부가가치세

면세 거래인데 세금계산서를 끊고 부가세를 받았다면 낸 부가세를 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

면세 재화에 세금계산서를 발급해 부가세를 냈다면, 처음 내용대로 마이너스 수정세금계산서와 계산서를 발급하고 과세기간별로 5년 안에 경정청구해 돌려받을 수 있습니다. 거래처는 공제받은 매입세액을 줄여 수정신고해야 하고, 폐업 뒤라도 수정세금계산서를 못 끊었다는 이유만으로 환급을 거부할 수는 없다는 결정이 있습니다.

거래처가 세금계산서를 원한다는 이유로 면세 품목에도 부가세를 붙여 세금계산서를 끊어 온 사업자가 적지 않습니다. 나중에 면세라는 것을 알면 낸 부가세를 돌려받을 수 있지만, 거래처의 매입세액 공제도 함께 무너지므로 순서를 정해 정리해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

가공식품과 함께 국내산 채소 원물을 식품회사에 납품하는 개인사업자 D씨는 2024년 제2기부터 2025년 제2기까지 거래처 요청으로 채소 원물에도 부가세 10%를 붙여 세금계산서를 발급했고, 그 부가세 합계 1,200만원을 신고·납부했습니다. 2026. 8. 세무대리인을 바꾸면서 채소 원물이 면세라는 말을 들은 D씨는 낸 부가세를 돌려받을 수 있는지, 거래처에는 어떤 영향이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

면세 거래에 세금계산서를 끊으면 무엇이 문제인가요?

가공되지 않은 식료품과 국내산 농산물 같은 면세 재화의 공급에는 부가가치세가 없습니다. 세금계산서는 부가가치세가 면제되는 공급을 빼고 발급하는 것이므로, 면세 거래에는 세금계산서가 아니라 계산서를 발급해야 합니다.

면세 거래에 부가세를 받아 낸 공급자는 납부할 의무가 없는 세금을 낸 것이고, 거래처는 공제받을 수 없는 금액을 매입세액으로 공제한 것이 됩니다. 매입세액은 공급받은 재화에 대한 부가가치세액이어야 하는데 면세 공급에는 그런 세액이 없기 때문입니다.

낸 부가세는 어떻게 돌려받나요?

먼저 면세 등 발급대상이 아닌 거래에 발급한 경우로서, 처음 세금계산서 내용대로 마이너스 수정세금계산서를 발급합니다. 이 사유는 작성일을 처음 작성일로 적으므로 처음 공급한 과세기간에서 매출세액이 빠집니다. 소득세법은 세금계산서를 발급한 분을 계산서를 발급한 것으로 보지만, 마이너스 수정세금계산서로 그 세금계산서를 지우면 남는 증빙이 없으므로 같은 거래의 계산서를 따로 발급합니다.

그다음 과세기간별로 경정청구를 냅니다. 국세청도 면세 재화를 공급하면서 착오로 세금계산서를 발급했다면 경정 전까지 수정세금계산서와 계산서를 발급할 수 있고, 세무서장이 과세대상 아닌 신고분을 확인하면 경정해 환급할 수 있다고 봅니다. 받아들여지면 환급가산금도 붙습니다.

D씨의 경우 가장 오래된 2024년 제2기분은 법정신고기한이 2025. 1. 25.에서 휴일이 겹쳐 2025. 1. 27.로 미뤄졌으므로 5년이 되는 2030. 1. 27.이 일요일이어서 2030. 1. 28.까지 청구할 수 있습니다. 기한에는 여유가 있지만, 거래처 쪽 가산세가 늘어나지 않도록 거래처와 일정을 맞춰 빨리 진행하는 편이 낫습니다.

거래처가 공제받은 매입세액은 어떻게 되나요?

공급자가 마이너스 수정세금계산서를 발급하면 거래처는 처음 과세기간에 공제받은 매입세액을 줄여 수정신고해야 합니다. 이때 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있고, 해명 안내를 받기 전에 스스로 수정신고하면 기간에 따라 과소신고가산세를 감면받습니다.

D씨의 거래처는 1,200만원을 더 내야 하고, 과소신고가산세는 감면 전 기준으로 120만원입니다. 2026. 10.에 수정신고한다면 2024년 제2기분은 법정신고기한(2025. 1. 27.)부터 2년 안이라 10%, 2025년 제2기분은 법정신고기한(2026. 1. 26.)부터 1년 안이라 30%를 감면받습니다. 늦어질수록 감면율이 떨어지고 납부지연가산세는 하루 10만분의 22씩 늘어납니다.

거래처가 부가세로 지급한 돈을 돌려달라고 하는 것은 공급자의 경정청구와는 별개의 민사 문제입니다. 실무에서는 공급자가 환급받는 금액을 거래처에 돌려주고, 거래처는 그 돈으로 추가 납부할 세액을 내는 방식으로 정리하는 경우가 많습니다. 반환 시기와 가산세 부담을 누가 질지 합의서로 남겨 두는 것이 좋습니다.

이미 폐업했다면 돌려받을 수 없나요?

폐업한 뒤에는 수정세금계산서를 발급할 수 없어 세무서가 경정청구를 거부하는 경우가 있습니다. 조세심판원은 면세 용역에 세금계산서를 발급하고 부가세를 냈던 사업자가 폐업 뒤에야 면세임을 알고 경정청구한 사안에서, 수정세금계산서를 먼저 발급하지 않았다는 절차적 이유만으로 거부한 처분을 취소했습니다(조세심판원 2011. 12. 8. 조심2011부3067).

같은 결정은 확정신고를 하지 않은 과세기간은 경정청구 대상이 아니라고 보았습니다. 그 뒤 법이 바뀌어 지금은 기한 후 신고서를 낸 과세기간도 경정청구할 수 있지만, 아무 신고도 하지 않은 과세기간은 여전히 대상이 아니므로 신고 여부를 과세기간별로 먼저 확인해야 합니다. 폐업 신고를 했더라도 그 전에 신고한 과세기간이라면 5년 안에서 경정청구할 수 있습니다. 이때는 경정청구서에 면세 근거와 품목별 거래명세서를 붙여 소명합니다.

면세 착오 세금계산서 대응 순서

• 면세 여부 확정 - 품목이 가공되지 않은 원물인지, 가공·포장으로 과세가 되는지 거래 품목별로 가립니다.
• 과세기간별 금액 정리 - 면세 품목에 붙여 받은 부가세를 과세기간별로 나눠 계산합니다.
• 거래처와 정산 합의 - 수정세금계산서 발급 일정, 받은 부가세 반환, 거래처 수정신고 시기를 합의서로 정합니다.
• 수정세금계산서·계산서 발급 - 처음 내용대로 마이너스 수정세금계산서를 발급하고 같은 거래의 계산서를 발급합니다.
• 경정청구와 불복 - 과세기간별로 경정청구를 내고, 거부되면 90일 안에 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 품목이 실제로 면세인지와 거래처와의 정산 합의 내용에 따라 환급 범위와 거래처의 가산세가 달라집니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 경정청구, 경정청구 거부에 대한 조세심판 청구, 거래처와의 정산 분쟁 자문을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세 품목에도 세금계산서를 끊을 수 있나요?
  끊을 수 없습니다. 세금계산서는 부가가치세가 면제되는 공급을 빼고 발급하는 것이어서, 가공되지 않은 농산물 같은 면세 재화를 공급하면 세금계산서가 아니라 계산서를 발급해야 합니다.
• 잘못 끊은 세금계산서는 어떻게 고치나요?
  면세 등 발급대상이 아닌 거래에 발급한 경우로서 처음 세금계산서 내용대로 마이너스 수정세금계산서를 발급합니다. 처음 과세기간에서 매출세액이 빠지고, 같은 거래에 대해서는 계산서를 따로 발급합니다.
• 이미 낸 부가세는 언제까지 돌려받을 수 있나요?
  해당 과세기간 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구할 수 있습니다. 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 받아들여지면 납부일 다음 날부터 환급가산금이 붙습니다.
• 거래처가 공제받은 부가세는 어떻게 되나요?
  면세 공급에는 부가가치세가 없어 거래처의 공제는 인정되지 않습니다. 거래처는 처음 과세기간 매입세액을 줄여 수정신고해야 하며, 해명 안내 전에 하면 과소신고가산세를 감면받습니다.
• 거래처에 받은 부가세를 돌려줘야 하나요?
  거래처의 반환 요구는 경정청구와 별개의 민사 문제입니다. 실무에서는 환급받은 금액을 거래처에 돌려주고 거래처가 추가 세액을 내는 식으로 정리하는 경우가 많아, 반환 시기와 가산세 부담을 합의서로 남겨 둡니다.
• 폐업해서 수정세금계산서를 못 끊으면요?
  조세심판원은 폐업 뒤 면세임을 알게 되어 수정세금계산서를 발급할 수 없었던 사업자의 경정청구를 절차적 이유만으로 거부한 처분을 취소했습니다. 다만 아무 신고도 하지 않은 과세기간은 경정청구 대상이 아니고, 기한 후 신고를 한 과세기간은 대상입니다.

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