주식·명의신탁

이월결손금이 있는 회사 주식을 평가할 때 순손익액에서 법인세는 얼마를 빼나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

비상장주식 순손익액을 계산할 때 빼는 법인세액은 실제 낸 세금이 아니라 이월결손금을 공제하기 전 소득에 세율을 적용한 금액입니다. 이를 실제 세액으로 계산해 가족 간 거래가격을 정하면 고가양도 증여세가 나올 수 있습니다. 대법원 2019두56838 판결로 정리했습니다.

이월결손금을 공제하기 전 소득을 기준으로 계산한 법인세액을 뺍니다. 결손금 덕분에 실제로 낸 세금이 적더라도, 순손익액 계산에서는 결손금이 없었다면 냈을 법인세를 빼는 것입니다. 그만큼 순손익가치와 1주당 평가액이 낮아집니다.

이런 상담이 많습니다

A씨 형제는 아버지가 세운 비상장 제조업체 주식을 가지고 있었습니다. 회사는 몇 년 전 큰 적자를 낸 뒤 흑자로 돌아섰지만, 이월결손금 공제로 최근 몇 년 법인세를 거의 내지 않았습니다. 2025. 3. 형제는 회사 주식을 아버지에게 넘기면서 세무 대리인이 보충적 평가방법으로 계산한 가격을 받고 양도소득세를 신고했습니다. 2026. 8. 세무서는 실제 낸 법인세를 뺀 계산이 잘못되었다며 시가가 더 낮다고 보고, 형제에게 고가양도에 따른 증여세를 예고했습니다. 형제는 실제 낸 세금을 빼는 것이 왜 틀렸는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

비상장주식은 어떤 방식으로 평가하나요?

시가를 산정하기 어려우면 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균합니다. 부동산 과다 보유 법인은 2와 3입니다. 가중평균액이 순자산가치의 80%보다 낮으면 순자산가치의 80%로 합니다.

순손익가치는 최근 3년간 1주당 순손익액을 3, 2, 1의 가중치로 평균한 금액을 정해진 이자율로 나눈 값입니다. 순손익액은 법인세법상 각 사업연도 소득에 익금불산입 금액 등을 더하고, 법인세액과 손금불산입 금액 등을 빼서 구합니다. 세법상 소득을 실제 이익에 가깝게 고쳐 주식가치를 정확히 파악하려는 취지입니다.

대법원은 어떻게 판단했나요?

원고들은 2013. 5. 8. 부친에게 비상장법인 주식 161,000주를 1주당 557,137원에 넘겼습니다. 이 가격은 순손익액에서 뺄 법인세액을 이월결손금을 공제한 뒤의 소득으로 계산해 나온 것이었습니다. 국세청은 공제 전 소득으로 계산해야 한다며 1주당 시가를 534,459원으로 보았고, 세무서는 시가보다 높게 팔아 이익을 얻었다며 원고들에게 증여세를 고지했습니다.

원심은 순손익가치의 의미와 이월결손금 제도의 취지를 들어 ‘당해 사업연도의 법인세액’은 이월결손금을 공제하기 전 소득에 세율을 적용한 법인세액으로 해석해야 한다고 보았습니다. 대법원은 순손익액 조정 규정이 “평가기준일 현재의 주식가치를 보다 정확히 파악하기 위한 것”이라는 종전 법리를 확인하고, 원심 판단이 정당하다며 상고를 기각했습니다.

가족에게 비싸게 넘기면 왜 증여세가 나오나요?

특수관계인에게 시가보다 높은 가액으로 팔고 그 차액이 기준금액 이상이면, 판 사람이 이익을 얻은 것으로 보아 증여세를 매깁니다. 기준금액은 시가의 30%와 3억원 중 적은 금액이고, 차액에서 기준금액을 뺀 금액이 증여재산가액입니다.

이 사건 1주당 차액은 22,678원이고, 161,000주 전체로는 약 36억 5천만원입니다. 시가 30%보다 3억원이 적으므로, 단순 계산하면 3억원을 뺀 약 33억 5천만원이 원고들의 증여재산가액 합계가 됩니다. 반대로 순손익액을 낮게 잡아야 할 회사 주식을 상속·증여할 때는 이 해석이 평가액을 줄여 주는 방향으로 작용합니다. 현행 시행령도 ‘해당 사업연도의 법인세액’이라는 같은 표현을 쓰고 있어 같은 해석이 적용된다고 볼 수 있습니다.

이미 높게 평가해 신고했다면 바로잡을 수 있나요?

상속이나 증여를 받으면서 실제 낸 법인세를 빼는 방식으로 평가해 세금을 더 냈다면, 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 공제 전 소득 기준으로 다시 계산한 평가액이 신고액보다 낮다면 그 차이에 해당하는 세액을 돌려 달라고 청구하는 방식입니다.

경정청구를 받은 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 하고, 거부되거나 2개월 안에 통지가 없으면 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다. 다만 평가액을 낮추는 계산이 다른 항목의 조정과 맞물려 오히려 세액이 늘어나는 경우도 있으므로, 최근 3년 세무조정 전체를 함께 다시 보아야 합니다.

비상장주식 순손익액 평가 대응 순서

• 최근 3년 세무조정 확인 - 각 사업연도 소득과 이월결손금 공제액을 연도별로 정리합니다.
• 법인세액 재계산 - 이월결손금 공제 전 소득에 세율을 적용한 법인세액으로 순손익액을 다시 구합니다.
• 평가액 비교 - 다시 계산한 1주당 가액과 실제 거래가격의 차이를 봅니다.
• 기준금액 검토 - 차액이 시가 30%와 3억원 중 적은 금액 이상인지 확인합니다.
• 불복·경정 기한 관리 - 고지 뒤 90일, 신고 뒤 5년 기한을 지킵니다.

평가액 자체를 다투는 다른 방법은 「비상장주식을 증여했는데 세무서가 평가액을 훨씬 높게 잡았습니다. 다툴 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 최근 3년간 이월결손금 공제액과 거래 당사자의 관계, 실제 거래가격에 따라 증여세 여부와 평가액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 비상장주식 평가와 증여세 불복, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이 해석은 상속이나 증여받을 때 유리한가요, 불리한가요?
  이월결손금이 있는 회사라면 대체로 유리합니다. 더 큰 법인세액을 빼므로 순손익액과 평가액이 낮아집니다. 다만 가족 간 거래가격을 실제 세액 기준 평가액으로 정했다면 고가양도 문제가 생길 수 있습니다.
• 가족에게 주식을 싸게 사면 누구에게 증여세가 나오나요?
  특수관계인에게서 시가보다 낮게 사고 그 차액이 시가 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이면 산 사람에게 증여세가 나옵니다. 판 사람에게는 양도소득세 부당행위계산이 함께 문제 될 수 있습니다.
• 최근 3년 순손익액은 어떻게 평균하나요?
  평가기준일 이전 1년이 되는 사업연도 1주당 순손익액에 3, 2년 전에 2, 3년 전에 1을 곱해 더한 뒤 6으로 나눕니다. 그 값이 음수이면 영으로 봅니다.
• 이월결손금은 매년 얼마까지 공제받을 수 있나요?
  각 사업연도 개시일 전 15년 이내 발생한 결손금을 공제하되, 각 사업연도 소득의 100분의 80이 한도입니다. 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등은 소득의 100분의 100까지 공제합니다.
• 일시적인 이익 때문에 순손익액이 크게 나오면 어떻게 하나요?
  일시적이고 우발적인 사건으로 최근 3년 순손익액이 늘어난 경우 등 요건을 갖추면, 둘 이상의 신용평가전문기관·회계법인·세무법인이 산출한 1주당 추정이익 평균으로 평가할 수 있습니다. 신고기한까지 신고해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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