법인세·소득세

산학협력단이 교수에게 주는 직무발명보상금, 원천징수는 누가 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

대학 교직원에게 직무발명보상금을 지급하는 산학협력단이 그 보상금의 원천징수의무자이고, 교직원과 산학협력단 사이에 고용관계가 없어도 마찬가지입니다. 재직 중 받는 보상금은 근로소득이며 연 700만원까지는 비과세되고, 그 초과분에 대해서만 산학협력단이 근로소득세를 원천징수합니다. 지금은 받은 보상금이 재직 중 받은 것인지 퇴직 후 받은 것인지, 지급명세서가 누구 명의로 제출됐는지부터 확인하십시오.

보상금을 받은 교수가 따로 세금을 계산해 신고해야 하는 것은 아닙니다. 산학협력단이 비과세 한도를 빼고 원천징수하면, 교수는 대학 급여와 함께 연말정산이나 종합소득세 확정신고로 정산하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

국립대 교수인 A씨는 2025년에 직무발명 특허가 기업에 이전되면서 산학협력단으로부터 직무발명보상금 1,200만원을 받았습니다. 산학협력단 담당자는 A씨의 급여를 주는 곳이 대학이니 대학이 원천징수해야 하는 것 아니냐고 물었고, 대학은 보상금을 준 곳이 산학협력단이니 그쪽 몫이라고 답했습니다. 결국 아무도 원천징수를 하지 않은 채 해가 바뀌었고, A씨는 다음 해 연말정산 자료에 이 보상금이 빠져 있다는 것을 알게 됐습니다. A씨는 이제 누가 무엇을 고쳐야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

산학협력단이 주는 직무발명보상금은 어떤 소득인가요?

대학 교직원이 재직 중에 소속 대학 산학협력단으로부터 받는 직무발명보상금은 근로소득입니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」은 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금을 근로소득으로 정하고 있습니다.

퇴직한 뒤에 받는 직무발명보상금은 근로소득이 아니라 기타소득으로 구분됩니다. 같은 발명에서 나온 보상금이라도 언제 받았는지에 따라 소득 구분과 원천징수 세율이 달라지므로, 지급일과 퇴직일을 먼저 맞춰 봐야 합니다.

고용관계가 없는 산학협력단도 원천징수해야 하나요?

네, 원천징수의무는 그 소득을 실제로 지급하는 자에게 있으므로 산학협력단이 교직원과 직접 고용계약을 맺지 않았더라도 보상금을 지급하는 산학협력단이 원천징수해야 합니다. 「소득세법」은 근로소득을 지급하는 자를 원천징수의무자로 정할 뿐, 지급하는 자와 받는 자 사이에 고용관계가 있을 것을 요구하지 않습니다.

교직원의 임금을 지급하는 곳은 대학(학교법인이나 국가)이고, 산학협력단은 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따라 대학에 설치된 별도 법인입니다. 그래서 실무에서 대학과 산학협력단이 서로 원천징수 주체를 미루는 일이 생깁니다. 이 경우 보상금을 실제로 지급한 산학협력단이 원천징수와 지급명세서 제출을 해야 합니다.

국세청은 이 사례를 어떻게 해석했나요?

국세청은 대학 교직원에게 소속 대학 산학협력단이 직무발명보상금을 지급하면 산학협력단이 원천징수해야 한다고 회신했습니다(사전-2017-법령해석소득-0125, 2017. 4. 27.). 근로소득 규정은 받는 사람 입장에서 소득의 종류를 정한 것일 뿐이고, 원천징수의무자는 해당 근로소득을 지급하는 자라는 것이 이유였습니다.

국세청은 근로소득의 원천징수의무자를 반드시 고용관계가 있는 경우로 한정해 볼 수 없다고 판단했습니다. 산학협력단과 교직원 사이에 고용관계가 있는지는 원천징수의무가 누구에게 있는지를 가르는 기준이 아니라는 취지입니다. 이 회신은 교직원이 직무발명을 산학협력단에 신고하고 산학협력단이 권리를 승계해 보상금을 지급한 사실관계를 전제로 한 것이므로, 대학이 직접 보상금을 지급한 경우라면 원천징수의무자도 달라집니다.

직무발명보상금 비과세 한도는 얼마인가요?

재직 중 산학협력단으로부터 받는 직무발명보상금은 연 700만원 이하의 금액까지 비과세됩니다. 2017년 회신 당시보다 한도가 늘었으며, 지금은 2024. 2. 29. 개정된 시행령 기준으로 연 700만원입니다.

퇴직 후 받는 직무발명보상금도 연 700만원까지 비과세되지만, 같은 해에 재직 중 받은 보상금으로 이미 비과세를 적용받았다면 700만원에서 그 금액을 뺀 범위만 비과세됩니다. 예를 들어 한 해에 재직 중 보상금 1,200만원을 받으면 700만원은 비과세, 나머지 500만원은 근로소득으로 과세됩니다.

원천징수가 빠졌거나 잘못됐다면 어떻게 하나요?

산학협력단이 원천징수를 하지 않았다면 산학협력단에 원천징수 등 납부지연가산세가 붙고, 교직원은 대학 급여와 보상금을 합산해 종합소득세 확정신고를 해야 할 수 있습니다. 근로소득을 두 곳 이상에서 받으면서 연말정산으로 합산 정산하지 않은 경우에는 확정신고 의무가 생기기 때문입니다.

반대로 비과세 한도를 적용하지 않고 보상금 전액을 과세했다면 원천징수의무자나 교직원이 경정청구를 할 수 있습니다. 원천징수대상자도 지급명세서가 제출된 경우 연말정산세액이나 원천징수세액의 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

산학협력단 직무발명보상금 원천징수 대응 순서

• 지급 주체 확인 - 보상금을 실제로 지급한 곳이 산학협력단인지 대학인지 계좌 입금 내역으로 확인합니다. 지급한 쪽이 원천징수의무자가 됩니다.
• 지급 시기 확인 - 지급일이 재직 중인지 퇴직 후인지 맞춰 봅니다. 재직 중이면 근로소득, 퇴직 후면 기타소득으로 처리합니다.
• 비과세 한도 대조 - 같은 해 받은 보상금을 모두 더해 연 700만원을 넘는 부분만 과세됐는지 근로소득 원천징수영수증으로 확인합니다.
• 누락분 정산 - 원천징수가 빠졌다면 산학협력단에 원천징수이행상황신고서 수정 제출을 요청하고, 정산이 끝나지 않으면 5월 종합소득세 확정신고로 합산합니다.
• 과다 납부분 경정청구 - 비과세분까지 과세됐다면 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서를 5년 안에 제출합니다. 거부되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보상금이 직무발명에서 나온 것인지, 지배주주 등 특수관계에 해당하는지는 발명 신고서와 보상 규정을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원천징수 관련 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 퇴직 후에 받은 직무발명보상금도 근로소득인가요?
  아니요. 대학 교직원이 퇴직한 뒤 받는 직무발명보상금은 기타소득입니다. 연 700만원까지 비과세되지만 같은 해 재직 중 보상금으로 비과세를 받았다면 그 금액만큼 줄어든 범위만 비과세됩니다. 지급일과 퇴직일을 서류로 맞춰 두십시오.
• 대학원생이 산학협력단에서 받은 보상금도 비과세되나요?
  대학과 고용관계가 있는 학생이 소속 대학 산학협력단으로부터 직무발명보상금을 받으면 재직 교직원과 같은 비과세 규정이 적용됩니다. 고용관계가 없는 학생이 받는 보상금은 기타소득 비과세 규정으로 따로 판단하므로 고용계약서나 연구원 임용 서류를 확인해야 합니다.
• 보상금이 700만원을 넘으면 전액 과세되나요?
  아니요. 연 700만원 이하의 금액은 비과세이고, 700만원을 넘는 부분만 근로소득으로 과세됩니다. 같은 해에 여러 번 나누어 받았다면 합계액을 기준으로 판단하므로 각 지급분의 원천징수영수증을 모아 합계를 확인하는 것이 좋습니다.
• 산학협력단이 원천징수를 안 하면 교수가 가산세를 내나요?
  원천징수를 하지 않은 데 따른 납부지연가산세는 원천징수의무자인 산학협력단에 부과됩니다. 다만 교수는 대학 급여와 보상금을 합산해 종합소득세 확정신고를 해야 할 수 있고, 신고하지 않으면 교수 본인에게 무신고 관련 가산세 문제가 생길 수 있습니다.
• 대학이 직접 보상금을 주면 누가 원천징수하나요?
  보상금을 실제로 지급한 쪽이 원천징수의무자이므로 대학이 직접 지급했다면 대학이 원천징수합니다. 국세청 회신도 산학협력단이 권리를 승계해 보상금을 지급한 사실관계를 전제로 한 것이므로, 지급 주체가 바뀌면 원천징수의무자도 함께 바뀝니다.
• 비과세를 안 받고 세금을 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  네, 비과세 대상인데 과세됐다면 경정청구로 돌려받을 수 있습니다. 원천징수의무자나 원천징수대상자 모두 청구할 수 있고, 지급명세서가 제출된 경우 원천징수세액 납부기한이 지난 뒤 5년 안에 해야 합니다. 거부되면 90일 안에 심판청구를 검토합니다.
• 직무발명이 아닌 기술이전 수익 배분금도 같은가요?
  아니요. 비과세는 「발명진흥법」상 직무발명으로 받는 보상금에만 적용됩니다. 직무발명이 아닌 연구 성과급이나 산업자문료 배분금은 근로소득이나 기타소득 등으로 따로 구분되므로, 보상 규정에서 지급 명목과 근거 조항을 먼저 확인해야 합니다.

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