부가가치세

외국 본사 부품을 대신 수입신고하고 낸 부가세, 매입세액 공제되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

외국 본사 부품을 무상으로 들여오며 국내 관계회사가 수입신고 명의만 맡았다면 그 수입부가세는 매입세액으로 공제되지 않습니다. 대법원 2026두30644 판결의 사업 관련성 판단과 수입자 기준, 지원 계약 점검과 불복 기한을 정리했습니다.

아니요, 수입의 손익이 외국 본사에 돌아가고 국내 회사는 수입신고 명의만 맡았다면 그 수입부가세는 매입세액으로 공제되지 않습니다. 대법원은 이런 수입이 국내 회사의 사업과 관련이 없고, 그 회사를 수입자로 적은 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 보았습니다. 세관에 직접 세금을 냈다는 사실만으로 공제를 기대해서는 안 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 해외 장비 제조사의 국내 관계회사로, 본사가 국내 고객에게 판 장비의 설치와 하자 보수를 맡고 있습니다. 하자 보수에 필요한 교체 부품은 본사가 무상으로 보내고, A사가 수입신고인이 되어 수입부가세를 내고 수입세금계산서를 받아 공제해 왔습니다. 2026. 7. 세무조사에서 조사팀은 이 부품의 실제 수입자는 본사라며 최근 5년간 공제받은 매입세액 약 20억 원을 추징하겠다고 통지했습니다. A사 재무담당자는 직접 낸 세금인데 왜 공제가 안 되는지, 다툴 여지가 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 무상 반입 부품의 수입부가세를 어떻게 판단했나요?

국내 관계회사의 매입세액 공제를 부인한 처분이 옳다고 보고 상고를 기각했습니다. 외국 판매회사는 미국에서 생산된 반도체 제조장비를 국내 반도체 회사들에 팔았고, 원고는 그 국내 관계회사로서 판매지원, 설치, 하자 보증 서비스를 맡았습니다. 누락되거나 잘못 장착된 부품을 무상으로 들여올 때 원고가 수입신고인이 되어 수입부가세를 내고 매입세액으로 공제받았습니다. 세무서는 2016년 제1기부터 2020년 제2기까지 약 153억 원(가산세 포함)을 경정·고지했습니다. 대법원은 부품 거래의 당사자는 판매회사와 국내 고객이고, 원고는 판매회사의 채무 이행을 보조하는 지위에 있을 뿐이라고 본 원심을 유지했습니다.

자기 사업을 위한 수입인지는 무엇으로 판단하나요?

지출의 목적과 경위, 사업 내용을 보고 그 수입이 자기 사업 수행에 필요한 것이었는지 개별적으로 판단합니다. 매입세액은 자기 사업을 위해 쓰려고 수입한 재화의 부가가치세여야 공제됩니다. 이 사건에서는 부품을 고객에게 인도할 의무가 판매회사에 있었고, 부품 대금은 장비 대금에 포함되어 고객이 판매회사에 직접 냈습니다. 원고는 관세 등 비용을 먼저 내고 판매회사에 청구해 돌려받았고, 계약상 운송·관세·부가가치세 책임은 판매회사가 졌습니다. 원고의 수수료는 부품 수입과 관계없이 미리 정해져 있어, 부품 수입세액이 원고의 매출세액으로 전가된다고 보기도 어렵다고 했습니다.

수입신고 명의만 있으면 수입세금계산서가 문제 되나요?

네, 수입의 효과가 실제로 귀속되지 않는 명의인을 수입자로 적은 수입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 됩니다. 세관장은 수입하는 자에게 수입세금계산서를 발급해야 하는데, 대법원은 여기서 '수입자'를 수입의 효과가 실질적으로 귀속되는 자로 보았습니다. 그래서 “단지 형식상의 수입신고 명의인에 불과할 뿐 그 수입의 효과가 실질적으로 귀속되지 아니하는 자를 수입자로 하여 발급받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다”는 법리를 적용했습니다. 공급받는 자의 등록번호는 필요적 기재사항이어서 이 부분이 사실과 다르면 공제가 막힙니다. 명의와 실질이 다른 세금계산서 문제는 「계열사 명의로 세금계산서를 주고받으면 매입세액 공제를 받을 수 있나요?」에서 자세히 설명했습니다.

관계회사 지원 계약은 무엇을 점검해야 하나요?

국내 회사가 수입 부품에 대해 자기 계산과 책임을 지는 구조인지가 핵심입니다. 이 판결에서 불리하게 작용한 사정은 거래당사자가 본사와 고객이라는 점, 관세·부가가치세 책임을 본사가 진다는 계약 조항, 비용을 실비로 돌려받는 정산, 부품과 무관하게 고정된 수수료였습니다. 반대로 국내 회사가 부품을 자기 재고로 사들여 고객에게 공급하고 그 대가를 받는 구조라면 사업 관련성을 주장할 여지가 커진다고 볼 수 있습니다. 이전가격 보고서나 개별기업보고서에 '중개자'나 '창구'로 적힌 표현도 판단 자료로 쓰였으니 문서끼리 일치하는지 확인해야 합니다.

수입부가세 매입세액 공제 부인 대응 순서

• 계약서 대조 - 판매·서비스 계약에서 부품 인도 의무, 비용 부담, 세금 책임이 누구에게 있는지 확인합니다.
• 대금 흐름 정리 - 부품 대금을 누가 받고, 수입비용을 누가 최종 부담했는지 연도별로 정리합니다.
• 보고서 표현 확인 - 이전가격 보고서와 내부 문서에 국내 회사의 역할이 어떻게 적혀 있는지 봅니다.
• 결과 통지 대응 - 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 검토합니다.
• 불복과 구조 정비 - 고지 뒤 90일 안에 불복하고, 앞으로의 수입은 실제 수입자 명의로 바꿉니다.

여기까지는 일반 기준이고, 부품 수입의 손익이 국내 회사와 외국 본사 중 누구에게 실제로 돌아가는지, 계약상 세금 책임을 누가 지는지에 따라 매입세액 공제 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 수입부가세 매입세액 공제 부인과 사실과 다른 세금계산서 쟁점의 과세전적부심사와 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수입부가세를 우리 회사가 실제로 냈는데도 공제가 안 되나요?
  납부 사실만으로는 부족합니다. 그 수입이 자기 사업을 위한 것이고 수입의 효과가 자기에게 귀속되어야 공제됩니다. 비용을 본사에서 돌려받았다면 실질 부담자도 본사로 볼 수 있습니다.
• 무상으로 들여온 부품도 수입부가세를 내나요?
  무상 반입이어도 재화의 수입이면 수입부가세가 과세됩니다. 이 사건에서도 관세 과세가격과 제세를 합한 금액을 과세표준으로 신고·납부했고, 쟁점은 그 세액을 누가 공제받을 수 있는지였습니다.
• 수입세금계산서 명의를 본사로 바꿀 수 있나요?
  수입세금계산서는 세관장이 수입하는 자에게 발급하므로, 실제 수입자 명의로 수입신고를 해야 합니다. 국내 사업장이 없는 외국 본사라면 수입 구조와 신고 방식을 함께 검토해야 합니다.
• 세금계산서가 사실과 달라도 공제받는 예외는 없나요?
  필요적 기재사항이 사실과 다르면 원칙적으로 공제되지 않고, 시행령이 정한 예외에 해당해야 합니다. 예외 해당 여부는 거래 경위와 명의가 다르게 된 이유를 보고 판단합니다.
• 수수료가 부품 수입과 무관하게 정해져 있으면 왜 불리한가요?
  대법원은 고정 수수료라면 부품 수입세액이 국내 회사의 매출세액으로 전가된다고 보기 어렵다고 했습니다. 전단계세액공제 구조상 공제할 근거가 약해진다는 뜻입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

이 글과 관련해 지금 상황을 남겨 주세요. 다른 상황이어도 괜찮아요. 남겨 주시면 제가 먼저 읽어 볼게요!

• 채팅으로 끝까지전화 안 하셔도 돼요
• 사진 한 장이면 시작모르는 건 비워 두셔도 돼요
• 금액부터 알려 드려요보시고 맡길지 정하시면 돼요
• 10분 안에 답업무시간 기준 · 알림톡으로 알려요
• 변호사가 직접 읽어요맡을 수 있는 일인지 알려 드려요
• 결과는 문서로같은 채팅방에 문서로 와요

지금 상황을 적어 주세요

변호사에게 보내기

휴대폰 문자로 한 번만 확인할게요 · 금액은 먼저 알려 드려요

법무법인 윤성이 직접 운영해요 · 법률사무는 전부 소속 변호사가 해요

비슷한 상황

• 통관 전에 선하증권을 넘겨받고 세금계산서와 수입세금계산서를 둘 다 받으면 매입세액공제가 되나요?
• 계열사 명의로 세금계산서를 주고받으면 매입세액 공제를 받을 수 있나요?
• 관세조사로 관세를 추징당했는데 수입부가세 매입세액도 공제받을 수 있나요?

이 글은 일반적인 법률 안내입니다. 개별 사안은 사실관계와 자료에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.허진영 대표변호사 · 대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록광고책임변호사 허진영 · 법무법인 윤성© 법무법인 윤성 · 무단 복제·자동 수집 금지이 글에 의견 보내기