관세조사·처벌

관세조사로 관세를 추징당했는데 수입부가세 매입세액도 공제받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

2023. 1. 1. 이후 세관장이 관세조사로 결정·경정한 건은 수정수입세금계산서가 원칙적으로 발급되어 추징된 수입부가세를 매입세액으로 공제받을 수 있습니다(부가가치세법 제35조 제2항). 다만 고발·통고처분, 부정한 행위, 특수관계자 자료 미제출 같은 중대한 잘못이 있으면 발급되지 않고, 2022년 이전 경정 건은 종전 규정을 따릅니다.

관세조사로 과세가격이 늘어나면 관세와 함께 수입부가세도 추징됩니다. 다만 2023. 1. 1. 이후 세관장이 결정·경정한 건은 수정수입세금계산서를 원칙적으로 발급하도록 법이 바뀌었으므로, 추징된 수입부가세는 다시 매입세액으로 공제받는 것이 원칙입니다. 결론이 갈리는 것은 고발·통고처분을 받은 경우, 부정한 행위로 과소신고한 경우, 시행령이 정한 「중대한 잘못」이 있는 경우, 그리고 2022. 12. 31. 이전에 이미 경정이 끝난 건입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨가 대표로 있는 B사는 미국 본사가 만든 의료기기를 수입해 국내 병원에 공급합니다. B사는 2026. 3. 9. 관세조사 사전통지를 받았고, 조사 과정에서 세관이 요구한 본사 로열티 계약 자료를 60일 기한 안에 내지 못했습니다. 세관은 2026. 7. 20. 본사에 지급한 로열티 12억원을 과세가격에 더해야 한다며 관세 9,600만원(관세율 8%)과 수입부가세 1억 2,960만원을 추징했습니다. 그런데 세관은 특수관계자 자료를 기한까지 내지 않은 것이 중대한 잘못에 해당한다며 수정수입세금계산서는 발급할 수 없다고 안내했습니다. A씨는 1억 3천만원 가까운 부가세를 비용으로 떠안아야 하는지, 다툴 방법이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

수정수입세금계산서가 있어야 수입부가세를 공제받을 수 있나요?

사업자가 자기 사업을 위해 수입한 재화의 부가가치세는 매입세액으로 공제되고, 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺍니다. 그런데 공제는 세관장이 발급한 수입세금계산서를 근거로 합니다. 수입세금계산서를 발급받지 않았거나 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 않습니다. 관세조사로 추가 징수된 부가세는 처음 받은 수입세금계산서에 없던 세액이므로, 세관장이 수정수입세금계산서를 발급해 주어야 공제의 근거가 생깁니다.

수입부가세의 과세표준은 관세의 과세가격에 관세, 개별소비세, 주세, 교육세, 농어촌특별세, 교통·에너지·환경세를 더한 금액입니다. 관세율 8% 물품의 과세가격이 1억원 늘어나면 관세 800만원이 추징되고, 부가세 과세표준은 1억 800만원 늘어 수입부가세 1,080만원이 함께 추징됩니다. 수입자가 수정신고 등으로 부가세를 더 내 발급받는 수정수입세금계산서는 그 부가가치세를 납부한 날을 작성일로 적고, 비고란에 최초 수입세금계산서 발급일을 덧붙여 발급합니다.

2023년부터 무엇이 바뀌었나요?

2022. 12. 31. 개정되기 전의 부가가치세법은 세관장이 결정·경정하거나 관세조사 통지 뒤에 수정신고한 경우 수정수입세금계산서를 원칙적으로 발급하지 않았습니다. 품목분류가 바뀐 경우, 합병 등으로 납세의무자와 실제 납세자가 다른 경우, 수입자의 착오·경미한 과실이거나 수입자가 귀책사유가 없음을 증명한 경우에만 예외로 발급했습니다. 개정법(2023. 1. 1. 시행)은 이를 뒤집어, 세관장이 결정·경정하는 경우 원칙적으로 발급하고 세 가지 예외 사유가 있을 때만 발급하지 않습니다.

언제 결정·경정되었는지가 기준입니다. 개정법 부칙은 이 법 시행 전에 세관장이 결정·경정했거나 수입자가 수정신고한 경우의 수정수입세금계산서 발급에는 종전 규정을 따르도록 했습니다. 수입신고가 2021년이라도 경정이 2023. 1. 1. 이후라면 개정법이 적용되고, 2022년에 경정이 끝난 건은 지금 다투더라도 귀책사유가 없다는 점을 수입자가 증명하는 종전 구조로 판단됩니다.

수정수입세금계산서를 받지 못하는 경우는 언제인가요?

첫째, 해당 수입과 관련해 관세법 제270조(관세포탈 등), 제270조의2(가격조작), 제276조(허위신고 등) 위반으로 고발되거나 통고처분을 받은 경우입니다. 둘째, 관세법 제42조 제2항의 부정한 행위, 즉 과세표준이나 세액 계산의 기초 사실을 은폐·가장하는 방법으로 과소신고한 경우입니다. 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 제36조 제1항 제1호 단서의 부정한 행위로 과소신고한 경우도 같습니다.

셋째, 시행령이 정한 중대한 잘못입니다. ① 특수관계자 과세가격결정자료 제출을 요구받고 기한(60일, 한 차례 60일 연장 가능)까지 내지 않거나 거짓 자료를 낸 경우, ② 관세 심사나 조사에서 과소신고 오류를 통지받고도 다음 신고에서 같은 오류를 반복한 경우, ③ 보정신청 통지를 받고도 정당한 사유 없이 보정이나 수정신고를 하지 않은 경우, ④ 가격신고 서류나 과세자료가 객관적 사실과 명백히 다른 등 중대한 하자가 있는 경우입니다. ④는 수입자의 착오나 경미한 과실이면 제외됩니다. 앞 사례의 B사는 ①이 쟁점이므로, 자료 제출이 늦어진 경위와 연장 신청 여부를 먼저 확인해야 합니다.

④가 실제로 적용된 사례도 있습니다. 조세심판원은 2023. 8. 7. 경정된 의류 수입 건에서, 현지법인이 실제 물품대금과 명백히 다른 송품장을 작성했고 수입자가 원가계산서를 공유해 신고가격이 현저히 낮다는 점을 알 수 있었다며 중대한 하자로 보아 발급 거부를 유지했습니다. 청구인이 내세운 회계 체계 미비와 경영난 사정은 받아들여지지 않았습니다.

관세조사 도중에 수정신고하면 어떻게 되나요?

세관장이 결정·경정하기 전에 수입자가 스스로 보정신청이나 수정신고를 해 부가세를 더 내면 수정수입세금계산서를 발급받습니다. 이때는 위 예외 사유를 묻지 않습니다. 반면 관세조사나 관세범칙조사 통지를 받은 뒤, 또는 세관공무원이 현지출장이나 확인업무에 착수한 뒤 경정될 것을 미리 알고 수정신고하면 세관장이 경정한 경우와 같은 기준이 적용됩니다. 예외 사유가 있으면 수정신고를 해도 발급되지 않는다는 뜻입니다.

그래서 내부 점검에서 과소신고를 발견했다면 조사 통지 전에 수정신고할지를 서둘러 정하는 편이 부가세 면에서 유리합니다. 관세 쪽에서는 부정한 행위로 과소신고한 것으로 판단되면 부족세액의 60%(2024. 12. 31.까지 수입신고한 분은 40%)에 납부지연가산세를 더한 가산세가 붙으므로, 수정신고서에 적는 경위도 신중히 써야 합니다.

발급 뒤에 고발되거나 무죄가 나오면 어떻게 되나요?

세관장이 경정이나 수정신고에 따라 수정수입세금계산서를 발급한 뒤 고발·통고처분, 부정한 행위, 중대한 잘못에 해당하는 사실을 알게 되면, 이미 발급한 것을 수정 전으로 되돌리는 수정수입세금계산서를 다시 발급합니다. 이미 공제받은 매입세액이 다시 문제 될 수 있다는 뜻입니다. 조세심판원은 2026. 7. 15. 수입자가 선하증권의 수하인을 다른 유통업체로 적도록 수출자에게 지시해 낮은 추천세율을 적용받은 사건에서 이를 부정한 행위로 보고, 이미 발급한 수정수입세금계산서를 되돌린 처분을 유지했습니다.

반대로 고발 때문에 발급받지 못했거나 되돌려진 뒤 무죄 취지의 불기소 처분이나 무죄 확정판결을 받으면, 세관장은 당초 경정 내용이나 수정신고 내용대로 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다. 세관장은 발급한 내용을 담은 수정된 매출처별 세금계산서합계표를 관할 세무서장에게 냅니다. 형사 절차의 결론이 부가세 공제로 이어지므로, 불기소 결정서나 판결 확정 증명을 받으면 바로 세관에 내십시오.

세관이 발급을 거부하면 어떻게 다투나요?

세관장이 발급하지 않으면 수입자가 직접 「부가가치세법 시행규칙」 별지 제14호의5서식 수정수입세금계산서 발급신청서를 부가가치세를 징수한 세관장에게 냅니다. 세관장은 2개월 안에 발급하거나 발급할 이유가 없다는 뜻을 알려야 하고, 발급 결정 때 작성일은 발급결정일로 적습니다. 거부 통지를 받으면 그 거부를 처분으로 보아 불복할 수 있습니다. 다만 같은 내용으로 다시 신청해 받은 거부 통지는 새로운 처분이 아니어서 심판청구가 각하되었고, 분할납부 중 아직 내지 않은 세액은 세관이 징수한 세액이 없어 발급신청 대상이 아니라는 결정도 있습니다. 첫 거부 통지를 받은 때부터 불복 기간을 관리하셔야 합니다.

대법원은 감사원 지적으로 발급을 취소한 세관장이 재발급 신청을 거부한 사건에서, 수입신고가 실지조사권을 가진 세관장이 경정청구를 심사해 인용한 당초 감액경정에 따른 것이라면 그 뒤 증액경정이 있었더라도 수입자에게 귀책사유가 있다고 볼 수 없다며 원심을 파기했습니다. 종전 규정 사건이지만, 예외 사유는 제출 자료와 경위를 하나씩 따져야 한다는 점을 보여 줍니다.

명의를 빌려 수입했다가 실제 수입자가 드러난 경우는 다릅니다. 대법원은 수입세금계산서의 납부 연월일이 수입신고수리일과 같은 과세기간에 속하지 않으면 사실과 다른 세금계산서로서 매입세액을 공제할 수 없다고 보아, 실제 수입자 명의로 새로 받은 수입세금계산서의 공제를 부정했습니다.

관세 추징 후 수입부가세 대응 순서

• 자료 제출 기한 관리 - 특수관계자 자료 요구를 받으면 60일 기한을 기록하고, 늦어질 사정이 있으면 기한 안에 연장을 신청합니다.
• 예외 사유 점검 - 조사 결과 통지를 받으면 고발·통고처분, 부정한 행위, 중대한 잘못 네 가지에 해당한다는 근거가 무엇인지 확인합니다.
• 수정신고 시점 판단 - 조사 통지 전에 발견한 오류는 스스로 수정신고할지 바로 정합니다.
• 발급 확인과 신고 반영 - 수정수입세금계산서를 받았다면 매입처별 세금계산서합계표에 빠짐없이 넣어 부가가치세 신고에 반영합니다.
• 발급 신청 - 발급되지 않으면 기간 안에 발급신청서를 내고 2개월 안의 통지를 기다립니다.
• 불복 - 거부 통지를 받으면 사유를 검토해 불복 여부를 정하고, 형사 절차가 있으면 그 결과도 함께 챙깁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 경정이 2023. 1. 1. 전후 어느 쪽인지, 자료 제출이 늦어진 데 정당한 경위가 있었는지, 가격신고 서류의 하자가 착오나 경미한 과실로 볼 수 있는지에 따라 같은 추징 건이라도 공제 여부가 달라집니다. 관세 쪽 불복과 부가세 공제를 따로 보면 기간을 놓치기 쉬우므로 함께 검토하시기 바랍니다. 법무법인 윤성은 관세조사 대응, 수정수입세금계산서 발급신청과 거부처분 불복, 관련 관세 형사 사건 변론을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 관세조사로 추징된 수입부가세는 다시 공제받을 수 있나요?
  2023. 1. 1. 이후 세관장이 결정·경정한 건은 수정수입세금계산서가 원칙적으로 발급되므로 공제받을 수 있습니다. 다만 고발·통고처분, 부정한 행위로 인한 과소신고, 시행령이 정한 중대한 잘못이 있으면 발급되지 않습니다.
• 2022년에 경정된 건도 새 기준이 적용되나요?
  적용되지 않습니다. 개정법 부칙은 2023. 1. 1. 전에 세관장이 결정·경정했거나 수정신고한 건에는 종전 규정을 따르도록 했으므로, 수입자가 귀책사유가 없음을 증명하는 등 종전 예외 요건을 갖추어야 발급됩니다.
• 어떤 경우가 「중대한 잘못」인가요?
  특수관계자 자료를 기한까지 내지 않거나 거짓으로 낸 경우, 통지받은 과소신고 오류를 다음 신고에서 반복한 경우, 보정 통지를 받고도 정당한 사유 없이 고치지 않은 경우, 가격신고 서류나 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우입니다. 착오나 경미한 과실로 인한 하자는 제외됩니다.
• 관세조사 통지를 받은 뒤 수정신고해도 발급되나요?
  예외 사유가 없을 때만 발급됩니다. 조사 통지나 현지확인 착수 뒤 경정될 것을 알고 한 수정신고는 세관장이 경정한 경우와 같은 기준이 적용되어, 예외 사유가 있으면 발급되지 않습니다. 조사 통지 전에 스스로 한 수정신고는 예외 사유를 묻지 않고 발급됩니다.
• 세관이 발급해 주지 않으면 언제까지 신청할 수 있나요?
  국세기본법상 부과제척기간(원칙 5년) 안에, 불복 결정이나 판결이 확정된 경우에는 확정일부터 1년 안에 부가가치세를 징수한 세관장에게 발급신청서를 낼 수 있습니다. 세관장은 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.
• 고발됐다가 무혐의가 나오면 수정수입세금계산서를 받을 수 있나요?
  무죄 취지의 불기소 처분이나 무죄 확정판결을 받으면 세관장은 당초 경정 내용이나 수정신고 내용대로 수정수입세금계산서를 발급해야 합니다. 불기소 결정서나 판결 확정 증명을 세관에 내 발급을 요청하십시오.
• 명의를 빌려 수입했던 물품의 부가세도 실제 수입자가 공제받을 수 있나요?
  어렵습니다. 대법원은 수입세금계산서의 납부 연월일이 수입신고수리일과 같은 과세기간에 속하지 않으면 사실과 다른 세금계산서라고 보아, 명의대여가 드러난 뒤 실제 수입자 명의로 새로 받은 수입세금계산서의 매입세액 공제를 부정했습니다.
• 추징세액을 분할납부 중인데 남은 세액분도 미리 발급받을 수 있나요?
  수정수입세금계산서는 세관이 부가가치세를 징수할 때 발급하므로, 아직 내지 않은 분할납부 세액은 발급신청 대상이 아니라는 조세심판원 결정이 있습니다. 납부할 때마다 그 납부분에 대해 발급을 받거나 신청하는 방식으로 관리하셔야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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