법인세·소득세
대표 상표권을 회사가 감정 없이 샀다면 몇 년 뒤 소급감정가로 시가를 증명할 수 있나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신
증명할 여지가 있습니다. 법인세법은 시가가 불분명하면 감정평가법인등의 감정가액을 시가로 보는데, 감정 시기를 제한하지 않습니다. 하급심 판결도 공신력 있는 감정기관이 객관적이고 합리적인 방법으로 평가했다면 몇 년 뒤의 소급감정가액이라도 시가로 볼 수 있다고 했습니다. 다만 감정평가법인등의 감정이어야 하고 평가 방법이 상표권에 맞아야 합니다.
세무조사 결과통지를 받았다면 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 납부고지서를 받았다면 90일 안에 심판청구 등을 해야 합니다. 소급감정은 이 기한 안에 결과가 나오도록 바로 의뢰합니다.
대표 개인 명의로 등록해 둔 상표를 회사가 사들이거나 사용료를 내는 일은 흔합니다. 문제는 거래 당시 가격 근거를 남겨 두지 않은 경우입니다. 세무조사에서 시가보다 비싸게 샀다는 지적을 받으면, 회사는 뒤늦게라도 거래일 기준 가치를 보여 주어야 합니다. 소급감정이라는 이유만으로 배척되지는 않지만, 누가 어떤 방법으로 감정했는지가 결론을 가릅니다. 아래는 회사가 대표 개인의 상표권을 사거나 사용료를 내는 경우를 기준으로 정리한 것입니다.
이런 상담이 많습니다
G법인은 2021. 5. 대표 H씨가 개인 명의로 등록해 온 상표권을 15억원에 사들이고 매년 감가상각했습니다. 거래 당시에는 내부 매출 추정만 있었고 감정은 받지 않았습니다. 2026. 6. 세무조사에서 조사관은 시가가 불분명하다며 상속세 및 증여세법을 준용한 평가액 5억원을 시가로 보고, 10억원을 비싸게 산 것으로 보겠다고 했습니다. G법인은 지금 감정평가법인 두 곳에 2021. 5. 기준 감정을 맡기면 그 금액을 시가로 쓸 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
특수관계인과 상표권을 거래할 때 시가는 어떻게 정하나요?
먼저 특수관계 없는 사람들 사이에 일반적으로 거래된 가격이 있으면 그 가격이 시가입니다. 상표권은 이런 비교 가격이 거의 없어 대부분 시가가 불분명한 경우가 됩니다. 이때는 감정평가법인등이 감정한 가액을 먼저 쓰고, 감정가액이 둘 이상이면 그 평균액을 씁니다. 감정가액도 없으면 상속세 및 증여세법의 평가 방법을 준용한 가액으로 갑니다.
| 순서 | 시가로 보는 금액 |
|---|---|
| 1 | 특수관계 없는 자 사이에 일반적으로 거래된 가격 |
| 2 (핵심 행) | 감정평가법인등의 감정가액(둘 이상이면 평균액) |
| 3 | 상속세 및 증여세법을 준용한 평가액 |
감정가액이 있으면 보충적 평가액보다 먼저 적용됩니다.
출처 - 법인세법 시행령 제89조 제1항·제2항
사례에서 세무서가 5억원을 쓴 것은 감정가액이 없어 마지막 순서로 내려갔기 때문입니다. 회사가 적법한 감정가액을 내면 순서상 그 금액이 앞섭니다. 다만 세무서도 그 감정의 방법과 근거를 검토하므로, 감정서의 내용이 곧 주장의 무게가 됩니다.
몇 년 뒤 받은 소급감정가액도 시가가 될 수 있나요?
될 수 있습니다. 물적분할로 넘겨받은 상표권의 시가가 문제 된 사건에서, 회사는 분할 후 5년여가 지나 감정평가법인 두 곳에 소급감정을 맡겼고 세무서는 소급감정이라며 받아들이지 않았습니다. 법원은 공신력 있는 감정기관에서 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 것이라 볼 수 있다면 소급감정에 의한 감정가격이라도 시가로 볼 수 있다고 판단해 경정거부처분을 취소했습니다. 법원은 감정평가서에 평가 원인과 방법, 내용이 구체적으로 적혀 있는 반면, 세무서는 그보다 합리성과 적정성을 갖춘 가격 산정 방법을 내놓지 못했다는 점도 들었습니다.
항소심도 법인세법령은 시가의 범위에 관하여 감정 시기에 관한 제한을 특별히 하고 있지 않다며 세무서의 항소를 기각했고, 이 판결은 그대로 확정되었습니다. 다만 같은 쟁점을 대법원이 직접 판단한 것은 아니므로, 감정의 객관성과 합리성을 함께 갖춰야 활용할 수 있습니다.
어떤 감정이어야 시가로 인정받을 수 있나요?
첫째, 감정평가법인등의 감정이어야 합니다. 항소심은 세무서가 특허법인에 맡긴 감정은 감정평가법인의 감정이 아니어서 시행령이 정한 감정가액에 들어가지 않는다고 보았습니다. 둘째, 평가 방법이 상표권의 성격에 맞아야 합니다. 판결은 과거 실제 매출, 판매량, 물가상승률 같은 자료를 쓴 수익환원법 감정을 받아들이고, 개발 비용을 기준으로 한 비용접근법은 상표권 평가에 가장 적절하다고 보기 어렵다고 했습니다. 셋째, 감정 기준일을 거래일로 정확히 맞추고, 감정에 쓴 매출 자료가 회사 장부와 일치하는지 확인합니다.
시가보다 비싸게 샀다고 보면 무엇이 달라지나요?
특수관계인에게서 자산을 시가보다 높게 사면 부당행위계산 부인 대상이 됩니다. 다만 시가와 거래가액의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상일 때만 적용됩니다. 부인되면 시가를 넘는 금액은 상표권 취득가액에 들어가지 않으므로, 그만큼의 감가상각비가 손금에서 빠집니다.
단위 원
| 상표권 매입가액 | 1,500,000,000 | |
|---|---|---|
| 빼기 | 감정평가법인 두 곳 감정가액 평균 | 1,460,000,000 |
| 합계 | 시가와 거래가액의 차액 | 40,000,000 |
차액이 3억원과 시가의 5%(7,300만원)에 모두 못 미쳐 고가매입 부인 대상이 아닙니다.
단순 예시 계산
사례에서 감정평가법인 두 곳의 평균이 14억 6천만원으로 나온다면 차액 4천만원은 3억원에도, 시가의 5%인 7,300만원에도 못 미쳐 부인 대상이 아닙니다. 반대로 감정가가 낮게 나오면 차액이 그대로 쟁점이 되므로, 감정 결과를 받은 뒤 제출 범위와 주장 방향을 정합니다.
상표권 사용료를 낼 때 시가는 어떻게 보나요?
상표권을 사지 않고 대표에게 사용료를 내는 경우에도 시가보다 높은 요율로 내면 부당행위계산 대상이 됩니다. 시가는 같은 순서로 정하되, 비교할 사용료나 감정가액을 쓸 수 없으면 상표권 시가의 50%에서 보증금을 뺀 금액에 정기예금이자율을 곱한 금액을 시가로 봅니다. 사용료를 정할 때도 상표권 자체의 감정을 받아 두는 편이 낫습니다. 반대로 회사가 가진 상표를 대표나 계열사에 무상이나 시가보다 낮은 사용료로 쓰게 해도 부당행위계산 대상이 되고, 같은 시가 기준이 적용됩니다.
상표권 시가 다툼 대응 순서
- 거래 자료 정리 - 양수계약서, 대금 지급 내역, 상표 사용 매출 자료를 모읍니다.
- 감정 의뢰 - 감정평가법인등 두 곳에 거래일을 기준일로 한 감정을 맡깁니다.
- 평가 방법 점검 - 수익환원법에 쓴 매출과 할인율이 실제 자료와 맞는지 확인합니다.
- 과세전적부심사 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 감정서와 함께 소명합니다.
- 불복 - 고지 뒤라면 90일 안에 심판청구 등으로 감정가액의 시가성을 다툽니다.
여기까지는 일반 기준이고, 감정을 누가 어떤 방법으로 했는지, 거래 당시 상표의 매출 기여가 자료로 확인되는지에 따라 시가가 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계인 간 무형자산 거래의 시가를 다투는 과세전적부심사와 심판청구를 수행합니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
대표나 계열사에게서 상표권을 사면서 감정을 받지 않았나요?
거래일 기준 소급감정으로 시가를 보여 줄 수 있는지 검토합니다.
법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호
가지고 있는 평가서가 특허법인이나 회계법인의 보고서뿐인가요?
감정평가법인등의 감정을 따로 받아야 시행령의 감정가액으로 쓸 수 있습니다.
법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호
매입가와 시가의 차이가 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인가요?
고가매입 부당행위계산 대상이 될 수 있으므로 시가 근거를 보강합니다.
법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호·제3항
대표에게 상표 사용료를 매달 지급하고 있나요?
사용료 시가 산정 방식과 상표권 감정서를 함께 갖춰 둡니다.
법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호, 제89조 제4항 제1호
실무상 착안점
상표권 거래가 세무조사에서 문제 되는 경우는 대부분 거래 당시 감정서가 없을 때입니다. 시가가 불분명하면 세무서는 보충적 평가액으로 내려가는데, 상표권은 이 금액이 실제 가치보다 낮게 나오는 일이 많아 차이가 크게 벌어집니다.
소급감정을 맡길 때는 기준일과 감정 주체를 먼저 정합니다. 특허법인이나 회계법인의 가치평가 보고서는 참고 자료는 될 수 있어도 시행령이 정한 감정가액으로 인정받기 어렵습니다. 감정평가법인등 두 곳의 감정을 받아 평균액을 내는 것이 기본이고, 감정에 쓴 매출 자료가 회계장부와 맞는지도 미리 대조합니다.
앞으로 대표 상표를 회사로 옮길 계획이라면 거래 전에 감정을 받아 두는 편이 훨씬 간단합니다. 사용료 방식이라면 요율 산정 근거와 상표권 감정서를 함께 보관하고, 요율을 바꿀 때마다 근거를 새로 남깁니다.
— 허진영 변호사 · 세금
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 대표·계열사와 법인 사이의 상표권·특허권 같은 무형자산 거래에서 시가와 부당행위계산 부인을 다투는 과세전적부심사와 심판청구를 수행해 왔으며, 감정 의뢰 단계부터 평가 기준을 함께 검토합니다.
- 무형자산 거래 시가 검토
- 부당행위계산 부인 대응
- 법인세 과세전적부심사
- 법인세 심판청구
이 상황에서 자주 묻는 것
법무법인 윤성 × Lexle

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출처
- 법인세법 시행령 제89조 제1항·제2항, 서울행정법원 2023. 3. 23. 선고 2021구합68056 판결
- 국세기본법 제81조의15 제2항
- 국세기본법 제68조 제1항
- 법인세법 시행령 제89조 제1항·제2항·제2항 제1호·제2호·제4항 제1호
- 서울행정법원 2023. 3. 23. 선고 2021구합68056 판결
- 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호, 서울고등법원 2025. 2. 5. 선고 2023누40573 판결
- 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호·제6호·제7호·제3항
- 법인세법 시행령 제72조 제4항 제3호
- 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호, 서울행정법원 2023. 3. 23. 선고 2021구합68056 판결
2026.10.13 기준으로 조문을 확인했습니다.
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