부가가치세

수용되는 사업용 건물의 보상금에도 부가가치세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 공익사업의 수용절차에서 수용대상 건물의 소유자가 보상금을 받고 소유권을 넘기는 것은 재화의 공급이 아니어서 부가가치세가 붙지 않습니다. 부가가치세법 시행령은 수용절차에서 수용된 재화의 대가를 받는 경우를 재화의 공급에서 제외합니다. 지금은 사업인정 고시가 있었는지와 보상 내역서의 항목 구성부터 확인하십시오.

건물이 철거될 예정이라는 이유로 사업자가 따로 세금계산서를 발급할 필요는 없습니다. 수용되는 건물의 대가는 철거 여부와 관계없이 부가가치세 과세대상이 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 지방 도시에서 상가 건물을 임대하는 일반과세자입니다. 2025년 그 일대가 공공주택지구로 지정되고 사업시행자가 국토교통부장관의 사업인정을 받은 뒤, B씨 건물도 수용대상에 포함됐습니다. 사업시행자는 건물 보상금 약 9억원을 지급하고 소유권을 넘겨받은 뒤 건물을 철거할 계획이라고 알려 왔습니다. B씨는 사업용 건물을 넘기는 것이니 보상금의 10퍼센트를 부가가치세로 따로 받고 세금계산서를 발급해야 하는지, 아니면 그대로 받으면 되는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

수용되는 건물 보상금에도 부가가치세가 붙나요?

아니요, 토지보상법 등에 따른 수용절차에서 수용대상 건물의 소유자가 수용된 건물의 대가를 받는 경우는 재화의 공급으로 보지 않아 부가가치세가 과세되지 않습니다. 사업용 건물이라도 같습니다.

부가가치세법은 수용을 원칙적으로 재화의 공급에 포함하지만, 시행령에서 공매·경매와 함께 수용절차에서 받는 대가를 재화의 공급에서 뺍니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법 시행령」 제18조 제3항 제3호가 이 예외를 정하고 있습니다.

이 예외는 「도시 및 주거환경정비법」, 토지보상법 등 법률에 따른 수용절차에 적용됩니다. 그래서 사업인정이나 그에 갈음하는 지정·인가가 있었는지, 대가가 수용 보상금인지가 먼저 확인할 사항입니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 토지보상법에 따른 수용절차에서 수용대상 건축물의 소유자가 대가를 받고 사업시행자에게 소유권을 이전하면 재화의 공급에 해당하지 않는다고 회신했습니다(서면법규과-555, 2013. 5. 15.). 당시 시행령 개정으로 수용되는 재화는 소유권이 넘어가는지와 관계없이 재화의 공급으로 보지 않게 됐다는 점을 근거로 들었습니다.

개정 전에는 소유자가 직접 철거하는지에 따라 과세 여부가 달라지는 문제가 있었고, 개정 뒤에는 철거 여부를 묻지 않게 됐다는 설명입니다. 같은 검토에서 국세청은 철거될 설비의 잔존가치 보상금은 과세대상이 아니고, 이설비 보상금도 소유자가 역무를 제공한 대가가 아니어서 손실보상금으로 본다고 정리했습니다. 회신은 사업인정 뒤 수용대상 건물을 넘긴 사실관계를 전제로 하므로, 사업인정 전에 협의로 파는 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

건물을 철거하지 않고 사업시행자에게 넘겨도 같은가요?

네, 수용절차에서 받은 대가라면 건물을 소유자가 철거하든 사업시행자가 넘겨받아 철거하든 결론은 같습니다. 과세 여부는 철거 주체가 아니라 그 대가가 수용 보상금인지로 판단합니다.

다만 보상금 중 일부가 수용과 관계없는 거래의 대가라면 따로 봅니다. 예를 들어 소유자가 사업시행자의 의뢰를 받아 다른 건물을 철거해 주고 받은 공사비는 용역의 대가가 될 수 있습니다. 보상 내역서에서 항목별 성격을 나눠 두어야 합니다.

세금계산서를 이미 발급했다면 어떻게 하나요?

수용 보상금에 세금계산서를 발급하고 부가가치세를 신고·납부했다면, 과세대상이 아닌 거래를 신고한 것이므로 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 사업시행자가 받은 세금계산서도 함께 정리해야 합니다.

건물을 넘긴 뒤 같은 장소에서 하던 임대업이 끝나면 폐업신고를 하게 됩니다. 폐업할 때 남아 있는 다른 재화는 자기에게 공급한 것으로 보는 규정이 있으므로, 수용된 건물 외에 남은 설비나 재고가 있는지 함께 확인하십시오.

수용 건물 보상금 부가가치세 대응 순서

• 절차 확인 - 사업인정 고시나 지구 지정·인가 고시 여부를 확인합니다. 수용절차에 들어간 뒤의 보상인지가 과세 여부를 가릅니다.
• 보상 항목 구분 - 건물 대가, 이전비, 영업손실 보상 등 항목별 금액을 보상 내역서로 나눕니다. 용역 대가가 섞여 있으면 그 부분만 따로 봅니다.
• 세금계산서 처리 - 수용 대가에는 세금계산서를 발급하지 않습니다. 이미 발급했다면 사업시행자와 함께 정리 방법을 정합니다.
• 신고 정정 - 이미 낸 부가가치세는 「과세표준 및 세액의 경정청구서」로 5년 안에 돌려받을 수 있는지 검토합니다.
• 고지 대응 - 세무서가 과세대상으로 보고 고지하면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 보상 절차가 어느 법률에 따른 것인지와 보상 항목의 구성에 따라 결론이 달라지므로 사업인정 고시와 보상 내역서를 함께 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 공익사업 보상금과 관련한 부가가치세 과세 다툼과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수용 보상금에 세금계산서를 발급해야 하나요?
  아닙니다. 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 받는 대가는 재화의 공급으로 보지 않으므로 세금계산서를 발급하지 않습니다. 사업시행자도 그 대가에 대해 매입세액을 공제받을 수 없습니다.
• 사업인정 전에 협의로 팔아도 같나요?
  다릅니다. 사업인정을 받기 전에 협의로 건물을 매매하면 수용절차에 따른 수용이 아니라 일반 매매로 보아 부가가치세가 과세될 수 있습니다. 매매 시점이 사업인정 고시 전인지 후인지 먼저 확인하십시오.
• 재개발 구역에서 수용될 때도 적용되나요?
  네. 시행령은 「도시 및 주거환경정비법」과 토지보상법 등에 따른 수용절차를 함께 적고 있으므로, 정비사업 수용절차에서 받는 건물 대가도 재화의 공급으로 보지 않습니다. 정비사업 사업시행자의 매도청구에 따라 넘기는 경우도 재화의 공급에서 빠집니다.
• 설비 이설비 보상금은 과세되나요?
  공익사업 때문에 설비를 옮기는 비용을 보상받는 것은 소유자가 사업시행자에게 역무를 제공한 대가가 아니어서 손실보상금으로 보고 과세하지 않는다는 것이 국세청 회신의 설명입니다. 다만 설비 소유자가 별도 공사를 해 주고 받은 대가는 용역의 대가로 따로 봅니다.
• 이미 낸 부가가치세는 돌려받을 수 있나요?
  과세대상이 아닌 수용 대가를 과세표준에 넣어 신고·납부했다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 사업시행자에게 발급한 세금계산서 처리도 사업시행자와 함께 정리해야 합니다.
• 수용 뒤 폐업하면 다른 세금이 생기나요?
  폐업할 때 남아 있는 자기생산·취득재화는 자기에게 공급한 것으로 보아 과세될 수 있습니다. 수용된 건물은 빠지지만 남아 있는 설비나 비품이 있다면 폐업 신고 전에 목록을 만들어 확인하십시오.
• 토지 보상금은 부가가치세와 상관없나요?
  토지의 공급은 부가가치세가 면제되는 재화여서 토지 보상금에는 부가가치세가 붙지 않습니다. 다만 토지 보상금은 양도소득세나 법인세 문제가 따로 생기므로 그 세목을 별도로 확인해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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