계산서 의무자가 종이계산서를 발급하면 공급가액의 1%입니다. 아예 발급하지 않으면 2%, 발급시기를 놓쳤어도 다음 연도 1. 25.까지 발급하면 1%이며, 산출세액이 없어도 부과됩니다.
• 전송을 늦게 하면 가산세가 있나요?
  전자계산서는 발급일 다음 날까지 전송해야 합니다. 그 뒤 다음 연도 1. 25.까지 전송하면 공급가액의 0.3%, 그때까지도 전송하지 않으면 0.5%가 가산세입니다.
• 세무서 안내를 못 받았는데도 가산세가 나오나요?
  세무서장은 의무 시작 1개월 전까지 통지해야 합니다. 그때까지 통지를 받지 못했다면 통지서를 받은 달의 다음다음 달 1일부터 의무가 시작되므로 그 전 종이 발급분 가산세를 다툴 수 있습니다.
• 올해 개업했는데 계산서를 늦게 끊었어요.
  해당 과세기간에 새로 사업을 시작한 사업자는 계산서 가산세를 적용받지 않는 소규모사업자에 해당합니다. 직전 수입 4,800만원 미만 간편장부대상자도 같습니다. 다만 발급 의무 자체는 그대로입니다.
• 계산서 가산세에도 한도가 있나요?
  고의로 위반한 경우가 아니면 의무위반 종류별로 중소기업 5천만원, 그 밖의 기업 1억원이 한도입니다. 종이 발급분의 매출처별 계산서합계표를 빠뜨리면 0.5% 가산세가 따로 생길 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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