세금

사옥을 새로 지으려고 헌 건물이 있는 땅을 샀는데 업무무관 유예기간은 2년인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.19 갱신

사옥 신축을 위해 토지만 사용할 목적으로 샀다면 건물이 남아 있어도 신축용 토지의 5년 유예기간을 적용할 수 있습니다. 다만 철거 계획만으로 확정되지는 않으며 취득 목적·경위와 실제 사용현황을 확인해야 합니다. 설계나 철거를 실제 신축 착공과 구별하는 것도 필요합니다.

사옥 신축을 위해 토지만 사용할 목적으로 샀다면 건물이 남아 있어도 신축용 토지의 5년 유예기간을 적용할 수 있습니다. 다만 철거 계획만으로 확정되지는 않으며 취득 목적·경위와 실제 사용현황을 확인해야 합니다. 설계나 철거를 실제 신축 착공과 구별하는 것도 필요합니다.

건물이 있으면 무조건 일반 부동산의 2년인가요?

아닙니다. 물리적으로 건물이 존재했다는 사정과 회사가 무엇을 취득해 어떤 목적으로 쓰려 했는지는 구별됩니다. 법인세법 시행규칙은 건축물 또는 시설물 신축용 토지의 유예기간을 취득일부터 5년으로 정합니다. 그 밖의 부동산은 원칙적으로 취득일부터 2년입니다.

대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두12324 판결도 같은 구조를 전제로 했습니다. 건물이 있는 토지를 사서 철거한 사건에서 취득일부터 5년의 신축용 유예기간을 적용했습니다. 국세청 사전-2024-법규법인-0099도 같은 취지입니다. 토지만 쓸 목적으로 건물이 있는 땅을 사면 건물 없는 토지를 산 것으로 보아 신축용 유예기간을 적용한다고 답했습니다. 질의에서는 기존 주유소 건물이 남아 있었지만 실제로 사용하지 않고 신축을 준비한 상태였습니다.

회신의 결론은 기존 건물의 외형만 보고 2년으로 고정할 수 없다는 것입니다. 그러나 그 건물을 계속 영업에 쓰거나 임대할 목적으로 취득한 사건까지 모두 5년이라는 뜻은 아닙니다. 취득 당시 목적과 이후 이용이 회신의 전제에 맞는지를 구체적으로 판단해야 합니다.

취득 목적은 이사회 의사록 한 장으로 증명하나요?

의사록은 중요한 자료지만 단독으로 결론을 정하지는 않습니다. 국세청도 취득 목적과 경위, 취득 후 사용현황 등 제반사항을 종합한 사실 판단이라고 명시했습니다. 사후 문서의 표현보다 당시 실제 사업계획과 집행이 일치하는지가 중요합니다.

필요한 사옥 면적과 기존 사옥 상황, 매수 전 설계·철거 계획을 정리해 두십시오. 자금 조달과 인허가 준비 자료도 함께 연결해 두는 것이 좋습니다. 매매계약에서 기존 건물 인도와 철거를 어떻게 정했는지, 기존 영업시설이나 임대차를 승계했는지도 확인해야 합니다.

실제로 임대료를 받거나 건물을 사무실로 썼다면 숨기지 않는 편이 좋습니다. 사용 목적과 기간, 신축계획과의 관계를 나누어 설명해야 합니다. 건물·토지 전부가 같은 이용 상태였는지, 일부만 사용했는지도 검토할 수 있습니다. 다른 사안을 무조건 회신과 같다고 맞추려 하면 객관적 자료와 어긋날 수 있습니다.

철거를 마치거나 설계만 끝내도 업무에 사용한 것인가요?

철거·설계와 건설 착공은 같은 행위가 아닙니다. 규칙은 토지를 업무용으로 사용하기 위해 건설에 착공한 때 업무에 직접 사용한 것으로 봅니다. 기초설계가 끝났거나 사업비를 지출했다는 사실만으로 이 착공 요건을 대신할 수는 없습니다.

건설에 착공했더라도 정당한 사유 없이 공사를 중단하면 그 중단 기간은 업무에 사용하지 않은 것으로 봅니다. 천재지변·민원 등 정당한 사유가 있었는지는 중단·재개일과 관련 공문·현장 자료로 따로 확인해야 합니다. 착공 사실만으로 이후의 모든 기간을 업무 사용 기간으로 계산해서는 안 됩니다.

회신도 해당 유예기간 내에 기존 건물을 철거하고 사옥 신축을 위해 건설에 착공한 경우를 설명했습니다. 철거를 늦게 끝냈다는 사실과 신축공사까지 시작했다는 사실을 분리해 확인해야 합니다. 대법원은 토지만 쓰려고 건물이 있는 땅을 사서 헐었다면 철거일부터 5년 예외는 적용되지 않는다고 보았습니다. 그 사건은 설계용역과 철거 뒤 신축 절차가 진행되지 않아 손금 주장이 받아들여지지 않았습니다. 토지 정리나 안전펜스 설치 같은 작업이 실제 건축 착공에 해당하는지는 공사 내용과 현장 자료에 따라 판단할 문제입니다.

규칙은 착공일이 불분명한 경우 착공신고서 제출일을 기준으로 하도록 합니다. 그렇다고 신고만 하고 실제 공사를 전혀 진행하지 않은 상태까지 업무 사용으로 확정하는 것은 아닙니다. 시공계약, 현장일지와 기성내역, 자재·장비 투입 등 신고 내용과 실제 진행을 함께 볼 필요가 있습니다.

5년 안에 착공하지 못하면 세금은 언제부터 달라지나요?

먼저 단순 지연인지 법령상 제한 등 다른 예외가 있는지를 구별해야 합니다. 자금이 부족하거나 경기가 나빠졌다는 사실만으로 모든 미착공 기간이 별도 예외가 되는 것은 아닙니다. 허가와 착공 제한 등에 관한 조항은 원인과 발생 시점, 제한 기간을 따로 요구합니다.

일반적으로 업무에 직접 사용하지 않은 부동산이 유예기간을 지나면 그 이후의 업무무관 기간이 문제 됩니다. 더 나아가 취득 후 계속 업무에 쓰지 않고 양도하면 관련 규칙이 취득일부터 양도일까지로 보는 단서도 두고 있습니다. 따라서 5년을 적용받았다는 판단이 그 기간의 비용을 어떤 상황에서도 영구 보장한다는 뜻은 아닙니다.

이미 지난 사업연도의 이자 등을 다시 계산해야 하는 경우에는 원래 연도의 사실과 당시 법령을 맞춰야 합니다. 단순히 현재 계산한 기간을 과거 전체에 붙이지 말고 직접 사용·예외·양도 여부를 구분해야 합니다. 과거 양도 거래라면 그 양도시점에 적용되는 조항과 경과규정을 별도로 확인해야 합니다.

신축용으로 인정되면 지급이자와 양도세 문제도 끝나나요?

유예기간 판정이 모든 세금을 끝내는 것은 아닙니다. 업무무관 비용·지급이자와 양도 시 토지등 양도소득 추가 법인세는 요건이 따로 있습니다. 예컨대 비사업용 토지 판정의 착공 관련 예외는 건축물이 없는 토지를 취득한 경우로 문언이 정해져 있어 따로 검토해야 합니다. 토지를 신축용으로 분류한 것만으로 다른 과세를 전부 배제하지 않습니다.

특히 부동산매매업 주업 법인의 매매용 토지는 사옥 신축용 토지와 취득·사용 목적이 다를 수 있습니다. 매매업 법인의 양도 문제는 「부동산매매업 법인이 유예기간 지나 판 땅, 취득일부터 전부 업무무관인가요?」에서 다룹니다. 그 결론을 일반 회사 사옥용 토지에 그대로 옮길 수는 없습니다.

계획 변경으로 사옥을 짓지 않고 팔게 됐다면 변경 결의와 실제 추진 경과를 남겨야 합니다. 최초 신축 목적을 부인할 자료인지, 이후의 사정 변경인지에 따라 다툴 사실이 달라집니다. 추가 세액과 소급공제 문제는 「업무무관 부동산으로 세금을 더 내게 되면 결손금 소급공제를 더 받을 수 있나요?」에서 다룹니다.

사옥 신축용 토지 대응 순서

1. 취득 당시 매수 목적과 실제 계약 내용을 확인해 건물 이용인지 토지 신축인지 특정합니다.
2. 건물의 영업·임대·공실 상태와 철거·설계 자료를 시점별로 나눕니다.
3. 토지 취득일과 적용 유예기간, 신축공사의 실제 착공일을 맞춥니다.
4. 지연이 있었다면 허가·착공 제한의 근거와 기간을 별도 조항에 대조합니다.
5. 계획 변경이나 양도가 있다면 전체 보유기간과 비용 부인 범위를 다시 검토합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 건물을 철거한 날부터 새로 5년을 세나요?
  아닙니다. 대법원은 토지만 쓰려고 건물이 있는 땅을 사서 헐어낸 경우를 철거일부터 5년 예외의 철거로 보지 않았습니다. 이때는 취득일부터의 신축용 유예기간으로 판단합니다.
• 주유소가 아닌 오래된 공장을 샀어도 같은가요?
  건물의 이름만으로 결정되지 않습니다. 기존 건물을 쓰려는 취득인지 토지만 사용해 사옥을 신축하려는 취득인지 당시 계약과 사용 경과를 확인해야 합니다.
• 건물에 임차인이 남아 있으면 무조건 2년인가요?
  임차인이 있다는 사실 하나로 단정하지 않습니다. 임대차 승계와 명도 약정, 실제 임대수익 및 신축계획의 관계를 종합해 회신의 전제에 맞는지 검토해야 합니다.
• 공장건설계획이 5년보다 길면 언제나 기간이 늘어나나요?
  규칙은 승인된 공장건설계획기간 등에 관한 별도 조건을 둡니다. 사옥의 내부 계획이 길다는 이유만으로 같은 연장을 적용할 수는 없습니다. 승인 문서의 사업 내용과 공장건설계획기간을 대조해야 합니다.
• 은행 대출자료만으로 신축 목적을 설명할 수 있나요?
  대출 용도는 자료의 하나입니다. 매수 전 사업계획·설계·철거와 실제 이용이 함께 같은 목적을 뒷받침하는지 확인해야 합니다. 대출자료와 현장 이용이 다른 부분도 구분해 설명해야 합니다.
• 회신과 같은 사실이면 모든 과거 연도도 그대로 처리하나요?
  회신이 개별 연도의 경과규정까지 대신하지는 않습니다. 실제 취득·착공·양도 연도에 적용되는 조문과 당시 자료를 맞춰 검토해야 합니다. 회신의 사실관계와 실제 사업연도를 나누어야 과거 세액을 잘못 소급 계산하지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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