주식·명의신탁

처분이익이 대부분인 비상장 회사, 3년 이익으로 주식값을 매기나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

유가증권 처분손익 등이 법인세 차감전 손익의 50%를 넘는 비상장 회사는 원칙적으로 최근 3년 순손익 가중평균액으로 주식값과 영업권을 평가할 수 없습니다. 대법원 2026두30964 판결의 기준, 대체 평가방법과 증명책임, 불복 기한을 정리했습니다.

아니요, 유가증권 처분이익 등의 비중이 50%를 넘는 회사라면 원칙적으로 최근 3년 순손익으로 주식값을 매길 수 없습니다. 대법원은 시행규칙이 정한 사유가 있으면 그 이익이 일시적·우발적인지 따로 따질 필요가 없다고 했습니다. 과거 3년 이익을 그대로 쓰려면 그 이익이 앞으로도 계속된다는 특별한 사정을 그 방식을 주장하는 쪽이 증명해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 상장주식을 사고팔아 수익을 내던 투자회사의 지분 전부를 갖고 있었는데, 그 회사는 최근 몇 년 주식을 계속 팔아 처분이익만 남은 상태였습니다. A사는 2023. 5. 이 지분을 대표의 사위에게 취득가 그대로 넘겼습니다. 2026. 6. 세무조사에서 조사팀은 최근 3년 순손익으로 영업권을 계산해 1주당 가치를 수십 배로 올리고, 저가양도라며 차액을 익금에 넣겠다고 통지했습니다. A사 대표는 처분이익이 대부분인 회사를 이렇게 평가해도 되는지, 지금 무엇을 해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 영업권 평가를 어떻게 판단했나요?

과세관청의 평가 방식이 잘못이라고 본 원심을 유지하고 세무서의 상고를 기각했습니다. 원고는 2016년 비상장 투자회사 주식 전부를 500만 원에 사서 2019년 최대주주의 며느리에게 같은 값에 팔았습니다. 과세관청은 최근 3년 순손익으로 영업권을 더해 1주당 48,400원으로 평가하고 9억 6,300만 원을 익금에 넣으며 소득금액변동통지를 했습니다. 대법원은 시행규칙 제17조의3 제1항 각 호의 사유가 있으면 특별한 사정이 없는 한 최근 3년 순손익 가중평균액을 쓸 수 없고, 이 법리는 영업권 평가에도 같다고 했습니다. 예외인 특별한 사정은 “제1항 가액이 과거의 실적을 바탕으로 한 것임에도 여전히 미래의 기대수익을 적정하게 반영한다고 볼 수 있는지를 중심으로” 판단한다고 했습니다. 이 회사는 유가증권 처분손익 등이 법인세 차감전 손익의 50%를 넘었고, 채권추심업을 그만두고 남은 상장주식만 정리하다 폐업·청산되었습니다.

'일시적이고 우발적인 사건'인지 따로 따져야 하나요?

아니요, 시행규칙에 적힌 사유의 요건만 충족하면 충분합니다. 시행령 제56조 제2항 제1호의 '일시적이고 우발적인 사건으로 순손익액이 증가하는 등'이라는 문구는 위임할 사유의 성격을 예로 든 것이라고 보았습니다. 따라서 제6호처럼 유가증권·유형자산 처분손익과 자산수증이익 등의 3년 가중평균액이 법인세 차감전 손익 3년 가중평균액의 50%를 넘는다는 숫자 요건만 보면 됩니다. 과세관청이 처분이익은 이 회사의 본업이라 우발적이지 않다고 주장해도 그것만으로 결론이 바뀌지 않습니다. 판결이 적용한 구 시행령·시행규칙 조항은 현행 제56조 제2항 제1호와 제17조의3 제1항 제6호로 같은 내용이 유지되고 있습니다.

3년 순손익을 못 쓰면 주식은 어떻게 평가하나요?

상증세법이 정한 보충적 평가방법 가운데 객관적이고 합리적인 방법을 준용해 평가합니다. 원래 예외는 회계법인 등 두 곳 이상이 산출한 추정이익을 신고기한까지 내는 방식인데, 대법원은 이 추정이익이 없거나 요건을 못 갖춘 경우에도 3년 순손익 가중평균액으로 돌아갈 수는 없다고 했습니다. 이때 순자산가치만으로 평가하는 방법 등을 준용할 수 있다고 했습니다. 다만 3년 순손익이 미래 기대수익을 적정하게 반영한다는 특별한 사정이 있으면 예외이고, 그 증명은 그 방식을 주장하는 쪽이 합니다. 특수관계 거래의 세무조사 흐름은 「회사가 가진 비상장주식을 대표 아들에게 싸게 팔면 법인세 부분조사를 받나요?」에서 자세히 설명했습니다.

저가양도로 보면 어떤 세금이 함께 나오나요?

판 회사에는 법인세, 산 사람에게는 소득처분에 따른 세금이 함께 따라옵니다. 특수관계인에게 시가보다 낮게 팔면 과세관청은 부당행위계산 부인 규정에 따라 시가와 거래가의 차액을 회사 익금에 넣습니다. 이 사건에서도 차액 9억 6,300만 원을 익금에 넣어 법인세를 경정하고, 산 사람을 소득자로 하는 소득금액변동통지를 했습니다. 비상장주식의 시가가 불분명하면 상증세법 평가방법을 준용하므로, 평가가 잘못되면 익금 산입액과 소득처분 금액이 한꺼번에 흔들립니다. 그래서 평가 방식을 다투는 것이 세금 전체를 다투는 출발점이 됩니다. 산 사람 쪽 세금도 같은 평가액을 전제로 하므로 함께 검토해야 합니다.

비상장주식 평가 다툼 대응 순서

• 사유 해당 계산 - 최근 3년 재무제표로 처분손익 등과 법인세 차감전 손익의 가중평균액을 직접 계산합니다.
• 미래 수익 자료 정리 - 사업 중단, 자산 정리, 폐업 계획 등 과거 이익이 이어지지 않는다는 자료를 모읍니다.
• 대체 평가액 산정 - 순자산가치 방식 등 보충적 평가방법으로 다시 계산한 주식가액을 준비합니다.
• 결과 통지 단계 대응 - 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.
• 불복 - 고지나 소득금액변동통지를 받으면 90일 안에 심사청구나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 처분손익 비율이 50%를 넘는지와 평가 당시 회사가 과거와 같은 수익을 낼 사업 구조를 유지하고 있었는지에 따라 평가액과 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 비상장주식 평가 분쟁의 과세전적부심사와 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이 기준은 증여세나 상속세 평가에도 적용되나요?
  적용된다고 볼 수 있습니다. 판결이 해석한 조항은 상속·증여재산 평가의 보충적 평가방법이고, 법인세 부당행위계산의 시가도 이 조항을 준용해 계산합니다.
• 회사가 가진 상장주식은 어떤 값으로 반영되나요?
  법인세 부당행위계산의 시가를 계산할 때는 비상장 회사가 가진 상장주식을 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 평가합니다. 상속·증여세 평가는 평가기준일 전후 2개월 평균액이 원칙입니다.
• 회계법인에서 추정이익을 받아 두면 그 값으로 평가하나요?
  둘 이상의 기관이 산출한 추정이익을 신고기한까지 신고하는 등 시행령 요건을 모두 갖추면 그 값으로 할 수 있습니다. 요건을 못 갖추었더라도 3년 순손익 가중평균액으로 돌아가는 것은 아니라는 것이 대법원 판단입니다.
• 자산 대부분이 주식인 회사는 순자산가치로만 평가하나요?
  자산총액 중 주식등의 비율이 80% 이상인 법인은 순손익가치와 섞은 평가액이 순자산가치보다 낮을 때 순자산가치로 평가합니다. 비율 계산 시점과 자산 범위를 확인해야 합니다.
• 세무서 평가가 틀렸다면 소득금액변동통지도 함께 다투나요?
  저가양도 금액이 줄면 소득처분 금액도 달라지므로 함께 다투는 것이 일반적입니다. 법인세 고지와 소득금액변동통지는 각각 받은 날부터 90일 안에 불복해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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