양도소득세

일반주택을 비과세로 판 뒤 남은 시골 농어촌주택은 보유기간을 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

남은 농어촌주택의 비과세 보유기간은 그 집을 취득한 날부터 세고, 일반주택을 판 날부터 2년을 다시 채울 필요는 없습니다. 조세특례제한법 제99조의4 농어촌주택은 일반주택을 팔 때 소유주택으로 보지 않고, 남은 농어촌주택도 일반 요건을 갖추면 비과세됩니다. 지금은 농어촌주택을 취득일부터 3년 이상 보유했는지부터 확인하십시오.

일반주택을 판 날부터 2년을 다시 채울 필요는 없습니다. 남은 농어촌주택의 비과세 보유기간은 그 집을 취득한 날부터 셉니다.

이런 상담이 많습니다

G씨 부부는 2015년에 산 도시 아파트에 살다가, 은퇴를 앞두고 2021년 6월 강원도 한 면 지역의 기준시가 1억 8천만원짜리 단독주택을 샀습니다. 2025년 아파트를 농어촌주택 과세특례를 적용해 1세대1주택 비과세로 팔고 시골집으로 내려갔습니다. 2026년 가을 건강 문제로 시골집을 팔고 자녀 근처로 옮기려 하자, 아파트를 판 날부터 2년이 지나야 시골집도 비과세된다는 말을 들었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

일반주택을 판 뒤 남은 농어촌주택 보유기간은 언제부터인가요?

일반주택을 특례로 비과세 양도한 뒤 남은 농어촌주택의 1세대1주택 비과세 보유기간은 농어촌주택을 취득한 날부터 양도일까지입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 1세대1주택 보유기간을 「소득세법」 제95조 제4항에 따르도록 정하고, 이 조항은 취득일부터 양도일까지를 보유기간으로 봅니다.

G씨의 시골집은 2021년 6월에 취득했으므로 2026년 가을에는 보유기간 2년을 넘습니다. 아파트를 판 2025년은 보유기간 계산과 관계가 없습니다. 양도일 현재 시골집 한 채만 있다면 다른 요건을 갖춘 경우 비과세를 받을 수 있습니다.

농어촌주택이 있어도 일반주택을 비과세로 팔 수 있나요?

2003. 8. 1.부터 2028. 12. 31.까지 취득한 농어촌주택 한 채를 3년 이상 보유하고, 그 농어촌주택을 취득하기 전부터 갖고 있던 일반주택을 팔면 농어촌주택은 소유주택이 아닌 것으로 봅니다. 그래서 일반주택만 가진 1주택으로 비과세 여부를 판단합니다.

농어촌주택은 지역과 가액 요건을 갖춰야 합니다.

• 지역 - 수도권, 도시지역, 조정대상지역, 토지거래허가구역, 관광단지 등을 뺀 읍·면 또는 대통령령으로 정하는 동에 있어야 합니다.
• 가액 - 주택과 부수토지의 기준시가 합계가 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원) 이하여야 합니다.
• 위치 관계 - 일반주택과 같은 읍·면·동이나 연접한 읍·면·동에 있으면 특례가 적용되지 않습니다.

농어촌주택을 3년 안에 팔면 어떻게 되나요?

농어촌주택을 3년 보유하기 전에 일반주택을 먼저 팔아 특례를 받았다면, 그 뒤 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 않게 됐을 때 특례가 없었다면 냈을 세액을 납부해야 합니다. 납부기한은 보유하지 않게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월입니다. 수용 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있으면 납부하지 않습니다.

G씨는 2021년 6월에 시골집을 취득해 2024년 6월에 이미 3년을 채웠으므로 이 추징 문제는 생기지 않습니다. 반대로 취득 후 3년이 안 된 상태에서 시골집을 팔 계획이라면 일반주택 세액까지 함께 계산해 보아야 합니다.

2021년부터 2022년 5월 사이에 판 경우는 달랐나요?

2021. 1. 1.부터 2022. 5. 9. 사이에는 2주택 이상을 가진 세대가 다른 주택을 모두 처분하면 처분 후 1주택이 된 날부터 보유기간을 세는 단서가 있었습니다. 농어촌주택은 특례 요건을 갖추면 소유주택이 아닌 것으로 보므로, 일반주택과 농어촌주택만 가진 세대를 이 단서의 2주택 이상 보유 세대로 보기는 어렵습니다.

이 단서는 2022. 5. 31. 개정으로 삭제돼 2022. 5. 10. 이후 양도분부터 적용됩니다. 그 전에 농어촌주택을 팔며 일반주택 양도일부터 보유기간을 세어 과세됐다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다.

농어촌주택 양도 대응 순서

• 3년 보유 확인 - 농어촌주택 취득일부터 3년이 지났는지 확인합니다. 지나지 않았다면 일반주택 세액 추징을 함께 계산합니다.
• 특례 신고 확인 - 일반주택을 팔 때 농어촌주택 등 취득자에 대한 과세특례신고서를 냈는지 확인합니다.
• 보유기간 계산 - 농어촌주택 취득일부터 양도일까지 계산합니다. 일반주택 양도일은 기산일이 아닙니다.
• 예정신고 - 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 신고합니다.
• 과세 통지 대응 - 특례 요건을 부인하는 과세 예고를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 후 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 농어촌주택의 소재지 요건이나 취득 당시 기준시가가 경계선에 있으면 공시가격 자료와 행정구역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 농어촌주택 특례와 1세대1주택 비과세를 둘러싼 과세전적부심사와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 시골집이 조정대상지역이면 거주해야 하나요?
  조정대상지역에 있는 주택은 처음부터 이 농어촌주택 특례 대상이 아닙니다. 특례 요건을 갖춘 농어촌주택이라면 취득 당시 조정대상지역이 아니었으므로 남은 농어촌주택을 팔 때 거주요건 없이 보유기간 2년을 봅니다.
• 농어촌주택을 3년 안에 팔면 일반주택 세금을 내나요?
  농어촌주택을 3년 보유하기 전에 일반주택을 먼저 팔아 특례를 받았다면, 그 뒤 3년 이상 보유하지 못하게 됐을 때 특례가 없었다면 냈을 세액을 그 달 말일부터 2개월 안에 납부해야 합니다. 수용 등 부득이한 사유는 예외입니다.
• 일반주택과 시골집이 붙어 있는 동네면요?
  농어촌주택과 일반주택이 같은 읍·면·동이나 연접한 읍·면·동에 있으면 특례가 적용되지 않습니다. 이 경우 두 집을 모두 주택 수에 넣어 판단하므로 일반주택 비과세가 어려울 수 있습니다.
• 농어촌주택 가액 기준은 언제를 기준으로 하나요?
  주택과 부수토지의 기준시가 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원(대통령령으로 정하는 한옥은 4억원)을 넘지 않아야 합니다. 취득 뒤 가격이 올라도 취득 당시 기준을 충족했다면 요건을 갖춘 것으로 봅니다.
• 농어촌주택 특례는 언제까지 취득해야 하나요?
  농어촌주택은 2003. 8. 1.부터, 고향주택은 2009. 1. 1.부터 2028. 12. 31.까지 취득한 주택이 대상입니다. 이 기간 안에 취득한 한 채에 대해서만 특례를 적용하므로 취득일을 등기로 확인해 두어야 합니다.
• 2021년에 시골집을 팔며 재기산됐다면요?
  농어촌주택은 특례 요건을 갖추면 소유주택이 아닌 것으로 보므로 일반주택과 농어촌주택만 가진 세대를 당시 재기산 단서의 2주택 이상 보유 세대로 보기는 어렵습니다. 그 때문에 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 검토할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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