양도소득세

1999년 분양받은 신축주택도 일시적 2주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 조세특례제한법 제99조 감면 대상 신축주택도 새집 취득 후 처분기한 안에 팔면 일시적 2주택 비과세를 받습니다. 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택이면 초과분 양도차익을 먼저 계산하고 그 과세분에 신축주택 감면을 적용합니다. 지금은 분양계약일과 전용면적부터 확인해야 합니다.

신축주택 감면을 받는 집이라고 해서 주택 수 계산에서 빠지거나 일시적 2주택 특례에서 제외되는 것은 아닙니다. 소득세법의 비과세 요건만 갖추면 감면 대상 신축주택도 비과세 특례를 그대로 받습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 1999년 6월 주택건설업자와 전용면적 137㎡ 아파트 분양계약을 맺고 계약금을 낸 뒤 2002년 11월 입주했습니다. 2024년 6월에는 배우자 명의로 다른 아파트를 샀고, 2026년 11월 처음 아파트를 20억원에 팔 계획입니다. A씨는 일시적 2주택 비과세를 받을 수 있는지, 20억원이면 고가주택인데 1999년 분양 때 들은 신축주택 감면도 함께 받을 수 있는지 물어 왔습니다. 두 아파트 모두 조정대상지역이 아닌 곳에 있습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 신축주택의 일시적 2주택을 어떻게 해석했나요?

국세청은 조세특례제한법 제99조의 신축주택도 고가주택인 경우까지 포함해 일시적 2주택 비과세 특례를 받을 수 있고, 1세대 1주택 범위를 넘는 부분만 과세한다고 답했습니다(서면법규과-414, 2014. 4. 28.). 질의자는 1999. 6. 28. 분양계약을 맺은 신축주택을 2002. 11. 1. 취득해 살다가 2012. 5. 12. 배우자 명의로 다른 주택을 취득하고, 그 뒤 3년 안에 신축주택을 팔려는 경우였습니다. 국세청은 신축주택이라고 해서 보유 주택 수에서 빼는 규정이 없으므로 일반 주택과 같이 일시적 2주택 요건을 따지고, 고가주택이면 소득세법 제95조 제3항과 시행령 제160조로 과세 양도차익을 먼저 계산한 뒤 조세특례제한법 제99조 감면을 적용한다고 보았습니다.

이 회신은 신청인이 밝힌 계약일·면적과 양도 계획을 전제로 한 해석이므로, 분양계약 시점이나 전용면적이 다르면 감면 여부가 달라질 수 있습니다.

고가주택이면 비과세와 감면은 어떤 순서로 계산하나요?

먼저 1세대 1주택 비과세로 12억원까지의 양도차익을 빼고, 남은 과세 양도차익에 신축주택 감면을 적용합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 고가주택의 과세 양도차익을 전체 양도차익에 양도가액에서 12억원을 뺀 금액이 양도가액에서 차지하는 비율을 곱해 계산합니다. 장기보유특별공제도 같은 비율로 나눕니다.

• 1단계 비과세 안분 - 양도가액 20억원, 취득가액 5억원이면 양도차익 15억원에 8억원/20억원을 곱해 과세 양도차익은 6억원입니다.
• 2단계 감면 적용 - 과세 양도소득금액 가운데 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 부분을 과세대상소득금액에서 뺍니다.
• 3단계 세율 적용 - 남은 금액에 장기보유특별공제와 기본공제를 적용하고 세율을 곱합니다.

위 금액은 필요경비를 빼지 않은 단순 예시이고, 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 방법은 시행령이 정한 방식을 따릅니다.

신축주택 감면에서 빠지는 고가주택은 언제 기준으로 보나요?

1999년 분양계약 주택이 감면에서 빠지는 고가주택인지는 매매계약을 맺고 계약금을 낸 당시의 고급주택 기준으로 판단한다는 것이 국세청 해석입니다. 현행 조세특례제한법 제99조 제1항은 신축주택이 비과세에서 제외되는 고가주택이면 감면하지 않는다고 정하고 있습니다. 국세청은 2002년 개정 조세특례제한법 부칙에 따라 계약 당시 고급주택 기준(사례의 경우 전용면적 165㎡ 이상이면서 양도 당시 실지거래가액 5억원 초과)을 적용한다고 보았습니다(서면인터넷방문상담4팀-2299, 2006. 7. 14., 서면법규과-414에서 인용). 사례처럼 전용면적이 137㎡라면 면적 요건에 걸리지 않아 양도가액이 20억원이어도 감면 대상에서 빠지지 않습니다.

2026. 10. 1.부터 처분기한은 어떻게 바뀌었나요?

2026. 10. 1.부터 일시적 2주택 처분기한은 종전주택과 새집이 모두 조정대상지역에 있으면 2년, 그 밖에는 3년입니다. 2년 기한은 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역의 새집을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 파는 경우부터 적용되고, 2026. 8. 3. 이전에 새집을 취득했거나 계약금을 낸 경우에는 종전처럼 3년입니다. 사례는 새집을 2024년 6월 샀고 두 집 모두 조정대상지역이 아니므로 2027년 6월까지 신축주택을 팔면 기한을 지킨 것이 됩니다.

신축주택 일시적 2주택 대응 순서

• 분양계약서 확인 - 주택건설업자와 최초로 맺은 계약일과 계약금 납부일이 1998. 5. 22.부터 1999. 6. 30.(국민주택은 1999. 12. 31.) 사이인지 봅니다. 감면 대상 여부가 여기서 정해집니다.
• 전용면적 확인 - 계약 당시 고급주택 기준에 걸리는지 전용면적을 확인합니다. 165㎡ 미만이면 고가주택이라도 감면에서 빠지지 않습니다.
• 처분기한 계산 - 새집 취득일부터 2년 또는 3년 안에 신축주택을 파는지 확인합니다. 두 집의 조정대상지역 여부와 새집 취득일이 기한을 정합니다.
• 과세 양도차익 계산 - 양도가액이 12억원을 넘으면 초과 비율로 과세 양도차익을 먼저 계산하고 그 뒤에 감면을 적용합니다.
• 감면신청과 경정청구 - 예정신고 때 감면신청서를 냅니다. 감면을 빼고 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 다시 구할 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 분양계약 시점과 전용면적, 새집의 취득 시점에 따라 결론이 달라지므로 분양계약서와 등기사항증명서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 감면·비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 신축주택 감면 집도 주택 수에 들어가나요?
  네, 조세특례제한법 제99조 감면 대상 신축주택도 1세대 1주택 비과세를 판단할 때 주택 수에 들어갑니다. 신축주택을 주택 수에서 빼 주는 규정은 다른 주택을 2007. 12. 31.까지 양도한 경우에만 적용되었으므로, 지금 다른 집을 팔 때는 신축주택도 1주택으로 셉니다.
• 고가주택은 일시적 2주택 비과세가 안 되나요?
  아니요, 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택도 일시적 2주택 비과세 특례를 받습니다. 다만 비과세는 12억원에 해당하는 부분까지이고, 초과 비율만큼의 양도차익에는 양도소득세가 과세됩니다. 국세청도 신축주택이 고가주택인 경우 이렇게 계산한다고 보았습니다.
• 감면은 양도차익 전체에 적용되나요?
  아니요, 비과세 안분을 먼저 하고 남은 과세 양도소득금액에 감면을 적용합니다. 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지나 팔면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만 과세대상소득금액에서 뺍니다. 그 뒤에 발생한 상승분은 감면되지 않습니다.
• 분양권을 사서 입주했어도 감면 대상인가요?
  제99조 감면은 신축주택취득기간에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 맺고 계약금을 낸 사람이 취득한 주택이 대상입니다. 다른 사람에게서 분양권을 사들인 경우에는 최초 계약자가 아니어서 감면 대상인지 따로 따져야 하고, 계약 당시 다른 사람이 입주한 주택도 제외됩니다.
• 새집을 산 지 3년이 지나면 어떻게 되나요?
  처분기한이 지나 신축주택을 팔면 일시적 2주택 비과세는 받지 못하고 양도차익 전체가 과세 대상이 됩니다. 이때도 조세특례제한법 제99조 감면 요건을 갖추었다면 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 과세대상소득금액에서 뺍니다. 국세청 사례집도 같은 취지로 설명했습니다.
• 감면신청을 빠뜨렸는데 다시 받을 수 있나요?
  감면을 빼고 신고·납부했다면 법정신고기한이 지난 날부터 5년 안에 경정청구로 감면을 반영해 달라고 청구할 수 있습니다. 분양계약서와 계약금 영수증으로 신축주택취득기간 안의 최초 계약임을 보여 주어야 하므로 오래된 서류부터 확보합니다.
• 세무서가 감면을 부인하면 어떻게 다투나요?
  세무서가 고가주택이라는 이유 등으로 감면을 부인하고 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 계약 당시 고급주택 기준에 걸리지 않는다는 점은 분양계약서의 전용면적과 계약일로 보여 줍니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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