법인세·소득세

합병 전에 갖고 있던 피합병법인 주식에 합병신주를 받으면 의제배당인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 합병법인이 합병등기일 전에 사 둔 피합병법인 주식(포합주식)에 대해 합병신주를 교부하면 그 신주 가액도 합병대가에 들어가 의제배당 금액을 계산하고, 그 의제배당은 수입배당금 익금불산입 대상에 포함됩니다. 국세청은 2015년 사전답변에서 이렇게 회신했고, 현행 법인세법 제16조와 제18조의2로 보아도 결론은 같습니다. 지금 확인할 것은 합병주주명부 확정일 기준으로 그 주식을 3개월 이상 계속 보유했는지와 출자비율이 몇 퍼센트인지입니다.

포합주식에 신주를 주는 순간 합병법인이 스스로 배당을 받은 셈이 되어 법인세가 크게 늘 것이라고 걱정하는 분이 많습니다. 의제배당 금액이 생기더라도 요건을 갖추면 출자비율에 따라 그 금액의 30퍼센트에서 100퍼센트까지 익금불산입되므로, 세액은 보유기간과 출자비율에 따라 달라집니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 2023년부터 거래처인 B법인 주식을 사들여 지분 약 52퍼센트를 갖게 되었습니다. 2025년에 A법인은 B법인을 흡수합병했는데, 합병대가를 신주로 주면서 A법인이 가진 B법인 주식에도 합병비율대로 신주를 배정했습니다. 합병은 지분 연속성 요건을 채우지 못해 비적격합병이었습니다. 결산을 앞둔 재무 담당자는 A법인이 자기 주식에 대해 받은 신주까지 의제배당으로 잡아야 하는지, 잡는다면 수입배당금 익금불산입을 받을 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

포합주식에 합병신주를 주면 왜 의제배당이 되나요?

합병법인도 피합병법인 주식을 갖고 있으면 피합병법인의 주주이므로, 그 주식에 대해 받은 합병신주 가액은 다른 주주가 받은 합병대가와 똑같이 합병대가에 들어갑니다. 합병대가가 그 주식을 사는 데 쓴 금액을 넘으면 넘는 부분이 의제배당입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 피합병법인의 주주등인 내국법인이 받은 합병대가가 피합병법인 주식의 취득가액을 넘는 금액을 배당받은 것으로 봅니다. 주주가 개인인지 법인인지, 다른 주주인지 합병법인 자신인지를 구별하지 않습니다.

• 합병대가 - 합병법인으로부터 받는 주식의 가액과 금전, 그 밖의 재산가액의 합계
• 취득에 쓴 금액 - 포합주식을 사들일 때 실제로 지급한 취득가액
• 의제배당 - 합병대가에서 취득가액을 뺀 금액(0보다 클 때만)

국세청은 포합주식 의제배당을 어떻게 해석했나요?

국세청은 합병법인이 합병등기일 전에 취득한 피합병법인 주식에 합병신주를 교부하면 그 교부가액을 합병대가에 포함해 의제배당을 계산하고, 그 의제배당은 수입배당금 익금불산입 대상이라고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0262, 2015. 9. 9.).

판단 이유는 두 가지였습니다. 합병법인도 실제로 합병교부주식을 받은 주주이므로 합병대가에서 빼야 할 이유가 없다는 점, 그리고 합병 의제배당에는 상법상 배당기준일이 없지만 합병주주명부 확정일이 권리를 행사할 주주를 확정하는 날이므로 배당기준일로 볼 수 있다는 점입니다. 국세청은 2017년에도 분할 의제배당에 대해 같은 취지로 회신했습니다(사전-2017-법령해석법인-0746, 2017. 11. 29.). 사전답변은 질의한 사실관계를 전제로 한 것이어서 합병 형태나 취득 시기가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

수입배당금 익금불산입은 얼마나 받을 수 있나요?

익금불산입률은 피출자법인에 대한 출자비율로 정해지며, 50퍼센트 이상이면 100퍼센트, 20퍼센트 이상 50퍼센트 미만이면 80퍼센트, 20퍼센트 미만이면 30퍼센트입니다. 차입금 이자가 있으면 정해진 계산식에 따른 금액을 빼야 합니다.

출자비율은 배당기준일 현재 3개월 이상 계속 보유한 주식으로 계산합니다. 배당기준일 전 3개월 안에 산 주식에서 생긴 수입배당금액은 아예 익금불산입 대상에서 빠집니다. 합병 의제배당이라면 합병주주명부 확정일을 기준으로 거꾸로 3개월을 세어 보아야 합니다. 같은 종목 일부를 판 적이 있으면 먼저 산 주식을 먼저 판 것으로 봅니다.

2015년 회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시 일반 법인의 수입배당금 익금불산입은 제18조의3에 있었고 상장 여부에 따라 비율이 달랐지만, 2022. 12. 31. 법 개정으로 제18조의2 하나로 합쳐져 출자비율만으로 30·80·100퍼센트를 적용합니다. 합병 의제배당이 익금불산입 대상이라는 결론은 그대로입니다.

2024. 2. 29. 시행령 개정으로 자본의 감소로 생긴 의제배당과 자기주식 보유 상태의 자본전입에 따른 의제배당은 익금불산입 대상에서 빠졌습니다. 합병 의제배당(제16조 제1항 제5호)은 이 제외 목록에 없습니다. 같은 해에 감자와 합병을 함께 했다면 두 의제배당을 나누어 계산해야 합니다.

신고할 때 무엇을 챙겨야 하나요?

익금불산입을 받으려면 법인세 신고 때 수입배당금액명세서를 함께 내야 합니다. 명세서에는 피출자법인별 출자비율, 보유기간, 차입금 이자 차감액이 들어가므로 포합주식 취득일과 취득가액 자료가 먼저 정리되어 있어야 합니다.

비적격합병이면 피합병법인 쪽에서도 양도손익이 생기고 합병법인은 자산을 시가로 승계하므로 합병 관련 세무조정이 여러 갈래로 생깁니다. 포합주식의 의제배당은 그중 합병법인 주주 지위에서 생기는 항목이어서 다른 조정과 섞이지 않게 따로 표시해 두는 것이 좋습니다.

포합주식 의제배당 대응 순서

• 포합주식 취득 내역 확인 - 매매계약서와 대금 지급일로 취득일과 취득가액을 정리합니다. 합병주주명부 확정일 3개월 전보다 먼저 샀는지가 여기서 갈립니다.
• 합병대가 산정 - 합병계약서의 합병비율과 교부 신주의 시가를 확인합니다. 포합주식에 배정된 신주 가액도 합병대가에 넣습니다.
• 익금불산입률 적용 - 출자비율 구간을 확인하고 차입금 이자 차감액을 계산합니다. 감자 의제배당이 함께 있으면 따로 나눕니다.
• 신고서 첨부 - 법인세 과세표준 및 세액신고서에 수입배당금액명세서를 붙여 냅니다. 이미 신고했다면 누락분을 정리해 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 검토합니다.
• 처분 단계 대응 - 세무조사에서 익금불산입이 부인되면 결과통지 후 과세전적부심사를, 납부고지 후에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 의제배당 금액과 익금불산입률은 합병계약서와 주식 취득 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병·분할 관련 법인세 경정청구와 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 비적격합병이 아니라 적격합병이면 결론이 다른가요?
  의제배당 계산의 틀은 같지만 적격합병 요건 중 사업 영위기간과 합병대가 요건을 갖추면 받은 주식의 가액을 시가가 아닌 종전 장부가액으로 평가하므로 의제배당 금액이 크게 줄어들 수 있습니다. 적격 여부는 사업목적, 지분 연속성, 사업 계속성, 고용 승계 요건을 합병계약서와 함께 따로 확인해야 합니다.
• 포합주식을 합병 두 달 전에 샀으면 어떻게 되나요?
  배당기준일로 보는 합병주주명부 확정일 전 3개월 안에 산 주식에서 생긴 의제배당은 익금불산입 대상에서 빠집니다. 일부는 오래전에 사고 일부는 최근에 샀다면 오래된 주식만 대상이 되므로 취득 회차별로 나누어 계산해야 합니다.
• 합병법인이 포합주식에 신주를 주지 않으면요?
  포합주식에 신주를 배정하지 않으면 그 부분은 합병대가가 없으므로 의제배당도 생기지 않습니다. 다만 신주 미배정이 합병비율이나 다른 주주의 이익에 영향을 주는지는 합병계약서와 상법 절차를 함께 보아야 하고, 세무상 다른 쟁점이 생길 수 있습니다.
• 자회사 감자 때 받은 의제배당도 익금불산입되나요?
  아니요. 2024. 2. 29. 시행령 개정 이후 자본의 감소로 생긴 의제배당은 피출자법인 소득에 법인세가 과세되지 않은 수입배당금으로 보아 익금불산입 대상에서 빠졌습니다. 주식 소각이나 해산 잔여재산 분배와는 구별해서 보아야 합니다.
• 분할로 받은 주식의 의제배당도 같은가요?
  네. 국세청은 인적분할로 분할법인 주주인 내국법인이 받은 분할신설법인 주식이 취득가액을 넘어 의제배당이 되는 경우에도 그 금액이 수입배당금 익금불산입 대상이라고 회신했습니다. 보유기간과 출자비율 요건은 합병과 같이 따집니다.
• 익금불산입 명세서를 빠뜨리고 신고했는데 고칠 수 있나요?
  법정신고기한이 지난 후 5년 안에는 경정청구로 익금불산입을 다시 반영해 달라고 청구할 수 있습니다. 청구할 때는 수입배당금액명세서와 포합주식 취득 증빙, 합병주주명부 확정일 자료를 함께 내는 것이 좋습니다.
• 차입금이 많으면 익금불산입이 줄어드나요?
  네. 법인이 사업연도에 지급한 차입금 이자가 있으면 이자에 피출자법인 주식 장부가액 적수를 자산총액 적수로 나눈 비율과 익금불산입률을 곱한 금액을 익금불산입액에서 뺍니다. 이미 지급이자 손금불산입으로 부인된 금액은 이 계산에서 제외합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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