감면·공제
외주로 만든 사내 전산시스템 개발비도 연구개발비 세액공제를 받을 수 있나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신
원칙적으로 아니요, 외부 업체에 맡겨 만든 업무용 전산시스템은 과학기술 분야의 진전을 이루는 활동이 아니면 연구개발비 세액공제를 받을 수 없습니다. 대법원은 업무 절차가 크게 개선되었더라도 서비스 개발에 해당할 뿐이고 서비스 개발을 위탁한 비용은 공제 대상이 아니라고 판단했습니다. 지금은 개발 목표와 기술적 불확실성을 보여 주는 자료가 있는지 확인해 두십시오.
연구개발비 세액공제를 빠뜨렸거나 덜 받았다고 보면 법정신고기한이 지난 후 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 공제 대상인지 다툼이 예상되면 청구 전에 개발계약서와 산출물부터 확보해 두십시오.
개발비 규모가 크다거나 회사 업무가 크게 나아졌다는 사정을 증명하는 데 힘을 쏟을 필요는 없습니다. 공제 여부는 그 활동이 어떤 성격인지로 정해집니다.
이런 상담이 많습니다
보험업을 하는 D사는 2023년부터 1년 넘게 외부 IT업체에 차세대 전산시스템 개발을 맡기고 수백억원을 지급했습니다. 고객정보 관리와 맞춤형 서비스, 서버 안정화를 한데 묶은 시스템이었고, D사는 그중 운영 소프트웨어 개발비와 인건비를 연구개발비로 보아 2025년 법인세 일부를 돌려 달라는 경정청구를 했습니다. 세무서는 「위탁개발한 서비스 개선일 뿐 과학기술 연구개발이 아니다」라며 거부했습니다. D사는 업무 절차가 크게 개선되었는데도 공제를 받을 수 없는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
외주로 개발한 전산시스템도 연구개발비 세액공제 대상인가요?
과학기술활동에 해당할 때만 대상입니다. 새로운 서비스나 서비스 전달체계를 개발하는 활동의 비용은 자체 연구개발 비용만 공제되므로, 외부 업체에 맡긴 개발이 공제를 받으려면 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동이어야 합니다.
| 구분 | 자체 수행 | 외부 위탁 |
|---|---|---|
| 과학기술활동 | 공제 대상 | 위탁 적격 기관이면 공제 대상 |
| 서비스 개발(과학기술 비결합) | 공제 대상 | 공제 대상 아님 |
| 업무 효율화 시스템 구축 | 서비스 개발로 볼 여지 | 공제 대상 아님 |
출처 - 조세특례제한법 제10조 제5항, 대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결
대법원은 과학기술활동을 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계를 갖춰 해소해 자연과학과 그 적용 기술 분야의 진전을 이루려는 활동이라고 보았습니다. 이 사건 전산시스템은 기존 업무를 효율적으로 운영하고 고객 서비스를 개선하려고 당시 정보기술을 활용해 개발한 것이어서 과학기술활동에 해당하지 않는다고 판단했습니다. 판결은 2013·2014 사업연도에 적용되던 구 조세특례제한법을 해석한 것입니다.
2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」은 연구개발을 과학적·기술적 진전 또는 새로운 서비스 및 서비스전달체계 개발을 위한 체계를 갖춘 창의적 활동으로 정의하고, 과학기술분야와 결합되지 않은 서비스 개발 비용은 자체 연구개발 비용으로 한정합니다. 외주 서비스 개발을 공제 대상에서 빼는 구조는 지금도 같습니다.
업무 절차가 크게 개선됐다면 기술적 진전이 아닌가요?
그것만으로는 아닙니다. 원심은 회사의 업무 절차·시스템·서비스가 크게 개선되어 금융보험 기술이 진전되었다며 공제를 인정했지만, 대법원은 그런 개선은 서비스 분야의 새로운 서비스 개발에 해당할 여지가 있을 뿐이라고 보았습니다. 서비스활동을 외부에 맡긴 비용은 공제 대상이 아니므로, 업무 개선의 정도는 결론을 바꾸지 못합니다.
또 대법원은 연구개발에는 결과의 불확실성이 따라야 하고, 위탁개발이라면 맡긴 회사뿐 아니라 실제로 개발한 수탁업체 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 한다고 보았습니다. 이미 시장에 있는 기술로 정해진 기능을 구현하는 개발은 수탁업체에게 기술적 불확실성이 크지 않다고 평가될 수 있습니다.
이 판결로 세금 환급 소송이 끝났나요?
일부만 끝났습니다. 대법원은 2013 사업연도에 대해 공제를 인정한 원심의 회사 승소 부분을 파기해 서울고등법원으로 돌려보냈고, 2014 사업연도 공제를 구한 회사의 상고는 기각했습니다. 2013 사업연도 부분의 최종 결과는 환송 후 판결로 정해집니다.
공제가 인정되는 연구개발비라면 현행법상 중소기업의 일반연구·인력개발비는 해당 과세연도 발생액의 100분의 25를 선택할 수 있는 등 기업 규모에 따라 공제율이 다릅니다. 신고 단계에서 공제를 받으려면 세액공제신청도 해야 합니다.
연구개발비 세액공제 위탁개발 대응 순서
- 활동 성격 분류 - 개발 목표가 과학기술 분야의 진전인지, 업무 효율화와 서비스 개선인지 먼저 나눕니다. 서비스 개선이면 위탁 비용은 공제 대상에서 빠집니다.
- 불확실성 자료 확보 - 개발 과정에서 해결하려던 기술 문제, 실패한 시도, 시험 결과를 문서로 남깁니다. 수탁업체 쪽 기록도 함께 받습니다.
- 수탁기관 요건 확인 - 맡긴 상대가 기업부설연구소 등 법령이 정한 위탁 적격 기관인지 확인합니다. 요건을 갖추지 못하면 활동 성격과 별개로 공제가 막힙니다.
- 비용 구분경리 - 자체 연구개발비와 위탁개발비, 서비스 개발비를 나눠 장부에 적습니다. 일부만 공제될 때 금액 산정의 근거가 됩니다.
- 경정청구와 불복 - 공제를 빠뜨렸다면 5년 안에 경정청구를 하고, 거부되면 심판청구나 소송으로 다툽니다. 이 판결 기준에 맞춰 주장을 다시 정리합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 개발 결과물에 새로운 알고리즘이나 특허 출원 기술이 들어 있거나 자체 연구소가 함께 수행한 부분이 있으면 계약서와 연구노트를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 법인세 경정청구 거부처분에 대한 조세심판과 행정소송을 수행합니다.
실무상 착안점
큰돈을 들여 차세대 시스템을 외주로 개발한 회사는 「개발비니까 당연히 R&D 공제가 된다」고 생각합니다. 실제로는 그 개발이 과학기술 분야의 불확실성을 해소하는 활동이었는지가 먼저 걸리고, 업무 효율화나 고객 서비스 개선은 서비스 개발로 분류되어 위탁 비용이 공제에서 빠집니다. 개발비 규모나 개선 효과는 이 판단을 바꾸지 못합니다.
다툼의 재료는 개발 과정의 기록입니다. 개발계약서의 과업 범위, 요구사항 정의서, 수탁업체가 해결해야 했던 기술 문제와 시험 결과, 개발 기간 중 일정 변경 사유가 문서로 남아 있어야 합니다. 완성된 시스템 설명서만으로는 불확실성을 보여 주기 어렵습니다.
이 기록은 경정청구 거부처분 취소소송에서 과학기술활동 해당 여부를 가르는 증거가 되고, 일부 모듈만 기술 개발에 해당한다고 주장할 때 금액을 나누는 근거가 됩니다. 세무조사에서 기존 공제가 부인되어 추징되는 사건에서도 같은 자료로 대응하게 됩니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 연구·인력개발비 세액공제를 포함한 법인세 경정청구 거부와 부과처분 사건을 수행해 왔으며, 개발 활동의 목표와 결과, 위탁 구조를 먼저 분류한 뒤 공제 요건 충족 여부를 검토하는 방식으로 대응합니다.
- 법인세 경정거부처분 취소소송
- 법인세 부과처분 취소소송
- 조세심판 결정 후 소송 실익 검토의견서
- 비정기 세무조사 현장 대응
이 상황에서 자주 묻는 것
법무법인 윤성 × Lexle
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- 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
- 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
- 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
- 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
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- 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요
휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요
법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요
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출처
- 대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두55203 판결
- 국세기본법 제45조의2 제1항
- 조세특례제한법 제10조 제1항·제1항 제3호·제3항·제5항
- 조세특례제한법 제2조 제1항 제11호
2026.10.12 기준으로 조문을 확인했습니다.
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