감면·공제

산업단지 땅을 늦게 넘겨받았는데 취득세 감면 추징 3년은 언제부터 세나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

산업단지에서 감면받은 취득세의 추징 유예기간 3년은 토지를 실제 쓸 수 있게 된 날이 아니라 취득일부터 셉니다. 늦게 쓸 수 있게 된 사정은 정당한 사유로 따로 따집니다. 대법원 2022두47063 판결과 현행 감면·추징 요건, 신고 기한을 정리했습니다.

산업단지에서 감면받은 취득세의 추징 유예기간 3년은 취득일, 즉 보통 잔금을 치른 날부터 셉니다. 대법원은 토지를 실제로 쓸 수 있게 된 날부터 다시 세면 안 된다고 보았습니다. 늦게 넘겨받은 사정은 기산일을 바꾸는 사유가 아니라 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지에서 따집니다. 그 사유가 3년 내내 이어졌는지를 증명하는 것이 핵심이므로, 사용가능일 이후의 사정도 함께 정리해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 2022. 4. 8. 산업단지 내 공장용지 잔금을 치르고 취득세를 감면받았습니다. 그런데 조성공사가 늦어져 분양계약에서 정한 토지사용가능일은 2023. 6. 30.이었고, 공장 착공도 그 뒤로 미뤄졌습니다. 공장 사용승인은 2025. 9. 받을 수 있었지만, 시청은 2026. 4. 취득일부터 3년이 지나도록 직접 사용하지 않았다며 감면세액을 추징하겠다고 했습니다. B사 대표는 사용가능일부터 3년을 세면 기한 안인데 왜 추징되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 유예기간 기산일을 어떻게 판단했나요?

취득일부터 세야 한다고 보고 원심을 파기했습니다. 원고는 2015. 3. 18. 산업단지 토지 대금을 완납해 취득세를 경감받았고, 2019. 5. 16. 공장 사용승인을 받았습니다. 시청이 3년 안에 직접 사용하지 않았다며 감면분 반환 경정청구를 거부하자, 원심은 토지를 쓸 수 있었던 2016. 6. 30.부터 3년 안에 사용했으니 처분이 위법하다고 했습니다.

대법원은 “사업시행자 외의 자가 산업단지 등에서 취득하여 취득세를 감면받은 부동산을 정당한 사유 없이 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않았는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 취득일을 기준으로 기산하여 판단하여야 한다.”라고 판시했습니다. 2016. 6. 30. 전에는 정당한 사유가 있었다고 보더라도, 그 뒤 유예기간이 끝난 2018. 3. 18.까지 사용하지 않은 데에도 정당한 사유가 있는지 심리했어야 한다는 것입니다. 사건은 부산고등법원으로 돌아갔습니다.

현행 법에서는 감면과 추징 요건이 어떻게 되나요?

사업시행자가 아닌 기업이 산업단지 등에서 산업용 건축물을 짓기 위해 취득한 토지와 새로 짓거나 늘린 산업용 건축물은 2028. 12. 31.까지 취득세를 경감받습니다. 경감률은 수도권 100분의 35, 수도권 밖 100분의 50, 인구감소지역 100분의 75이고 조례로 추가 경감할 수 있습니다. 정당한 사유 없이 취득일부터 3년이 지날 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않으면 감면분을 추징하며, 2019. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지 취득한 경우에는 4년입니다. 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 팔거나 증여하거나 다른 용도로 쓰는 경우에도 추징합니다. 판결이 적용한 옛 조항과 조문 위치는 달라졌지만 '취득일부터 3년'이라는 기산 구조는 같습니다.

늦게 넘겨받은 사정은 어떻게 주장해야 하나요?

정당한 사유로 주장하되, 유예기간 전체에 걸쳐 증명해야 합니다. 이 판결에서 원심은 토지사용가능일이 계약에 적혀 있었고 원고가 그 전에 사용할 수 없었다는 점을 인정했습니다. 대법원은 그 사정을 정당한 사유로 볼 여지를 남겼지만, 사용가능일 이후 남은 기간에 착공하지 못한 이유는 따로 밝혀야 한다고 했습니다. 따라서 조성공사 지연 공문, 사용가능일 통지, 건축허가 신청과 보완 요구, 착공 이후 공정 기록을 날짜순으로 갖추는 것이 좋습니다. 자금 사정이나 사업 계획 변경처럼 기업 내부 사정만으로는 다투기 어려울 수 있습니다. 감면 추징 일반은 「취득세 감면을 잘못 받아 추징되면 과소신고가산세도 내야 하나요?」에서 자세히 설명했습니다.

추징세액을 이미 스스로 냈다면 돌려받을 수 있나요?

경정청구로 다툴 수 있습니다. 판결 사안의 원고도 공장 사용승인 뒤 감면분을 스스로 신고하고 시청이 고지한 가산세까지 낸 다음, 감면분을 돌려 달라는 경정청구를 했습니다. 시청이 이를 거부하자 그 거부처분을 다툰 것입니다. 신고한 세액이 신고해야 할 세액보다 많다고 보면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 시청이 2개월 안에 답하지 않으면 그다음 날부터 이의신청이나 심판청구를 할 수 있습니다. 납부했다는 사실만으로 추징 사유를 인정한 것으로 보지는 않으므로, 기한 안에 정당한 사유 자료를 갖추어 청구하면 됩니다.

산업단지 취득세 감면 추징 대응 순서

• 기산일 확정 - 잔금일 등 취득일과 유예기간 만료일을 계산합니다.
• 사용 시점 정리 - 착공일, 사용승인일, 실제 가동일을 자료로 맞춥니다.
• 정당한 사유 자료 - 조성공사 지연, 허가 지연 등 외부 사정을 기간별로 모읍니다.
• 신고 또는 의견 제출 - 추징 사유가 생기면 60일 안에 신고하고, 다툴 부분은 사전에 의견을 냅니다.
• 불복과 경정청구 - 추징 고지는 90일 안에 불복하고, 이미 냈다면 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 취득일부터 유예기간 만료일까지 직접 사용하지 못한 이유가 기간 전체에 걸쳐 외부 사정이었는지에 따라 추징 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 지방세 감면 추징 대응과 이의신청·심판청구, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공장 건물을 짓는 중이면 직접 사용한 것으로 보나요?
  법문은 해당 용도로 직접 사용하는 것을 요구하므로 착공만으로 직접 사용이라고 단정하기 어렵습니다. 공사 중이라면 완공이 늦어진 정당한 사유를 함께 준비하는 것이 안전합니다.
• 2020년에 취득한 산업단지 토지도 3년이 기준인가요?
  2019. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지 취득한 경우에는 유예기간이 4년입니다. 취득 시기에 따라 기간이 다르니 잔금일을 먼저 확인하십시오.
• 공장을 짓고 1년 만에 팔면 추징되나요?
  해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 쓰면 추징 대상입니다. 산업단지관리기관이 환매하는 경우는 제외됩니다.
• 추징 사유가 생기면 스스로 신고해야 하나요?
  네, 사유 발생일부터 60일 안에 감면받은 세액을 신고·납부해야 합니다. 신고하지 않으면 가산세가 붙을 수 있으니 다툴 생각이 있어도 기한을 먼저 확인하십시오.
• 추징세액을 이미 냈다면 돌려받을 길이 있나요?
  법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 거부 통지를 받으면 그날부터 90일 안에 이의신청이나 조세심판원 심판청구로 다툽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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