양도소득세

소수지분으로 상속받은 집이 두 채면 살던 집 비과세가 안 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 살던 집을 가진 1세대가 소수지분 공동상속주택 2채를 함께 가진 상태에서 살던 집을 팔면 1세대1주택 비과세 특례를 받기 어렵습니다. 공동상속주택 특례로 주택 수에서 빠지는 것은 공동상속주택 1채의 소수지분뿐이고 두 번째 지분은 주택 수에 들어가기 때문입니다. 두 지분 중 어느 것이 특례 대상인지와 살던 집을 팔기 전에 정리할 수 있는지부터 확인해 보십시오.

지분이 작다고 해서 몇 채를 받든 모두 주택 수에서 빠지는 것은 아닙니다. 반대로 두 번째 지분을 살던 집 양도 전에 어떻게 처리하느냐에 따라 판단이 달라질 수 있으므로, 팔기 전에 보유 상태를 점검하는 것이 먼저입니다.

이런 상담이 많습니다

F씨는 2020년 산 아파트에 살고 있습니다. 2023년 따로 살던 아버지가 돌아가시면서 아버지 명의 아파트와 상가주택을 어머니, 형제들과 함께 상속받았고, F씨는 두 집 모두 7분의 1 지분만 받았습니다. 2026년 이사를 앞두고 살던 아파트를 팔려는데, 작은 지분 두 개 때문에 비과세가 막히는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

소수지분 2채면 왜 비과세가 어렵나요?

공동상속주택 특례는 상속으로 여러 사람이 공동으로 소유하는 1주택의 소수지분을 다른 주택 양도 때 주택 수에서 빼 주는 규정입니다. 소수지분이 2채면 그중 1채만 특례로 빠지고 나머지 1채는 주택 수에 들어가 살던 집과 합쳐 2주택이 됩니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제3항은 공동상속주택을 1주택으로 정하고, 피상속인이 상속개시 당시 2주택 이상을 가졌다면 소유기간 등의 순위에 따른 1주택으로 한정합니다. 같은 피상속인에게서 받은 지분이라면 선순위 주택의 지분만 빠지고 후순위 주택의 지분은 주택 수에 들어갑니다.

예시에서 아버지가 아파트를 상가주택보다 오래 가졌다면 아파트가 선순위입니다. F씨의 아파트 지분은 주택 수에서 빠지지만 상가주택 지분은 주택 수에 들어가므로, 그대로 살던 집을 팔면 비과세를 받기 어렵습니다.

상가주택 지분도 주택으로 세나요?

하나의 건물이 주택과 주택 외 부분으로 섞여 있으면 주택 연면적이 더 클 때 건물 전체를 주택으로 봅니다. 주택 연면적이 주택 외 부분보다 작거나 같으면 주택 부분만 주택으로 보지만, 그 주택 부분 지분도 주택 수에는 들어갑니다.

그래서 상가주택이라도 주택 부분이 있다면 소수지분이 주택 수 계산에서 사라지지 않습니다. 건축물대장으로 주택과 상가의 연면적을 먼저 확인합니다.

살던 집을 팔기 전에 무엇을 할 수 있나요?

살던 집 양도일 현재 주택 수에 들어가는 후순위 지분이 남아 있지 않아야 비과세 특례를 검토할 수 있습니다. 후순위 지분을 먼저 처분하는 방법이 있지만, 그 처분에도 세금이 따르고 처분 방법에 따라 과세관청의 판단이 엇갈릴 수 있습니다.

• 후순위 지분 양도 - 세대 밖의 공동상속인이나 제3자에게 팔면 그 지분 양도에는 양도소득세가 과세될 수 있습니다.
• 후순위 지분 증여 - 받는 사람에게 증여세가 생기고, 증여로 정리한 뒤 살던 집을 판 구조는 특례 적용을 두고 다툼이 생길 수 있습니다.
• 그대로 과세 양도 - 지분을 두고 살던 집을 과세로 팔면서 장기보유특별공제 등을 따져 세액을 계산합니다.

어느 방법이 나은지는 살던 집 비과세로 줄어드는 세액과 지분 정리 비용을 비교해야 알 수 있습니다. 서로 다른 부모에게서 1채씩 받은 지분이라면 판단 구조가 달라지므로 피상속인별로 나눠 확인합니다.

살던 집 자체의 요건은 무엇인가요?

지분 문제가 정리되더라도 살던 집은 보유기간 2년 이상이어야 하고, 취득 당시 조정대상지역에 있었다면 거주기간도 2년 이상이어야 합니다. 양도가액이 12억원을 넘는 부분은 과세됩니다.

예시의 F씨는 2020년에 아파트를 샀으므로 보유기간은 이미 2년을 넘겼습니다. 취득 당시 그 아파트가 조정대상지역에 있었다면 실제로 2년 이상 살았는지를 주민등록초본으로 확인해야 합니다.

소수지분 2채 보유 시 대응 순서

• 지분 목록 정리 - 상속받은 지분이 몇 채인지, 같은 피상속인에게서 받았는지 등기사항전부증명서로 확인합니다.
• 선후순위 판단 - 피상속인의 소유기간, 거주기간 순으로 어느 지분이 공동상속주택 특례 대상인지 정합니다.
• 정리 방법 비교 - 후순위 지분을 정리할지, 살던 집을 과세로 팔지 세액을 비교합니다.
• 양도 신고 - 살던 집을 판 뒤 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 예정신고를 합니다.
• 사후 대응 - 비과세가 부인되면 과세예고통지 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지서 수령 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지분 일부를 사고팔았거나 재개발로 지분이 입주권으로 바뀐 경우에는 결론이 달라질 수 있어 등기와 사업 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 상속주택이 걸린 1세대1주택 비과세 부인 처분에 대한 과세전적부심사와 심판청구 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 두 지분 모두 소수지분인데도 안 되나요?
  네. 공동상속주택 특례는 1주택의 소수지분을 빼 주는 규정이어서 소수지분이 2채면 1채만 빠집니다. 나머지 지분은 주택 수에 들어가 살던 집과 합쳐 2주택이 되므로 비과세를 받기 어렵습니다.
• 어느 지분이 빠지는지 내가 고르나요?
  아니요. 같은 피상속인에게서 받았다면 피상속인이 소유한 기간이 가장 긴 주택, 같으면 거주기간이 긴 주택 순으로 정한 선순위 주택의 지분만 빠집니다. 상속인이 선택할 수 있는 것은 기준시가까지 같은 경우뿐입니다.
• 후순위 지분을 먼저 팔면 어떻게 되나요?
  후순위 지분을 세대 밖 사람에게 먼저 팔면 그 지분 양도에는 양도소득세가 과세될 수 있습니다. 그 뒤 선순위 지분과 살던 집만 남은 상태에서 살던 집을 팔면 공동상속주택 특례를 검토할 수 있습니다.
• 같은 날 지분과 살던 집을 팔면요?
  같은 날 2개 이상의 주택을 팔면 거주자가 선택하는 순서로 양도한 것으로 봅니다. 후순위 지분을 먼저 판 것으로 정하면 살던 집 양도 때 그 지분은 남아 있지 않은 것이 되므로 계약서와 신고서에 순서를 분명히 적어 둡니다.
• 상가가 더 넓은 상가주택 지분도 세나요?
  주택 연면적이 주택 외 부분보다 작거나 같으면 상가 부분은 주택으로 보지 않지만 주택 부분은 주택입니다. 그 주택 부분 지분은 여전히 주택 수에 들어가므로 건축물대장으로 면적을 확인합니다.
• 이미 비과세로 신고했다면 어떻게 하나요?
  후순위 지분이 있는데도 비과세로 신고했다면 세무서가 결정하기 전에 수정신고를 해 가산세를 줄이는 방법을 검토합니다. 과세예고통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다.
• 고지서를 받은 뒤에는 언제까지 다투나요?
  납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 선후순위 판단을 다툴 때는 피상속인의 주택별 소유·거주 기록을 증거로 냅니다. 이의신청은 선택 절차이고, 기한을 넘기면 다투기 어려우므로 고지서 수령일을 기록해 둡니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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