주식·명의신탁

차명주식 실제소유자 확인이 불인정되면 세금과 소송은 어떻게 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

국세청이 명의신탁주식 실제소유자 확인을 인정하지 않아도 그 통지만으로 세금이 정해지거나 주식을 잃지는 않지만, 명의를 옮긴 것이 양도나 증여로 과세될 수 있습니다. 조세심판원은 처리결과 통지를 불복 대상 처분으로 보지 않으므로, 과세처분이 나오면 그 처분을 다투고 명의자가 다투면 주주권 확인 소송으로 가야 합니다. 지금은 불인정 사유가 무엇인지와 주주명부를 이미 실제소유자 이름으로 바꿨는지부터 확인해야 합니다.

불인정 통지를 받았다고 곧바로 주주명부를 되돌리거나 명의자에게 주식을 넘길 필요는 없습니다. 통지는 세무서의 검토 결과를 알려 준 것이어서 주주명부나 명의자와의 권리관계를 바꾸지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 1998년 회사를 세울 때 처남과 거래처 대표 이름으로 주식 일부를 올려 두었습니다. 2025년 가을 국세청 실제소유자 확인을 신청했는데, 처남 명의분은 인정됐지만 거래처 대표 명의분은 실명전환으로 인정할 수 없다는 통지를 받았습니다. 거래처 대표는 세금을 체납해 그 주식이 압류돼 있었고, B씨가 낸 주금 납입 내역은 일부만 남아 있었습니다. B씨는 주주명부를 이미 자기 이름으로 바꿔 두었는데 세금이 나오는지, 무엇으로 다퉈야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

불인정 통지는 무슨 뜻인가요?

불인정 통지는 세무서가 낸 자료만으로는 명의신탁 주식을 실제소유자에게 되돌린 것으로 확인할 수 없다는 뜻이고, 그 통지로 세금이 바로 정해지지는 않습니다. 다만 국세청 안내문은 실제소유자로 인정되지 않으면 거래 실질에 따라 유상거래는 양도소득세·증권거래세 등, 무상거래는 증여세 등이 생길 수 있다고 적고 있습니다. 명의자에게서 실제소유자에게 넘어간 명의 이전을 되찾은 것이 아니라 매매나 증여로 볼 수 있다는 뜻입니다.

매매로 보면 명의자가 주식을 판 양도자가 되어 양도소득세와 증권거래세 문제가 명의자 쪽에 생기고, 증여로 보면 받은 사람인 실제소유자가 증여세를 냅니다. 어느 쪽이든 원래 내 주식이었다는 주장이 받아들여지지 않은 상태에서 계산되므로, 세금이 고지되기 전에 자료를 다시 정리해야 합니다.

불인정되면 대개 간소 절차가 아니라 일반 과세자료 절차로 넘어갑니다. 국세청 훈령인 「상속세 및 증여세 사무처리규정」(2026. 8. 3. 개정)은 요건을 갖추지 못했거나 자문위원회 자문 뒤에도 실제소유자가 불분명한 경우, 같은 회사 주식으로 두 번 이상 신청한 경우 등에는 일반 과세자료로 사실관계를 확인하게 합니다. 이때 해명이 필요하면 세무서는 해명할 사항을 적은 안내문을 서면으로 보내고, 해명자료를 내지 않거나 낸 자료만으로 처리할 수 없으면 현장확인이나 실지조사를 할 수 있습니다(같은 규정 제13조). 같은 회사 주식으로 다시 신청해도 훈령상 일반 절차로 처리하게 되어 있으므로, 해명 안내문에 금융자료 중심으로 답하는 데 힘을 쏟는 편이 낫습니다.

불인정 통지에 불복할 수 있나요?

조세심판원은 실제소유자 확인신청 처리결과 통지가 불복 대상인 처분이 아니라며 심판청구를 각하했습니다. 조세심판원 2022. 9. 22. 조심 2022서6107 결정 사안에서 세무서는 명의자의 국세 체납으로 주식이 압류돼 있어 체납을 피하려는 환원으로 보고 인정하지 않았고, 결정문에는 명의신탁 사유, 신청인의 경제적 능력, 실명전환 목적, 회사 경영지배, 조세채권에 미치는 영향을 살핀다는 처분청 의견이 실려 있습니다. 심판원은 그 통지가 법률상 지위를 바꾸지 않는 사실상의 통지라고 보았습니다. 법원이 이 통지의 처분성을 직접 판단한 판결은 확인하지 못했습니다.

과세처분이 나오면 실제소유를 어떻게 다투나요?

양도소득세나 증여세가 고지되면 과세전적부심사, 심판청구, 행정소송에서 명의신탁을 해지해 원래 내 주식을 되찾은 것임을 증명해야 합니다. 판례는 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서로 주주임을 보이면, 차명으로 등재됐다는 사정은 그것을 주장하는 쪽이 증명해야 한다고 봅니다.

증명이 얼마나 까다로운지는 실제 판결에서 보입니다. 확인신청이 불인정된 뒤 명의자가 자기 주식에 대한 압류가 무효라며 낸 소송에서 법원은 청구를 기각했습니다. 제출된 주금 이체 내역은 설립등기일 뒤의 날짜여서 설립 당시 납입 증빙이 되지 못했고, 명의자는 오랫동안 주주로 남아 있었고 이사나 감사로 등재돼 한때 급여도 받은 것으로 보였습니다. 압류 뒤 한참 지나 작성된 명의수탁진술서는 압류를 피하려고 쓴 것일 수 있다고 보았습니다(수원지방법원 2023. 9. 14. 선고 2022구합80238 판결, 확정).

주주지위확인 소송으로 바꿔야 하나요?

명의자나 그 상속인이 협조하지 않거나 주주권을 다툰다면, 명의신탁을 해지하고 명의자를 상대로 주주권 확인을 구하는 소송이 소유권 다툼을 정리하는 길입니다. 판례는 주권이 발행되지 않은 주식이라면 명의신탁을 해지할 때 주주권이 해지 의사표시만으로 실제 주주에게 돌아오고, 명의자가 이를 다투면 명의자를 상대로 주주권 확인을 구할 이익이 있다고 봅니다.

회사를 상대로는 주주권 확인이 아니라 명의개서를 청구합니다. 대법원은 회사를 상대로 한 주주권 확인의 소를 확인의 이익이 없다며 각하했고, 주식대금을 냈다는 사정만으로는 실질 주주로 보기에 부족하며 명의자와의 내부관계, 주주명부 등재 경위와 목적, 등재 뒤 권리행사 내용을 함께 본다고 했습니다. 이 소송에서 받은 확정판결문은 국세청 안내문이 정한 임의 제출서류이기도 합니다.

처음 신청할 때 어떤 증빙을 갖춰야 하나요?

불인정을 줄이려면 필수 서류 외에 주금을 실제소유자 돈으로 냈다는 금융자료, 배당금이 실제소유자에게 간 흐름, 설립 당시 정관과 실제주주명부를 함께 내야 합니다. 국세청 안내문은 주식대금 납입·배당금 수령 계좌 등 금융자료와 신탁약정서, 설립 당시 정관·실제주주명부, 확정판결문을 임의 제출서류로 두고 있습니다. 명의수탁자 확인서만으로 버티면 작성 시기와 관계 때문에 신빙성을 다투는 경우가 많습니다.

자료가 없다고 지금 계약서나 확인서를 만들어 당시 작성한 것처럼 내면 안 됩니다. 날짜를 소급한 문서는 오히려 명의신탁 주장을 무너뜨리고 형사 문제로 번질 수 있습니다. 없는 자료는 없다고 적고, 은행 거래내역 재발급처럼 객관적으로 다시 받을 수 있는 자료를 찾는 쪽으로 준비합니다.

실제소유자 확인 불인정 대응 순서

• 불인정 사유 확인 - 통지서와 세무서 설명으로 증빙 부족인지, 체납·압류 같은 사정 때문인지 확인합니다. 사유에 따라 보완할 자료가 달라집니다.
• 명의개서 상태 점검 - 주주명부를 이미 실제소유자 이름으로 바꿨는지 봅니다. 바꿨다면 그 이전이 양도나 증여로 과세될 수 있습니다.
• 과세 단계 대비 - 해명 안내문이 오면 기한 안에 자료로 답합니다. 과세예고통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 고지 뒤에는 90일 안에 심판청구 등을 검토합니다.
• 명의자 상대 소송 검토 - 명의자나 상속인이 다투면 명의신탁 해지 통지 후 주주권 확인을, 회사에는 명의개서를 청구합니다.
• 객관 자료 보강 - 주금 납입·배당 계좌, 설립 당시 정관과 주주명부, 의결권 행사 기록을 은행과 회사에서 다시 받습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 명의자의 체납·압류가 얽혀 있거나 이미 양도로 신고한 경우에는 통지서와 신고 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 명의신탁 주식에 대한 양도소득세·증여세 불복과 주주권 확인 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 불인정 통지를 받으면 세금이 바로 나오나요?
  통지 자체로 세금이 정해지지는 않습니다. 다만 국세청 안내문은 불인정되면 거래 실질에 따라 유상거래는 양도소득세·증권거래세, 무상거래는 증여세 등이 생길 수 있다고 적고 있습니다. 주주명부를 이미 바꿨다면 그 명의 이전이 과세 대상으로 검토될 수 있으므로 과세예고통지가 오는지 살펴야 합니다.
• 불인정 통지에 심판청구를 할 수 있나요?
  조세심판원은 실제소유자 확인신청 처리결과 통지가 납세의무를 지우거나 법률상 지위를 바꾸지 않는 사실상의 통지라며 심판청구를 각하했습니다. 그래서 통지 자체보다 이후 고지되는 양도소득세나 증여세 처분을 대상으로 다투는 것이 현실적입니다. 법원이 처분성을 직접 판단한 판결은 확인하지 못했습니다.
• 과세예고통지를 받으면 언제까지 다투나요?
  과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 이 단계에서 명의신탁 해지로 되찾은 주식이라는 자료를 내면 고지 전에 판단을 다시 받을 수 있습니다. 고지된 뒤에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 심판청구 등을 합니다.
• 양도로 보면 세금은 누가 내나요?
  매매로 보면 주식을 넘긴 명의자가 양도자가 되어 양도소득세를 내고, 금융투자업자를 통하지 않은 거래라면 증권거래세도 양도자가 냅니다. 실제로 돈이 오가지 않았는데 명의자에게 세금이 나오면 명의자와의 관계가 더 어려워지므로, 명의자 측과 대응 방향을 미리 맞춰 두어야 합니다.
• 명의자가 진술서를 써 줬는데도 왜 불인정되나요?
  명의수탁진술서는 작성 시기와 두 사람의 관계에 따라 신빙성이 다퉈집니다. 압류 뒤 한참 지나 작성된 진술서를 압류를 피하려고 쓴 것일 수 있다고 본 하급심 판결도 있습니다. 주금 납입 계좌, 배당금 흐름, 설립 당시 정관처럼 당시 만들어진 객관 자료가 함께 있어야 합니다.
• 회사를 상대로 주주권 확인 소송을 내도 되나요?
  회사를 상대로는 명의개서를 청구할 수 있으므로 주주권 확인을 구할 이익이 없다며 각하한 대법원 판결이 있습니다. 명의자나 상속인이 다툰다면 그들을 상대로 주주권 확인을 구하고, 회사에는 명의개서를 청구하는 방식으로 나눠서 소송을 구성합니다.
• 민사 판결을 받으면 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?
  과세 근거가 된 거래가 판결로 다른 것으로 확정되면 그 사유가 생긴 것을 안 날부터 3개월 이내에 후발적 경정청구를 검토할 수 있습니다. 다만 명의자와 다툼 없이 받아 낸 판결은 과세관청이 받아들이지 않을 수 있어, 판결 경위와 증거를 함께 정리해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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