세금

직원 일부를 승계하지 않아도 포괄 사업양도로 인정되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 직원 일부나 전부를 승계하지 않았더라도 사업의 동일성이 유지된다면 포괄 사업양도로 인정될 수 있습니다. 대법원은 종전 종업원이 그대로 인수인계되지 않았다는 사정만으로 사업양도를 부정하지 않았습니다. 다만 사업의 핵심 자산이나 영업 기반이 빠지면 사업양도가 아니라 개별 자산 매매가 됩니다.

네, 직원 일부나 전부를 승계하지 않았더라도 사업의 동일성이 유지된다면 포괄 사업양도로 인정될 수 있습니다. 대법원은 종전 종업원이 그대로 인수인계되지 않았다는 사정만으로 사업양도를 부정하지 않았습니다. 다만 사업의 핵심 자산이나 영업 기반이 빠지면 사업양도가 아니라 개별 자산 매매가 됩니다.

사업양도로 인정받으려면 무엇을 넘겨야 하나요?

사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시켜야 합니다. 대법원은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적 시설과 권리의무를 포괄적으로 넘기는 것이라고 봅니다. 그 결과 사업의 동일성이 유지되면서 경영 주체만 바뀌어야 합니다. 그 사업은 인적·물적 시설이 결합해 사회적으로 독립된 단위로 인정받을 수 있어야 합니다.

시행령은 일부를 빼고 넘겨도 포괄 승계로 보는 항목을 정합니다. 미수금, 미지급금, 그 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 가운데 재정경제부령으로 정하는 것입니다. 양수인이 승계받은 사업 외에 새 업종을 추가하거나 업종을 바꾼 경우도 포괄 승계에 포함됩니다.

반대로 사업에 필요한 핵심 설비, 영업권, 주요 거래처 계약이 빠지면 사업의 동일성이 깨질 수 있습니다. 그래서 「무엇을 빼도 되는가」보다 「빼고도 같은 사업이 계속되는가」를 먼저 보아야 합니다.

직원을 승계하지 않으면 사업양도가 깨지나요?

아니요, 직원을 승계하지 않았다는 사정만으로 깨지지는 않습니다. 대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두17895 판결은 복합상가 신축·분양사업을 시행회사에서 시공회사로 넘긴 사안입니다. 인적 설비의 승계가 없었고, 일부 수분양자가 계약을 해지해 중도금을 돌려준 사정도 있었습니다.

원심은 이런 사정을 들어 사업양도가 아니라고 보았습니다. 대법원은 사업의 동일성을 유지하며 경영 주체만 바뀐 것이라면 사업양도라고 보았습니다. 종전 종업원이 그대로 인수인계되지 않았어도 인정하는 데 장애가 없다고 하며 원심을 파기했습니다. 수분양자 일부의 계약 해지도 사업양도를 부정할 사정이 아니라고 보았습니다.

다만 인력이 곧 사업의 핵심인 업종은 다르게 볼 수 있습니다. 직접 판단한 대법원 판결은 아직 없고, 판례 법리상 인력 승계는 판단 요소의 하나일 뿐이라는 반론이 있습니다. 전문 인력의 기술과 고객 관계가 사업의 실체라면 그 인력 없이 넘긴 것을 같은 사업의 이전으로 보기 어려울 수 있습니다. 이런 업종이라면 핵심 인력의 이전 계획을 계약서에 함께 담아 두는 편이 안전합니다.

사업양도 판단이 틀리면 어떤 불이익이 있나요?

사업양도인데 세금계산서를 주고받았다면 양수인의 매입세액 공제가 문제 될 수 있습니다. 사업양도는 재화의 공급으로 보지 않으므로 그 세금계산서가 공제 대상인지 다툼이 생깁니다. 거꾸로 사업양도가 아닌데 세금계산서 없이 넘겼다면 양도인에게 부가가치세와 세금계산서 미발급 가산세가 부과됩니다.

어느 쪽이든 큰 금액이 걸립니다. 공장이나 점포를 통째로 넘기는 거래에서는 건물분 부가가치세만으로도 금액이 커집니다. 양수인이 공제받지 못하면 그 금액이 그대로 비용이 됩니다.

이 위험을 줄이는 장치가 양수인의 대리납부입니다. 사업양도에 해당하는지 분명하지 않은 경우에도 양수인이 대가를 지급할 때 부가가치세를 징수해 직접 납부할 수 있습니다. 이렇게 납부하면 그 거래는 사업양도에서 빠져 재화의 공급으로 처리됩니다. 양수인은 대리납부한 세액을 매입세액으로 공제받는 구조가 됩니다. 양도인은 따로 부가가치세를 낼 필요가 없고, 나중에 사업양도 여부를 두고 다툴 이유도 사라집니다.

계약서에는 무엇을 적어야 하나요?

승계 대상과 제외 대상을 목록으로 나누어 적습니다. 사업용 자산, 거래처 계약, 임차권, 인허가, 채권·채무 가운데 무엇을 넘기고 무엇을 남기는지 분명히 해야 합니다. 직원을 승계하지 않는다면 그 이유와 사업 운영 계획도 함께 남겨 둡니다.

부가가치세 처리 조항도 필요합니다. 사업양도로 보고 세금계산서를 주고받지 않을지, 대리납부로 처리할지 정합니다. 나중에 판단이 뒤집힐 경우 세액과 가산세를 누가 부담할지도 정해 두면 분쟁을 줄일 수 있습니다.

인허가가 필요한 업종이라면 인허가 승계 절차도 함께 적습니다. 인허가가 넘어가지 않으면 양수인이 같은 사업을 계속할 수 없어 사업의 동일성 판단에도 불리하게 작용할 수 있습니다. 양도 직후 양수인의 사업자등록과 양도인의 폐업 신고 일정도 계약서에 맞춰 둡니다.

사업양도 판단 대응 순서

• 승계 범위 정리 - 넘기는 자산·계약·인허가와 남기는 항목을 목록으로 만듭니다.
• 동일성 점검 - 빠지는 항목이 있어도 같은 사업이 계속되는지 사업 구조로 확인합니다.
• 인력 계획 확인 - 직원을 승계하지 않는다면 사업 운영에 지장이 없다는 근거를 남깁니다.
• 처리 방식 결정 - 사업양도로 처리할지, 양수인 대리납부로 처리할지 정합니다.
• 책임 조항 작성 - 판단이 뒤집힐 때의 세액·가산세 부담을 계약서에 정합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 승계한 자산과 계약, 인력의 비중에 따라 사업양도 해당 여부와 부가가치세 부담이 달라집니다. 법무법인 윤성은 사업양도·양수 거래의 부가가치세 구조 검토와 관련 세무조사·불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외상매출금과 외상매입금을 넘기지 않아도 사업양도인가요?
  네, 시행령은 미수금과 미지급금을 승계하지 않아도 포괄 승계로 본다고 정합니다. 다만 사업용 핵심 자산과 계약은 함께 넘어가야 사업의 동일성이 유지됩니다.
• 양수인이 업종을 바꾸면 사업양도가 부인되나요?
  아니요, 현행 시행령은 양수인이 새로운 업종을 추가하거나 업종을 바꾼 경우도 포괄 승계에 포함합니다. 업종 변경만으로 사업양도가 부인되지는 않습니다.
• 여러 사업장 가운데 한 곳만 넘겨도 사업양도가 되나요?
  사업양도는 사업장별로 판단합니다. 한 사업장의 권리와 의무를 포괄적으로 넘기면 다른 사업장을 남겨도 그 사업장에 대해서는 사업양도가 될 수 있습니다.
• 대리납부를 하면 양수인은 언제 매입세액을 공제받나요?
  대리납부한 부가가치세는 양수인의 매입세액에 포함됩니다. 대가를 지급하고 납부한 과세기간의 신고 때 공제받는 구조이므로 납부 증빙을 보관해야 합니다.
• 사업양도로 처리했는데 세무서가 개별 매매라고 하면 누가 세금을 내나요?
  재화의 공급으로 보면 부가가치세 납세의무는 공급자인 양도인에게 있습니다. 양도인은 세액과 가산세를 부담하고, 양수인에게 부가가치세 상당액을 청구할 수 있는지는 계약 내용에 따라 달라집니다.
• 직원 고용 승계는 근로관계에서도 자동으로 이루어지나요?
  아니요, 세무상 사업양도와 노동법상 영업양도에 따른 고용 승계는 판단 기준이 같지 않습니다. 직원 승계 여부는 근로관계 법리로 따로 검토해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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