세무조사

같은 해 법인세를 두 번 조사받았다면 두 번째 조사로 나온 세금은 위법인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

같은 세목·같은 과세기간을 다시 조사한 것이 금지된 재조사라면 그 결과로 한 과세처분은 위법합니다. 대법원 2013두6206 판결은 항목이 달라도 재조사라고 보았습니다. 현행 예외 사유와 부분조사, 다투는 기한까지 정리했습니다.

네, 같은 세목·같은 과세기간을 다시 조사한 것이 금지된 재조사라면 그 결과로 한 과세처분은 위법합니다. 대법원은 첫 조사와 다른 항목만 조사했어도 재조사에 해당한다고 보았습니다. 다만 법이 정한 예외 사유가 있거나 첫 조사가 법에 따른 부분조사였다면 결론이 달라집니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 2023. 5.부터 두 달간 2020~2022 사업연도 법인세 정기 세무조사를 받고 가지급금 인정이자 부분을 추징당했습니다. 그런데 2026. 6. 같은 세무서가 2022 사업연도 법인세를 대상으로 계열사 주식 거래를 확인하겠다며 다시 조사를 시작했습니다. 조사팀은 첫 조사에서 주식 거래는 보지 않았으니 중복이 아니라고 설명했고, 조사가 끝난 뒤 약 6억 원의 과세예고 통지를 보냈습니다. B사 대표는 같은 해를 두 번 조사받았는데 이 세금을 그대로 내야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 항목이 다른 두 번째 조사를 어떻게 보았나요?

금지된 재조사로 보고 그에 기초한 과세처분을 위법하다고 판단했습니다. 사안에서 세무서는 2001. 2. 20.부터 2001. 6. 29.까지 회사에 정기 세무조사를 하면서 2000 사업연도 임대료 수입누락 등을 이유로 법인세를 부과할 예정임을 알렸습니다. 그 뒤 2005. 12. 7.부터 2006. 1. 5.까지 같은 2000 사업연도 법인세에 대해 계열사 주식변동 내용 확인을 사유로 다시 조사하고 법인세를 부과했습니다.

원심은 조사 대상이 겹치지 않으면 재조사가 아니라고 보았지만, 대법원은 “당초 세무조사를 한 특정 항목을 제외한 다른 항목에 대하여만 다시 세무조사를 함으로써 세무조사의 내용이 중첩되지 아니하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다”라고 판단했습니다. 이 처분은 위법한 재조사에 기초한 것이어서 더 볼 필요 없이 위법하다며 원심을 파기환송했습니다.

같은 해를 다시 조사할 수 있는 예외는 무엇인가요?

현행법은 재조사를 원칙적으로 금지하면서 일곱 가지 예외를 둡니다. 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 2개 이상 과세기간과 관련해 잘못이 있는 경우, 불복 절차의 재조사 결정에 따른 경우, 금품 제공이 있는 경우, 부분조사 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 경우 등입니다.

대법원도 첫 조사가 다른 세목·과세기간을 조사하던 중 범위가 확대되어 일부 항목만 본 경우처럼 처음부터 모든 항목을 조사하기 무리였던 특별한 사정이 있으면 나머지 항목 조사는 재조사가 아니라고 했습니다. 그래서 두 번째 조사 통지서에 적힌 조사 사유가 어느 예외에 해당한다는 것인지부터 확인해야 합니다.

첫 조사가 부분조사였다면 결론이 달라지나요?

달라질 수 있습니다. 판결 뒤 현행법은 경정청구 처리, 거래상대방 조사 중 일부 거래 확인, 구체적인 탈세 제보 등 정해진 사유가 있으면 필요한 부분에 한정한 부분조사를 할 수 있게 했습니다. 부분조사를 한 뒤 그 조사에 포함되지 않은 부분을 조사하는 것은 재조사 금지의 예외입니다.

다만 일부 사유로 한 부분조사는 같은 세목·같은 과세기간에 2회를 넘을 수 없습니다. 첫 조사가 법정 부분조사였는지, 통지서에 부분조사로 표시되었는지, 횟수 제한을 넘지 않았는지를 서류로 확인해야 이 판결을 그대로 주장할 수 있는지 알 수 있습니다.

같은 판결에서 신주 고가 인수는 어떻게 판단했나요?

주주인 법인이 특수관계 법인의 신주를 시가보다 비싸게 인수했다는 것만으로는 부당행위계산부인을 할 수 없다고 보았습니다. 사안의 회사는 특수관계 회사의 유상증자에 참여해 시가가 0원이나 24원이던 신주를 1주당 5,000원에 인수했고, 세무서는 이를 자산 고가매입으로 보았습니다. 대법원은 자본거래로 인한 순자산 증감을 익금·손금에 넣지 않는 법인세법 체계를 들어 이 주장을 받아들이지 않았습니다.

다만 그 인수대금으로 특수관계 회사가 빚을 갚아 다른 특수관계인의 보증채무가 소멸한 일련의 행위는 그 특수관계인에게 이익을 분여한 것으로 본 원심 결론을 유지했습니다. 거래 하나가 아니라 전체 구조가 문제 될 수 있다는 뜻입니다.

같은 과세기간 재조사 대응 순서

• 첫 조사 범위 확인 - 첫 조사의 사전통지서에서 세목, 조사대상 기간, 부분조사 여부를 확인합니다.
• 두 번째 조사 사유 대조 - 새 통지서의 조사 사유가 법정 예외 중 어디에 해당하는지 따져 봅니다.
• 조사 중 의견 제출 - 재조사라고 판단되면 조사 중에 서면으로 이의를 밝혀 둡니다.
• 과세전적부심사 - 과세예고 통지를 받은 날부터 30일 안에 재조사 위법을 주장합니다.
• 불복 기한 관리 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 제기합니다.

부분조사의 횟수 제한은 「특정 항목만 부분조사를 받았는데, 같은 해 다른 항목을 또 조사받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 첫 조사의 범위와 부분조사 여부, 두 번째 조사의 사유에 따라 과세처분의 효력이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 대응과 과세전적부심사, 조세 불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무서가 첫 조사에서 보지 않은 항목이라고 하면 재조사가 아닌가요?
  아닙니다. 대법원은 같은 세목·같은 과세기간이면 첫 조사와 다른 항목만 조사해도 재조사에 해당한다고 보았습니다. 다만 법정 예외 사유가 있는지는 따로 봅니다.
• 재조사로 얻은 자료가 맞는 내용이어도 과세가 취소되나요?
  대법원은 위법한 재조사에 기초한 과세처분은 더 볼 필요 없이 위법하다고 보았습니다. 실제 탈루가 있었는지와 별개로 절차 위법만으로 처분을 다툴 수 있습니다.
• 다른 과세기간을 조사하는 것도 재조사인가요?
  재조사 금지는 같은 세목·같은 과세기간을 대상으로 합니다. 과세기간이 다르면 원칙적으로 재조사가 아니지만, 조사 통지서의 과세대상 기간이 겹치는지는 확인해야 합니다.
• 세무조사 중에 재조사라고 이의를 제기할 수 있나요?
  조사 중에도 서면으로 재조사에 해당한다는 의견을 밝혀 둘 수 있습니다. 조사 결과에 따라 과세예고 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사로 다툴 수 있습니다.
• 조사 통지서의 조사대상 기간과 과세대상 기간이 다르면 어느 쪽으로 보나요?
  판결 사안의 첫 조사는 조사대상 기간이 1996~1998년, 과세대상 기간이 1996~2000년으로 적혀 있었고, 대법원은 2000 사업연도 법인세를 이미 조사한 것으로 보았습니다. 두 기간을 모두 대조해야 합니다.

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