주식·명의신탁

소액주주로 장내에서 판 주식 손실, 대주주 주식 이익과 합칠 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 소액주주로서 증권시장에서 판 상장주식은 양도소득세 과세 대상이 아니므로 그 손실을 대주주 주식 양도 이익에서 뺄 수 없습니다. 소득세법 제102조 제2항의 양도차손 통산은 과세 대상 자산끼리만 허용됩니다. 지금은 손실이 난 종목마다 그해 대주주였는지, 장외에서 팔았는지부터 확인해 보십시오.

손실이 난 주식을 전부 신고서에 적어야 하는 것은 아닙니다. 과세 대상이 아닌 주식은 이익이든 손실이든 처음부터 신고 대상에서 빠집니다.

이런 상담이 많습니다

E씨는 유가증권시장 상장회사 K사(중소기업 아님)의 대주주로, 2026년 상반기에 K사 주식을 장내에서 팔아 1억원의 이익을 냈습니다. 같은 기간 소액주주로 갖고 있던 상장회사 B사 주식은 장내에서 팔아 5천만원의 손실을 봤습니다. E씨는 두 거래를 합쳐 양도소득금액 5천만원으로 계산해 8월에 예정신고하고 20% 세율로 세금을 냈습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소액주주로 장내에서 판 주식의 손실도 빼 주나요?

아니요, 소액주주로서 증권시장에서 판 상장주식은 양도소득세 과세 대상이 아니므로 그 손실을 대주주 양도 이익에서 뺄 수 없습니다. 양도차손 통산은 과세 대상 자산끼리만 허용됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제102조 제2항은 양도차손이 생긴 자산이 있으면 같은 소득 그룹 안의 다른 자산 양도소득금액에서 그 차손을 공제하도록 정합니다. 여기서 양도차손이 생긴 자산은 제94조가 정한 과세 대상 자산을 말합니다. 과세 대상이 아닌 주식의 손실은 처음부터 양도소득 계산에 들어오지 않습니다.

사례의 E씨는 K사 이익 1억원 전부가 양도소득금액이 됩니다. 1년 이상 보유한 주식이고 기본공제 250만원을 빼기 전 금액으로 단순 계산하면, 20% 세율의 본세는 손실을 합쳤을 때 1천만원에서 2천만원으로 늘고, 그 차액 1천만원에 과소신고가산세 10%와 납부지연가산세가 붙습니다.

과세 대상이 아니어서 통산할 수 없는 주식은 무엇인가요?

통산할 수 없는 대표적인 주식은 두 가지입니다. 이 주식들은 팔아서 이익이 나도 세금이 없는 대신, 손실이 나도 다른 주식 이익에서 빼 주지 않습니다.

• 장내 매도한 상장주식(소액주주) - 대주주가 아닌 사람이 증권시장에서 판 상장주식
• K-OTC에서 판 비상장주식(소액주주) - 대주주가 아닌 사람이 한국금융투자협회 장외매매거래로 판 중소기업·중견기업 비상장주식

같은 회사 주식이라도 장외에서 판 부분은 과세 대상이므로 손실을 통산할 수 있습니다. 거래 방식과 그해 대주주 여부를 종목마다 나눠 확인해야 합니다.

어떤 주식 손실은 통산할 수 있나요?

과세 대상 주식에서 난 손실은 같은 해 다른 과세 대상 주식 이익에서 뺄 수 있습니다. 대주주 양도분, 장외에서 판 상장주식, K-OTC 외 방식으로 판 비상장주식, 해외주식이 여기에 들어갑니다.

통산 순서는 정해져 있습니다. 먼저 손실이 난 주식과 같은 세율이 적용되는 주식의 이익에서 빼고, 남은 손실은 다른 세율 주식의 이익에서 금액 비율대로 나눠 뺍니다.

부동산 양도 손실과 주식 양도 이익은 소득 그룹이 달라 서로 합치지 못합니다. 한 그룹에서 남은 결손금은 다른 그룹 소득금액과 합산하지 않습니다.

이미 손실을 합쳐 신고했다면 어떻게 하나요?

세무서가 경정해 통지하기 전이라면 과세표준수정신고서를 내고 차액을 납부하는 것이 우선입니다. 수정신고가 빠를수록 과소신고가산세 감면 폭이 큽니다.

• 1개월 이내 - 과소신고가산세 90% 감면
• 1개월 초과 3개월 이내 - 75% 감면
• 3개월 초과 6개월 이내 - 50% 감면
• 6개월 초과 1년 이내 - 30% 감면

예정신고에서 잘못 통산했다면 다음 해 5월 확정신고 때 바로잡아도 예정신고분 가산세는 남습니다. 예정신고 단계의 과소신고에도 과소신고가산세가 적용되기 때문입니다.

비과세 주식 손실 통산 대응 순서

• 종목별 과세 여부 분류 - 거래내역을 종목별로 놓고 그해 대주주 여부와 장내·장외 거래를 표시해 과세 대상만 남깁니다.
• 세율별 정리 - 과세 대상 주식을 세율별로 묶고 같은 세율 안에서 손실을 먼저 뺍니다.
• 수정신고 - 이미 통산해 적게 신고했다면 과세표준수정신고서와 주식등 양도소득금액 계산명세서를 다시 냅니다.
• 확정신고 점검 - 하반기 양도분과 합쳐 3억원 초과 구간이 생기면 다음 해 5월 확정신고로 정산합니다.
• 불복 검토 - 과세 대상 손실인데 통산을 부인당했다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 같은 종목을 장내와 장외에서 섞어 팔았거나 연중에 대주주가 된 경우는 종목별 거래일을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식 양도소득세 경정청구와 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• K-OTC에서 판 비상장주식 손실은 빼 주나요?
  대주주가 아닌 사람이 K-OTC에서 판 중소기업·중견기업 비상장주식은 과세 대상이 아니어서 그 손실도 통산하지 못합니다. 같은 비상장주식이라도 K-OTC 밖에서 직접 팔았다면 과세 대상이므로 통산할 수 있습니다.
• 해외주식 손실은 국내주식 이익과 합치나요?
  해외주식은 국내 과세 대상 주식과 같은 주식 양도소득 그룹에 들어가므로 같은 해 손익을 통산할 수 있습니다. 다만 해외주식 양도분은 예정신고 대상이 아니어서 다음 해 5월 확정신고에서 합쳐 정산합니다.
• 부동산 손실을 주식 이익에서 뺄 수 있나요?
  부동산과 주식은 양도소득 그룹이 달라 서로 손익을 합치지 못합니다. 한 그룹에서 생긴 결손금은 다른 그룹의 소득금액과 합산하지 않으므로 부동산 손실은 그해 다른 부동산 이익에서만 뺍니다.
• 세율이 다른 주식끼리는 어떻게 빼나요?
  손실이 난 주식과 같은 세율이 적용되는 주식의 이익에서 먼저 빼고, 남은 손실은 다른 세율 주식들의 이익 금액 비율대로 나눠 뺍니다. 순서를 바꾸면 세액이 달라지므로 세율별로 정리해 계산합니다.
• 올해 남은 손실을 내년으로 넘길 수 있나요?
  양도차손은 그해 같은 그룹의 다른 자산 양도소득금액에서만 공제하고 다음 해로 넘기는 규정이 없습니다. 그해 통산하고 남은 손실은 소멸하므로 같은 해 안의 거래를 함께 놓고 계산합니다.
• 예정신고 잘못은 확정신고로 고치면 되나요?
  확정신고에서 세액을 바로잡아도 예정신고 단계의 과소신고에는 과소신고가산세가 적용됩니다. 확정신고와 관련해 같은 부분에 가산세를 다시 매기지는 않으므로 예정신고분은 빨리 수정신고하는 편이 낫습니다.
• 통산을 부인당하면 언제까지 다퉈야 하나요?
  과세 대상 손실인데 통산을 부인하는 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 그 종목이 대주주 양도분이거나 장외 양도분이라는 거래 자료가 중심입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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