불복·환급

통고처분을 받으면 조사 결과 전부를 과세전적부심사 없이 고지하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

통고처분이나 고발 대상 범칙행위와 관련 없는 세액까지 과세전적부심사 없이 고지할 수는 없습니다. 대법원 2022두45968 판결이 예외 범위를 범칙행위와 동일성이 있는 부분으로 한정한 이유와 현행법 단서, 조기 고지를 받았을 때의 대응을 정리했습니다.

아니요, 통고처분이나 고발의 대상이 된 범칙행위와 관련 없는 부분까지 과세전적부심사 없이 고지할 수는 없습니다. 대법원은 예외가 적용되는 범위를 과세단위 전체가 아니라 통고처분된 범칙행위와 동일성이 있는 부분으로 한정했습니다. 통고처분을 받았다는 이유만으로 나머지 조사 결과에 대한 사전 다툼을 포기하실 필요는 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 정기 세무조사를 받던 중 매출 누락 혐의로 조사가 범칙조사로 바뀌었습니다. 2026. 5. 조사가 끝나고 A사는 매출 누락분과 함께 접대비 한도 초과, 감가상각비 과다 계상까지 담긴 세무조사 결과 통지서를 받았습니다. 2026. 6. 매출 누락 부분에 대해서만 벌금상당액 통고처분이 나왔는데, 세무서는 통지 후 30일이 지나기 전에 그 사업연도 법인세 전체를 고지했습니다. A사 대표는 감가상각비 부분은 다툴 생각이었는데 과세전적부심사 기회도 없이 고지된 것이 맞는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 통고처분과 과세전적부심사의 관계를 어떻게 판단했나요?

통고처분 대상과 관련 없는 부분까지 예외로 본 원심을 파기했습니다. 지방국세청은 2016. 4. 21. 설비공사업 법인의 법인제세 통합조사를 시작했다가 조세포탈 혐의가 있다며 범칙조사로 전환했습니다. 2016. 9. 13. 가공 공사원가, 해외공사 수입 누락, 유가증권 손상차손 손금 산입 등을 이유로 세무조사 결과를 통지했습니다. 2016. 9. 26. 가공원가와 수입 누락 등에 대해 통고처분을 했고, 세무서는 통지일부터 30일이 지나기 전인 2016. 10. 4. 법인세를 고지했습니다.

원심은 통고처분이 있었으니 결과 통지 내용 전체가 예외라고 보아 과세전적부심사 없이 곧바로 고지해도 된다고 판단했습니다. 결과 통지에는 통고처분 대상이 아닌 손상차손 손금 산입 같은 항목도 있었습니다. 대법원은 “세무조사결과통지의 내용 중 고발 또는 통고처분의 대상이 된 조세범칙행위와 동일성이 인정되지 않는 부분에 대해서는 이 사건 예외조항에 따른 과세전적부심사의 예외사유가 존재하지 않는다고 봄이 타당하다.”라고 했습니다. 사건은 서울고등법원으로 돌아가 다시 심리합니다.

왜 과세단위 전체를 예외로 볼 수 없나요?

통고처분과 고발의 효력이 그 대상 범칙행위와 동일성이 있는 범위에만 미치기 때문입니다. 벌금상당액도 해당 범칙행위의 포탈세액을 기준으로 정해집니다. 따라서 통고처분 대상이 아닌 항목까지 '고발 또는 통고처분하는 경우'라고 볼 수 없다는 것이 대법원 판단입니다.

과세전적부심사는 통지 내용 중 일부에 대해서만 청구할 수도 있습니다. 조기 결정 신청 규정도 이를 전제로 합니다. 대법원은 통고처분 대상이 아닌 부분만 따로 심사하는 것도 충분히 가능하다고 했습니다. 또 2010년 개정으로 예외 사유가 '범칙사건을 조사하는 경우'에서 '고발 또는 통고처분하는 경우'로 좁혀진 취지도 들었습니다. 현행 국세기본법 제81조의15 제3항 제2호 단서는 고발이나 통고처분과 관련 없는 세목 또는 세액에는 예외를 적용하지 않는다고 명시해 같은 결론을 법률에 담았습니다.

과세전적부심사 기회 없이 나온 고지는 어떻게 되나요?

판례는 예외 사유 없이 과세전적부심사 청구나 결정 전에 한 과세처분을 절차상 하자가 중대·명백해 무효로 봅니다. 이 판결도 그 법리를 전제로 했습니다. 따라서 통고처분 대상이 아닌 항목에 대한 세액이 30일 안에 고지되었다면 그 부분 처분의 효력을 다툴 수 있습니다.

다만 절차 위법으로 처분이 취소되거나 무효가 되더라도 세무서는 절차를 다시 밟아 재처분할 수 있습니다. 제척기간이 남아 있다면 실체 쟁점도 함께 준비해 두어야 합니다. 반대로 다툴 생각이 없는 항목은 과세전적부심사 대신 조기 결정을 신청해 먼저 고지받을 수 있습니다. 이렇게 항목을 나누어 두면 다툴 부분의 쟁점이 분명해지고, 다투지 않는 세액에 붙는 납부지연 부담도 줄일 수 있습니다. 결과 통지서를 받은 직후에 항목별로 다툴지 여부를 정해 두는 것이 좋습니다. 이 문제는 「과세전적부심사 기회 없이 나온 세금이 취소되면 다시 부과할 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

통고처분 뒤 세금 고지 대응 순서

• 통지서와 통고서 대조 - 세무조사 결과 통지 항목과 통고서에 적힌 범칙행위를 항목별로 맞춰 봅니다.
• 관련 없는 항목 추리기 - 통고처분 대상과 동일성이 없는 세목·세액을 따로 정리합니다.
• 30일 안 과세전적부심사 - 고지 전이면 그 항목에 대해 과세전적부심사를 청구합니다.
• 조기 고지 시 불복 - 30일 안에 고지되었다면 90일 안에 심사청구나 심판청구로 절차 위법과 실체 쟁점을 함께 주장합니다.
• 통고처분 이행 여부 결정 - 벌금상당액을 낼지, 다툴지는 형사 절차와 함께 따로 판단합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 고지된 세액 중 어느 부분이 통고처분 대상 범칙행위와 동일성이 있는지, 고지가 통지 후 30일 안에 나왔는지에 따라 처분의 효력이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사·범칙조사 대응과 과세전적부심사, 조세 불복과 조세 형사 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 범칙조사로 바뀌면 과세전적부심사를 아예 청구할 수 없나요?
  아닙니다. 예외는 고발이나 통고처분을 하는 경우이고, 그 대상과 관련 없는 세목·세액에는 적용되지 않습니다. 범칙조사 뒤 무혐의로 끝난 부분도 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.
• 세무조사 결과 통지 중 일부 항목만 과세전적부심사를 청구해도 되나요?
  네, 통지 내용 중 다투려는 항목만 골라 청구할 수 있습니다. 나머지 항목은 조기 결정을 신청해 먼저 고지받는 방법도 있습니다.
• 통고처분 벌금상당액을 내면 세금도 다툴 수 없게 되나요?
  아닙니다. 통고처분을 이행하면 같은 사건으로 다시 범칙조사나 처벌을 받지 않는 효과가 생길 뿐, 부과된 세금에 대한 불복은 별도 절차로 할 수 있습니다.
• 과세전적부심사 결정은 언제 나오고, 그동안 고지가 미뤄지나요?
  청구를 받은 날부터 30일 안에 결과를 통지해야 하고, 세무서는 그 청구 부분의 결정이 있을 때까지 과세를 유보해야 합니다. 예외 사유에 해당하면 유보하지 않을 수 있습니다.
• 고발된 범칙행위와 동일성이 있는지는 무엇으로 판단하나요?
  통고서나 고발장에 적힌 범칙행위와 사업연도, 세목, 거래 내용이 같은 사실관계인지를 봅니다. 통지서의 조사 항목별 결과와 통고서 기재를 대조해 판단하는 것이 출발점입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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