양도소득세

2층 단독주택 중 한 층만 상생임대 요건이 안 되면 특례를 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 2층 단독주택에서 한 층의 상생임대차계약 임대기간이 2년에 미치지 못하면 다른 층이 요건을 갖췄어도 상생임대주택 특례를 받지 못합니다. 국세청은 2025년 5월 사전답변(사전-2025-법규재산-0373)에서 단독주택은 하나의 주택이므로 층별 계약이 모두 요건을 채워야 한다고 보았습니다. 지금은 층마다 상생임대차계약 개시일부터 2년이 되는 날을 계산해 가장 늦은 날을 확인해 두십시오.

양도 전에 층별 계약서를 다시 쓰거나 공실 기간을 메울 방법을 찾을 필요는 없습니다. 상생임대 특례가 안 되더라도 그 집에 2년 이상 거주했다면 그 거주기간으로 비과세 요건을 채울 수 있으므로, 먼저 주민등록 전입·전출 기록부터 확인하는 편이 빠릅니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2022년 1월 2층 단독주택을 사서 층마다 따로 세를 놓았습니다. 1층은 2022년 4월부터 2024년 4월까지 임대한 뒤 세입자를 구하지 못해 2025년 2월까지 비어 있었고, 2025년 2월 새 세입자와 2년 계약을 맺었습니다. 2층은 2022년 5월부터 2년 임대한 뒤 2024년 5월 같은 세입자와 5% 이내로 2년 갱신했습니다. A씨는 2026년 5월 말 이 집을 팔면서 2층은 상생임대 요건을 채웠으니 특례를 받을 수 있는지 물었습니다. 1층 상생 계약은 양도일까지 1년 3개월밖에 임대하지 못한 상태였습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 한 층만 요건을 갖춘 단독주택을 어떻게 해석했나요?

특례를 적용할 수 없다고 보았습니다. 국세청은 사전-2025-법규재산-0373(2025. 5. 21.)에서, 2층 단독주택의 1층과 2층 모두 상생임대차계약을 맺었지만 2층은 2년 이상 임대하고 1층은 임대기간이 2년에 미치지 못한 상태에서 그 단독주택을 양도하면 상생임대주택에 대한 1세대 1주택 특례를 적용할 수 없다고 답했습니다. 단독주택은 층이 여럿이어도 하나의 주택이고, 특례 요건은 「주택」 단위로 갖춰야 하므로 일부 층의 계약만 요건을 채워서는 그 주택 전체가 상생임대주택이 되지 않는다는 취지입니다. 1층은 직전임대차계약과 상생임대차계약 사이에 9개월 넘는 공실이 있었고 상생 계약 임대기간도 1년 3개월 남짓이었습니다. 이 회신은 층별로 임대한 단독주택을 전제로 한 것이므로, 다가구주택처럼 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보는 경우나 집 전체를 한 세입자에게 임대한 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

층별로 세를 놓은 집은 상생임대 요건을 어떻게 맞춰야 하나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「소득세법 시행령」으로 모든 층의 계약이 각각 요건을 갖춰야 합니다. 층마다 주택을 취득한 뒤 임차인과 직접 맺은 직전임대차계약이 1년 6개월 이상, 그 계약 대비 보증금 또는 임대료 증가율이 5% 이하인 상생임대차계약이 2년 이상 임대되어야 합니다. 상생임대차계약은 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일 사이에 맺고 임대를 시작해야 하며, 임대기간은 월력으로 계산하고 1개월 미만은 1개월로 봅니다.

• 공실 - 직전 계약과 상생 계약 사이의 공실 기간 자체를 막는 조문은 없지만, 공실 뒤 새 임차인과 맺은 계약이 「직전 계약 대비 5% 이내」와 「2년 임대」를 모두 채워야 합니다.
• 임차인 교체 - 임차인의 사정으로 임대를 계속할 수 없어 새 계약을 맺은 경우로서 보증금·임대료가 오르지 않았다면 새 계약의 임대기간을 합산합니다.
• 양도 시점 - 가장 늦게 2년이 되는 층의 상생 계약 종료일 뒤에 양도해야 합니다.

다가구주택이면 결론이 달라지나요?

달라질 수 있습니다. 건축법 시행령 별표 1의 다가구주택은 1세대 1주택 비과세를 적용할 때 한 가구가 독립해 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보되, 구획된 부분별로 팔지 않고 하나의 매매단위로 양도하면 그 전체를 하나의 주택으로 봅니다. 통째로 파는 다가구주택은 결국 하나의 주택으로 취급되므로 회신과 같은 결론이 될 가능성이 크지만, 건축물대장상 용도와 구획 여부에 따라 판단이 갈리므로 따로 확인해야 합니다.

회신 이후 상생임대주택 특례에서 무엇이 바뀌었나요?

2026년 9월 30일 개정으로 상생임대주택을 언제까지 팔아야 하는지에 대한 기한이 생겼습니다. 상생임대차계약에 따른 임대기간이 끝난 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야 거주기간 제한을 면제받습니다. 임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 끝나면 2027년 12월 31일까지입니다. 이 양도기한은 별도 적용례 없이 2026. 10. 1. 이후 양도하는 분부터 적용되므로, 지금 파는 집은 상생임대차계약 종료일을 기준으로 기한을 계산해 두어야 합니다.

층별 임대 단독주택 상생임대 대응 순서

• 층별 계약 표 작성 - 층마다 직전 계약과 상생 계약의 개시일·종료일·보증금·월세를 한 표로 만듭니다. 공실 기간도 적습니다.
• 2년 충족일 계산 - 층별 상생 계약 개시일부터 2년이 되는 날을 월력으로 계산하고, 가장 늦은 날을 양도 가능일로 잡습니다.
• 거주기간 대안 확인 - 특례가 안 되면 주민등록 전입·전출 기록으로 그 집 거주기간 2년을 채웠는지 봅니다. 취득 당시 조정대상지역이 아니었다면 거주요건 자체가 없습니다.
• 매매 일정 조정 - 매매계약을 맺더라도 잔금일을 모든 층의 2년 충족일과 양도기한 사이로 잡습니다.
• 특례적용신고 - 예정신고 기한까지 신고서에 층별 계약서를 모두 붙여 냅니다. 요건이 안 되는 층이 있으면 과세로 신고한 뒤 요건을 채워 파는 쪽을 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 건축물대장상 다가구주택이거나 한 층을 본인이 쓰면서 나머지 층만 임대했다면 대장과 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 요건을 둘러싼 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 2층만 2년 임대했으면 2층 부분만 특례가 되나요?
  아닙니다. 단독주택은 층이 여럿이어도 하나의 주택이므로 특례 요건은 주택 단위로 갖춰야 합니다. 국세청 사전-2025-법규재산-0373(2025. 5. 21.)은 2층은 2년 이상 임대했으나 1층이 2년에 미달한 상태에서 양도하면 주택 전체에 특례를 적용할 수 없다고 보았습니다.
• 공실이 있으면 상생임대 요건이 깨지나요?
  공실 자체를 금지하는 조문은 없습니다. 다만 공실 뒤 새 임차인과 맺은 계약이 직전임대차계약 대비 보증금 또는 임대료 증가율 5% 이하이고 그 계약에 따라 2년 이상 임대해야 합니다. 회신 사안은 공실 뒤 맺은 1층 계약의 임대기간이 양도일까지 2년에 못 미쳐 특례가 부인됐습니다.
• 세입자가 중간에 나가면 새 계약 기간을 합칠 수 있나요?
  임차인의 사정으로 임대를 계속할 수 없어 새 임차인과 계약한 경우로서 종전 계약과 비교해 보증금 또는 임대료가 오르지 않았다면 새 계약의 임대기간을 합산합니다. 임대료를 올려 받았다면 합산되지 않고 새 계약으로 2년을 다시 채워야 합니다.
• 다가구주택이면 층별로 따로 볼 수 있나요?
  구획된 부분별로 양도하면 각각 하나의 주택으로 보지만, 통째로 하나의 매매단위로 양도하면 그 전체를 하나의 주택으로 봅니다. 통째로 파는 다가구주택은 결국 하나의 주택이므로 모든 구획의 계약이 요건을 갖춰야 할 가능성이 큽니다.
• 특례가 안 되면 비과세를 아예 못 받나요?
  아닙니다. 상생임대 특례는 거주기간 요건만 면제하는 제도이므로, 그 집에 2년 이상 거주했거나 취득 당시 조정대상지역이 아니어서 거주요건이 없는 경우에는 보유기간 2년 요건으로 비과세를 받을 수 있습니다. 주민등록 전입·전출 기록으로 거주기간을 확인합니다.
• 임대기간 2년은 어떻게 계산하나요?
  월력에 따라 계산하고 1개월 미만은 1개월로 봅니다. 층별로 상생임대차계약 개시일부터 2년이 되는 날을 각각 계산하고, 가장 늦은 날 뒤에 양도해야 모든 층이 요건을 갖추므로 그 날을 양도 가능일로 잡습니다.
• 상생임대주택은 언제까지 팔아야 하나요?
  2026년 9월 30일 개정으로 상생임대차계약에 따른 임대기간이 끝난 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야 합니다. 임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 끝나면 2027년 12월 31일까지입니다. 이 기한은 2026. 10. 1. 이후 양도분부터 적용됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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