세율이 다른 부동산을 같은 해에 둘 이상 팔면 과세표준 전체에 기본세율을 적용한 세액과 자산별 세율로 계산한 세액의 합계를 비교해 큰 쪽을 냅니다. 같은 세율 자산끼리는 과세표준을 합쳐 계산하고, 감면 자산이 있으면 감면 후 세액이 큰 쪽을 고릅니다. 예정신고 세액과 달라지면 다음 해 5월 확정신고를 해야 합니다.
기한
세율이 다른 부동산을 같은 해에 둘 이상 팔았다면 다음 해 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고에서 두 가지 방법으로 세액을 계산해 큰 쪽을 냅니다. 예정신고 때 계산한 세액과 달라지면 확정신고를 생략할 수 없습니다.
일반 토지와 비사업용 토지, 오래 가진 건물과 산 지 1년 안 된 건물처럼 세율이 다른 자산을 한 해에 함께 팔면 세액 계산이 두 갈래로 나뉩니다. 건마다 따로 계산한 세액의 합계가 언제나 정답은 아니고, 양도소득 전체를 기본세율로 계산한 금액과 비교해 큰 쪽을 냅니다.
2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」으로 설명합니다.
이런 상담이 많습니다
F씨는 2026. 4. 직접 농사를 지어 온 논을 팔았고, 2026. 8.에는 오래 비워 둔 나대지를 팔았습니다. 논은 사업용으로 인정되어 기본세율이 적용되었고, 나대지는 비사업용 토지라 10%포인트가 더해진 세율로 따로 예정신고를 했습니다. 두 건 모두 과세표준이 5,000만원 정도였습니다. F씨는 이미 비사업용 토지에 높은 세율을 냈는데 내년 확정신고 때 무엇이 더 달라지는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
한 자산이 두 세율에 해당하면 어떻게 하나요?
한 자산이 여러 세율 규정에 동시에 걸리는 경우가 있습니다. 예를 들어 비사업용 토지를 산 지 1년 안에 팔면 단기 보유 세율 50%와 비사업용 토지 세율이 모두 해당합니다. 이때는 각각의 세율로 산출세액을 계산해 큰 것을 세액으로 합니다.
토지·건물 양도세율 구분
구분
세율
기본(2년 이상 보유)
6~45%
1년 이상 2년 미만 보유
40%(주택·입주권·분양권 60%)
1년 미만 보유
50%(주택·입주권·분양권 70%)
비사업용 토지 (핵심 행)
16~55%
미등기 양도자산
70%
조정대상지역 다주택 중과
기본세율 + 20%p 또는 30%p
한 자산이 둘 이상에 해당하면 각 세율로 계산한 세액 중 큰 것을 적용합니다. 분양권은 2년 이상 보유해도 60%입니다.
출처 - 소득세법 제104조 제1항·제7항
조정대상지역 다주택 중과 주택을 2년 안에 판 경우도 같은 방식입니다. 기본세율에 20%포인트나 30%포인트를 더한 세율로 계산한 세액과 단기 보유 세율로 계산한 세액 중 큰 것을 냅니다.
두 자산을 팔면 세액을 어떻게 비교하나요?
토지·건물·부동산에 관한 권리·기타자산을 한 해에 둘 이상 팔면 두 금액 중 큰 것이 산출세액입니다. 첫째는 그해 양도소득과세표준 전체에 기본세율을 적용한 금액이고, 둘째는 자산마다 해당 세율을 적용해 계산한 산출세액의 합계입니다.
F씨 사례의 두 가지 계산
① 과세표준 합계 × 기본세율
(불리)1,956만원(적용)
과세표준 1억원 전체에 기본세율
35% 구간까지 올라감
큰 쪽이라 이 금액이 산출세액
② 자산별 세액 합계
(중립)1,748만원
논 5,000만원 기본세율 624만원
나대지 5,000만원 비사업용 세율 1,124만원
예정신고 때 낸 금액
단순 예시 계산(출처 - 소득세법 제55조 제1항, 제104조 제1항 제8호·제5항)
F씨의 경우 첫째 방법은 과세표준 1억원 전체에 기본세율을 적용해 1,956만원입니다. 둘째 방법은 논 5,000만원에 기본세율 624만원, 나대지 5,000만원에 비사업용 토지 세율 1,124만원을 더해 1,748만원입니다. 큰 쪽인 1,956만원이 산출세액이 되고, 예정신고 때 낸 1,748만원과의 차액 208만원을 확정신고 때 더 냅니다.
높은 세율을 이미 냈는데 왜 더 내야 하는지 의아할 수 있습니다. 건마다 계산하면 각 자산이 낮은 누진 구간에 머물지만, 첫째 방법은 소득 전체를 한 번에 누진세율에 올리기 때문입니다. 합계 소득이 커질수록 첫째 방법이 커지는 경우가 많습니다.
같은 세율 자산이 여럿이면 어떻게 계산하나요?
둘째 방법을 계산할 때 같은 호의 세율이 적용되는 자산이 둘 이상이면 그 자산들의 과세표준을 먼저 합친 뒤 해당 세율을 적용합니다. 비사업용 토지 두 필지를 팔았다면 두 필지 과세표준을 더해 비사업용 토지 세율표에 넣습니다.
비사업용 토지와 비사업용 토지 보유 비율이 높은 법인의 주식처럼 같은 세율표를 쓰는 자산은 같은 자산으로 봅니다. 반대로 한 필지 안에 비사업용 부분과 사업용 부분이 섞여 있으면 각각 별개의 자산으로 보고 계산합니다.
예정신고 때 이미 비교했다면 확정신고를 안 해도 되나요?
두 번째 자산을 예정신고할 때 앞서 판 자산의 소득을 합산하고 비교산출세액까지 반영해 냈다면, 그 결과가 확정신고 계산과 같을 때 확정신고를 따로 하지 않아도 됩니다. 반대로 건마다 따로 예정신고만 했고 비교 계산으로 세액이 달라진다면 다음 해 5월에 확정신고를 해야 합니다.
확정신고를 하지 않으면 늘어난 세액에 무신고가산세나 과소신고가산세와 납부지연가산세가 붙을 수 있습니다. F씨처럼 추가 세액이 생기는 경우에는 다음 해 5월 31일까지 확정신고와 납부를 마쳐야 하고, 추가 세액이 1천만원을 넘으면 분할납부도 함께 검토할 수 있습니다.
감면받는 자산이 섞여 있으면 어떻게 하나요?
자경농지처럼 양도세를 감면받는 자산이 섞여 있으면 단순히 산출세액이 큰 쪽을 고르지 않습니다. 각 방법에서 감면세액을 뺀 뒤의 세액이 더 큰 쪽을 기준으로 산출세액을 정합니다. 감면 한도나 감면 대상 소득이 어느 방법에 어떻게 반영되는지에 따라 결론이 바뀔 수 있습니다.
기본공제도 함께 봐야 합니다. 토지·건물 등의 양도소득에는 1년에 250만원만 공제하고, 감면소득이 아닌 소득에서 먼저 공제합니다. 비교 계산을 하기 전에 공제 위치부터 맞춰야 두 방법의 금액이 정확히 나옵니다.
세율이 다른 자산 양도 확정신고 대응 순서
자산별 세율 확인 - 그해 판 자산마다 기본세율, 단기 보유 세율, 비사업용 토지 세율, 중과세율 중 무엇이 적용되는지 정리합니다.
두 방법 계산 - 과세표준 합계에 기본세율을 적용한 금액과 자산별 세액 합계를 각각 구합니다.
감면 반영 - 감면 자산이 있으면 감면세액을 뺀 뒤 큰 쪽을 고릅니다.
추가 세액 확정 - 예정신고 납부세액을 빼고 다음 해 5월 확정신고 때 냅니다. 1천만원을 넘으면 분할납부를 검토합니다.
비사업용 판단 재검토 - 높은 세율이 붙은 자산이 정말 비사업용 토지인지, 부득이한 사유는 없는지 다시 봅니다.
고지 후 대응 - 결정 고지가 나오면 계산 내역을 대조하고 과세전적부심사나 심판청구를 검토합니다.
여기까지는 일반 기준이고, 자산별 세율 판단과 감면 소득의 위치에 따라 두 방법의 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 비사업용 토지 판단과 비교산출세액이 걸린 양도소득세 확정신고 쟁점 검토, 과세전적부심사·심판청구를 수행합니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
