감면·공제

스톡옵션 일부만 과세특례를 받으면 나머지는 세금을 나누어 낼 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 같은 날 행사한 벤처기업 주식매수선택권 중 일부만 과세특례를 받았다면 나머지 행사이익의 근로소득세나 기타소득세는 납부특례로 5년에 나누어 낼 수 있습니다. 국세청은 두 특례가 서로 독립된 규정이라며 이렇게 회신했고, 현금으로 차액을 받는 경우만 제외됩니다. 지금은 행사한 달의 다음 달 5일까지 회사에 특례적용신청서를 냈는지부터 확인하십시오.

같은 날 행사하는 주식매수선택권을 하나로 묶어 한 가지 특례만 골라야 하는 것은 아닙니다. 일부는 행사 시 과세를 미루는 과세특례로, 나머지는 소득세를 나누어 내는 납부특례로 처리할 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2022년 8월 다니는 벤처기업에서 주식매수선택권을 받았고, 2025년 8월 같은 날 일부를 행사했습니다. 대부분은 전용계좌를 통해 행사 시 과세하지 않는 과세특례를 신청했지만, 일부는 행사가액 한도 등을 고려해 특례를 신청하지 않았습니다. 특례를 신청하지 않은 부분의 근로소득세가 수천만원으로 예상되자 A씨는 이 부분만 5년에 나누어 낼 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세특례를 받지 않은 일부 주식도 소득세를 나누어 낼 수 있나요?

네. 같은 날 행사한 주식매수선택권 중 일부에만 과세특례를 적용하고 나머지는 적용하지 않았다면, 과세특례를 받지 않은 부분의 행사이익에 대한 근로소득세나 기타소득세는 납부특례로 나누어 낼 수 있습니다. 두 특례는 서로 독립된 규정이기 때문입니다.

과세특례는 적격주식매수선택권을 행사할 때 소득세를 매기지 않고, 나중에 주식을 팔 때 양도소득세로 과세하는 제도입니다. 납부특례는 행사 시 과세되는 행사이익의 소득세를 원천징수하지 않고 확정신고 때 일부만 내고 나머지를 나누어 내는 제도입니다. 법은 과세특례에 행사이익 전부를 한꺼번에 행사하라는 조건을 두지 않으므로, 같은 과세기간에 나누어 행사하면 일부만 골라 과세특례를 받을 수 있습니다.

국세청은 일부만 과세특례를 받은 경우를 어떻게 회신했나요?

국세청은 사전-2019-법령해석소득-0380(2019. 9. 11.)에서, 행사로 받는 주식 중 일부는 과세특례를 적용받고 나머지는 적용받지 않으면 나머지 행사이익에는 소득세를 과세하고, 그 소득세는 납부특례를 적용받을 수 있다고 회신했습니다. 다만 행사가격과 시가의 차액을 현금으로 받는 경우는 납부특례 대상이 아닙니다.

검토 이유는 납부특례가 행사이익에 종합소득세가 과세되는 경우에 적용되는 규정이고, 과세특례 적용 여부와 무관하게 독립적으로 정해져 있다는 것이었습니다. 과세특례를 신청하지 않은 주식에서 생긴 근로소득세 또는 기타소득세라면 납부특례 대상이 됩니다. 회신은 질의한 사실관계를 전제로 하므로 행사 방식이나 지급 형태가 다르면 결론이 달라질 수 있습니다.

납부특례를 받으면 세금을 어떻게 나누어 내나요?

납부특례를 신청하면 회사는 행사이익에 대해 원천징수하지 않고, 본인이 다음 해 5월 확정신고 때 행사이익을 포함해 신고하되 행사이익에 관련된 세액의 5분의 4를 빼고 냅니다. 남은 분할납부세액은 그 뒤 4개 연도의 확정신고 때 4분의 1씩 냅니다.

• 분할 대상 세액 - 종합소득 결정세액에서 행사이익을 뺀 경우의 결정세액을 차감한 금액입니다.
• 첫해 - 그 세액의 5분의 1과 다른 소득 세액을 냅니다.
• 다음 4년 - 분할납부세액의 4분의 1씩을 매년 5월 확정신고 때 냅니다.
• 대상 기간 - 2027. 12. 31. 이전에 부여받은 주식매수선택권이어야 합니다.

2019년 회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

비과세 한도가 크게 늘었습니다. 회신 당시에는 행사이익 중 연 2천만원까지 비과세였지만, 2026. 10. 11. 기준 현행 「조세특례제한법」은 연간 2억원, 벤처기업별 누적 5억원까지 비과세합니다. 납부특례는 비과세되는 금액을 뺀 나머지 행사이익에 대한 소득세에 적용됩니다.

과세특례 쪽은 행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액이 5억원 이하여야 하고, 행사로 받은 주식만 거래하는 전용계좌를 써야 합니다. 주식을 증여하거나 행사일부터 1년 안에 팔면 과세특례가 적용되지 않고 행사이익이 근로소득이나 기타소득으로 과세됩니다. 근무 중 행사하면 근로소득, 퇴직 후 행사하면 기타소득입니다.

스톡옵션 분할납부 대응 순서

• 행사분 나누기 - 행사할 주식을 과세특례 신청분과 일반 과세분으로 나누고, 전체 행사가액 5억원 한도를 계산합니다.
• 전용계좌 개설 - 과세특례분은 주식매수선택권 전용계좌로만 받습니다. 다른 주식을 같은 계좌로 거래하지 않습니다.
• 납부특례 신청 - 일반 과세분은 행사한 달의 다음 달 5일까지 회사에 벤처기업 주식매수선택권 행사이익 납부 특례적용신청서를 냅니다.
• 확정신고와 분할납부 - 다음 해 5월 행사이익을 포함해 신고하고 5분의 1을 낸 뒤, 4년간 나머지를 나누어 냅니다.
• 경정청구·불복 - 특례가 부인돼 납부고지서를 받으면 90일 안에 심판청구를, 신고를 잘못했으면 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 부여 근거 법률과 행사 시점의 재직 여부, 현금 정산 여부에 따라 결론이 달라지므로 부여계약서와 행사 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 주식보상 과세에 관한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 스톡옵션 행사이익 비과세 한도는 얼마인가요?
  벤처기업 임직원이 2027. 12. 31. 이전에 부여받은 주식매수선택권을 행사해 얻은 이익 중 연간 2억원까지 소득세를 과세하지 않습니다. 벤처기업별 누적 비과세 금액은 5억원을 넘을 수 없습니다.
• 납부특례로 몇 년에 나누어 내나요?
  행사한 다음 해 5월 확정신고 때 행사이익 관련 세액의 5분의 1을 내고, 남은 5분의 4는 그 뒤 4개 연도의 확정신고 때 4분의 1씩 냅니다. 모두 합쳐 5개 연도에 나누어 내는 구조입니다.
• 현금으로 차액을 받으면 납부특례가 되나요?
  아니요. 행사가격과 시가의 차액을 주식이 아니라 현금으로 교부받는 경우에는 납부특례를 적용하지 않습니다. 이때는 일반 원칙대로 회사의 원천징수와 다음 해 5월 확정신고를 거쳐 세금을 냅니다.
• 신청서를 회사에 못 냈으면 납부특례가 끝인가요?
  아니요. 행사한 달의 다음 달 5일까지 회사에 내지 못했어도, 행사일이 속하는 과세기간의 종합소득세 확정신고 때 납세지 관할 세무서장에게 특례적용신청서를 내면 납부특례를 적용받을 수 있습니다.
• 과세특례를 받은 주식을 1년 안에 팔면 어떻게 되나요?
  주식을 증여하거나 행사일부터 1년이 지나기 전에 처분하면 그 주식의 행사이익을 근로소득이나 기타소득으로 과세하고, 귀속시기는 처분일이나 증여일이 속하는 과세연도입니다. 회사 파산 등 부득이한 사유가 있으면 예외입니다.
• 퇴직 후에 행사하면 어떤 소득인가요?
  퇴직 전에 부여받은 주식매수선택권을 퇴직 후 행사해 얻은 이익은 기타소득입니다. 근무 중 행사하면 근로소득으로 봅니다. 벤처기업 비과세 특례는 퇴직 후 행사에도 적용되므로 함께 확인합니다.
• 과세특례 행사가액 한도는 얼마인가요?
  행사일부터 역산해 2년이 되는 날이 속하는 과세기간부터 행사일이 속하는 과세기간까지 전체 행사가액 합계가 5억원 이하여야 합니다. 5억원을 넘으면 넘은 날 기준으로 행사이익 전부가 과세됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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